Semaine 8

Question 1

Cmb de type de PTM dans uniprot?

Answer 1

200

Question 2

Combien de modifications différentes dans unimod?

Answer 2

900

Question 3

> _____ protéines sont phosphorylées

Answer 3

10 000

Question 4

Pour l’acétylation il y a ____ sites sur ____ protéines humaines

Answer 4

3000
1750

Question 5

Combien de sites de glycosylation sur la protéine S de SARS-CoV-2

Answer 5

22

Question 6

Que permet de déterminer la spectrométrie de masse

Answer 6

le site de la modification sur une protéine, la modification et la quantité de protéines modifiées dans l’échantillon

Question 7

Quel est le fonctionnement général de la spectrométrie de masse?

Answer 7

En général, la protéine est d’abord fragmentée par une protéase (ex: trypsine) puis les peptides sont séparés par chromatographie liquide en phase inverse (hydrophobicité). Ces peptides sont ionisés (ESI, MALDI) puis la masse de ces peptides est déterminée. Dans certains cas (MS/MS) les peptides sont fragmentés à nouveau.

Question 8

Quelle est l’approche de spectro de masse la plus utilisée?

Answer 8

Bottom-up

Question 9

Décrire brièvement l’approche bottom-up

Answer 9

cell culture or tissue
Protéines sont extraites et parfois fractionnées pour réduire la complexité
Génération e peptides
Analyse par LC-MS
Analyse des données automatisée

Question 10

Quel est un autre exemple d’application pour la spectrométrie de masse?

Answer 10

Protéomique

Question 11

Nomme les applications de la protéomique

Answer 11

• Identification des protéines dans un échantillon complexe
• Quantification des protéines dans un échantillon complexe
• Identification de protéines liant une autre «protéine»

Question 12

Pour quelles applications est-il mieux d’obtenir une protéine à l’état monodispersé?

Answer 12

-Favorable pour l’obtention de cristaux
-Indispensable pour un usage thérapeutique de la protéine (vaccin)

Question 13

À quoi peut servir le spectre UV?
Cpmbien de nm?

Answer 13

peut servir à détecter des agrégats dans un échantillon contenant une protéine purifiée
200 à 340

Question 14

Comment peut-on savoir qu’il n’y a pas d’agrégat apparente avec le spectre UV?

Answer 14

Abs340/(abs280-Abs340)*100 < 2

Question 15

Quels tests peuvent être fait pour savoir si la protéine est sous forme d’agrégat ou monomérique?

Answer 15

Spectre UV
Chromatographie d’exclusion stérique
DLS

Question 16

Que permet la technique DLS?

Answer 16

Déterminer la taille de certaines particules en solution et leur distribution dans une solution

Question 17

Sur quoi est basée la mesure d’un DLS?

Answer 17

Basée sur l’interaction entre le mouvement brownien des particules et un faisceau lumineux monochromatique
Plus les particules sont petites, plus elles bougent vite

Question 18

Vrai ou faux
Pour le DLS, pls les particules sont petites, plus l’intensité du signal sera élevée

Answer 18

Faux PLus grosse = plus élevé

Question 19

Comment fait-on pour déterminer si la protéine purifiée est bien repliée (méthodes)?

Answer 19

• dichroïsme circulaire
• Fluorescence

Question 20

Que permet d’analyser la dichroïsme circulaire?

Answer 20

Changements de conformation d’une protéine

Question 21

Par quels résidus est causé le dichroïsme?

Answer 21

Phe, trp, Tyr
Les résidus chromophores

Question 22

Pour quoi est souvent utilisé le dichroïsme circulaire?

Answer 22

Pour comparer la conformation d’une protéine issue d’une mutagénèse dirigée ou pour comparer la stabilité d’une protéine face à un stress

Question 23

Vrai ou faux
Le spectre mesuré dans la région proche UV pour le DC va permettre de détecter des changements mineurs dans la structure quaternaire de la protéine ou des changements dynamiques

Answer 23

Faux,
Structure tertiaire

Question 24

De quels résidus dépend la fluorescence des protéines?
Quel autre facteur va affecter leur fluorescence?

Answer 24

Des résidus tryptophane et tyrosine
Leur degré d’exposition au solvant

Question 25

À quelle longueur d’onde excite-t-on la protéine et à quelle longueur d’onde la fluorescence est mesurée?

Answer 25

295nm
300-400 nm

Question 26

Pour la fluorescence :
À quoi correspond un pic à 308nm?
À quoi correspond un pic à 352nm?
À quoi est associé un déplacement du spectre vers le rouge?

Answer 26

• Trp enfoui dans un environnement non polaire
• Trp complètement exposé au solvant
• Dépliement de la protéine