Spørgsmål Flashcards
Hvad er cancer?
Cancer er den brede betegnelse for sygdomme, som involverer en abnormal cellevækst, med potentiale til at sprede sig og invadere videre til andre dele af kroppen.
Hvad er protoonkogener?
Protoonkogener er vækstfaktorer, receptorer og transkriptionsfaktorer. Størstedelen af onkogener har mutationer, der omdanner dem til aktive former for abnormal cellulær signalerings-proteiner.”Gain of function”
Hvad er tumorsuppressorgener?
Tumorsuppressorgener kan være gatekeepere som forhindrer progression af celler, hvis DNA er skadet. Caretakere reparer DNA skader og retter mutationer. “loss of function”
Hvad er de 6 hallmarks of cancer?
- Øget aktivitet af vækstfremmende gener;
- Øget VEGF (vækstfaktor) syntese
- Øget receptor-aktivitet
- Øget aktivitet af signaleringsveje (RAS)
- Øget aktivitet af transkriptionsfaktorer - Nedsat aktivitet af væksthæmmende gener
- Nedsat aktivitet af gatekeeper (TP53) -og caretaker gener (BRCA) - Reduceret apoptose (programmeret celledød)
- Reduceret senescence (cellen deler sig i det uendelige, nonstop)
- Øget angiogenese (karforsyning)
- Øget tendens til invasion og metastasering
Benævn de to hyppigst anvendte udvidede prænatale undersøgelsesmuligheder man gør brug af ved
mistanke om kromosomanomalier, sygdomme mm., samt hvordan de udføres.
Chorionvillusbiopsi (GA 10+0-16) og amniocentese (GA 16+0). Udtagning af placentavæv/amnionvæske med tynd
kanyle transabdominalt. Guidet med ultralyd. Abortrisici 0.5-1%.
Beskriv Knudson’s two hit hypothesis.
Knudson’s two hit hypothesis fortæller at begge alleller af et tumorsuppressor-gen skal være
ødelagte, før der opstår en cancer.
Dvs. two hits.
Har man en medfødt nedarvet mutation på den ene allel af et tumorsuppressor-gen, skal der kun en
enkelt mutation (på den anden allel) til for at begge alleler holder op med at fungere.
”Second hit” opstår ofte langt tidligere i livet, hvis man har et medfødt ”first hit” og derfor er debut-
alderen lavere i folk med arvelig cancer.
Hvis begge alleler i et tumorsupressorgen ikke har mutationer –og dermed er raske, er det ikke så
sandsynligt, at der opstår to spontane mutationer. Dog har vi mange celler i kroppen, så derfor sker
det alligevel til tider.
Hvor sidder alleler?
De sidder i området “locus”
Hvad er alleler?
Alleler er en bestemt udgave af et gen i et locus på et kromosom.
Hvad anvendes PCR til?
- Bruges når man ønsker at danne flere kopier af samme gen.
- Udnytter man har en lille prøve -> danner kopier -> flere tests kan udføres.
Hvilke faser kan PCR inddeles i ? Beskriv hver.
- denaturation -> DNA prøve med primer, heat stable DNA polymerase og d’NTPer sættes i en thermocycler. Blandingen opvarmes til 95, så DNA dobbeltstreng separeres.
udføres - annealing -> Blanding nedkøles til 55-65. Primeren binder sig til komplimentære stykker i 5’-3’ og 3’-5’.
- extension -> Blandingen opvarmes til 72. DNA polymerase syntetiserer ny streng i 5’ til 3’ ende.
Beskriv processen i PCR?
PCR består af en denaturation, annealing –og extensionfase.
• Denaturation: primer, DNA-polymerase og frie nukleotider tilføres til DNA sampel à thermocycler à opvarmes til 95 grader og DNA dobbelthelix
separeres i 2 enkelte strenge
• Annealing: Prøven nedkøles til 55-65 grader. Primer binder sig til de to enkelte strenges 3’ terminal.
• Extension: Prøven opvarmes til 72 grader. DNA polymerase binder mellem
primer og DNA-streng, hvorfra de ”køre” mod 5’, mens den aflæser DNA streng, og danner de rette nukleotidpar.
