Sélection naturelle Flashcards
Quels sont les éléments nécessaires à l’évolution phénotypique par sélection naturelle ?
- Variations phénotypiques
- Relation entre les phénotypes et valeurs de fitness
- Portion de la variance phénotypique est héritable
Décrire la variation phénotypique
- On a besoin d’une certaine quantité de variation phénotypique. Si on a les mêmes traits partout et que la sélection agit sur des traits qui n’existent pas dans la population il y a de la chance que la population disparaisse. Si les conditions changent, la sélection ne peut pas agir sur la variation pour que la variabilité arrive plus proche du meilleur optimum populationnel. La quantité permet à la sélection d’Agir sur les individus qui ont des traits optimaux pour certaines conditions environnementales.
Décrire la relation entre les phénotypes et valeurs de fitness
- Si la variation du nombre de fleur est reliée au fitness des individus, il va faire en sorte qu’un nombre plus élevée comparé à plus faible. La variation dans le trait qui est associé à la sélection fait que les individus avec le plus de fleur a une meilleure sélection.
Décrire la portion de la variance phénotypique héritable
- Il faut qu’une partie de cette variation soit héritable et donc d’origine génétique. On va avoir des méthodes pour vérifier cet élément et pour voir si la pente est positive.
Quelles sont les 3 modes de sélection qui vont influencer le niveau de variation phénotypique (et donc variabilité génotypique) dans une population ?
- La sélection directionnelle (linéaire), la sélection stabilisatrice et la sélection disruptive (Non linéaire).
Quelle est la sélection directionnelle ?
- Elle va favoriser le phénotype extrême. Par exemple, les individus plus petits que la moyenne et certains sont plus grands. La plupart du temps, les individus favorisés vont être ceux qui sont la partie de la courbe sans x. Si ils sont sélectionnés positivement (via survie ou meilleure succès reproduction), à la génération suivante on va avoir une variation pour le trait et certaine héritabilité parce que la courbe c’est déplacée et donc la moyenne ne se situe plus au même endroit, elle est plus élevée. La génération parentale a une moyenne plus faible que la nouvelle. On a une sélection vers des valeurs plus élevée de la distribution à favoriser le phénotype plus extrême vers de plus grandes tailles. La sélection directionnelle favorise un phénotype extrême.
Quelle est la sélection stabilisatrice?
- On commence avec les mêmes distributions. La stabilisatrice va favoriser les individus avec des valeurs autour de la moyenne. Si on stabilise dans l’environnement les individus qui ont déjà les optimums (proche de la moyenne), ils vont être favorisés par rapport à ceux qui dévient. La génération suivante il y a une diminution de la variance et la moyenne ne changera pas. On a toujours la même moyenne, mais il y a moins de variance. On a une distribution plus proche de l’optimum de la population. On va favoriser un phénotype intermédiaire et diminue la variance. La sélection stabilisatrice favorise les phénotypes intermédiaires.
Quelle est la sélection disruptive?
- On favorise l’extrême et les individus proches de la moyenne sont défavorisés. S’il y a deux niches différentes qui ne correspondent pas au phénotype moyen de la distribution et que les petits peuvent utiliser une niche et que les autres grands en utilise une autre il y aura une diversification qui se produit au fil du temps par un élargissement de la variance. Ce n’est pas nécessairement un changement de moyenne, mais de variance qui va favoriser les extrêmes. La sélection diversifiante favorise les phénotypes extrêmes
Quel est l’effet non linéaire ?
- Agit non seulement sur la moyenne, mais plutôt sur variance.
L’effet de la sélection directionnelle sur la variance phénotypique ?
- Il peut y avoir un changement de moyenne et de variance. On va sélectionner un nombre plus limité d’individus ce qui va avoir un effet sur la variance en la diminuant. À la génération suivante on aurait un déplacement de la distribution vers une moyenne et variance plus faible. On verrait que les valeurs phénotypiques plus élev.es sont défavorisées plutôt que celle avec des valeurs plus faibles.
Exemple sélection directionelle – oiseaux
- Les traits phénologiques (date de reproduction, durée d’incubation) vont avoir ce type de relation. On va avoir que plus les durées sont longues, moins le fitness sera important. Par exemple, pour la date de ponte il serait mieuc de se reproduire tôt au printemps pour bénéficier d’une plus grande période de nutrition. Pour la durée d’incubation, une durée plus courte correspondrait à un nombre de jeune élevé à l’envol alors qu’une durée plus longue aurait des conséquences par une différence dans la quantité de nourriture disponible après éclosion.
