Regulace genové exprese Flashcards

1
Q

V jaké fázi je regulace genové exprese nejčastější?

A
  • v iniciaci transkripce (není spotřeba ATP, dá se vypnout a znovu pustit od stejného místa)
  • v každé buňce je jiná regulace, bo každá buňka vytváří jiné proteiny…
  • na regulaci se podílejí extracelulární signály
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Rozpoznání DNA double helixu regulačními proteiny

A
  • regulační proteiny mohou mít DNA vazebné domény
  • musí rozpoznat DNA a promotorové oblasti pro navázání
  • Nerozpoznávají primární sekvenci, ale povrch double helixu (bez přerušení H vazeb = bez rozplétání) -> primární struktura se musí promítat na povrchu double helixu
  • většinou se RP vážou do velkého žlábku (různé chemické vzorce bází)
  • Dále se rozpoznává další geometrie double helixu - DNA má lokální nepravidelnosti -> úhel cca 36 stupňů
  • RP rozpoznávají sekvence okolo 20 nukleotidů
  • kontakt mezi nimi: H můstky, iontovými vazbami, hydrofóbními interakcemi
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

DNA-vazebné motivy na regulačních proteinech - druhy

A

1.HELIX-TURN-HELIX MOTIV
2.ZINC FINGER MOTIV
3.BETA-STRUKTURA
4.LEUCINE-ZIPPER MOTIV
5. HELIX-LOOP-HELIX MOTIV

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

DNA-vazebné motivy na regulačních proteinech - Helix-turn-helix motiv

A

HELIX-TURN-HELIX MOTIV
- Prokaryota i Eukaryota
- 2 alpha-helixy spojené krátkým řetězcem AMK, mezi nimi fixní úhel
- C-koncový alpha-helix:
-> váže se do velkého žlábku
-> rozpoznává specifickou nukleotidovou sekvenci
- N-koncový alpha-helix:
-> má na starost další interakce (např. s GTF)
- můžou být i další domény, můžou být součásti většího proteinu
- často se vážou jako dimery
- často se vážou na palindromy
- např. Tryptofan represor, lambda cro, lambda represor fragment

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

DNA-vazebné motivy na regulačních proteinech - Zinc finger motiv

A
  • atomy Zn
    1.ALPHA-HELIX a BETA-STRUKTURA:
  • spojené 1 zinkem
  • alpha-helix se váže do velkého žlábku
  • často vazba na repetitivní sekvence
    2.DVA ALPHA-HELIXY
  • spojené 2 zinky
  • tvoří dimery, jeden alpha-helix zase vázaný do big žlábku
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

DNA-vazebné motivy na regulačních proteinech - Beta-struktura

A
  • tvoří dimery
  • vazba do big žlábku
    Bakteriální MET REPRESOR PROTEIN:
  • regulace syntézy methioninu
  • využívá kofaktor = S-adenyl methionin
  • kofaktor moduluje uspořádání struktury -> pevná vazba s DNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

DNA-vazebné motivy na regulačních proteinech - Leucine-zipper motiv

A
  • 2 alpha-helixy spojené hydrofobními interakcemi (často hodně leucinu)
  • Y struktura
  • část se váže do big žlábku
  • tvoří dimery - Heterodimery (jiný protein), homodimery
  • Regulují 3 oblasti - 1. protein s 2. proteinem, 2. protein s 1. proteinem, pak 1. a 2. dohromady)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

DNA-vazebné motivy na regulačních proteinech - Helix-loop-helix motiv

A
  • 2 alpha-helixy spojené flexibilní smyčkou
  • C-konec do DNA
  • možné dimery - homo- i hetero-
  • Heterodimer - když chybí/je neúplný C-konec -> INAKTIVAČNÍ PROTEIN (vyvazuje aktivní regulační protein)
  • ,,Když ne já, tak se neváže nikdo’’
  • Heterodimerizace může vést k inhibici jednoho z partnerů
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Jaká je predikce DNA sekvence rozpoznávané regulačními motivy v rámci RP?

