Spørgsmål Flashcards
Hvad er cancer?
Cancer er den brede betegnelse for sygdomme, som involverer en abnormal cellevækst, med potentiale til at sprede sig og invadere videre til andre dele af kroppen.
Hvad er protoonkogener?
Protoonkogener er vækstfaktorer, receptorer og transkriptionsfaktorer. Størstedelen af onkogener har mutationer, der omdanner dem til aktive former for abnormal cellulær signalerings-proteiner.”Gain of function”
Hvad er tumorsuppressorgener?
Tumorsuppressorgener kan være gatekeepere som forhindrer progression af celler, hvis DNA er skadet. Caretakere reparer DNA skader og retter mutationer. “loss of function”
Hvad er de 6 hallmarks of cancer?
- Øget aktivitet af vækstfremmende gener;
- Øget VEGF (vækstfaktor) syntese
- Øget receptor-aktivitet
- Øget aktivitet af signaleringsveje (RAS)
- Øget aktivitet af transkriptionsfaktorer - Nedsat aktivitet af væksthæmmende gener
- Nedsat aktivitet af gatekeeper (TP53) -og caretaker gener (BRCA) - Reduceret apoptose (programmeret celledød)
- Reduceret senescence (cellen deler sig i det uendelige, nonstop)
- Øget angiogenese (karforsyning)
- Øget tendens til invasion og metastasering
Benævn de to hyppigst anvendte udvidede prænatale undersøgelsesmuligheder man gør brug af ved
mistanke om kromosomanomalier, sygdomme mm., samt hvordan de udføres.
Chorionvillusbiopsi (GA 10+0-16) og amniocentese (GA 16+0). Udtagning af placentavæv/amnionvæske med tynd
kanyle transabdominalt. Guidet med ultralyd. Abortrisici 0.5-1%.
Beskriv Knudson’s two hit hypothesis.
Knudson’s two hit hypothesis fortæller at begge alleller af et tumorsuppressor-gen skal være
ødelagte, før der opstår en cancer.
Dvs. two hits.
Har man en medfødt nedarvet mutation på den ene allel af et tumorsuppressor-gen, skal der kun en
enkelt mutation (på den anden allel) til for at begge alleler holder op med at fungere.
”Second hit” opstår ofte langt tidligere i livet, hvis man har et medfødt ”first hit” og derfor er debut-
alderen lavere i folk med arvelig cancer.
Hvis begge alleler i et tumorsupressorgen ikke har mutationer –og dermed er raske, er det ikke så
sandsynligt, at der opstår to spontane mutationer. Dog har vi mange celler i kroppen, så derfor sker
det alligevel til tider.
Hvor sidder alleler?
De sidder i området “locus”
Hvad er alleler?
Alleler er en bestemt udgave af et gen i et locus på et kromosom.
Hvad anvendes PCR til?
- Bruges når man ønsker at danne flere kopier af samme gen.
- Udnytter man har en lille prøve -> danner kopier -> flere tests kan udføres.
Hvilke faser kan PCR inddeles i ? Beskriv hver.
- denaturation -> DNA prøve med primer, heat stable DNA polymerase og d’NTPer sættes i en thermocycler. Blandingen opvarmes til 95, så DNA dobbeltstreng separeres.
udføres - annealing -> Blanding nedkøles til 55-65. Primeren binder sig til komplimentære stykker i 5’-3’ og 3’-5’.
- extension -> Blandingen opvarmes til 72. DNA polymerase syntetiserer ny streng i 5’ til 3’ ende.
Beskriv processen i PCR?
PCR består af en denaturation, annealing –og extensionfase.
• Denaturation: primer, DNA-polymerase og frie nukleotider tilføres til DNA sampel à thermocycler à opvarmes til 95 grader og DNA dobbelthelix
separeres i 2 enkelte strenge
• Annealing: Prøven nedkøles til 55-65 grader. Primer binder sig til de to enkelte strenges 3’ terminal.
