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TSB400 > Quiz 1 > Flashcards

Quiz 1 Flashcards

1
Q

quelles sont les deux raisons qui nous encourage à séquencer des génomes?

A

1: avoi plus d’information sur la séquences des nucléotides
2: compter les moléculer d’ADN précisément

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2
Q

quelles sont les applications du séquencage

A

La recherche fondamentale
Recherche clinique/médecine
Expertise médico-légale
industrie agro-alimentaire et autres

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3
Q

dans quel sens la synthèse de l’ADN se fait elle

A

5’ vers 3’

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4
Q

quel est le substrat de l’ADN polymérase (sur lequel elle ajoute un nucléotide)

A

3’ OH

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5
Q

qu’est ce que les dideoxy retrouvés dans la méthode de séquencage de Sanger

A

Des nucléotides qui n’ont pas de substrat 3’ OH

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6
Q

combien de réactions de polymérisations étaient à l’origine fait pour réaliser un séquencage de Sanger

A

4 réactions

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7
Q

pourquoi l’amorce utilisé dans la réaction de Sanger était originellement radioactive?

A

pour réveler l’ADN synthétisé sur un film. Il n’avaient pas accès à des fluorophore à cette époque

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8
Q

quel est l’avantage d’utiliser des DDnucléotides fluorescents

A

avec ceux-ci, on peut faire toute les réactions de polymérisation dans un seul tube.

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9
Q

quelle est la taille de la séquence analysée par une méthode dideoxy Sanger avec un appareil automatisé

A

500-1000bp

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10
Q

peut on séquencer plus d’une séquence en même temps avec un séquencage de Sanger

A

non

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11
Q

quelle est le principal avantage du séquencage de sanger

A

il est assez cheap à réaliser et est très fiable. Cette methode est amplement suffisante s’il n’y a seulement une seule séquence à faire

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12
Q

Quels sont les deux compagnies iconiques des techniques de séquencage de deuxième génération

A

Illumina

Ion Torrent

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13
Q

Quelle est la caractéristique unique aux techniques de séquencage de deuxième génération par rapport aux méthodes traditionnelles

A

Il y a séquencage de million de séquences parralèlement

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14
Q

En quoi consiste une banque d’ADN pour un échantillon de séquencage?

A

C’est un échantillon qui a été isolé d’une source quelquonque. ex: flaque de boue, échantillon de selle, goutte d’eau d’un lac, etc
L’ADN d’une banque d’ADN ne provient pas nécessairement d’un seul organisme

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15
Q

quel outil permet de séquencer une seule extrémité de brin d’ADN à la fois plutot que de séquencer les deux extrémités du même brin en même temps?

A

les adaptateurs en Y au bout des brins à séquencer

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16
Q

Qu’est ce qui se trouve dans un adaptateur en Y?

A

les séquences pour hybrider l’amorce de séquencage
Séquence pour hybdridation sur la matrice (verre/bille selon la compagnie)
Séquence ‘‘index’’ pour tagger la banque d’ADN d’ou le fragment produit si on séquence plusieurs banques d’ADN en même temps.

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17
Q

pourquoi doit on dénaturer l’ADN à séquencer avant de le mettre sur une plaque illumina ou ion torrent?

A

pour que l’ADN puisse aller s’hybrider sur les amorces de la plaque

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18
Q

quelle est la ressemblance entre les méthodes de deuxièmes génération de séquencage et la méthode de sanger?

A

les deux techniques séquencent l’ADN par polymérisation.

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19
Q

Dans la méthode illumina. Quels sont les 2 modifications sur les nucléotides ajoutés pour le séquencage

A

un fluorophorave clivable

Un terminateur 3’ (une sorte de cap qui empêche l’ajout de plusieurs nucléotides en même temps)

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20
Q

qu’est ce qui doit être fait entre chaque ajout de nucléotides lors de la méthode illumina?

A 
une photo (read) doit être prise pour voir la couleur des colonies de brins fluorescents
Un traitement chimique est fait pour éliminer le terminateur 3' du brin
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21
Q

Les méthodes illumina et Ion torrent ajoutent ‘‘une base à la fois’’ d’une manière différente. Expliquer comment ces deux méthodes ajoutent des bases de manière différentes??

A

La méthode illumina ajoute les 4 nucléotides en même temps mais ils n’ont pas de 3’ OH. Il y a donc un nucléotide à la fois qui est ajouté sur chaque brin
Iont torrent ajoute une grande quantité de nucléotide mais d’un seul type. Cette méthode mesure donc le nombres de nucléotides ajoutés sur chaque brins ‘‘un nucléotide à la fois’’

22
Q

à quoi sert l’émulsion huile-eau dans la méthode Ion Torrent?

A

chaque bille sur laquelle on retrouve des amorces est isolée à l’intérieur d’une goutelette. l’émulsion sert donc à séparer les colonies les unes des autres

23
Q

quelle est la faiblesse de la méthode Ion torrent? (le facteur qui cause un taux d’erreur plus élevé

A

les séquences répétées rendent d’un même nucléotides rendent le taux d’erreur du micro pH-mètre beaucoup plus important

24
Q

Quelle méthode est produit le plus de séquence par expérience

A

Illumina

25
Q

Est ce que les deux méthodes peuvent séquencer le brin dans les deux sens

A

non, Ion torrent ne séquence que dans un seul sens

26
Q

quelle méthode a le plus haut taux d’erreur

A

Ion torrent

27
Q

Quelle méthode fait des ‘‘reads’’ plus long en paires de bases

A

Ion torrent

28
Q

Quelle technique coute plus cher à réaliser pour une expérience

A

Illumina

29
Q

Quelle technique est la plus rapide pour réaliser une expérience?