A
  • neplatí, že daná AMK musí interagovat s daným párem v DNA
  • predikce je velmi obtížná
  • důležitý kontext DNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Regulace iniciace transkripce

A

NEGATIVNÍ REGULACE:
- Regulační protein po nasednutí na promotor zabrání transkripci = funguje jako represor
- zabrání navázání polymerázy
- vazba ligandu -> RP se neváže
- najde represor -> naváže se na něj -> represor se odváže v promotoru -> start transkripce
POZITIVNÍ REGULACE:
- Regulační protein po nasednutí na promotor podporuje transkripci = funguje jako aktivátor
- pomáhá navázat další TFs a polymerázu
- může se navázat pouze s ligandem

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Příklady regulace transkripce u prokaryot - E. Coli - Trp represor

A
  • Regulační proteiny ovlivňují přímo navázání polymerázy (nejsou tam meziprodukty)
  • Regulace tryptofanovým represorem
  • polycistronní transkripce (kóduje víc proteinů)
  • jedna regulační oblast reguluje vznik polycistronní mRNA
  • Málo tryptofanu v buňce -> zapnutí biosyntézy Trp -> musí být aktivován operon
  • Trp represor = Helix-turn-helix motiv
  • Trp represor poznává operátor (oblast v promotoru) -> může se tam navázat pouze s 2 Trp! -> nasedne -> transkripce vypnutá
  • Málo Trp -> Trp zmizí z Trp represoru -> transkripce zapnutá
  • Trp = inhibiční ligand
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Příklady regulace transkripce u prokaryot - E. Coli - regulace Lac operonu

A
  • kombinovaná regulace exprese genu - aktivátor a represor
  • Laktóza je -> nasedne na represor -> uvolní se z operátoru (na promotoru) -> exprese aktivovaná
  • Málo laktózy -> laktóza se neváže na represor -> represor sedí na operátoru -> exprese vypnutá
  • CAP protein = Catabolite activator protein
  • glukóza je preferovaný zdroj živin
  • CAP protein aktivuje geny pro využívání jiného zdroje uhlíku
  • Málo glukózy -> zvýší se produkce cAMP -> váže se na CAP protein -> CAP se váže do vazebného místa -> aktivace exprese
  • !!Pro aktivaci transkripce je potřeba nedostatek glukózy (represor se neváže) a dostatek laktóza (CAP se váže)!!
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Iniciace transkripce u eukaryota, represorové proteiny - např. tipy

A
  • RNA polymeráza potřebuje nejdřív navázané GTFs - ty regulují právě regulační proteiny
  • regulační proteiny jsou daleko od promotoru
  • Aktivátorové proteiny - DNA vazebná doména + Aktivační doména (interakce s GTFs)
  • např. kyselý aktivátor
  • Gen, TATA box, vzdálené RPs -> smyčka -> kontakt GTFs s RPs
  • Řada proteinů může být represory i aktivátory najednou
    REPRESOROVÉ PROTEINY:
  • negativně ovlivňují expresi
  • Eukaryota i prokaryota
  • Kompetice o vazebnou sekvenci DNA - vazebná místa blízko sebe, mohou se překrývat, aktivátor se tam kvůli navázanému represoru nevejde
  • Represor váže aktivátor - kiss
  • Přímá interakce represoru s GTF - eukaryota, represor tak blokuje navázání aktivátoru
  • Tvorba heterodimeru - jeden z interagujících partnerů může fungovat jako represor
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Regulace oblastí genomu - Regulační role methylace DNA

A
  • = Methylace cytosinu -> 5-methylcytosin
  • neovlivňuje párování bází, to je furt stejné
  • Methylované místo = neaktivní pro transkripci
    UDRŽOVACÍ METHYLÁZA:
  • methylace během replikace nového vlákna podle starého
    METHYLACE DE NOVO:
  • Buňka se rozhodne, že chce nějaké geny vypnout
  • vypnutí transkripce genů -> nejdřív se odstraní aktivační regulační proteiny -> vypne se transkripce, ale stále se prokluzuje -> de novo methylace
  • eliminace regulačních proteinů -> de novo methylace -> vazba proteinů, které poznávají methyl cytosin -> vazba proteinů ovlivňujících strukturu chromatinu a vazbu histonů -> transkripce vypnutá úplně
  • ## Různé modifikace histonů - Acetylace, methylace, fosforylace, deacetylace, ubiquitinace
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Regulace oblastí genomu - Struktura chromatinu

A
  • heterochromatin (telomery, nedostupný pro aktivátory), euchromatin
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Regulace oblastí genomu - Struktura chromatinu

A
  • heterochromatin (telomery, nedostupný pro aktivátory), euchromatin
  • HISTON DEACETYLÁZY:
  • rozpoznání a vazba ne specifické represory
  • N-konce deacetylují
  • HISTON ACETYLÁZY:
  • rozpoznání a vazba na aktivátory
17
Q

