Régulation génique Flashcards

1
Q

Tous les types cellulaires proviennent d’où?

A

ils proviennent d’un seule et unique cellule qui vient de la fusion de 2 gamètes

un même code génétique créer différents types de cellules

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2
Q

Les différents types cellulaires expriment quels gènes?

A

des gènes communs (moins de 50%) et des gènes spécifiques de type cellulaire

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3
Q

est ce que les différents types cellulaores otn le même patrons d’expression génique?

A

non, elles ont des morphologies, fonctions, structures différentes

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4
Q

quelles sont les 3 stratégies pour permettre aux cellules de se différencier en un type cellulaire précis?

A
  1. Localisation des ARNm
  2. Contacts cellule-cellule
  3. Diffusion de morphogènes
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5
Q

Comment est ce que la localisation des ARNm impacte la différenciation cellulaire?

A

-les ARNm clés sont distribués asymétriquement durant la division cellulaire, ce qui les distinguent
-Ils sont transportés le long d’éléments du cytosquelette, des filaments d’actine ou des microtubules, qui sont asymétriques et possèdent une polarité vers l’extrémité + qui permet le transport des ARNm
-les ARNm utilisent une protéine adaptatrice qui lie le 3′ UTR de l’ARNm à la myosine ou aux microtubules

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6
Q

Comment est ce que les contacts cellule-cellule impactent la différenciation cellulaire?

A

une cellule influence l’autre par des récepteurs de surface qui ont une affinité l’un pour l’autre

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7
Q

Comment est ce que la diffusion de morphogènes impacte la différenciation cellulaire?

A

-le positionnement des cellules dans l’embryon joue un rôle crucial dans leur développement

-morphogène: molécule de signal sécrétée qui contrôle l’information de position

  1. Un groupe de cellules sécrètent des morphogènes
  2. plus la cellule réceptrice est proche des cellules sécrétrices, plus le signal est fort
  3. L’induction de certains gènes est dépendante du niveau d’induction par le morphogène (un gène qui demande bcp de morphogènes va seulement être activé si il est près du signal)
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8
Q

C’est quoi la transduction du signal?

A

communication entre un récepteur membranaire (signal extracellulaire) et le noyau de la cellule

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9
Q

Quels sont les 3 modes principaux de transduction du signal?

A

-via une cascade enzymatique
-par relâchement de molécules qui migrent au noyau
-par clivage protéolytique de la portion intracytoplasmique du récepteur

*envoi du signal au noyau pour activer ou inhiber la transcription

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10
Q

Comment fonctionne la cascade enzymatique?

A

-la liaison du ligand à son récepteur induit une cascade enzymatique qui modifie des protéines régulatrices

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11
Q

Comment fonctionne le relâchement de molécules qui migrent au noyau pour la transduction du signal?

A

-la liaison du ligand à son récepteur provoque le relâchement de protéines régulatrices qui migrent jusqu’au noyau et activent

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12
Q

Comment fonctionne le clivage protéolytique dans la transduction du signal?

A

-la liaison du ligand à son récepteur provoque le clivage protéolytique (enzyme) de la portion intracytoplasmique

-le domaine est relâché et migre au noyau où il influence des protéines régulatrices

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13
Q

Comment est ce que les cellules de S.cerevisiae se différencient?

A

-utilise la localisation des ARNm

S cerevisiae se divise par bourgeonnement:
-les chromosomes répliqués sont distribués entre 2 cellules, une cellule parental plus grosse, qui a une plus grande partie du génome et un bourgeon/cellule fille, plus petite, qui contient moins du génome

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14
Q

C’est quoi la commutation de type sexuel?

A

permet à une cellule de passer d’un type sexuel (a) à un autre (α) pour s’accouplir avec une cellule d’un type sexuel opposé et faire de la mitose

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15
Q

comment fonctionne la commutation de type sexuel chez S. Cerevisiae?

A

-chez S. Cerevisiae, la commutation est sous contrôle du gène HO
-la cellule fille de type a ne doit pas faire de la mitose car elle ne contient pas tout le génome. Ash1 réprime la transcription par HO dans la cellule fille

  1. L’ARNm de Ash1 migre sur l’actine et se concentre dans le bourgeon, ce qui inhibe HO dans la cellule fille
  2. She2 lie le 3′ UTR de l’ARNm-Ash1
  3. She3 lie une molécule de myosine V
  4. She2 et She3 s’associent ensemble et font le lien entre l’ARNm-Ash1 et le filament d’actine pour empêcher la mitose par localisation des ARNm

*p.21

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16
Q

C’est quoi la sporulation chez B subtilis dans la différenciation cellulaire?