A

Ion torrent

30
Q

Quelles sont les deux méthodes qui font partie du séquencage de 3me génération?

A

Pacific Biosciences SMRT seq

Nanopore MinION

31
Q

Quelle est la particularité des méthodes de 3me génération?

A

ces méthodes séquences des molécules uniques.

Cela fait donc des reads beaucoup plus longs et ne requierent pas d’amplification

32
Q

quel est l’inconvénient du séquencage de 3me génération

A

le pourcentage d’erreur est élevé

33
Q

Quelle est la longueur maximale d’un read de 3me génération?

A

Il peut être illimité. La seule limite est la longueur maximale d’ADN qu’on peut manipuler sans le briser.

34
Q

Le séquencage SMRT seq se fait au fond d’un puit, comme Ion torrent. Qu’est ce qui se trouve au fond du puis dans cette technique?

A

une polymérase fixée au puit ainsi qu’une source de lumière pour exciter les fluorophores

35
Q

Pourquoi le séquencage de par exemple 1mbp est il plus rapide chez les méthodes de séquencage de troisième génération que chez les 2me génération
(sans considérer l’amplification chez les 2me générations)

A

Les méthodes de troisième génération n’ont pas besoin d’arrêter entre chaque ajout de nucléotide ou entre chaque type de nucléotide pour continuer le séquencage

36
Q

qu’est ce qui se trouve aux extrémités des fragments d’ADN à séquencer par SMRT?

A

des amorces en formes d’épingle

37
Q

quelle forme prend l’ADN séquencé par la méthode SMRT

A

l’ADN est circulaire

38
Q

quel est l’avantage de fragmenter l’ADN à séquencer en plus petits morceaux dans la méthode SMRT?

A

la polymérase va avoir le temps de faire plusieurs passages sur le brins d’ADN et ainsi réduire le taux d’erreur du read

39
Q

en consiste le séquencage en strobe dans SMRT

A

le laser qui excite les fluorophores des nucléotides n’est pas actif en tout temps. Cela laisse des gap dans le read.
Cela permet de mettre en ordre des contigs de séquences qui n’auraient autrement pas pu être alignés correctement.

40
Q

pourquoi est il avantageux d’éteindre momentanément le laser excitateur lors de la méthode Strobe de SMRT?

A

Cela permet de réduire le dommage fait par le laser à la polymérase. on peut donc séquencer des brins plus long.

41
Q

quel est l’avantage des méthodes de troisième génération par dessus les méthodes de deuxièmes générations

A

Les reads sont obtenus beaucoup plus rapidement

42
Q

qu’est ce qui est retrouvé au extrémités du brin à séquencer dans la méthode Nanopore

A

il y a des enzymes à chaque extrémité du brins d’ADN

43
Q

quel est l’avantage de la méthode Nanopore?

A

la technologie est extrèmement portable. C’est donc une méthode de séquencage très versatile qui permet un séquencage rapide et cheap de séquences de longueurs variables (jusqua 1 mbp)

44
Q

quels sont les inconvénients de la méthode de séquencage par nanopore?

A

le taux d’erreur est très élevé. il peut aller de 15 à 38% selon les expériences.

45
Q

quelles sont les applications de SMRT Pac Bio

A

facilite le séquencage de séquences répétés
Identifier des ARN non-codants
Identification de mutations chromosomiques

46
Q

Quelles sont les applications du nanopore MinIon

A

Utilisable sur le terrains
Sciences forensiques
identification d’espèces bactériennes
Compter des séquences d’ARN dans des expériences de RNA-Seq.

47
Q

Les technologies de troisième générations risquent elles de remplacer les techniques de 2me génération au même titre que les 2me générations ont remplacé les 1eres?

A

Non.
même Si le taux d’erreur des méthodes de troisième générations déscend au même niveau que les méthodes de 2me gen, ils seront tout de même complémentaires puisque les méthodes de 2me gen sont capable de faire du séquencage de masse, qui est beaucoup moins atteignable avec les méthodes de 3me gen.

48
Q

quel est le format de fichier pour les données brutes le plus courant dans le domaine de la bioinformatique

A

FastQ

49
Q

Quelle est la différence entre l’assemblage et la cartographie de séquences

A

La cartographie compare les morceaux séquencés sur un génome de référence
L’assemblage se fait sans génome de référence. On créer des contig et on tente d’assembler ces contigs pour créer un génome de référence

50
Q

L’assemblage de séquences répétées est problématique. Comment peut on régler ce problème?

A

l’utilisation de paired end sequencing qui chevauche des région répétées et non-répétées.
Des longs reads avec des méthodes de 3me gen peuvent aussi être utilisés pour couvrir des régions répétées.

51
Q

Pourquoi le mapping d’ADNc sur son génome de référence prend-t-il une forme comme celle-ci

===——–==——-===

A

Les séquences mappés correspondent aux exons dans le génome

52
Q

qu’est ce que la profondeur de séquencage?

A

La profondeur correspond au nombre de reads qui peuvent être cartographié au même endroit sur le génome de référence

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