Reglering av eukaryot genexpression

Question 1

Vilka två enzymatiska aktiviteter styr THIIF?

Answer 1

1. En helikasaktivitet där den smälter promotor DNA och skapar en enkelsträng.
2. Forforylerar CTD svansen på RNA-polymeras II.

Question 2

Vad gör en enhancer?

Answer 2

Stimulerar transkription.

Question 3

Vad gör genspecifika transkriptionsfaktorer och var binder de?

Answer 3

Binder till enhancern. Reglerar aktiviteten hos gener.

Question 4

Vad är DNA-looping?

Answer 4

Genom att DNA-strängen bildar en loop kommer enhancern och promotorn ligga långt ifrån varandra men ändåså nära för att uppnå fysisk kontakt vilket krävs.

Question 5

Beskriv rekryteringsmodellen.

Answer 5

När aktivatorn binder till enhancern fungerar det som ett flugpapper: rekryterar transkriptionsfaktorer till promotorn.

Question 6

Vad är homeodomän-proteiner?

Answer 6

Aktivatorer som styr anläggningen av kroppsdelar.

Question 7

Vad är mediatorn för något och hur fungerar den?

Answer 7

Den brygga mellan enhancern och promotorn som gör att de får en fysisk kontakt. Förmedlar alltså signal från aktivatorn till RNA-polymeraset som är vid promotorn.

Question 8

Vad är zinc-fingers och hur fungerar dem?

Answer 8

Zinkfingrar ser ut som fingrar och integrerar med DNA-molekylens major groove som avläser baspar.

Question 9

Vad är estradiol?

Answer 9

Ett typ av östrogen som kan gå genom cellmembran då det är väldigt litet.
När östrogenet binder in till receptorn kommer den att ändra konfirmation och låser upp helix12, som leder till att receptorn kan integrera med mediatorn. Receptorn har även en annan DNA-bindande del i form av zink-fingrar.

Question 10

Vad är nukleära hormonreceptorer?

Answer 10

Hormoner som utövar sin funktion i kärnan.

Question 11

Vad är östrogen antagonister?

Answer 11

Inhibitorer som binder in i receptorns ficka, men ingen reaktion sker. Ex. vid östrogenberoende-bröstcancer.

Question 12

Vad är kromatin?

Answer 12

Mer byggnadsmaterialet som DNA och histoner byggs upp i. Själva pärlhalsbandet.

Question 13

Vad är nukleosomen?

Answer 13

Det är DNA + histon som ligger i kromatinet.
En pärla i pärlhalsbandet. En nukleosom är 1,75 varv av DNA lindat m.h.a. H-bindningar kring en kärna beståendes av 8 histoner.

Question 14

Vad är Histon H1?

Answer 14

Stabiliserar strukturen av nukleosomen och håller DNA på plats. Packar DNA:t i högre strukturer genom att binda linker DNA:t som finns mellan nukleosomerna.

Question 15

Vad är amino-terminal-tail?

Answer 15

Histonerna har svansar som är N-terminalen på aminosyrorna. Dessa svansar binder in i DNA-ryggraden och stabiliserar strukturen ytterligare då de är positivt laddade (DNA är negativt).

Question 16

Vad är acetylering?

Answer 16

Eftersom nukleosomen är hårt packad kommer ingenting kunna binda in. Därför kommer enzymet HAT (histonacetyltransferas) sätta på en acetylgrupp som gör att svansen neutraliseras och släpper från DNA-ryggraden så det möjliggör för transkriptionsfaktorer att binda in.

Question 17

Vad är hyperacetylering?

Answer 17

Histoner som ligger nära bindningsiten för enhancern (Gcn4-bindningssite) kommer m.h.a. hyperacetylering att underlätta tillgång till transkriptionsfaktorer. Enhancern tar med sig HAT.

Question 18

Vad menas med remodulering?

Answer 18

Man tar bort eller flyttar nukleosomer. ATP-beroende.

Ex: SWI/SNF-komplexet: Komplexet kommer antingen ta bort eller flytta acetylerade histonerna. I detta komplex finns en bromodomän beståendes av 110 aminosyror som binder till acetylerat lysin.

Question 19

Hur sker en aktivering av en gen?

Answer 19

1. Aktivatorn binder till enhancern och rekryterar HAT-komplex.
2. Histonernas svansar acetyleras.
3. SWI/SNF-komplexet binder till dessa och flyttar dem.
4. Promotorn blottas och RNA-polymeras II binder in dit m.h.a. mediatorn.
5. Transkription kan påbörjas.

Question 20

Vad är RNA-interferens?

Answer 20

MicroRNA som har bildat en hårnålsstruktur (dubbelsträngad).
En dicer (endnukleas) klyver RNA:t i två. Biten går till RISC som är ett nukleas när den enda strängen bryts ner. RISC använder sedan denna RNA-molekyl som en guide för att hitta sitt mål-RNA som ska klyvas ner --> stoppar mRNAt från att uttrycka en funktion.

Question 21

Vad är ferritin?

Answer 21

Ett protein som lagrar järnet i våra celler.

Question 22

Vad händer om vi har för lite järn?

Answer 22

Ferritin minskar, medan transfferinreceptorer ökar.

Question 23

Vad är IRE?

Answer 23

Iron-response element. Finns i ferritin-mRNA.

Question 24

Vad är IRP?

Answer 24

IRE-bindning protein. Binder till elementet på ferritin-mRNA:t.

Question 25

Förklara IRP-IRE-komplexet.

Answer 25

Om det finns för mycket järn: IRP kan inte binda till IRE –> hög translation av ferritin. mRNA:t för transferrinreceptorn degraderas.
Om det finns för lite järn: IRP kan binda till IRE –> ingen translation. mRNA:t för transferrinreceptorn translateras.