Proteinsyntesen hos prokaryoter Flashcards
Vad är shine-dalgarno sequence?
Det är den sekvensen som finns på mRNA:t som kommer baspara med “mRNA bindningssite”.
Vad heter alla sites i ribosomen och vad fäster till dem?
(A)-site= tRNA fäster hit
(P)-site=peptidbindning bildas här m.h.a. rRNA
(E)-site=exit för tRNA-molekylen
Vad är tRNA för något?
En adaptormolekyl som fungerar som en matchmaker mellan aminosyran och mRNA:t. TRNA:t översätter också nukleinsyraspråket till aminosyraspråket.
Hur binder aminosyran till tRNA:t?
tRNA har en acceptorarm (CCA-terminal) som har en 3’OH-grupp dit aminosyran binder in.
Vad är minoacyl-tRNA-syntetaser?
Enzymer so ser till att rätt aminosyra hamnar på rätt tRNA. De bildar en kovalent bindning som kräver ATP.
Nämn tRNA:s egenskaper.
- Enkelträngad med ca. 73-93 ribonukleotider
- Många ovanliga baser (metylerade A ex.)
- Hårnålsstruktur
- 5’ ändan är fosfolyserad
- Aminosyran binder till 3’OH
- Antikodon finns i en loop i mitten av molekylen.
Varför har vissa aminoacyl-tRNA syntetaser editing-sites?
Detta för att minska felen med fel inkorporering av aminosyra. De som är fel hydrolyseras bort.
Hur känner ribosomen igen mRNA hos pro/eu?
Pro: mRNA har en shine-delgarno-sekvens som ribosomens subenhet känner igen och binder till. Syntes börjar.
Eu: Lilla subenheten i ribosomen känner igen CAP. Syntes börjar.
Vilka initieringsfaktorer finns hos prokaryoter? (IF)
IF1: stoppar tRNA från att komma in i A-siten. stoppar subenheterna från att sättas ihop.
IF2: kopplat till GTP
IF3=Finns inte i alla pro, den som får mRNA:t att binda in i bindningssiten.
Beskriv översiktligt hur initieringen sker.
tRNA och metionin binder till startkodonet som den lilla subenheten kännt igen och positionerat sig vid. I samma veva kommer IF3 lossna då mRNA:t binder in. I samband med inbindning av tRNA kommer GTP hydrolyseras och stora subenheten sätts på. (IF1 och IF2 lossnar också)
Vilka elongeringsfaktorer finns hos prokaryoter? (EF)
EF-tu: för tRNA till A-siten. Krävs GTP för att binda tRNA-molekylen och för att binda ribosomen.
EF-ts: för samman EF-tu-komplexet och inducerar upplösning av GDP. Recirkulerar EF-tu.
ED-G: flyttar mRNA:t under translationens gång (translokation).
Beskriv översiktligt hur elongeringen sker.
EFtu kommer att få in tRNA:t i A-siten (binder till tRNA m.h.a. GTP). EFts kommer att föra samman komplexet och inducera en upplösning av GDP, detta tillåter EFtu att binda till en ny tRNA-molekyl. När första tRNA har gått till P-site så kommer ny tRNA på A-site, morfmylmetioninen förs över till aminosyran på -siten, en peptidbindning bildas. EFG kommer att flytta på mRNA:t m.h.a. GTP hydrolys, även flytta tRNA:t från A till P.
Vad är release factors? (RF)
Behövs för terminering så proteinet kan komma ut.
Finns tre stycken:
RF1, RF2 (känner igen stoppkodon) RF3 (m.h.a. GTP binder den in RF1 & RF2 till ribosomkomplexet.
Beskriv översiktligt hur termineringen sker.
Dessa kommer in i ribosomen då ett stoppkodon kommer. Konfirmationen kommer att ändras i ribosomen och ger en klyvning av peptidbindningen i P-siten. Proteinet släpper och komplexet faller isär.
Beskriv translationen (inkl. alla faktorer).
initiering: Subenheten i ribosomen känner igen Shine-delgarno-sekvensen som kommer att binda in i bindningssiten m.h.a. IF3. IF1 hindrar tRNA från att binda till A-siten, och IF2 kommer att kontrollera tRNA:ts inbindning m.h.a. GTP. När tRNA har bundit in kommer GTP hydrolyseras och locket på ribosomen sätts på.
Elongering: EFtu kommer få in tRNA i A-siten m.h.a. GTP, och m.h.a. EFts kommer en upplösning av GDP ske så EFtu kan återanvändas. När ett tRNA förflyttas till P-siten, kommer en ny tRNA landa på A-siten, och en peptidbindning skapas mellan dem (spontan reaktion). EF-G kommer att förflytta dessa tRNA mellan siterna, samt förflytta mRNA:t m.h.a. GTP.
Terminering: RF1 & RF2 är de som känner igen stoppkodon, de kommer att kunna binda in i komplexet m.h.a. RF3. RF1&2 komplexet kommer ändra konfirmation på allt vilket klyver peptidbindningen i P-siten så proteinet lossnar, komplexet fallererar.