• Extension: Prøven opvarmes til 72 grader. DNA polymerase binder mellem
primer og DNA-streng, hvorfra de ”køre” mod 5’, mens den aflæser DNA streng, og danner de rette nukleotidpar.
• Der er dannet identiske kopier af target-DNA.
• Cyklus starter forfra med denaturering til 4 enkelt strenge.
• Processen kører normalt over 4 timer, af 30-35 cykli.
Hvilke faser udgør en standard cyklus for PCR –og ved hvilke grader begynder hver fase?
Denaturering, 95 grader
Annealing, 55-65 grader
Extension, 72 grader
Beskriv PCR princippet.
Denaturation: primer, DNA-polymerase og frie nukleotider tilføres til DNA sampel à thermocycler à opvarmes til 95 grader og DNA dobbelthelix
separeres i 2 enkelte strenge
• Annealing: Prøven nedkøles til 55-65 grader. Primer binder sig til de to enkelte strenges 3’ terminal.
• Extension: Prøven opvarmes til 72 grader. DNA polymerase binder mellem
primer og DNA-streng, hvorfra de ”kører” mod 5’, mens den aflæser DNA
streng, og danner de rette nukleotidpar.
• Der er dannet identiske kopier af target-DNA.
• Cyklus starter forfra med denaturering til 4 enkelt strenge.
Hvad bruges Sanger Sekventering til?
- Enzymatisk sekventering; bedst til at undersøge DNA-strenge af +100 nukleotider.
- Bruges når man ønsker at analysere rækkefølgen nukleotider i DNA.
- Vigtigt redskab ift. personaliseret medicin, mutation-screening og til at skabe overblik over komplicerede sygdomsbilleder.
Angiv de 4 trin i Sanger Sekventering.
- Amplificering vha. PCR. (til og med annealing).
- Cluster
- Sekventering
- DNA-Analyse
Beskriv Sanger sekventering princippet.
Amplificering: Et område amplificeres vha. PCR og genspecifikke primere
samt DNA-polymerase.
Deoxynuklotider: Der anvendes ligeledes en blanding af dNTP’er (og
fluorescens mærkerede ddNTP).
Flere cykli: Normalt kørers der typisk flere antal cykler af denaturering og
annealing for at øge signalet til slut.
ddNTP: De inkorporerede ddNTP terminerer syntesen.
Produkt adskillelse: . Produkterne adskilles efter størrelse typisk ved kapilar
elektroforese, de flourescerende molekyler eksiteres med laser og
farvesignalerne aflæses med et kamera.
Dataanalyse: En computer oversætter de indkomne signaler til
elektroferogrammer og sekvens.
Hvad bruges MLPA til?
Bruges til detektion af deletioner, insertioner og duplikationer i et givent gen.
Angiv de 6 trin i MLPA.
1) Denaturation
2) Hybridisation
3) Ligation
4) Amplifikation (med PCR)
5) Fragment separering
6) Dataanalyse. Via ”Array CGH”.
Beskriv MLPA princippet.
Denaturation: En prøve med DNA opvarmes i en thermocycler, hvorved DNA’et
separeres.
Hybridisation: Et probemix og probe-buffer tilføres til det separerede DNA. Prober/ oligonukleotider binder to og to til hvert af de analyserede fragmenter af DNA’et.
Ligation: Der tilføres en ligationsmix til prøven. De to oligonukleotider/prober ligeres. Den samlede ligerede probe har 5’- og 3’-terminalt universalprimer- hybridiseringssites.
Amplifikation (med PCR): PCR primere og d’NTPer tilføres. Universale PCR-primere hybridiseres hertil og der udføres PCR. En af primerne er flourescerende. Dette
gøres 35 gange.
Fragment separering: PCR-produkterne adskilles på længde vha. kapillær- elektroforese og man måler flourescens-intensiteten for hvert ”bånd”.
Dataanalyse: Disse intensiteter kan herefter sammenlignes med tilsvarende for en reference-prøve, hvor man ved, at der ikke er deletion/insertion.