A

exemple de contact cellule-cellule

-B subitilis peut former des spores (compartiements qui comprend tout le génome) quand les conditions environnantes sont hostiles

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17
Q

Comment fonctionne la sporulation chez B subitilis?

A
  1. Division asymétrique
  2. formation d’un préspore qui contient σF, un facteur sous forme active
  3. séparé de la cellule mère par le septum
  4. ARNpol σF transcrit le gène SpollR
  5. la protéine SpollR se lie à son récepteur dans la cellule mère
  6. la conversion protéolytique de pro-σE (inactif) en σE (actif) est activée
  7. l’ARN pol σE dirige la transcription de gènes qui mènent à la mort de la cellule mère
  8. le spore contient alors tout le génome et redeviendra une cellule complète si l’environnement redevient favorable
18
Q

C’est quoi la commutation par Notch pour la différenciation cellulaire?

A

exemple de contact cellule-cellule

-le tube neural chez les insectes se forme à partir de l’ectoderme neurogénique
-génère 2 types cellulaires:
-> cellules épidermiques à la surface
-> neurones à l’intérieur

19
Q

Comment fonctionne la commutation par Notch?

A
  1. le neurone en développement exprime Delta à sa surface
  2. Delta lie le récepteur Notch à la surface des cellules épidermiques
  3. Clivage de la portion intracytoplasmique de Notch (Notch^IC)
  4. Notch^IC migre au noyau et active Su(H)
  5. Su(H) active la transcription des gènes codant pour les répresseurs des gènes neuronaux

-> ce mécanisme empêche les cellules autour du neuroblaste d’en devenir aussi, elles deviennent des cellules épidermiques

20
Q

C’est quoi la Sonic hedgehog pour la différenciation celluliare?

A

exemple de diffusion de morphogène

-chez les vertébrés, les cellules de l’ectoderme dorsal forment le tube neural
-les cellules au niveau ventral forment la notochorde et la plaque du plancher et ils sécrètent la SHH
-SHH forme un gradient dans le tube neural (plus forte concentration en ventral que dorsal)

21
Q

Comment fonctionne Sonic hedgehog?

A

en présence de SHH:
1. SHH se lie à PTCH et l’inhibe
2. PTCH inhibé active SMO et GLI migre au noyau
3. GLI est un activateur de transcription et active un jeu de gènes différents en fonction de sa concentration

en absence de SHH:
- l’absence de SHH est activé et inhibe la translocation de GLI au noyau

22
Q

Pourquoi est ce la drosophile est le modèle de choix pour étudier l’embryogenèse?

A

-reproduction rapide
-leur mode de développement principal utilise un gradient de protéines régulatrices (morphogènes)

23
Q

Comment s’effectue l’embryogenèse de la drosophile?

A
  1. Fécondation de l’oeuf mature par le spermatozoïde qui forme le zygote
  2. le noyau du zigote se divise dans la même cellule = syncytium
  3. les noyaux migrent vers la périphérie (cortex)
  4. les noyaux se divisent 3x (6000 noyaux total) et s’entourent de la membrane
  5. Les noyaux peuvent donner tous les types cellulaires (ce sont des cellules tutipotentes)
24
Q

Comment est ce que s’effectue la différenciation des cellules durant l’embryogenèse de la drosophile?

A

Il y a un gradient de Nanos (plus de Nanos dans l’extrémité postérieure)

-les noyaux les plus en contact avec l’ARNm Nanos vont se différencier en cellules polaires qui donneront naissance aux cellules germinales (futures gamètes)
-toutes les autres seront des cellules somatiques

