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GENETICA MÉDICA 1 > Pruebas citogenéticas y moleculares > Flashcards

Pruebas citogenéticas y moleculares Flashcards

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1
Q

Qué es una prueba citogenética?

A

Se usa para la identificación de anomalías cromosómicas. Se analizan las células de una muestra de tejido, sangre, médula ósea o líquido amniótico para identificar

  • Anomalías numéricas
  • Anomalías estructurales
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Q

Cuáles son las pruebas citogenéticas más comunmente usadas?

A
  1. Cariotipo.
  2. FISH: Hibridación fluorescente en situ (citogenética molecular) / (citogenético (S))
  3. CGH Hibridación genómica comparativa (citogenética molecular) / (molecular (S))
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3
Q

En qué consiste el FISH?

A

FISH utiliza sondas fluorescentes con secuencias de bases complementarias para localizar la presencia o ausencia de porciones específicas de ADN en los cromosomas. La sonda y el ADN objetivo deben desnaturalizarse con calor o productos químicos para romper los enlaces de hidrógeno en el ADN y permitir que se produzca la hibridación una vez que se mezclan las 2 muestras. Las sondas fluorescentes forman nuevos enlaces de hidrógeno con sus pares de bases complementarias en el ADN, y esto se puede detectar mediante microscopía de fluorecencia.

FISH puede detectar varios tipos de alteraciones citogenéticas que incluyen aneuploidia, duplicación, deleciones y translocaciónes.

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4
Q

Qué tipos de sondas existen en FISH

A
  • Sonda centromérica
  • Sondas de secuencia cromosomica - único específico.
  • Sondas teloméricas
  • Sondas de pintura cromosómica completa
  • Sondas derivadas de cromosomas ordenados por flujo
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Q

En qué consisten las sondas centroméricas?

A

Son secuencias de ADN repetitivas encontradas alrededor o en el centrómero de un cromosoma en específico.

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6
Q

Para qué se usa el FISH con sondas centroméricas?

A

Se usa para el diagnóstico de aneuploidias comunes:

trisomias 13, 18 y 21.

Usando células en interfase obtenidas de muestras de vellocidad coriónica en el diagnostico prenatal.

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7
Q

Para qué se usa el FISH con sondas de secuencia cromosomica - único específico

A
  • Estos son específicos para un solo locus en particular.

*Diagnóstico prenatal de las anormalidades cromosómicas numéricas más comunes.

*Útil para la identificación de deleciones y duplicaciones submicroscópicas (síndromes de microdeleción).

Las sondas específicas de locus para el cromosoma 13q14 y la región crítica para el síndrome de Down en el cromosoma 21 (21q22.13 21q22.2) se pueden utilizar junto con sondas centroméricas para los cromosomas 18, X e Y para proporcionar un diagnóstico prenatal rápido.

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8
Q

Para qué se utilizan las sondas subteloméricas?

A

Identificación de pequeñas anormalidades crípticas subteloméricas como traslocaciones y deleciones en una proporción pequeña pero significativa de niños con discapacidad intelectual inexplicable.

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9
Q

Para qué se utliza las sondas de pintura cromosómica completa?

A

*Es útil para la caracterización de rearreglos complejos cromosómicos: translocaciones sutiles

*Es útil para la identificación de material cromosómico adicional como: cromosomas en anillo, o cromosomas supernumerarios (marcadores).

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10
Q

(S) En qué estudios se puede usar FISH?

A
  • Estudios preimplantacionales
  • Estudios prenatales de alto riesgo: biopsia de vellocidad corial, líquido amniótico y sangre fetal.
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11
Q

(S) cuáles son ejemplos de anomalías que puede detectar FISH?

A
  • Aneuploidias T21, T13, T18, X y Y
  • Deleciones 1Mb y 5Mb (mega x 10^6): banda de un cromosoma.
  • Síndromes de deleción, duplicación 22q11, Sd Williams, Angelman, Prader Willi, entre otros
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12
Q

(S) Cuál es el objetivo cromosómico (target) del FISH?

A

Región cromosómica

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13
Q

(S) Cuál es la resolución del FISH?

A

> 20 kb (kilo = x10^3)

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14
Q

(S) Cuál es el objetivo cromosómico (target) del cariotipo?

A

Genoma (totalidad de número de cromosomas)

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15
Q

(S) Cuál es la resolución del cariotipo?

A

> 10 Mb (mega x 10^6)

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16
Q

Qué células son las más comunmente utilizadas para la preparación de cromosomas en análisis citogenéticos?

A

Linfocitos de sangre periférica.

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17
Q

Qué otras células pueden ser utilizados para la preparación de cromosomas en análisis citogenéticos?

A
  • Piel,
  • Médula ósea,
  • Vellosidades coriónicas

-Células del líquido amniótico (amniocitos)

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18
Q

Cuál es la función de la fitohemaglutinina en el medio de cultivo?

A

Estimula los linfocitos T para que se dividan

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19
Q

La colchicina que se agrega a cada cultivo celular se usa para ?

