Reglering av eukaryot transkription Flashcards
Vad behövs för faktorer för att initiera transkription?
Förutom RNA polymeraset och de generella transkriptionsfaktorerna behövs även mediatorn.
Mediatorn är ett stort protein komplex med mer än 20 subenheter: mediatorn interagerar med både de generella transkriptionsfaktorerna och RNA polymeraset.
Mediatorn ligger som ett täcke över polymeras 2 oh ökar interaktionsytan på polymeraset så ännu fler proteiner kan binda in i påverka transkirptionsnivån
Aktivatorer finns för positiv reglering, hur fungerar dem?
De regulatoriska sekvenserna (enchancer) fungerar som bindningsställe för regulatoriska proteiner (aktivatorer) vilkas närvaro på DNA:t reglerar hastigheten på transkriptionen. Samma gen kan ha fler enchancers
Vad är enchancer och vart finner man dem?
Enchancer sekvenser kan ligga angränsande, långt uppströms, långt nedströms eller i en intron av gen.
Finns det ingen enchancer (stimulerar) kallar man det för basaltransduktion. Då är det bara generella faktorer som syntetiserar.
Med enchancer kan man öka och få mycket mängd transkription.
Vart binder enchancer in ? Och vad reagerar den med?
Enchancers binder transkriptionsfaktorer och reglerar RNA polymeraset aktivitet vid en viss gen.
DNA looping tillåter transkriptionsfaktorer att binda långt från promotorn men ändå interagera med RNA polymeraset/mediatorn komplexet vid promotorn
två domäner finns på transkriptionsfaktorerna, vilka?
- En domän som binder till DNA:t
- En annan domän som stimulerar transkriptionen.
Den aktiverande domänen stimulerar transkriptionen genom två mekanismer.
- Interagerar med mediator proteiner eller de generella transkriptionsfaktorerna.
- modifiera kromatin strukturen
Förklara vad som ingår i en kontroll region för en typisk eukaryot gen?
Många regulatoriska proteiner interagerar via mediatorn medan andra påverkar de generella transkriptionsfaktorerna eller RNA polymeras 2 direkt.
Hur fungerar aktivering av varje enchancer?
aktivering av varje enchancer är specifik för just den promotorn som den reglerar. Detta fungerar på grund av ett insulator element.
Insulator är DNA sekvenser som hindrar eukaryota genregulatoriska proteiner från att influera andra närliggande gener.
En insulator bindning protien binder till de två insulator elementen så att DNA:t bildar en “hairping-strucutre” så genen “isoleras”
Hur fungerar samverkan vid olika protein/komplex?
Denna samverkan mellan olika regulatoriska protiener /komplex bestämmer genuttrycket
Flera reglerproteiner samverkar för att påverka transkriptionsnivån av gen
Hur fungerar negativ reglering? Vad är en viktig skillnad från prokaryoter och eukaryoter?
- Sker på kromatin nivå.
- En viktig skillnad mellan transkriptionsreglering i prokaryoter och eukaryoter är ett DNA:t är packat som kromatin i eukaryota.
- Modifiering av kromatinstrukturen spelar en viktig roll när genuttryck regleras i eukaryota celler.
- I eukaryota celler så stängs gener av genom att DNA:t packas så att inte RNA polymeraset kan binda = negativ reglering.
Finns specifikt negativ reglering i eukaryota celler, vilka?
- Blockerar bindningen av andra transkriptionsfaktorer
- Tävlar med aktivatorn för att binda till en specifik reglersekvens
- Både repressor och aktivatorn kan binda till DNA:t. Repressorn binder till aktiveringsdomänen på aktivatorn som därmed inte kan aktivera genuttryck.
Kan en specifik cell bli en annan cell?
Det är små grejer som gör att en stamcell kan bli en annan cell ex levercell osv.
Krävs bara ett litet nummer av transkriptionsfaktorerna
–> En kombination av transkriptionsfaktorer kan omvandlad en differentierad cell tillbaka till en icke differentierad cell sk pluripotent cell.
Vad gör mikroRNA ?
- Dem kan gå in och se till att RNA bryts ner.
- MikroRNA dem kodas i kärnan och produceras där.
- MikroRNA transporteras ut till cytoplasma och här ute degraderas RNA,
Vad ör RNAi (RNA interferens)?
LÄSA OM DETTA: Känna till figur 1 3 och 4. Deras mekanism och funktion.
Samt CRISr/CAS9