25
Comment s'effectue la régionalisation dorso-ventrale?
-dans l'oeuf non-fécondé, la protéine Dorsal est distribuée uniformément -dans l'oeuf fécondé, il y a un gradient de Dorsal -le gradient de Dorsal est régulé par un gradient du ligand Spätzle qui se lie au récepteur Toll sur les cellules -Spätzle est une protéine distribuée selon un gradient ventro-dorsal dans la matrice extracellulaire (il y a plus de Spätzle en ventral que dorsal). Alors, il y a plus de ligand qui se lient à Toll en ventral et dégrade Cactus avec Pelle et plus de Dorsal peut entrer dans le noyau -Alors, dans l'oeuf fécondé, quand les noyaux ont rejoints le cortex, la protéine Dorsal est dans le noyau des cellules en région ventrale et dans le cytoplasme des cellules en région dorsale
26
Comment s'effectue la migration nucléaire de Dorsal?
-Cactus est couplé à Dorsal et inhibe son import dans le noyau 1. La liaison de Spätzle à Toll active la kinase Pelle 2. Pelle phosphoryle Cactus, ce qui provoque sa dégradation 3. Dorsal est libéré et migre vers le noyau
27
Dorsal est un activateur de quels gènes?
quand Dorsal entre dans le noyau, il peut activer 3 gènes en fonction de sa concentration: Twist: -possède 2 sites à faibles -activé aux concentrations les plus élevées de Dorsal dans les 18 cellules les plus ventrales du mésoderme Rhomboid: -possède 3 sites faibles, 1 site fort -activé à des niveaux intermédiaires de Dorsal dans l'ectoderme neurogénique ventral Sog: -possède 4 sites forts -activé à des niveaux faibles de Dorsal dans l'ectoderme neurogénique ventral et dorsal
28
Est ce que Rhomboid et sog sont actifs dans le mésoderme?
non, -Snail est un répresseur exprimé dans les cellules du mésoderme -Rhomboid et Sog ont des sites de liaison à snail, ce qui répresse l'expression de leurs gènes au mésoderme
29
À quoi sert la segmentation antérieur/postérieur?
permet la différenciation des différentes parties de la drosophile -> par des parasegments
30
Comment est initiée la segmentation antérieur/postérieur?
la segmentation est initiée par des ARNm localisés aux pôles antérieurs et postérieurs de l'oeuf non fertilisé 3 ARNm principaux: -Bicoid en antérieur -Oskar et Nanos en postérieur
31
Comment est ce que les ARNm Oskar, Bicoid et Nanos se trouvent à leur position en antérieur ou postérieur?
-synthétisés par l'ovaire de la mouche maternelle -déposés par des cellules nourricières à l'extrémité antérieure de l'oeuf immature -Oskar et Nanos seront transportés à l'extrémité postérieure par des microtubules par leur 3′ UTR -Bicoid a un 3′UTR différent et reste en antérieur
32
À quoi sert hunchback et comment est-il régulé?
-il est essentiel à la subdivision de l'embryon en une série de segments -sa transcription est activée par des niveaux élevés et intermédiaires de Bicoid -Nanos se lie au 3′ UTR de hunchback et inhibe sa traduction
33
Comment est ce que la concentration de Nanos et Bicoid a un effet sur le gradient d'hunchback?
l'ARNm hunchback est distribué uniformément dans l'oeuf, par contre: -Bicoid est concentré en antérieur -Nanos est concentré en postérieur -> la traduction de l'ARNm hunchback est activée en antérieur et inhibée en postérieur, il se forme un gradient de protéine hunchback d'antérieur à postérieur
34
Comment est ce que Hunchback est un régulateur?
il est un répresseur transcriptionnel des gènes gap: -Krüppel: réprimé par une quantité élevée de hunchback -Knirps: réprimé par une quantité intermédiaire de hunchback -Giant: réprimé par une quantité faible de hunchback (il est concentré très en antérieur et très en postérieur)
35
Exemple, dans le segment d'ève 2, Krüppel est présent ainsi qu'Hunchback. Quels sont les activateurs et les inhibiteurs?
-les molécules qui sont présentes sont activateurs et celles qui s'ont absentes sont inhibiteurs -> Krüppel et Hunchback sont activateurs -> Knirps et Giant sont inhibiteurs
36
Comment sont formés les parasegments?
-le gène eve est exprimé en une série de 7 alternances de bandes -chaque parité segmentaire est composée d'un segment qui exprime fortement eve et un segment ne l'exprimant très peu -> alors, on obtient 14 parasegments, donc 7 segments eve
37
De quoi est formé le gène eve?
-un séquence codante de 2kb -une région de 12kb contenant 5 enhancers: -> 4kb en 5′: enhancer 3/7 et enhancer 2 -> 8kb en 3′: enhancer 4/6, enhancer 1 et enhancer 5
38
Quels sont les activateurs et les répresseurs du segment 2 d'eve?
activateurs: Bicoid, Hunchback répresseurs: Krüppel, Giant
39
Comment est ce que les enhancers font pour travailler indépendamment les uns les autres pour produire des effets additifs?
ex, eve a 5 enhancers qui produisent 7 bandes différentes -c'est par la répression transcriptionnelle à courte portée
40
C'est quoi la répression transcriptionnelle à courte portée?
ça assure l'automonie des enhancers, c'est à dire que les répresseurs sur un enhancer n'interfèrent pas avec les activateurs de tout le gène eve -les enhancers doivent avoir une distance de plus de 1kb ex: même si Krüppel se fixe sur l'enhancer-2, il ne réprime par l'action d'un activateur sur l'enhancer-3