• Der er dannet identiske kopier af target-DNA.
• Cyklus starter forfra med denaturering til 4 enkelt strenge.
• Processen kører normalt over 4 timer, af 30-35 cykli.
Hvilke faser udgør en standard cyklus for PCR –og ved hvilke grader begynder hver fase?
Denaturering, 95 grader
Annealing, 55-65 grader
Extension, 72 grader
Beskriv PCR princippet.
Denaturation: primer, DNA-polymerase og frie nukleotider tilføres til DNA sampel à thermocycler à opvarmes til 95 grader og DNA dobbelthelix
separeres i 2 enkelte strenge
• Annealing: Prøven nedkøles til 55-65 grader. Primer binder sig til de to enkelte strenges 3’ terminal.
• Extension: Prøven opvarmes til 72 grader. DNA polymerase binder mellem
primer og DNA-streng, hvorfra de ”kører” mod 5’, mens den aflæser DNA
streng, og danner de rette nukleotidpar.
• Der er dannet identiske kopier af target-DNA.
• Cyklus starter forfra med denaturering til 4 enkelt strenge.
Hvad bruges Sanger Sekventering til?
- Enzymatisk sekventering; bedst til at undersøge DNA-strenge af +100 nukleotider.
- Bruges når man ønsker at analysere rækkefølgen nukleotider i DNA.
- Vigtigt redskab ift. personaliseret medicin, mutation-screening og til at skabe overblik over komplicerede sygdomsbilleder.
Angiv de 4 trin i Sanger Sekventering.
- Amplificering vha. PCR. (til og med annealing).
- Cluster
- Sekventering
- DNA-Analyse
Beskriv Sanger sekventering princippet.
Amplificering: Et område amplificeres vha. PCR og genspecifikke primere
samt DNA-polymerase.
Deoxynuklotider: Der anvendes ligeledes en blanding af dNTP’er (og
fluorescens mærkerede ddNTP).
Flere cykli: Normalt kørers der typisk flere antal cykler af denaturering og
annealing for at øge signalet til slut.
ddNTP: De inkorporerede ddNTP terminerer syntesen.
Produkt adskillelse: . Produkterne adskilles efter størrelse typisk ved kapilar
elektroforese, de flourescerende molekyler eksiteres med laser og
farvesignalerne aflæses med et kamera.
Dataanalyse: En computer oversætter de indkomne signaler til
elektroferogrammer og sekvens.
Hvad bruges MLPA til?
Bruges til detektion af deletioner, insertioner og duplikationer i et givent gen.
Angiv de 6 trin i MLPA.
1) Denaturation
2) Hybridisation
3) Ligation
4) Amplifikation (med PCR)
5) Fragment separering
6) Dataanalyse. Via ”Array CGH”.
Beskriv MLPA princippet.
Denaturation: En prøve med DNA opvarmes i en thermocycler, hvorved DNA’et
separeres.
Hybridisation: Et probemix og probe-buffer tilføres til det separerede DNA. Prober/ oligonukleotider binder to og to til hvert af de analyserede fragmenter af DNA’et.
Ligation: Der tilføres en ligationsmix til prøven. De to oligonukleotider/prober ligeres. Den samlede ligerede probe har 5’- og 3’-terminalt universalprimer- hybridiseringssites.
Amplifikation (med PCR): PCR primere og d’NTPer tilføres. Universale PCR-primere hybridiseres hertil og der udføres PCR. En af primerne er flourescerende. Dette
gøres 35 gange.
Fragment separering: PCR-produkterne adskilles på længde vha. kapillær- elektroforese og man måler flourescens-intensiteten for hvert ”bånd”.
Dataanalyse: Disse intensiteter kan herefter sammenlignes med tilsvarende for en reference-prøve, hvor man ved, at der ikke er deletion/insertion.
Hvorfor består en MLPA probe af to (venstre og højre)
oligonukleotider?
Hvis den var ligeret fra start, ville det kunne amplificeres, selvom der ikke var et korrekt DNA-match fra start.
Når den består af to oligonukleotider, finder de hver sit passende DNA-segment.
Angiv de 3 trin i NGS.