Hvorfor består en MLPA probe af to (venstre og højre)
oligonukleotider?
Hvis den var ligeret fra start, ville det kunne amplificeres, selvom der ikke var et korrekt DNA-match fra start.
Når den består af to oligonukleotider, finder de hver sit passende DNA-segment.
Angiv de 3 trin i NGS.
Prøveforberedning
• DNA isolering
• Fragmentering
- Sekventering
• Deponér på slide
• Flourscerende dideoxynukleotider
• Vask-Billede-Repeat. - Sekventeringskortlægning
- Karakterisering
Beskriv princippet i NGS.
NGS er en ny form for teknologi som tillader, at vi kan analyserer større mængde DNA end hidtil. Godt hvis man er ”på bar bund”.
• Prøveforberedelse: DNA isolering og fragmentering.
• Slide med cluster: DNA fragmenterne binder til millioner af clusters på et slide.
• Tilførsel: DNA polymeraser og flourscerende nukleotider –med terminator tilføres.
• Terminator: Terminatoren forhindrer polymerasen at danne dobbeltstrenget DNA. Terminatoren kan vaskes væk.
• Billede: Inden vask tages billede af slide. De flourscerende nukleotider vil lyse
op.
• Vask og repeat: Efter billedet, vaskes slides og nu sekvens begynder. Det hele fortsætter.
• Analyse: Alle billeder for alle clusters sammenholdes og analyseres af computer ud fra reference template.
Hvornår benytter man især NGS?
Når man har en patient, hvorfra man ønsker at undersøge (næsten) hele genomet. Eks. hvis der ikke er andre tilfælde i familien, eller sygdommen er ukendt.
Hvilke karakteristika findes for nukleotider brugt til NGS –SBS, og hvad er denne funktion?
Nukleotiderne har en terminator, som terminerer DNA polymerasens syntese til dobbeltstrenget DNA. Terminatoren kan vaskes væk, hvilket bliver gjort efter der er taget billede af slides.
Når terminatoren skylles væk, kan en ny nukleotid binde.
Desuden er nukleotiderne flourscerende og vil derfor ”lyse op” på billeder.
Beskriv kort princippet bag NGS- SBS.
Eksamenssvar: Genomisk DNA oprenses fra f.eks en blodprøve. DNA fragmenteres og der ligeres adaptorer i enderne. Efter PCR og evt. enrichment sker der
bridge-amplification på en flowcelle efterfulgt af sekventering (sequencing by synthesis). Data alignes efterfølgende mod det humane genom og forskelle registreres.
Nævn fordele og ulemper ved NGS (vs. Sanger).
- Fordele: NGS er billigere og kan analysere kæmpe dele af genomet, og dermed finde ”problemområdet”.
- Ulemper: Det tager for lang tid af bruge NGS til små indsnævrede dele, derfor bruges Sanger stadig mere til dette.
Hvornår gøres brug af FISH?
Når man ønsker at analysere om der findes specifikke
sekvenser/kromosomer i DNA.
Beskriv kort princippet i FISH.
- Celler udtages (hvilende i metafasen) og behandles så de ”svulmer”
op. Cellen fikseres i position i slide.
• DNA fra cellen denatureres til enkeltstrenget DNA.
• Prober tilføres som hybridiserer/binder til ønsket sekvens. Resten vaskes væk. DNA proberne er modificeret så flourscerence labels kan binde til dem.
• De flourscerende mærkede molekyler tilføres binder til proberne.
• Resten vaskes af og man analyserer cellen.
Hvad er SNP?
- Single nucleotide polymorphisme.
- Normale variationer i specifikke steder i genomet
- Kan opstå de novo eller via mutation i kønsceller nedarvet for mange generationer siden.
- SNP kan forsage mutationer –hvis de er i kodede gener, men kan også være ”ligegyldige”, og bidrager blot til diversitet fænotypisk.
- De fleste SNP’s er uden betydning for cellulære funktioner og dermed ikke patologiske.
Hvad er teorien bag overkrydsning og genetisk kobling?