Regulace oblastí genomu - Umlčování genomu

A
  • např. nižší eukaryota (kvasinky):
  • tvorba kondensovaného heterochromatinu
  • u kvasinek: telomery, lokusy: MAT, HML, HMR
    -> MAT - párovací typ A nebo alpha
    -> Pouze informace v lokusu jsou transkribované -> podle toho se buňka chová jako A nebo alpha
    -> HML - geny pro A
    -> HMR - geny pro alpha
    -> HML a HMR umlčené
    SIR geny:
  • = Silent information regulator
  • Sir1p, Sir2p, Sir3, Sir4p
  • Sir2p - u eukaryot histon deacetyláza -> efektivní umlčování
  • Sir2p, Sir3p, Sir4p - v telomerách
18
Q

Změny exprese provázené změnami DNA genomu (reverzibilní, mohou do potomků) - Určení párovacího typu kvasinek

A
  • regulace MAT z HML a HMR
  • 3 kazety (1 aktivní) v MAT lokusu
  • aktivní kazeta reguluje změnu exprese velkého počtu genů na různých místech -> určuje buněčný typ (a, alfa, obojí)
  • specifické geny - aSG, alfa SG, hSG
  • kazety se dají měnit
  • enzym HO ENDONUKLEÁZA
19
Q

Změny exprese provázené změnami DNA genomu (reverzibilní, mohou do potomků) - Bakterie Salmonella

A
  • genomové změny pomáhají uniknout před imunitou
  • geny H1, H2 - kódují expresi povrchového proteinu flagelinu
  • Promotor otočený správně k operonu s H2 polohou -> aktivace tvorby H2 + inhibice H1
  • naopak po M-S rekombinaci
20
Q

Posttranskripční regulace - 1. Atenuace - Trp-operon

A
  • u Prokaryota
  • transkripce se dá předčasně ukončit, pokud její produkt už nepotřebujeme
  • transkripce Trp:
    -> Hodně Trp -> hodně tRNA pro Trp -> ukončení transkripce
    -> Málo Trp - -> Málo i tRNA pro Trp -> transkripce je dokončena
21
Q

Posttranskripční regulace - 1. Atenuace - Riboswitch

A
  • sekundární struktury na 5’ koncích vznikajících transkriptů
  • další exprese nebo terminace
  • např. Reakce na guanin:
    -> Málo G -> RNA pol. se neodpojí a jede dál
    -> Hodně G-> Guanin se váže na riboswitch -> změna struktury -> vznik terminální vlásenky -> syntéza se zastaví
22
Q

Posttranskripční regulace - 1. Atenuace - Antiterminace rho-závislé terminace

A
  • za daných okolností mohou vznikat další transkript
  • blokuje funkci rho faktoru -> neukončení transkripce
  • Nus = N utilisation substances, NusA, NusE, NusB, NusG
23
Q

Posttranskripční regulace - 2. Alternativní sestřih a polyA

A
  • úpravy mRNA
  • regulace vyštěpení intronu
    Dlouhý transkript:
  • připojení PolyA sekvence na 3’ konec
  • zachovaná sekvence intronu
  • štěpí se intron (v něm i 1. STOP kodon -> použije se 2. STOP kodon -> translace -> peptid na membráně buňky
    Krátký transkript:
  • Chybí akceptorové místo intronu (končí před ním, bo 1. STOP kodon)
  • intron tak není odstraněn
  • peptid jde ven mimo buňku
24
Q

Posttranskripční regulace - 3. Transport z jádra do cytosolu

A
  • kontrola kvality RNA (čepička, polyA, sestřih)
  • do cytoplasmy, zbytek v jádře degradován
  • transport přes jaderný pór - mRNA musí být upravená, aby mohla projít
25
Q

Posttranskripční regulace - 4. Lokalizace mRNA ve specifických místech cytoplasmy

A
  • většinou jde mRNA v cytosolu hned na translaci
  • může se nejdřív dostat do daného místa a pak se translatovat
  • potřebné signály jsou v UTR oblasti (untranslated region)
  • např. transport některých mRNA v různých místech v buňce v embryu Drosophily -> proteinový gradient
26
Q

