STS CM 5

Question 1

Une omique ne permet pas d’avoir beaucoup de données ?

Answer 1

C’est faux elle permet justement d’avoir beaucoup de données

Question 2

Qu’est-ce que c’est une omique ?

Answer 2

C’est une analyse quantitative de quelque chose (dépend de laquelle) d’un système biologique (un organe, un tissu, un organisme….)

Question 3

Est-ce que la métabolomique est une approche interdisciplinaire ?

Answer 3

Oui

Question 4

Qu’est-ce que la métabolomique ?

Answer 4

C’est l’analyse globale quantitative du métabolome d’un système biologique

Question 5

Qu’est-ce qu’un métabolome ?

Answer 5

C’est le contenu total en métabolites d’un échantillon biologique

Question 5

Qu’est-ce qu’on cherche à faire avec une analyse à haut débit ?

Answer 5

On cherche à caractériser le plus précisément possible l’échantillon

Question 5

Qu’est-ce que cherche à faire la métabolomique ?

Answer 5

Elle cherche à décrire au plus près du phénotype

Question 5

Les omiques peuvent permettre de faire quoi au niveau pathologique ?

Answer 5

Elles peuvent permettre de recomprendre certaines pathologies

Question 6

Quelles sont les différentes omiques ?

Answer 6

• Génomique : ADN
• Transcriptomique : ARN
• Protéomique : Protéines
• Métabolomique : métabolome

Question 6

Qu’est-ce que sont les métabolites endogènes ?

Answer 6

Ce sont tout les métabolites produit par/dans notre corps ?
- Ca peut être des lipides, des petits AN, des cétones
- Des molécules de signalisation

En gros un large éventail d’études

Question 6

Avant d’utiliser une omique, il faut quoi ?

Answer 6

Il faut d’abord une question biologique

Question 7

Qu’est-ce qui rentre dans la métabolomique ?

Answer 7

• Les métabolites endogènes
• Les métabolites provenant de sources exogènes

Question 8

Quels sont les différences des molécules qu’on possède dans le HMDB (?) ?

Answer 8

• Grand gamme de concentration (10 à 10^9)
• Différents paramètres physico-chimiques

Question 8

Combien de molécules décrites sur Human Metabolom Data Base (HMDB) ?

Answer 8

218 000 (c’est la plus complète aujourd’hui)

Question 9

Quels techniques peut-on utiliser pour étudier la métabolomique ?

Answer 9

• IRM
• Spectrophotométrie de masse
• Chromatographie

Question 9

Qu’est-ce qu’un exposome ?

Answer 9

• Ce sont les métabolites de sources exogènes
  Par exemple : métabolites issues de l’alimentation, des toxiques, des polluants

Question 9

Qu’est-ce que cause l’étude de beaucoup de molécules différentes ?

Answer 9

Il faut beaucoup plus de techniques pour les analyser

Question 9

A quoi peut-on coupler la chromatographie ?

Answer 9

A la spectrophotométrie de masse

Question 10

Est-ce qu’on retrouve peu de maladies venant des polluants ?

Answer 10

Faux, on en retrouve beaucoup

Question 11

Quels types de signaux on obtient après analyse ?

Answer 11

Des signaux complexes

Question 11

Quels sont les étapes du workflow ?

Answer 11

• Question biologique
• Choix du protocole
• Préparation de l’échantillon
• Analyse de/des échantillons
• Acquisition et stockage des données
• Prétraitement des données
• Analyse statistique
• Identification des métabolites d’intérêt
• Interprétation
• Conclusion

Question 11

Quand on a un signal, on en fait quoi ?

Answer 11

On l’attribue à un métabolite grâce à une base de données

Question 11

Que permet le choix du protocole ?

Answer 11

Il permet d’analyser un type de mol par la meilleure technique

Question 11

Que permet la préparation des échantillons ?

Answer 11

De faciliter l’analyse

Question 11

C’est quoi le workflow ?

Answer 11

C’est le processus de l’analyse métabolomique

Question 12

Quelle est l’étape de workflow la plus dure ?

Answer 12

Le prétraitement des données

Question 13

Que permet le prétraitement des données ?

Answer 13

De donner un nom, quantifier le métabolite (pas sûr)

Question 14

Que permet l’analyse statistique ?

Answer 14

De voir si le métabolite est intéressant ou non
De donner sûr un nom au métabolite

Question 15

L’interprétation peut se faire grâce à quoi ?

Answer 15

• A des métadonnées (ce qu’on sait déjà)
• A des autres omiques (donc autre résultats)

Question 16

Quel est le principal objectif de la métabolomique aujourd’hui ?

Answer 16

De trouver des signatures moléculaires