Sidder loci < 50cM kan nedarves sammen.
Sidder loci > 50cM har de ikke en direkte kobling og der kan ske en fri rekombination.
Hvad bruges koblingsanalyser til?
- Bruges når man ønsker at undersøge en familie og finde koblingen mellem deres sygdomslocus.
- Afficerede har nedarvet samme allel, mens raske har det ”raske” allel.
Intragenisk vs. Extragenisk SNP
- Vil en intragenisk SNP foretrækkes, fordi den påviser selve den sygdomsfremkaldende mutation?
Falsk. Det påviser ikke selve den sygdomsfremkaldende mutation, men er formentlig tættere på den sygdomsfremkaldende mutation og der er således mindre risiko for overkrydsning (og dermed at markøren ikke længere følger sygdommen).
Hvad tilbydes alle gravide kvinder?
Alle gravide kvinder tilbydes misdannelsesscanninger (ultralyd) mhp. At udelukke downs syndrom, grelle udviklingsanomalier og eventuelle hjerteproblemer.
Desuden kan man undersøge for antal, køn og beliggenhed af fosteret.
Beskriv hvornår ultralyd scanninger foregår.
Ultralydsscanning tilbydes alle gravide i Danmark i en rutinemæssig forbindelse med nakkefoldskanning (GA 11-14) + i forbindelse med gennemskanning i 18.-20. uge. Misdannelsesscanning foretages typisk i GA 18+0 til 20+0.
(Køn kan være misvisende frem til GA 17+0 idet genitalpapillen kan være større for XX foster end XY foster).
Hvad er en bærertest?
Man ønsker at teste, om en person bærer en genetisk defekt og dermed om vedkommendes børn har risiko for af få en given sygdom.
Hvorfor tilbydes ultralyd?
Ultralyd tilbydes for at diagnosticere kromosomsygdomme,
misdannelser eller andre forhold, som kan have betydning for graviditetens forløb.
• Består af højfrekvente lydbølger, uden komplikationer eller bivirkninger.
Beskriv doubletest.
Her udtages en blodprøve fra moren som analyseres.
• Man er særlig opmærksom på 1 protein og 1 hormon.
PAPP-A (preagnancy associated plasma protein A) og β –HCG (humant chorion gonadotropin (også det som måles efter i graviditetstest)).
• Er PAPP halveret ift. normal -og er β –HCG fordoblet er dette et tegn på Downs syndrom.
• (Begge påvirkes dog af faktorer som rygning, overvægt,
flerfoldsgraviditeter mm. Dette skal lægen være opmærksom på).
Hvornår tilbydes chorionvillusbiopsi eller amniocentese?
Ved mistanke (eks. via positiv nakkefold, doubletest eller maternel alder <40) om kromosomfejl -og andre anomalier fortages (med samtykke) CVS eller amniocentese.
Hvornår foretages en chorionvillusbiopsi?
Hvornår: Fra GA 10+0 – 16.
I løbet af 3 dage kommer svar på trisomi 13, 18 og 21.
(via PCR og FISH).
Beskriv chorionvillusboopsi proceduren.
CVS procedure: Udtagning af placentavæv med tynd
kanyle transabdominalt. Guidet med ultralyd.
Hvilke bivirkninger og risici er der ved chorionvillusbopsi?
Bivirkninger og risici: Mave- og muskelømhed.
Abort risici 0.5-1%
Hvornår foretages en amniocentese?
Hvornår: Fra GA 16+0 (dvs. senere end CVS!).
I løbet af 3 dage kommer svar på trisomi 13, 18 og 21.
Beskriv amniocentese proceduren.
Amniocentese procedure: Udtagning af amnion-væske
med tynd kanyle transabdominalt.
Guidet med ultralyd.
Hvilke bivirkninger og risici er der ved amniocentese?
Bivirkninger og risici: Mave- og muskelømhed.
Abort risici 0.5-1%
Hvad er abortreglerne i DK?