Prøveforberedning
• DNA isolering
• Fragmentering
- Sekventering
• Deponér på slide
• Flourscerende dideoxynukleotider
• Vask-Billede-Repeat. - Sekventeringskortlægning
- Karakterisering
Beskriv princippet i NGS.
NGS er en ny form for teknologi som tillader, at vi kan analyserer større mængde DNA end hidtil. Godt hvis man er ”på bar bund”.
• Prøveforberedelse: DNA isolering og fragmentering.
• Slide med cluster: DNA fragmenterne binder til millioner af clusters på et slide.
• Tilførsel: DNA polymeraser og flourscerende nukleotider –med terminator tilføres.
• Terminator: Terminatoren forhindrer polymerasen at danne dobbeltstrenget DNA. Terminatoren kan vaskes væk.
• Billede: Inden vask tages billede af slide. De flourscerende nukleotider vil lyse
op.
• Vask og repeat: Efter billedet, vaskes slides og nu sekvens begynder. Det hele fortsætter.
• Analyse: Alle billeder for alle clusters sammenholdes og analyseres af computer ud fra reference template.
Hvornår benytter man især NGS?
Når man har en patient, hvorfra man ønsker at undersøge (næsten) hele genomet. Eks. hvis der ikke er andre tilfælde i familien, eller sygdommen er ukendt.
Hvilke karakteristika findes for nukleotider brugt til NGS –SBS, og hvad er denne funktion?
Nukleotiderne har en terminator, som terminerer DNA polymerasens syntese til dobbeltstrenget DNA. Terminatoren kan vaskes væk, hvilket bliver gjort efter der er taget billede af slides.
Når terminatoren skylles væk, kan en ny nukleotid binde.
Desuden er nukleotiderne flourscerende og vil derfor ”lyse op” på billeder.
Beskriv kort princippet bag NGS- SBS.
Eksamenssvar: Genomisk DNA oprenses fra f.eks en blodprøve. DNA fragmenteres og der ligeres adaptorer i enderne. Efter PCR og evt. enrichment sker der
bridge-amplification på en flowcelle efterfulgt af sekventering (sequencing by synthesis). Data alignes efterfølgende mod det humane genom og forskelle registreres.
Nævn fordele og ulemper ved NGS (vs. Sanger).
- Fordele: NGS er billigere og kan analysere kæmpe dele af genomet, og dermed finde ”problemområdet”.
- Ulemper: Det tager for lang tid af bruge NGS til små indsnævrede dele, derfor bruges Sanger stadig mere til dette.
Hvornår gøres brug af FISH?
Når man ønsker at analysere om der findes specifikke
sekvenser/kromosomer i DNA.
Beskriv kort princippet i FISH.
- Celler udtages (hvilende i metafasen) og behandles så de ”svulmer”
op. Cellen fikseres i position i slide.
• DNA fra cellen denatureres til enkeltstrenget DNA.
• Prober tilføres som hybridiserer/binder til ønsket sekvens. Resten vaskes væk. DNA proberne er modificeret så flourscerence labels kan binde til dem.
• De flourscerende mærkede molekyler tilføres binder til proberne.
• Resten vaskes af og man analyserer cellen.
Hvad er SNP?
- Single nucleotide polymorphisme.
- Normale variationer i specifikke steder i genomet
- Kan opstå de novo eller via mutation i kønsceller nedarvet for mange generationer siden.
- SNP kan forsage mutationer –hvis de er i kodede gener, men kan også være ”ligegyldige”, og bidrager blot til diversitet fænotypisk.
- De fleste SNP’s er uden betydning for cellulære funktioner og dermed ikke patologiske.
Hvad er teorien bag overkrydsning og genetisk kobling?
Sidder loci < 50cM kan nedarves sammen.
Sidder loci > 50cM har de ikke en direkte kobling og der kan ske en fri rekombination.
Hvad bruges koblingsanalyser til?
- Bruges når man ønsker at undersøge en familie og finde koblingen mellem deres sygdomslocus.
- Afficerede har nedarvet samme allel, mens raske har det ”raske” allel.
Intragenisk vs. Extragenisk SNP
- Vil en intragenisk SNP foretrækkes, fordi den påviser selve den sygdomsfremkaldende mutation?