Sélection directionnelle contenu en huile de maïs
- La sélection est souvent utilisée pour l’élevage avec beaucoup d’exemple de long terme pour voir les effets de ce phénomène.
- On voit et on a étudié les effets de la sélection directionnelle sur les souches de l’Illinois qui a court de plusieurs générations, presque centaine, a eu différents effets. En jaune pâle, on peut voir la trajectoire prédite si on est en présence de sélection continue pour le contenu en huile élevé, en jaune foncé la sélection continue pour la quantité en huile faible et pour les autres couleurs les changements de directions de la sélection. Au départ, on a sélectionné des lignées avec des quatité faible et élevé et on a obtenuces résultats avec la sélection exercée sur les traits. Après un certain temps, ce qui a été fait a été de regarder, après un certain moment, si il restait une certaine variabilité dans le contenu en huile. En sélectionnant ceux avec un contenu plus faible, on a pu retrouver une tendance vers un pourcentage d’huile vers la baisse. On a répété à plusieurs moment pour voir s’il restait cette variabilité. On voit que la sélection directionnelle mène à un changement de moyenne, mais qui, dans ce cas, n,a pas mené à une élimination totale de la variance.
Quels sont les effets de la sélection stabilisatrice sur la variance phénotypique ?
- Changement (réduction) de la variance. Si on a une relation entre un trait d’intérêt et le fitness on va avoir une cloche qui suggère que les individus intermédiaires possèdent le meilleur fitness et devrait donc avoir une réduction de la variance pour la génération suivante.
Exemple de sélection stabilisatrice
- Souvent la taille d’éclosion ou émergence pour les humains va subis l’action de la sélection stabilisatrice. On va voir que la masse optimale à laquelle la survie des jeunes est plus élevée est autour de 8 livres. Si on augmente un peu, la survie diminue légèrement et si on diminue les livres on diminue de beaucoup la survie.
Quels sont les effets de la sélection diversifiante sur la variance phénotypique ?
- Un changement (augmentation) de la variance.
- En augmentant la variance on va avoir une courbe ouverte vers le haut ce qui va signifier que les individus extrêmes possèdent le meilleur fitness. On va augmenter la variance dans la distribution.
Exemple de sélection diversifiante
- La taille du bec chez les pinçons de Darwin. On verra quand dans certaines îles, il y a des ressources alternatives pour la nourriture des oiseaux et il sera donc possible de prédire la niche ou la diète des oiseaux selon leurs becs. Si on a en 2004 le nombre d’oiseaux présents sur l’île on va avoir une distribution bimodale avec un pic pour la taille des becs et leur fitness absolu. Les individus avec un assez grand nombre vont avoir un fitness plus élevé que les oiseaux intermédiaires en termes de distribution de taille de bec. Une moyenne plus grande aura un fitness plus élevé, On verra deux peak dans la distribution des oiseaux qui correspond à deux sous-groupes qui vont aller exploiter des espèces différentes sur l’île en termes de graines récoltées pour se nourrir. Le fitness est plus élevé que ceux intermédiaires. On a un maintien de la distribution si l’environnement garde la dichotomie (on garde la présence des deux niches peu superposées) ce qui peut mener à la spéciation à terme.
Différentiel de sélection linéaire (Si ou i)
- C’est le changement du phénotype dû à la sélection linéaire directionnelle. On peut regarder à quel point le trait était présent avant et après la sélection. C’est l’équivalent du S vu avec l’équation des reproducteurs.
- On pourra voir ce que la sélection a choisi comme phénotype de reproduction (via la reproduction ou la survie) comme moyenne au sein de la reproduction par rapport à la moyenne de la population. L’ampleur de la différence va être le différentiel de reproduction S ou sinon I.
Régression linéaire
- Elle va être fait pour établir la force de sélection. En y on va avoir le fitness et en x le phénotype. On va convertir le W en fitness et on va additionner l’intercept et la pente qui va devenir i comme force de la pente (force de la sélection sur le trait qui est donc l’équivalent de la sélection directionnelle, plus elle est grande plus la force est importante) afin de L’obtenir.
- Une valeur élevée du trait va être lié à un fitness élevé (pour le trait).
Différentiel de sélection non linéaire (Cii ou j)
- Changement de variance dû à la sélection non-linéaire. Ce peut aussi être une évaluation du potentiel de sélection non linéaire. Il va être dénommé C ou j.
