Proteinsyntesen hos prokaryoter Flashcards
Vad är shine-dalgarno sequence?
Det är den sekvensen som finns på mRNA:t som kommer baspara med “mRNA bindningssite”.
Vad heter alla sites i ribosomen och vad fäster till dem?
(A)-site= tRNA fäster hit
(P)-site=peptidbindning bildas här m.h.a. rRNA
(E)-site=exit för tRNA-molekylen
Vad är tRNA för något?
En adaptormolekyl som fungerar som en matchmaker mellan aminosyran och mRNA:t. TRNA:t översätter också nukleinsyraspråket till aminosyraspråket.
Hur binder aminosyran till tRNA:t?
tRNA har en acceptorarm (CCA-terminal) som har en 3’OH-grupp dit aminosyran binder in.
Vad är minoacyl-tRNA-syntetaser?
Enzymer so ser till att rätt aminosyra hamnar på rätt tRNA. De bildar en kovalent bindning som kräver ATP.
Nämn tRNA:s egenskaper.
- Enkelträngad med ca. 73-93 ribonukleotider
- Många ovanliga baser (metylerade A ex.)
- Hårnålsstruktur
- 5’ ändan är fosfolyserad
- Aminosyran binder till 3’OH
- Antikodon finns i en loop i mitten av molekylen.
Varför har vissa aminoacyl-tRNA syntetaser editing-sites?
Detta för att minska felen med fel inkorporering av aminosyra. De som är fel hydrolyseras bort.
Hur känner ribosomen igen mRNA hos pro/eu?
Pro: mRNA har en shine-delgarno-sekvens som ribosomens subenhet känner igen och binder till. Syntes börjar.
Eu: Lilla subenheten i ribosomen känner igen CAP. Syntes börjar.
Vilka initieringsfaktorer finns hos prokaryoter? (IF)
IF1: stoppar tRNA från att komma in i A-siten. stoppar subenheterna från att sättas ihop.
IF2: kopplat till GTP
IF3=Finns inte i alla pro, den som får mRNA:t att binda in i bindningssiten.
Beskriv översiktligt hur initieringen sker.
tRNA och metionin binder till startkodonet som den lilla subenheten kännt igen och positionerat sig vid. I samma veva kommer IF3 lossna då mRNA:t binder in. I samband med inbindning av tRNA kommer GTP hydrolyseras och stora subenheten sätts på. (IF1 och IF2 lossnar också)
Vilka elongeringsfaktorer finns hos prokaryoter? (EF)
EF-tu: för tRNA till A-siten. Krävs GTP för att binda tRNA-molekylen och för att binda ribosomen.
EF-ts: för samman EF-tu-komplexet och inducerar upplösning av GDP. Recirkulerar EF-tu.
ED-G: flyttar mRNA:t under translationens gång (translokation).
Beskriv översiktligt hur elongeringen sker.
EFtu kommer att få in tRNA:t i A-siten (binder till tRNA m.h.a. GTP). EFts kommer att föra samman komplexet och inducera en upplösning av GDP, detta tillåter EFtu att binda till en ny tRNA-molekyl. När första tRNA har gått till P-site så kommer ny tRNA på A-site, morfmylmetioninen förs över till aminosyran på -siten, en peptidbindning bildas. EFG kommer att flytta på mRNA:t m.h.a. GTP hydrolys, även flytta tRNA:t från A till P.
Vad är release factors? (RF)
Behövs för terminering så proteinet kan komma ut.
Finns tre stycken:
RF1, RF2 (känner igen stoppkodon) RF3 (m.h.a. GTP binder den in RF1 & RF2 till ribosomkomplexet.
Beskriv översiktligt hur termineringen sker.
Dessa kommer in i ribosomen då ett stoppkodon kommer. Konfirmationen kommer att ändras i ribosomen och ger en klyvning av peptidbindningen i P-siten. Proteinet släpper och komplexet faller isär.
Beskriv translationen (inkl. alla faktorer).
initiering: Subenheten i ribosomen känner igen Shine-delgarno-sekvensen som kommer att binda in i bindningssiten m.h.a. IF3. IF1 hindrar tRNA från att binda till A-siten, och IF2 kommer att kontrollera tRNA:ts inbindning m.h.a. GTP. När tRNA har bundit in kommer GTP hydrolyseras och locket på ribosomen sätts på.
Elongering: EFtu kommer få in tRNA i A-siten m.h.a. GTP, och m.h.a. EFts kommer en upplösning av GDP ske så EFtu kan återanvändas. När ett tRNA förflyttas till P-siten, kommer en ny tRNA landa på A-siten, och en peptidbindning skapas mellan dem (spontan reaktion). EF-G kommer att förflytta dessa tRNA mellan siterna, samt förflytta mRNA:t m.h.a. GTP.
Terminering: RF1 & RF2 är de som känner igen stoppkodon, de kommer att kunna binda in i komplexet m.h.a. RF3. RF1&2 komplexet kommer ändra konfirmation på allt vilket klyver peptidbindningen i P-siten så proteinet lossnar, komplexet fallererar.
Vad är proteinsekretion?
Istället för golgi och ER har bakterier en signalpeptid i N-terminalen som binder till SRP. SRP binder i sin tur till cellmembransproteiner. Bildas en kanal och proteinet kan transporteras ut ur cellen.
Hur regleras translationen?
M.h.a. små regulatoriska proteiner.
Ex. ribosomer kan inte binda in till vissa mRNA som har hårnålsstruktur. Då basparar regulatoriskt RNA/regulatoriskt protein/värme som löser upp strukturen.
Om dessa proteiner binder över denna bindningssite kan inte ribosomen binda in.
