Rekombination och transposition Flashcards
Nämn de olika typerna av genterapi.
Homolog rekombination: man använder sig av en vektor som ersätter den icke-funktionella genen.
Transposition: Man lägger till en funktionell gen men lämnar kvar den gamla. Vid rätt inkorporering sker en hög grad av replikering –> fler transposoner vid den specifika sekvensen i DNA:t.
Komplementering: En plasmid kommer att tillföras som kommer uttrycka funktionella genen, men fungerar som en oberoende enhet från kromosomen.
Vad är Talassemi?
Autosomala ärftliga sjukdomar som påverkar syntesen av hemoglobin.
Vad är en transposon?
Små mobila, genetiska element. Använder sig av DNA-intermediär.
Vad är insertion elements?
DNA-sekvens som kodar för transposas.
Beskriv cut-and-paste mekanismen.
Transposoner har ES-sekvenser i början och i slutet som tranposas känner igen och vet vart den ska klyva. Transposas kommer i samma veva klyva DNA-vektorn så det bildas sticky ends så att transposonen och DNA:t kan ligeras ihop.
Vad är TSD?
Target site duplication. Området där transposonen ligeras in i DNA:t.
Vad är retrotransposoner?
Fungerar på liknande sätt som transposoner men använder sig av RNA-intermediär.
Vad heter enzymet som förflyttar retrotransposoner?
Integras
Beskriv retrovirusets livscykel.
Retrovirus ger virus-RNA, kommer att syntetisera DNA m.h.a. revese transkriptas. Cellulärt tRNA används som primer för att göra den första strängen.
RNaseH degraderar RNA:t samtidigt som nysyntetiserade DNA:t dubbleras m.h.a. små bitar av RNA:t som primer, varpå DNA:t integreras med kromosomen m.h.a. integras.
RNA-polymeras II trranskriberar nytt virus-RNA –> viruspartiklar.
Vad är LTR-repetitioner?
Visar vart transkriptionen ska börja (promotorer) samt klyvningssiterna.
Vad är LINEs och SINEs?
Retrotransposoner som förflyttas m.h.a. omvänt transkriptas. En RNA-kopia av LINE & SINE görs om till DNA i cellen som integreras med genomet.
Vad ä LTR-transposoner?
Retrovirus med LTR-element på varsin sida som innehåller reverse transkriptas och integras.
Hur fungerar L1-transposition?
Ett kedjebrott sker i ena DNA-kedjan i ORF2. ORF2 kommer omvänt transkibera en DNA-sekvens m.h.a. en T-rik sekvens som används som primer. Retrotransposonen används som templat.
Nämn tre transposonvarianter.
- L1 elemet
- Alu ssekvenser
- Retrovirus
Vad är processerade pseudogener?
mRNA som har spontant omväns transkiberats till DNA och inkoporerat med genomet. Generna är inaktiva men kan bidra med exon vid exempelvis alternativ splicing.
Vad är pseudogener?
Gener som har förlorat sin förmåga att koda för proteiner.
Vad är det som är så speciellt med Alu-proteinet?
Alu är ett typ av protein som utnyttjar L1 för att transponera för att de själva inte har några egna integras.
Beskriv L1-elementet.
Har en öppen läsram som kodar för omvänt transkriptas, integras och ett endonukleas. Karaktäriseras av att de har en PolyA-sekvens i 3’ändan.
Vad är homolog rekombination?
Ett sätt att laga dubbbelsträngsbrott, man använder sig av en annan kromosom som är identisk. Ex. våra kromosomer som är diploida. Används även till att skapa mångfald i våra akommor så att vi skapar nya DNA-kombinationer.
HIV har flera gener som reglerar olika saker. Vad har gag samt Gag-Pol polyprotein för uppgift?
Gag kodar för matrix, kapsiden, nukleokapsiden och p6proteiner.
Gag-Pol polyproteinet kodar för proteas, reverse trankskriptas och integras.
Vad är holliday junction?
Det är när man korsar två identiska, homologa kromosomer. Man kommer sedan vrida upp kedjorna så att det blir en 90graders sväng som kallas holliday-intermediär som löses upp genom att antingen bli rekombinant eller icke-rekombinant.
Vad är rekombinant (splice) kromosom?
Kromosom som ha fått ett litet större utbyte från systerkromosomen.
Vad är icke-rekombinant (patch)?
Kromosomer som har fått mindre utbyte så det inte märks att något är utbytt.
Vad är heteroduplex?
Om två kromosomer inte är helt identiska och de har fått ett mindre utbyte. Kan ge andra kombinationer: ex. AB och Ab.