Falsk. Det påviser ikke selve den sygdomsfremkaldende mutation, men er formentlig tættere på den sygdomsfremkaldende mutation og der er således mindre risiko for overkrydsning (og dermed at markøren ikke længere følger sygdommen).
Hvad tilbydes alle gravide kvinder?
Alle gravide kvinder tilbydes misdannelsesscanninger (ultralyd) mhp. At udelukke downs syndrom, grelle udviklingsanomalier og eventuelle hjerteproblemer.
Desuden kan man undersøge for antal, køn og beliggenhed af fosteret.
Beskriv hvornår ultralyd scanninger foregår.
Ultralydsscanning tilbydes alle gravide i Danmark i en rutinemæssig forbindelse med nakkefoldskanning (GA 11-14) + i forbindelse med gennemskanning i 18.-20. uge. Misdannelsesscanning foretages typisk i GA 18+0 til 20+0.
(Køn kan være misvisende frem til GA 17+0 idet genitalpapillen kan være større for XX foster end XY foster).
Hvad er en bærertest?
Man ønsker at teste, om en person bærer en genetisk defekt og dermed om vedkommendes børn har risiko for af få en given sygdom.
Hvorfor tilbydes ultralyd?
Ultralyd tilbydes for at diagnosticere kromosomsygdomme,
misdannelser eller andre forhold, som kan have betydning for graviditetens forløb.
• Består af højfrekvente lydbølger, uden komplikationer eller bivirkninger.
Beskriv doubletest.
Her udtages en blodprøve fra moren som analyseres.
• Man er særlig opmærksom på 1 protein og 1 hormon.
PAPP-A (preagnancy associated plasma protein A) og β –HCG (humant chorion gonadotropin (også det som måles efter i graviditetstest)).
• Er PAPP halveret ift. normal -og er β –HCG fordoblet er dette et tegn på Downs syndrom.
• (Begge påvirkes dog af faktorer som rygning, overvægt,
flerfoldsgraviditeter mm. Dette skal lægen være opmærksom på).
Hvornår tilbydes chorionvillusbiopsi eller amniocentese?
Ved mistanke (eks. via positiv nakkefold, doubletest eller maternel alder <40) om kromosomfejl -og andre anomalier fortages (med samtykke) CVS eller amniocentese.
Hvornår foretages en chorionvillusbiopsi?
Hvornår: Fra GA 10+0 – 16.
I løbet af 3 dage kommer svar på trisomi 13, 18 og 21.
(via PCR og FISH).
Beskriv chorionvillusboopsi proceduren.
CVS procedure: Udtagning af placentavæv med tynd
kanyle transabdominalt. Guidet med ultralyd.
Hvilke bivirkninger og risici er der ved chorionvillusbopsi?
Bivirkninger og risici: Mave- og muskelømhed.
Abort risici 0.5-1%
Hvornår foretages en amniocentese?
Hvornår: Fra GA 16+0 (dvs. senere end CVS!).
I løbet af 3 dage kommer svar på trisomi 13, 18 og 21.
Beskriv amniocentese proceduren.
Amniocentese procedure: Udtagning af amnion-væske
med tynd kanyle transabdominalt.
Guidet med ultralyd.
Hvilke bivirkninger og risici er der ved amniocentese?
Bivirkninger og risici: Mave- og muskelømhed.
Abort risici 0.5-1%
Hvad er abortreglerne i DK?
- Abortgrænse i DK er GA 12+0. Fri abort. Foretages via offentlig
sygehus, privat praktiserende læge eller privathospital.
• Medicinsk og kirurgisk abort.
• Det er muligt at få foretaget abort efter GA 12+0. Dette sker i samråd, hvortil barnets evt. diagnoser og moderens stilling tages op.
(Er graviditet livstruende for moderen efter GA12+0 må abort foretages uden samtykke fra samråd).
Beskriv en medicinsk abort.
Medicinsk abort: Indgift af mifepristol som hæmmer dannelse af progesteron – det (her) graviditetsbevarende hormon.
• 1-2 dage efter indgift af mifepristol får kvinden misoprostol, som kontraherer
livmoderen.
• 4-6timer herefter vil 95% have aborteret.
