1. Replikace DNA Flashcards

1
Q

3 modely replikace DNA

A
  1. Semikonzervativní
  2. Konzervativní - podle obou vláken se vytvoří nová vlákna
  3. Disperzní - původní vlákno je rozděleno na krátké úseky -> nehrozí zamotání
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Meselnson & Stahl

A
  • ,, Semikonzervativní proces is the way’’
  • bakteriální buňky pěstované v médiu s těžkým dusíkem 15N -> 1 generace vložená do média s 14N -> analýza DNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Arthur Kornberg

A
  • izolace DNA polymerázy I
  • ,,Na replikaci jsou potřeba 4 DNT, Mg kationty a templátové vlákno DNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

DNA polymeráza I

A
  • Arthur Kornberg
    -> PALM doména - kontroluje správné párování posledního nukleotidu
    -> FINGER doména - uzavře dNTP v katalytickém místě, správné párování: stacking interakce + ohýbá ssDNA o 90 stupňů -> je zaručeno, že v katalytickém místě je jen správná templátová báze
  • > THUMB doména - drží nově syntetizovanou DNA
  • Mg 2+ ionty: snižují afinitu 3’ OH skupiny vůči vodíku -> umožňují napadení fosfátové skupiny
  • po nasednutí klouže podél templátu
  • až 1000 nukleotidů/s
  • oprava chyb tzv. 3’ -> 5’ exonukleázovou aktivitou PALM domény = tlačítko DELETE
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Helikáza

A
  • spotřeba ATP
  • ,,On sa tóčí’’
  • zařazuje jen dNTP, ale pro iniciaci syntézy může použít i primer
  • uvolňuje dsDNA
  • nasedá na DNA pomocí inhibitoru helikázy
  • 3’->5’ i 5’->3’
  • ## Hexamerní kruh = 6 podjednotek, každá má místo pro ATP
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

SSB proteiny

A

= Single Strand Binding proteins
- stabilizují ssDNA úseky (pro buňku je neslýchané, aby se někdo poflakovala ssDNA)
- využití elektrostatických interakcí

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Lagging strand

A
  • Druhé, opožděné vlákno
  • je syntetizováno opačně než je směr otevírání replikační vidličky -> to jest 3’ -> 5’
  • Syntéza po krátkých úsecích = Okazakiho fragmenty
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Okazakiho fragmenty

A
  • na lagging strand
  • malé nasyntetizované fragmenty, pak se propojí
  • Odstranění:
    -> RNáza H1 - odstraní RNA, zůstane DNA primer a kousíček RNA pro endonukleázu
    -> endonukleázy fen1, dna2
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

DNA polymeráza III

A
  • vypadá jak ženský pohlavní orgán
  • ,,core enzym’’, holoenzym
  • multi proteinový komplex
  • potřebuje primer na začátek syntézy
  • na zrychlení jsou použité svorkové (clamp proteiny
    Obsahuje:
    -> 2x DNA polymeráza III
    -> 2x tau protein (spojuje polymerázy s gamma komplexem)
    -> 1x gamma komplex = Clamp loader
  • interakce s helikázou přes tau protein
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Primáza

A
  • Přidá DNA poly. I primer pro začátek syntézy
  • speciální RNA polymeráza
  • je aktivovaná spojením s helikázou
  • primer je pak odstraněn pomocí RNAázy H (slouží i jako značka pro odstranění, bo je RNA)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

DNA ligáza

A
  • spotřeba ATP
  • obnova fosfodiesterové vazby a zacelení ssDNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Topoisomerasy - funkce

A
  • odstranění pozitivních nadobrátek před vznikem replikační vidličky
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

DNA gyráza

A

= speciální typ topoisomerásy
- umí generovat negativní nadobrátky bakteriální genomové DNA -> DNA je tedy stále udržovaná v negativních nadobrátkách

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Svorkový (clamp) protein

A
  • zvýšení procesivity u DNA pol. III
  • brání odpojení DNA pol. III od DNA
  • 2 monomery
  • vlákno DNA vleze do centrální dutiny
  • struktura donutu
  • na DNA jsou nasazovány pomocí Sliding clamp loaders
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Sliding clamp loaders

A
  • Součást DNA polymerázy III
  • umí otevřít/zavřít svorkový (clamp) protein -> nasazení na DNA
  • spotřeba ATP
  • 5 podjednotek
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Replizom

A

= Soubor všech proteinů účastnících se replikace

17
Q

Model replikace DNA

A

DNA POLYMERÁZA III reaguje s HELIKÁZOU přes tau protein -> vznik LEADING a LAGGING STRANDS
- na lagging strand: napojí se SSB -> DNA PRIMÁZA periodicky vytvoří primer -> po dokončení OKAZAKIHO FRAGMENTU se DNA polymeráza III uvolní ze svorkového (clamp) proteinu a vlákna -> lagging strand s novým primerem se přesune do SLIDING CLAMP PROTEINU a svorkový clamp protein se znovu napojí na DNA polymerázu III -> syntéza dalšího Okazakiho fragmentu