Posttranskripční regulace - 6. RNA editing

A
  • v mRNA dochází k přeměně nukleotidových sekvencí RNA transkriptů
  • spíše u evolučně starých organismů
    MITOCHONDRIE TRYPANOZOMY:
  • inzerce/delece 1 či více U do přesný míst -> modifikace produktu -> jiný protein
  • gRNA = určují, jaká bude modifikace cílových míst, polyU ocásek
  • Uridyl transferáza - doplnění chybějících U na základě gRNA předlohy
    MITOCHONDRIE ROSTLIN:
  • změna C na U díky gRNA
  • nejsou inzerce/delece, prostě se někde vserou
    SAVČÍ APOLIPOPROTEIN B:
  • 2 varianty proteinu
  • jaterní varianta Apo-B100 = kodon CAA
  • střevní varianta Apo-B48 = editací změna CAA na UAA -> STOP kodon
  • specifické enzymy ADAR (adenosin deaminase acting on RNA) - ADAR2 editace v mozku (delecí ADAR2 u myši vznikla epilepsie)
27
Q

Posttranskripční regulace - 7. Stabilita mRNA

A
  • více komplikovaný organismus -> delší životnost a variabilita mRNA
  • primitivnější organismus -> malá životnost mRNA -> rychlá reakce na prostředí
  • před PolyA ocáskem je netranslatovaná oblast (UTR)
  • Transport do cytosolu -> zkracování polyA ocásku -> rychlá degradace
  • Odpověď na mimobuněčný signál - např. steroidní hormony -> zvyšují stabilitu některých mRNA
  • Kontrola mRNA kódující histony - polyA nahrazeno vlásenkou -> degradace
28
Q

Posttranskripční regulace - 8. Kontrola translace - Prokaryota

A
  • Prokaryota
  • Př. 1: vlásenka na 5’ netranslatovaném konci mRNA -> na vlásenku se připojí specifický protein, čouhá i do S-D sekvence -> blokuje ji -> ribosom se nenaváže
  • Př. 2: na 5’ konci sek. struktura, o osudu translace této mRNA rozhoduje kofaktor -> pokud navázaný represor -> ribosom se nenaváže na S-D sekvenci
29
Q

Shine-Dalgarno sekvence

A
  • sekvence důležitá pro iniciaci translace u prokaryot
  • důležitá pro vazbu ribozomu
30
Q

Posttranskripční regulace - 8. Kontrola translace - Eukaryota (Fero Ferovič)

A
  • Eukaryota
  • 5’ konec mRNA, není S-D sekvence
  • jde o blokaci možnosti vstupu ribosomu a rozpoznání 5’ konce
    Př. 1: Homeostáza Fe:
  • regulace ferritinu, který vyvazuje Fe a chrání buňky před toxicitou
  • na 5’ konci ferritinové mRNA je vlásenka -> rozpoznaná cytosolickou akonitázou (schopná vázat Fe)
  • Málo Fe: akonitáza bez Fe na vlásence (bo má hlad) -> blokace translace, netvoří se ferritin, nesnižuje se hladina Fe
  • Hodně Fe: Fe se váže na akonitázu -> změna konformace, akonitáza jde z vlásenky pryč -> mRNA není blokovaná -> translace možná, ferritin je vytvářen a Fe hladina se snižuje
    Př. 2: eIF-2:
  • normálně - komplex s GTP
31
Q

Posttranskripční regulace - 10. Regulace malými nekódujícími RNA transkripty - MicroRNA regulace

A
  • Eukaryota only
  • prekurzory, syntéza RNA pol. II, taky mají polyA a 5mg čepičkou
  • štěpení miRNA pomocí RISC komplexu (RNA induced silencing complex) - pomoc při párování s cílovou RNA
  • 1 miRNA může regulovat více mRNA
  • 1 mRNA může být regulována více miRNA
  • miRNA zabírá méně prostoru v genomu, je úspornější než proteiny
  • Proces miRNA regulace - syntéza miRNA s polyA a 5mg čepičkou -> sestřih -> export skrz jaderný pór -> další sestřih enzymem Dicer -> vazba RISC komplexu -> vznik krátkého ss úseku miRNA s navázaným RISC
    U ROSTLIN: 🌱
  • pevná vazba mezi miRNA a mRNA
  • rozpoznání cílové mRNA a její štěpení RISC komplexem
  • může být odstřihnutí polyA -> degradace mRNA
  • spotřeba ATP na uvolnění
    U ŽIVOČICHŮ:🦍
  • slabší vazba
  • může se vázat do UTR oblasti mRNA -> může být destabilizace nebo snížení efektivity translace
  • P-BODIES: uskladnění mRNA s navázanou miRNA -> pak uvolnění pro translaci/degradaci
    -> časté místo pro degradaci jakékoliv mRNA
32
Q