A

Previene la formación del huso celular y por lo tanto arresta la célula en metafase, donde los cromosomas están más condensados.

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20
Q

Cuáles son los métodos de tinción para el bandeo cromosómico:

A
  • Bandas G (Giemsa).
  • Bandas Q (Quinacrina)
  • Bandas R (Reversa).
  • Bandas C (Heterocromatina centromérica)
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21
Q

En qué consiste el cariotipo?

A

Este método usa luz microscopía y procedimientos de tinción estandarizados en células en metafase para ver el genoma (juego completo de cromosomas)

22
Q

(S) Dentro de los niveles de resolución dados por el cariotipo, qué puede detectar el cariotipo?

A

Anormalidades cromosómicas (estructural o numérica).

Esta prueba no nos permite ver si un individuo presenta alteraciones genéticas “pequeñas” como las mutaciones puntuales o duplicaciones/deleciones de unos pocos pares de bases.

23
Q

Qué es la CGH (hibridación genómica comparativa)?

A

Técnica utilizada en biología molecular para detectar alteraciones de número de copias en el ADN. Es decir, permite la visualización de regiones con pérdida de alelos (deleción) o amplificación de genes (duplicaciones).

24
Q

En qué consiste el CGH (hibridación genómica comparativa)?

A

Se basan en la comparación de dos muestras de ADN diferentes: una muestra de referencia y una muestra que queremos analizar.

El procedimiento de esta prueba consiste:

1- Aislar el ADN de las muestras

2- Desnaturalizar (separar) las cadenas de ambas muestras de ADN.

3- Marcar ambas muestras con un fluorocromo. Cada una de las muestras deberá ser marcada con un fluorocromo diferente.

4- Mezclar las cadenas de ADN de referencia con el ADN problema para que hibriden, es decir, para que ambos tipos de cadenas (referencia y problema) se unan en dobles cadenas.

Tras la hibridación, en función de la fluorescencia de cada una de las moléculas de ADN resultantes, podremos determinar para cada fragmento si existe alguna diferencia en el número de copias de la muestra que queremos analizar.

24
Q

En qué consiste el CGH (hibridación genómica comparativa)?

A

Se basan en la comparación de dos muestras de ADN diferentes: una muestra de referencia y una muestra que queremos analizar.

El procedimiento de esta prueba consiste:

1- Aislar el ADN de las muestras

2- Desnaturalizar (separar) las cadenas de ambas muestras de ADN.

3- Marcar ambas muestras con un fluorocromo. Cada una de las muestras deberá ser marcada con un fluorocromo diferente.

4- Mezclar las cadenas de ADN de referencia con el ADN problema para que hibriden, es decir, para que ambos tipos de cadenas (referencia y problema) se unan en dobles cadenas.

Tras la hibridación, en función de la fluorescencia de cada una de las moléculas de ADN resultantes, podremos determinar para cada fragmento si existe alguna diferencia en el número de copias de la muestra que queremos analizar.

25
Q

Cuáles son los posibles resultados de la CGH?

A

Si al ADN control se marca con fluorocromo verde y al ADN problema se le marca con fluorocromo rojo, se tienen los siguientes resultados.

  • Si hay la misma cantidad de ADN en ambas muestras (no hay variación en la cantidad de material genético): fluorescencia amarilla (fluorescencia roja + fluorescencia verde)

*Si hay más ADN en la muestra problema que en la muestra de referencia (ganancia de material genético): fluorescencia roja

*Si hay más ADN en la muestra de referencia que en la muestra problema (pérdida de material genético): fluorescencia verde

26
Q

Para qué sirven los arreglos de ADN (arrays)?

A

Permiten ordenar cada una de las hibridaciones genómicas comparativas por regiones cromosómicas.

27
Q

En qué consiste el Array CGH o aCGH?

A

El funcionamiento de los Array CGH es similar al de la CGH convencional.

No obstante, en este caso, no se hibridan el ADN control y el problema, sino que estos dos se hibridan a unos oligonucleótidos que se encuentran en el fondo de cada uno de los pocillos del microarray.

Dependiendo de la cantidad de ADN de una muestra u otra que se hibride con los oligonucleótidos, el pocillo presentará una fluorescencia u otra.

28
Q

Para qué sirve aCGH?

A

Sirve para detectar alteraciones cromosómicas desequilibradas tan pequeñas que no pueden ser detectadas por el cariotipo convencional. Para que os hagáis una idea, mientras que en un cariotipo convencional podemos detectar duplicaciones y deleciones de entre 5 000 000 y 10 000 000 nucleótidos, con un Array CGH podemos detectar alteraciones de entre 50 000 y 200 000 nucleótidos, es decir, fragmentos unas 100 veces más pequeños.

(S): Pérdida o exceso de segmentos de DNA
500 a 1000 kb. 100 mil fragmentos.

29
Q

(S) Cuál es el objetivo cromosómico (target) de las CMA (aCGH, SNP arrays)?

A

Todo el genoma

30
Q

(S) Cuál es la resolución de las CMA (aCGH, SNP arrays)?