- Abortgrænse i DK er GA 12+0. Fri abort. Foretages via offentlig
sygehus, privat praktiserende læge eller privathospital.
• Medicinsk og kirurgisk abort.
• Det er muligt at få foretaget abort efter GA 12+0. Dette sker i samråd, hvortil barnets evt. diagnoser og moderens stilling tages op.
(Er graviditet livstruende for moderen efter GA12+0 må abort foretages uden samtykke fra samråd).
Beskriv en medicinsk abort.
Medicinsk abort: Indgift af mifepristol som hæmmer dannelse af progesteron – det (her) graviditetsbevarende hormon.
• 1-2 dage efter indgift af mifepristol får kvinden misoprostol, som kontraherer
livmoderen.
• 4-6timer herefter vil 95% have aborteret.
Hvad er bivirkninger ved medicinsk abort?
Kraftige smerter, øget blødning og kvalme. Samt ca 5% risiko for at aborten ikke gennemføres.
Beskriv fordele og ulemper ved medicinsk abort. (i forhold til kirurgisk abort)
Fordele: Kvinden undgår indlæggelse, narkose og indførsel af instrumenter i
underlivet (som ved kirurgisk).
• Ulemper: Ubehagelige bivirkninger og proceduren strækker sig over ca 2 dage.
Beskriv en kirurgisk abort.
Kirurgisk abort: Indgift af prostaglandiner til blødgører og udvider cervix. Kvinden
kommer (oftest) i fuld, kortvarig narkose.
Cervix udvides med instrumenter, et plastrør indføres i livmoder og graviditeten
suges ud.
• Indgrebet varer 10-20 min. Herefter ligger kvinden til observation i nogle timer, og kan få tilbudt smertestillende.
• Flere kvinder til-vælger at få indlagt en spiral i samme drag.
Hvad er bivirkninger ved kirurgisk abort?
Bivirkninger: Smerter kan forekomme samt let blødning /brunt udflåd. Betændelse kan forekomme hvis livmoderen ikke tømmes helt (2-5% risiko). Samt ca. 5% risiko for at det ikke virker (ved tvillinger).
Beskriv foredele og ulemper ved kirurgisk abort (i forhold til medicinsk abort).
Fordele: Abort garanti på 99%, varer 1 dag og man undgår (som regel) kraftige smerter og blødning.
Ulemper: Indlæggelse, narkose og indførsel af instrumenter i underlivet.
Nævn hvilke parametre (herunder tests) man bruger til diagnose og risikoberegning for trisomi 13,18 og 21.
Maternelle alder, positiv nakkefoldscanning -og doubletest.
Hvad er abortgrænsen i DK?
Fri abort frem til 12. uge. Dog kan abort fortages senere hen, hvis samråd godkender, eller hvis moderens liv er i fare grundet graviditeten.
Hvad er wild type?
Den oprindelige fænotype/ normale allel som står i kontrast til det udtrykte –ikke-standard - muterede allel
• Det allel som koder for langt størstedelen i en normal population = wt (kan udtrykkes som +)
Nævn hvad der kan skabe “second hit”.
Rygning, stråling (UV + sollys), frie radikaler ROS/RNOS, alkohol m.m.
Hvilke karakteristika ses ved arvelig cancer?
- Lav debutalder (i tråd med two hit hypothesis)
• Flere tilfælde i familien.
• Flere specifikke cancerformer; Mammae – og
ovariecancer.
-Der ses uafhængige primærtumorer.
Hvad skyldes arvelig cancer?
- skyldes i stor grad nedarvede mutationer i tumor supressor-gener.
(nedarvede mutationer i protoonkogener er som regel uforenelig med liv.
-> Mange ”u-opdagede aborter”). - Især mutationer i tumorsuppressor-geners caretaker dele/gener giver ophav til
first hit i Knudson’s two hit hypothesis.
Beskriv two-hit modellen (Knudson teorien) og redegør for, hvorledes two-hit modellen forklarer forekomst af såvel arvelig cancer som sporadisk cancer.