Comment on mesure une sélection non-linéaire?
- On fera une régression polynomiale. On va intégrer une régression linéaire si on a une tendance non linéaire dans les données. On n’aura cependant pas une degré de premier niveau mais plutôt de deuxième niveaus (polynomiale de deuxième degré) ce qui va donner une forme : a+bx+cx^2.
- On va regarder l’ampleur du trait au carré sur la variable réponse. Le fitness est fonction de l’intercept additionné à L’effet linéaire que l’on décide de garder pour contrôler la tendance linéaire (on n’utilisetas pas la valeur ramenée par le modèle de l’effet linéaire puisqu’on cherche juste à quantifier l’effet non linéaire) et additionné au coefficient ?.
Si j est négatif quel ets le résultat?
- On aura une courbe vers le bas et donc une régression non linéaire stabilisatrice.
Graphique et variables pour les différentes sélections non-linéaires
- On regarde l’effet de notre trait associé au carré du modère
- Si le j est négatif on va avoir une courbe qui va vers le bas (baboune) et donc une sélection stabilisatrice
- Si le j est positif on va avoir une courbe vers le haut (sourire) et donc une sélection diversifiante.
Sélection agissant sur des traits corrélés – complication
- Cette interaction qui peut être présente entre deux traits apporte une complexité quand on considère deux traits qui sont corrélés entre eux et donc qui ont une corrélation génétique, qui sont sous le même contrôle ou qui subissent les effets de la sélection de manière similaire menant à cette corrélation
- Le problème est qu’on ne sait pas quel est la cible de la sélection ou si ce n’est tout simplement pas juste les deux traits qui subissent les effets de la sélection.
Exemple scarabée et traits corrélés
- On voit que la longueur des cornes est corrélée au succès d’insémination pour la durée de vie (le succès reproducteur). Les résultats montrent que le fitness possède une valeur de 0,49 pour les cornes, ce qui montre une différence de sélection positive et donc plus la valeur des cornes est élevée plus il y aura un fitness élevé. D’un autre côté, le différentiel de sélection est de 0,38 pour la longueur de la carapace et le succès reproducteur. Le problème c’est que ces deux traits sont très corrélés avec une corrélation de 0,91. On n’est donc pas bien capable de cibler sur quel trait la sélection va agir puisqu’elle pourrait agir sur les deux ou sur un seul (pas de corrélations avec l’autre) et on pourrait tout de même avoir cette corrélation. Donc on va essayer de décortiquer pour trouver l’endroit où la sélection agit vraiment.
- On va faire une régression multiple qui va permettre de fixer les valeurs d’un trait et regarder l’ampleur de la variation qui va rester pour l’autre trait pour voir à quel point la variation est associée à la variable réponse. On peut le faire pour différentes valeurs fixées. On verra à quel point la variation pour la longueur de la corne explique le fitness sachant qu’il n’y a pas de variation pour le corps aux points fixes sélectionnés 9on peut le faire pour les cornes aussi). Ceci permet d’extraire la variabilité dans un trait en contrôlant pour l’autre trait qui est aussi corrélé au fitness. Les coefficients vont donner la force de la sélection qui va agir directement sur les traits tout en contrôlant pour l’autre trait.
- Avec le gradient de sélection beta qui était avant le différentiel de sélection on peut séparer l’effet direct de l’indirect. Avec le coefficient beta 1 et 2 associés aux deux traits d’intérêt on peut voir que la longueur du corps n’est pas associée à la sélection puisqu’on ne voit pas d’effet significatif et qu’on observe une corrélation négative. Au contraire, de la lonhueur du corps, la longeur de corne possède un effet très fort. On voit donc que la sélection est contrôlée par le corps et qu’il y a un réel effet de la sélection sur le trait. On voit donc, grâce à cette analyse, que la sélection agit sur la longueur des cornes et que la relation entre le corps et le fitness est juste causé par la corrélation présente pour les deux traits et par le fait que la longueur des cornes est autant fortement soumise à la sélection.
Régression multiple
- On va faire une régression multiple où l’y va être fonction de l’intercept donné, de la pente du premier trait et de la pente du deuxième trait. Le fitness est fonction de la valeur moyenne plus le coefficient changé en beta du trait et ensuite le coefficient changé en beta pour le trait 2.
Quand est-ce qu’on dit que c’est un différentiel?
- C’est quand on a un seul trait et on regarde le lien entre le trait et le fitness.