Proyecto ENCODE

Question 1

¿En qué año fue creado el proyecto ENCODE?

Answer 1

En 2003

Question 2

¿Que se buscaba en el proyecto ENCODE?

Answer 2

-cataloga elementos funcionales del ADN
-Investiga la relación entre la expresión genomica y la salud

Question 3

¿Qué pretende identificar el proyecto ENCODE?

Answer 3

-genes que codifican proteínas
-genes que no codifican para proteínas
-elementos reguladores de la transcripción
-secuencias promotoras
-elementos que regulan la secuencia dinámica y cromosómica

Question 4

Etapas

Answer 4

Fase piloto
Fase de desarrollo tecnológico

Question 5

Fase piloto

Answer 5

Se Evaluaron distintas estrategias para identificar distintas regiones del genoma

Question 6

Fase de desarrollo tecnológico

Answer 6

Para implementar nuevas estrategias computacionales y de laboratorio para caracterizar secuencias previamente descubiertas y nuevas regiones

Question 7

¿Cuántas regiones se eligieron?

Answer 7

44

Question 8

Organismo que se eligieron

Answer 8

10 organismos vertebrados
Elegidos por su posición filogenética
Regiones ortoticas

Question 10

¿Por qué se eligieron este tipo de organismos?

Answer 10

Para identificar elementos a nivel evolutivo

Question 11

¿Qué utiliza este proyecto?

Answer 11

Elementos computacionales para usar secuencias comparativas para funciones biológicas

Question 12

Fases del proyecto

Answer 12

1: piloto
2: producción de datos
3: producción de datos

Question 13

Fase 1

Answer 13

Desarrollo tecnológico 1 y 2
Producción de datos

Question 14

Fase 2

Answer 14

ModENCODE: mosca y gusano
Mousencode: ratón
Desarrollo tecnológico 3

Question 15

Fase 3

Answer 15

Análisis computacional 1
Desarrollo tecnológico 4

Question 16

Fase 4

Answer 16

Análisis computacional 2
Caracterización funcional

Question 17

Primer paso de proyecto ENCODE

Answer 17

Motivos de factores de transcripción

Question 18

¿Cuántas regiones de mapearon en los Motivos de factores de transcripción?

Answer 18

119 en donde se observa unión a proteínas

Question 19

¿Cuántos elementos de DNA pol se observaron en Motivos de factores de transcripción?

Answer 19

En 72 células diferentes

Question 20

Secuencias específicas de unión a factores de transcripción (Motivos de factores de transcripción)

Answer 20

87

Question 21

Regiones del genoma de unión a proteínas (Motivos de factores de transcripción)

Answer 21

8.1%
FACTORBOOK tiene información de esto

Question 22

Paso 2

Answer 22

Evaluación de los sitios de unión a factores de transcripción

Question 23

¿Que se hizo en 2. Evaluación de los sitios de unión a factores de transcripción ?

Answer 23

-ayuda a explorar las propiedades de la cromatina
-estudia la unión H3K27me

Question 24

Estudio de la unión de H3K27me

Answer 24

Modifica la epigenetica de la histona 3 y timetilacion de la lisina 27

Question 25

¿Qué permite cageSec?

Answer 25

Identificar la región 5’cap y luego a secuenciar todas las hebras de ARN con 5’

Question 26

Paso 3

Answer 26

Características de regiones Inter genéticas y definición de 1 gen

Question 27

Paso 4

Answer 27

RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones cromosómicas

Question 28

4.RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones cromosómicas

Answer 28

Realizan modelos de predicción que explorarían la interacción entre las modificaciones de las histonas y regiones promotoras

Question 29

Paso 5

Answer 29

Regulación epigenetica del procesamiento de RNA

Question 30

5.Regulación epigenetica del procesamiento de RNA

Answer 30

Se encontraron 2 tipos de promotores: -Islas CG -Caja TATA en menor cantidad

Question 31

Paso 6

Answer 31

Caracterización de los RNA codificantes

Question 32

6. Caracterización de los RNA codificantes

Answer 32

-técnica CAGESeq para identificar sitios de transcripción -RNAS de >200 nucleotidos han sido asociados

Question 33

Paso 7-12

Answer 33

7. Metilacion del DNA 8. Descubrimiento y caracterización de enhancers 9. Conexiones 3D a lo largo del genoma 10. Caracterización de la red topologica 11. Machine learning in genomics 12. Entender la variación con base en el impacto de información funcional

Question 34

Paso 13

Answer 34

Impacto en la selección evolutiva: comparación de alineamientos

Question 35

Principal técnica usada en el proyecto

Answer 35

ChIp-ChIp

Question 36

Técnica ChIp-ChIp

Answer 36

Inmunoprecipitación de cromatina: ver que se pega a la cromatina

Question 37

¿Que permite identificar ChIp-ChIp?

Answer 37

Sitios de unión de las proteínas que se unen al DNA: -factores de transcripción -histonas -reguladores de cromosomas