Semaine 8 Flashcards
Cmb de type de PTM dans uniprot?
200
Combien de modifications différentes dans unimod?
900
> _____ protéines sont phosphorylées
10 000
Pour l’acétylation il y a ____ sites sur ____ protéines humaines
3000
1750
Combien de sites de glycosylation sur la protéine S de SARS-CoV-2
22
Que permet de déterminer la spectrométrie de masse
le site de la modification sur une protéine, la modification et la quantité de protéines modifiées dans l’échantillon
Quel est le fonctionnement général de la spectrométrie de masse?
En général, la protéine est d’abord fragmentée par une protéase (ex: trypsine) puis les peptides sont séparés par chromatographie liquide en phase inverse (hydrophobicité). Ces peptides sont ionisés (ESI, MALDI) puis la masse de ces peptides est déterminée. Dans certains cas (MS/MS) les peptides sont fragmentés à nouveau.
Quelle est l’approche de spectro de masse la plus utilisée?
Bottom-up
Décrire brièvement l’approche bottom-up
cell culture or tissue
Protéines sont extraites et parfois fractionnées pour réduire la complexité
Génération e peptides
Analyse par LC-MS
Analyse des données automatisée
Quel est un autre exemple d’application pour la spectrométrie de masse?
Protéomique
Nomme les applications de la protéomique
- Identification des protéines dans un échantillon complexe
- Quantification des protéines dans un échantillon complexe
- Identification de protéines liant une autre «protéine»
Pour quelles applications est-il mieux d’obtenir une protéine à l’état monodispersé?
-Favorable pour l’obtention de cristaux
-Indispensable pour un usage thérapeutique de la protéine (vaccin)
À quoi peut servir le spectre UV?
Cpmbien de nm?
peut servir à détecter des agrégats dans un échantillon contenant une protéine purifiée
200 à 340
Comment peut-on savoir qu’il n’y a pas d’agrégat apparente avec le spectre UV?
Abs340/(abs280-Abs340)*100 < 2
Quels tests peuvent être fait pour savoir si la protéine est sous forme d’agrégat ou monomérique?
Spectre UV
Chromatographie d’exclusion stérique
DLS
Que permet la technique DLS?
Déterminer la taille de certaines particules en solution et leur distribution dans une solution
Sur quoi est basée la mesure d’un DLS?
Basée sur l’interaction entre le mouvement brownien des particules et un faisceau lumineux monochromatique
Plus les particules sont petites, plus elles bougent vite
Vrai ou faux
Pour le DLS, pls les particules sont petites, plus l’intensité du signal sera élevée
Faux PLus grosse = plus élevé
Comment fait-on pour déterminer si la protéine purifiée est bien repliée (méthodes)?
- dichroïsme circulaire
- Fluorescence
Que permet d’analyser la dichroïsme circulaire?
Changements de conformation d’une protéine
Par quels résidus est causé le dichroïsme?
Phe, trp, Tyr
Les résidus chromophores
Pour quoi est souvent utilisé le dichroïsme circulaire?
Pour comparer la conformation d’une protéine issue d’une mutagénèse dirigée ou pour comparer la stabilité d’une protéine face à un stress
Vrai ou faux
Le spectre mesuré dans la région proche UV pour le DC va permettre de détecter des changements mineurs dans la structure quaternaire de la protéine ou des changements dynamiques
Faux,
Structure tertiaire
De quels résidus dépend la fluorescence des protéines?
Quel autre facteur va affecter leur fluorescence?
Des résidus tryptophane et tyrosine
Leur degré d’exposition au solvant
À quelle longueur d’onde excite-t-on la protéine et à quelle longueur d’onde la fluorescence est mesurée?
295nm
300-400 nm
Pour la fluorescence :
À quoi correspond un pic à 308nm?
À quoi correspond un pic à 352nm?
À quoi est associé un déplacement du spectre vers le rouge?
- Trp enfoui dans un environnement non polaire
- Trp complètement exposé au solvant
- Dépliement de la protéine