Knudsons Two hit hypothesis fortæller at begge alleler af et tumorsuppresorgen skal være ødelagte, før der opstår en cancer.
Dvs. two hits.
• Har man en medfødt nedarvet mutation på den ene allel af et tumorsuppressor- gen, skal der kun en enkelt mutation (på den anden allel) til for at begge alleler
holder op med at fungere.
• ”Second hit” opstår ofte langt tidligere i livet, hvis man har et medfødt ”first hit”
og derfor er debut-alderen lavere i folk med arvelig cancer.
• Hvis begge alleler i et tumorsupressorgen ikke har mutationer –og dermed er raske, er det ikke så sandsynligt, at der opstår to spontane mutationer. Dog har vi mange celler i kroppen, så derfor sker det alligevel til tider.
Hvad er locus?
et specifikt sted på et gen
Hvad er en allel?
en bestemt udgave af et gen (fundet i et locus).
Hvad er homozygot?
hvis man har to af fe samme alleler. f.eks. AA eller aa
Hvad er heterozygot?
Når man har to forskellige alleler. f.eks. Aa
Hvad er hemizygot?
Når man har en allel. F.eks. drenges Y kromosom.
Nævn de 5 arvegange.
- autosomal dominant
- autosomal recessiv
- x-bunden dominant
- x-bunden recessiv
- mitochondriel arvegang
Beskriv karaktristika for autosomal dominant.
- Springer ikke generationer over • Mænd og kvinder afficeres lige meget • Oftest heterozygot idet homozygot ofte ikke er levedygtigt • 50% chance for en forældre giver sygdommen videre hvis de er heterozygot
Beskriv de ting der kan snyde ved autosomal dominant.
– Nymutation. Forældrene er ikke syge
– Gonadomosaicisme. Forældrene er ikke syge, og
har flere syge børn
– Nedsat penetrans. Sygdommen ses kun ved X% af
befolkningen, eller over en bestemt alder.
Beskriv karakteristika for autosomal recessiv.
- Kan springe generationer over
• Både mænd og kvinder rammes
• Kun syge hvis de er homozygote (aa)
• Ses ofte i forbindelse med indgifte familier
Beskriv de ting der kan snyde ved autosomal recessiv.
– Nymutationer er meget sjældne
– Uniparental disomi (en forældre giver 2 recessive gener
videre)
– Ved hyppige sygdomme kan det ligne dominant arvegang
Hvad er co-dominant?
Blodtype, hvor A og B begge er dominante. O er recessiv overfor A og B.
Beskriv karakteristika for x-bunden dominant.
Springer ikke genrationer over • ALDRIG far til søn transmission • ALTID far til datter transmission – Oftere er det piger der er syge, idet de bliver heterozygote – Drenge bliver hemizygote og ved mange sygdomme vil det være letalt
Hvad er de ting der kan snyde ved x-bunden dominant?
Nymutation. Forældrene er ikke syge
• Gonadomosaicisme. Forældrene er ikke syge, og har
flere syge børn
• Nedsat penetrans. Sygdommen ses kun ved X% af
befolkningen, eller over en bestemt alder
Beskriv karakteristika ved x-bunden recessiv.
- Kan godt springe generationer over • ALDRIG far til søn transmission (syg far kan godt få en syg søn, men så er det moren der er bærer) • ALTID far til datter transmission, hvor datteren bliver bærer • Mor til datter. 50% bærere • Mor til søn. 50% syge
Hvad er de ting der kan snyde ved x-bunden recessiv?
– Nymutation
– Skæv x-inaktivering
– Turners syndrom
Beskriv karakteristika ved mitochondriel arvegang.
- Cytoplasmatisk nedarvning • Maternel nedarvning. Alle mors børn bliver syge. • Varierende ekspressivitet • Oftest rammer det energikrævende væv (hjerte, muskler og CNS)
Hvad bruges Bayes formel til?
- Bruges til at udregne sandsynligheden for at
en person er bærer af et bestemt gen, efter
man har fået flere informationer omkring
dem.
