Proteinstruktur (Per Jemth) Flashcards
Rita en peptidbindning.
O=C-N-H
CH (-CO-NH-) CH
En sidogrupp med högt pKa i fysiologiskt pH, hur kommer den se ut?
Högt pKa betyder stark bas. Den kommer ev vara plusladdad då den gärna tar upp proton. Dvs kommer vara i sin syraform
En aminosyra med en sur sidokedja, vad har den för struktur?
COOH
Vad är en polär sidokedja?
En sidokedja med sidogrupper som t.ex. -OH, SH. elektronegativa atomer
Vad är en sur grupp i en sidokedja?
Lågt pKa värde gör att den blir minusladdad, COOH
Exempel på ickepolär sidokedja (hydrofob)
H, CH3, CH(CH3)(CH3) kolvätkedjor generellt, även cykliska kolvätegrupper.
Vad är N-terminal och C-terminal?
Ändarna på en polypeptid. C: COO-
N: NH3+
Vad utgör ryggraden i en peptidkedja?
kol och kväve
Vad är en primärstruktur?
Ordningen på aminosyraresterna i en peptidkedja.
Vilka bindningar binder den primära strukturen och bildar den sekundära?
Icke kovalenta bindningar som vätebindningar och jonbindningar. Polära interaktioner.
Vilken laddning har O, N och H i en vätebindning?
O och N är negativa, H positiv
ad är den hydrofoba effekten?
Den hydrofoba effekten: hydrofoba molekyler slås ihop. betyder att entropin ökar när hydrofoba mmolekyler slås ihop. Ordnat vatten frigörs som sitter runt den hydrofoba molekylen.
Hur kan hydrofoba sidokedjor interagera?
van der Waals. Kortlivade flukturerande dipoler, kort avstånd.
Vad är en disulfidbindning och var finns den?
En bindning av två S. Bildar en kovalent bindning, delar på ett elektronpar, finns mellan aminosyrakedjor. Dvs bildar sekundärstruktur.
Hur stabiliseras alfahelixar?
vätebindningar.
Beta sheets, hur stabiliseras dem?
Liksom alfahelxiar, vätebindningar mellan atomer i ryggraden och interaktioner mellan atomer i sidokedjor och ryggrad.
Vad är en loop och turn?
Molekyler som binder alfasheets och betasheets samman. Står ofta för proteinets funktion.
Vad gör loops och turns ofta i ett protein, samt sekundärstrukturerna?
Loopsen utgör ofta proteinet specifika egenskaper, medan sekundärstrukturen ger proteinets dess form oftasst (grundstrukturen).
Vad är tertiärstruktur?
Hur sekundärstrukturerna förhåller sig till varandra.
Hur veckas poroteiner till globulära strukturer?
Hydrofoba molekyler hamnar i mitten och hydrofila på utsidan (hydrofoba effekten), där har vi oftast våra funktionella grupper som utgör egenskaperna för proteinet.
vad är denaturering och naturering?
De: uppveckning
Na: veckning.
Hur kan vi denaturera proteiner?
Genom lågt pH, hög temperatur, eller med denaturenter som urea.
Vad är ett motiv?
En typrisk (återkommande) struktur för en viss funktion, t.ex. calmodulin som binder calcium.
. återkommande teriär, primär eller sekundär struktur som är typisk för en viss funktion.
Vad är en domän?
En del i ett protein som har en viss egenskap och kan veckas oberoende av andra delar av porteinet.
