HB, bindningslära (Per Jemth) Flashcards
Varför är hb:s bindningskurva S formad?
Hb kan anta två olika konfirmationer, T eller R. R liknar mer myoblobins bindningskurva där låga syrgastryck räcker för att binda syre (lågt Kd-värde). Hög affinitet för syre.
T formen har lägre affinitet för syre än R (ett högre Kd-värde), och därför kommer R och T sammanlagda kurva att förskjutas något neråt och och åt höger.
Vad är Kd?
Dissociationskonstanten. Är ett direkt mått på affiniteten för ligand och protein. Ett lågt Kd betyder att vi har hög affinintet, ett högt Kd har vi låg affinitet. Dvs vid ett lågt Kd behövs inte så stora koncentrationer av liganden för att proteinet ska binda.
Vad är en allosterisk effektor?
En ligand som stabiliserar T-formen för HB.
Varför släpper syre i en arbetande muskel?
Det sker metabolism och vi kommer ha höga koncentrationer av allosteriska effektorer. Dessa stabiliserar T-formen som har låg affinitet för syre och därmed släpper vi syre i vävnaden.
Vad är mättnadsgrad?
PL/Ptot, dvs hur många proteiner som är mättade med en ligand.
Rita jämviktsreaktion mellan T och R när syre finns närvarande
T R + 02 RO2
får inte in pilarna?!?!?!
Hur stabiliserar 2,3 BDP T-formen?
Det är en negativt laddad molekyl som binder till en positiv laddasd ficka i mitten av subeneheterna.
Varför har T-formen högre affinitet för H+?
Pga att T har ett högre pKa. Dvs en starkare bas som binder H+ lättare än R. R har således ett lägre pKa än T
När (L) = Kd, vad är det?
Halvmättnadsgraden. Då är ( P ) =( PL )
Vad är Boohr-effekten?
Förkjutning av bindningskurvan. Vid lägre pH kommer vi stabilisera T. Vi förkjuter kurvan åt HÖGER, lägre affinitet för syre, och om kurvan förskjuts åt vänster har vi högre affinitet för syre. Vid T har vi en förskjutning åt höger, krävs högre syrgastryck.
Med allosterisk effektor kommer T ha en lägre fri energi, varför är då inte R mer fördelaktig?
För att den har högre fri energi! delta G är större än 0 för R.