Posttranskripční regulace - 10. Regulace malými nekódujícími RNA transkripty - RNA interference

A

= RNAi
- u všech
- často degradace i cizí RNA (viry)
- hodně stejných proteinů jako u miRNA regulace
- dsRNA -> spojení s Dicer -> dsRNA na siRNA (small interfering RNA, krátké ds úseky) -> naváže se RISC komplex -> odstraní se jedno vlákno -> ss siRNA s RISC komplexem -> degradace
- jako miRNA, i siRNA se umí odvázat se degradovat více RNA
- může se takhle i vypnout syntéza cílové RNA:
-> siRNA se váže s RITS (RNA induced transcriptional silencing) -> degradace na ss siRNA -> navede komplex na cílový transkript

33
Q

Posttranskripční regulace - 11. Stabilita proteinů - Proteasom

A

= Ubiquitin-dependentní proteolytická dráha, zahrnuje proteasomy
1. LIKVIDACE ŠPATNĚ SBALENÝCH PROTEINŮ
PROTEASOM:
= proteinové komplexy v cytoplazmě a jádře
- 26S = 20S + 19S
- centrální core - v něm likvidace proteinů
- čepičky - rozpoznání proteinů
- degradace ubiquitinem
- proteiny pro degradaci nemusí mít značku
- Nový vznikající protein, který není dokončen, má translační aparát a chaperony, aby nebyl degradován
- E1 a E2 = ubiquitin označující enzymy
- E3 = ubiquitin ligása (říká, že má být označená ubiquitinem)
- Ubiquitin interaguje s E1 + ATP -> komplex E1 a ubiquitin -> vazba E1 na E2 -> E2 vazba s E3
2.AKTIVACE UBIQUITIN LIGÁSY
- aby začala rozpoznávat substrát
- Fosforylace ubq ligázy protein kinázou, vazba malého ligandu a změna struktury ligázy NEBO vazba proteinové podjednotky pro změnu konformace

34
Q

Posttranskripční regulace - 11. Stabilita proteinů - Proteasom

A

= Ubiquitin-dependentní proteolytická dráha, zahrnuje proteasomy
1. LIKVIDACE ŠPATNĚ SBALENÝCH PROTEINŮ
PROTEASOM:
= proteinové komplexy v cytoplazmě a jádře
- 26S = 20S + 19S
- centrální core - v něm likvidace proteinů
- čepičky - rozpoznání proteinů
- degradace ubiquitinem
- proteiny pro degradaci nemusí mít značku
- Nový vznikající protein, který není dokončen, má translační aparát a chaperony, aby nebyl degradován
- E1 a E2 = ubiquitin označující enzymy
- E3 = ubiquitin ligása (říká, že má být označená ubiquitinem)
- Ubiquitin interaguje s E1 + ATP -> komplex E1 a ubiquitin -> vazba E1 na E2 -> E2 vazba s E3
2.AKTIVACE UBIQUITIN LIGÁSY
- aby začala rozpoznávat substrát
- Fosforylace ubq ligázy protein kinázou, vazba malého ligandu a změna struktury ligázy NEBO vazba proteinové podjednotky pro změnu konformace
3.AKTIVACE DEGRADAČNÍHO SIGNÁLU PROTEINU
- fosforylace specifickou kinázou, odstranění proteinu blokující degradační signál NEBO vytvoření nestabilního N-konce

35
Q

Posttranskripční regulace - 11. Stabilita proteinu - Poločas proteinů

A
  • N-koncové pravidlo: AMK na N-konci proteinu může ovlivňovat jeho stabilitu
    EUKARYOTA:
  • Stabilizující AMK - Met, Gly, Pro, Thr, Val, Ala
  • I druhá AMK je často stabilizující
  • Destabilizující AMK - Arg, Asn, Gln, většinou nejsou na koncích cytoplasmatických proteinů, ale často na N-konci proteinů v jiných organelách (když se dostane omylem do cytoplazmy -> degradace, nemá tam co dělat)
  • N-koncové AMK mohou být acetylací chráněné před degradací