A

5 kpb (kilo = x10^3)

31
Q

Para qué se utiliza la PCR fluorescente cuantitativa (QF-PCR)

A

Es usada rutinariamente para detectar aneuploidias en el diagnóstico prenatal en 24-48 horas en muestras de vellosidad corial.

Microsatelites localizados en los cromosomas 13,18 y 21 pueden amplificarse dentro de un multiplex y detectar trisomias, ya sea por la presencia de tres alelos o por un efecto de dosis donde un alelo está sobrerrepresentado.

32
Q

(S) Dentro del nivel de resolución dado qué puede detectar las CMA (aCGH, SNP arrays)?

A

SNPs (polimorfismos de nucleótido único), CNVs y otros rearreglos submicroscópicos.

33
Q

En qué consiste la PCR fluorescente cuantitativa, (QF-PCR)

A

consiste en la amplificación y
cuantificación de las variantes genéticas presentes en regiones específicas del ADN (STRs
o Short Tándem Repeat) por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR),
utilizando cebadores marcados con fluorescencia, que permiten que un secuenciador de
ADN de electroforesis capilar, registre los fragmentos productos de la PCR como picos de
excitación en un gráfico denominado electroferograma.

34
Q

Cuáles son las pruebas moleculares para el diagnóstico en genética médica

A

Para identificación de mutaciones puntuales:

  1. RFLP (Restriction Fragment Length
    Polymorphism).
  2. Secuenciación SANGER.

Para identificaciones de mutaciones de un conjunto de genes: Técnicas de secuenciación masiva (NGS):

  1. Páneles multigen
  2. Secuenciación del exoma
  3. Secuenciación del genoma
35
Q

(S) Para qué se utiliza los páneles multigen?

A
  • Identificación de mutaciones de más de un gen donde existe una asociación conocida
  • Identificación de enfermedades con heterogeneidad genética
  • Identificación de grupos de enfermedades génicas.

*Se estudian grupos de genes en una sola prueba de laboratorio

36
Q

Cuál es la resolución de la secuenciación SANGER, del Panel de genes, de la secuenciación del Exoma y de la secuenciación del genoma?

A

1 pb

37
Q

Qué variantes detecta la secuenciación SANGER, el panel de genes y la secuenciación del Exoma?

A

Regiones codificantes

38
Q

Qué variantes detecta la secuenciación del genoma?

A

La mayoría de variantes

39
Q

Cuantas variantes por persona detecta la secuenciación SANGER?

A

de 3 a 30

40
Q

Cuantas variantes por persona detecta los paneles multigen?

A

de 30 a 300

41
Q

Cuántas variantes por persona detecta la secuenciación del exoma?

A

20000

42
Q

Cuántas variantes por persona detecta la secuenciación del genoma?

A

4 a 5 millones

43
Q

Qué se puede detectar con FISH?

A
  • Aneuploidias: T21, T13, T18 y X y Y.
  • Deleciones 1 y 5MB:
  • FISH es un método que se utiliza para detectar pequeñas deleciones y duplicaciones que no son visibles mediante el análisis microscópico.

Sindrome de DiGeorge: deleción del cromosoma 22q11.2

  • Sindrome de Williams : Deleción 7q11.23 = Monosomía 7q11.23 = se presenta cuando no se tiene una copia de los genes 25 al 27 en el cromosoma número 7.
  • Sindrome de Angelman: la mayoría se producen cuando se elimina un segmento del cromosoma materno 15 (deleción) que contiene el gen UBE3A.
  • Sindrome de Prader Willi
44
Q

Cuál son las características generales del cariotipo?

A
  • Tipo: citogenética.
  • Target: Genoma
  • Resolución: >10 Mb
  • Detección: Aneuploidias y anormalidades cromosómicas.
45
Q

Cuál son las características generales del FISH?

A
  • Tipo: citogenética.
  • Target: región cromosómica.
  • Resolución: >20kb
  • Detección: Aneuploidias y anormalidades cromosómicas.
46
Q

Cuál son las características generales del aCGH, Arreglos SNP (polimorfismos de nucleótido único)?

A
  • Tipo: molecular
  • Target: genoma
  • Resolución: 5k bp
  • Detección: SNP (polimorfismos de nucleótido único), CNVs (variaciones del número en el número de copias (duplicaciones o deleciones)) y otros rearreglos submicroscópicos.
47
Q

Qué es un polimorfismo de nucleótido único SNP?

A

Un polimorfismo de nucleótido único (SNP) es una variante genómica en la posición de una base única en el ADN

48
Q

Cuál son las características generales de la secuenciación SANGER?

A

-Tipo: molecular

  • Target: gen específico
  • Resolución: Hasta una sóla base
  • Detección: Hasta SNP e Indels (an insertion or deletion of bases in the genome of an organism).
49
Q

Cuál son las características generales de la secuenciación WGS (Whole genomic sequence) y WES ()Whole exomic sequence?

A

-Tipo: molecular

  • Target: Genoma y exoma
  • Resolución: Una sóla base
  • Detección: SNP, indels y CNVs.

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