• Bruges typisk ved sygdomme med nedsat
penetrans eller autosomal recessive
sygdomme
Allel heterogenitet
Det fænomen at flere forandringer i samme gen kan
give samme sygdomsbillede
Locus heterogenitet
Det fænomen, at forandringer i mere end et gen (og derved
forskellige loci) kan give samme sygdomsbillede.
Altså både en mutation i kromosom 13 og kromosom 5 kan give samme sygdom.
F.eks. arvelig brystkræft
Multifaktorielle sygdomme
Flere gener og miljøfaktorer kan påvirke og give
sygdommen
Hvad er konkordansrater?
- Beskriver chancen for at den anden tvilling får
sygdommen hvis den første har den.
– Multifaktorielle sygdomme. MZ har højere
konkordansrate end DZ, men de er er stadig begge
højere end baggrundbefolkningen
Multifaktoriel arv
Flere faktorer spiller ind. Forskel mellem dizygote og monozygote
tvillinger
Monogen arv
Mendelsk arvegang. Monogen arvegang indeholder de forskellige
gennemgåede arvegange
Nedsat penetrans
Ikke alle der har et sygdomsgivende gen ses med sygdom. Penetrans
på 60% = 60% bliver syge
Variabel ekspressivitet
Ved samme mutation ses stor variation i sygdomsgraden.
Bruges tit når man snakker om familier
Anticipation
Forværring af sygdom over generationer. Eks. Tidligere og tidligere
debut af brystkræft eller Huntingtons Chorea
skæv x-inaktivering
piger inaktiverer det ene X kromosom i alle
deres celler. Skæv X-inaktivering er hvis det ene X bliver inaktiveret i
flere celler end det andet
Imprinting
Et gens ekspression er afhængigt om man får det af faren eller moren. F.eks:
Deletion af maternelt K15 giver Angelman syndrom
Deletion af paternelt K15 giver Prader-Willi syndrom
Founder effekt
En høj hyppighed kan skyldes en eller få bærere af samme gen, har givet deres
arvemateriale videre til en stor del af befolkningen.
Det kan enten være hvis genet giver øget overlevelse, eller hvis man ”founder” et nyt land
Compound heterozygoti
En tilstand hvor man har 2 eller flere heterogene recessive alleler på et
bestemt locus, der giver en genetisk sygdom selvom man er heterozygot. Altså
tilstedeværelse af to forskellige patogene sygdomsalleler.
Beskriv karakteristika ved non-disjunction i de to meitotiske delinger.
• 1 af hvert gen = fejl i
1. meiotiske deling
• 2 af samme gen = fejl
i 2. meiotiske deling
Hvad er unparental disomi?
man har fået begge
krosomer fra den ene forældre
• Kan enten ske ved non-disjunction eller hvis
barnet har en trisomi og kroppen prøver at rette
op på fejlen
Hvad er polyploidi?
Man har et helt sæt kromosomer for meget. f.eks. triploidi (69,XXY).
Det er oftest letal, medmindre det er mosaik tilstand.
Hvad er de to typer translokationer?
- recibrokke og robertsonske
Hvad er reciprokke translokationer?
Balancerede
– Kan give ubalanceret børn
– Danner ”derivater”
Hvad er robertsonske translokationer?
– Fusion af de lange armer ved akrocentriske kromosomer
– Danner et ”derivat”
– Man mister de korte arme, men
det er typisk ligegyldigt
– Kan give ubalanceret børn (Hvis børn arver translokation, der risiko for at børnebørn kan få kromosomafvigelser)
List strukturelle afvigelser.
- translokationer
- deletion
- duplikation
- inversion
- insertion
Hvad er deletion?
Tab af kromosommateriale. Et stykke af kromosomet mistes.
Hvad er inversion?
Et kromosomsegment vendes 180.
Hvad er duplikation?
et stykke bliver duplikret. Det vil sige det optræder nu 2 gange.
Hvad er insertion?
Indsætning af et segment fra et kromosom i et andet kromosom.
Hvad er isokromosom?
– Et kromsom med to identiske arme pga. tab af
den ene arm og fordobling af den anden
Hvad er ringkromosom?
– Et ringformet kromosom,
opstår ved brud af enderne og herefter fusion af de to ender
Hvad er mosaic?
Begrebet mosaic betegner en tilstand hvor
man har flere end en genotype i samme
individ. Et individ med mosaic vil have mindre
alvorlige symptomer ift. hvis de kun havde den
syge genotype
• F.eks. Kan man have karyotypen 45,X/46,XX
Det vil sige man har 2 genotyper. En normal
genotype og en genotype med ”turners
syndrom”.
Hvad er numeriske og strukturelle afvigelser?
Numeriske afvigelser er et andet antal kromosomer og strukturelle afvigelser er anderledes strukturede kromosomer.
Hvad er genotype?
Genotype er den genetiske indretning og arv af et indiivid
Hvad er fænotype?
Et individeds fremtoning/egenskaber, såvel synlige som fysiologiske. f.eks. blå øjne.
Hvad er same sense (silent) mutation?
En mutation som ikke ændre på aminosyren. Ses ofte som en mutation i den sidste base. F.eks. CCC til CCA Giver sjældent sygdomme, men kan være godt til markører
Hvad er missense mutation?
Ændre aminosyren til en anden aminosyre. F.eks. CCC til CUC Forskelligt hvor sygdomsdisponerende mutationerne er. Hvilken aminosyre og sidder den i active site?
Hvad er nonsense mutation?
Aminosyre ændes til stopcodon. F.eks. UAU til UAG Fører til et forkortet RNA, som ofte vil være sygdomsdisponerende. Kaldes trunkeret når det er forkortet Vil ofte blive nedbrudt via nonsense-mediated decay
Hvad er splice site mutation?
Et exon starter altid med AG og slutter med GU.
Dette bestemmer hvilket der skal splices ud.
En splice site mutation vil derfor resultere i enten exon
skipping eller intron retention. dvs. introns splices ud og exons bliver tilbage i mRNA.
Hvad er frameshift?
Frameshift forekommer når ”læserammen” ændres. Dette fører ofte til en nonsense mutation og et trunkeret protein.
Hvilke tre er de hyppigste trisomier (Downs)
Trisomi 21, 18, 13
Definerer tandem repeats
Gentagende repeterede basesekvenser i genomet
Tandemrepeats kan have forskellige betydninger i forbindelse med f.eks rekombination, duplikationer og deletioner. De har forskellige lokalisationer på kromosomet
Inddeles i SNP, STR, VTR
Definerer mikrosatelitter
Kendes også som STR (short tandem repeats)
1 til 6 basepar i længden, som repeteres gentagende gange i arvemassen
Bruges til markør analyser
Er mere ustabile end minisatelitter, idet der under DNA-replikation kan ske replikation slippage eller skæv overkrydsning. Dette kan føre til duplikation eller deletion af områder i arvemassen
DNA mikrosatelliter er endvidere karakteriseret ved deres store hyppighed og at de findes nogenlunde jævnt fordelt i hele genomet.
Definerer minisatelitter
En kort DNA-sekvens i arvemasse bestående af flere gentagelse af af 6 til 64 basepar
Bruges som markører
Findes oftest omkring telomerer regioner og centromeret
Definerer SNPS
Enkeltnukleotid-polymorfier
SNPS
Når en enkelt base er udskiftet
Det kan være substitution, insertion eller deletion
DNA-sekvens variationer som omfatter et enkeltbasepar
Hvad bruges mikrosatelitter til. Beskriv analysen
Bruges som markører
DNA mikrosatellit markører, dvs. polymorfe regioner i genomet der kan amplificeres med PCR ved brug af specifikke primere og detekteres med kapilarelektroforese.
Dynamiske mutationer
Dynamiske mutationer er mutationer som er forlængelser af repeatområder i eller tæt ved gener. Længden af repeatområder ændrer sig hyppigt mellem generationer.
