Proteins Flashcards
explain the quaternary structure of a protein?
certaines protéines forment des assemblages avec d’autre molécule
n. de sous-unité:
1 protéine= monomère
2= dimère (2 pro. identiques: homodimère, 2 pro. diff: hétérodimère)
3= trimère
3+= polymère
what are all amino acids names? 3 letters + 1 letter code?
see image
which aa are essentials and non essentials?
essentials: H,I,L,K,M,F,T,W,V
non essentials: A,R,D,C,E,Q,G,P,S,Y,N
quelle est la base d’un acide aminé?
- Carbon alpha ()
- NH2
- COOH
- H
- chaine R (détermine quel type de aminé)
- toujours forme L (lévogyre)
quelles sont les charges des aa?
- à ph 7.0 (dans notre corps) les aa snt dipolaires:
- NH2 → NH3+ et COOH → COO-
comment se différenties les chaine de R?
dimensions, forme, charge, donneur/acceptuer de H+, hydrophobe ou hydrophyle, réactivité chimique
comment se classe les aa
selon les charactéristique du groupe R
- aa hydrophobes, avec R non polaires
- aa polaires, avec des R neutres
- aa chargé +, avec R chargé positif
- aa chargé -, avec R chargé négatif
explain the effect of ph and pk on amino acids and the purpose
what are aa ionisable?
aa chargé a ph neutre: K, R, H, D, E
can form a “pond salins”; combo of 2 non-covalent interactions; Hyrdogen bonding + electrostatic attractions
Allows them to donate or accept proton, pKa value can be influenced by environment
comment former des dipeptides?
- pendant traduction, la peptidyl transferase, forme la liasons peptidique par une liasons covalente entre NH2 de 1 aa et le COOH d’un autre aa
- liasons très stable
quelle direction a un aa?
aa sont numérotés depuis NH3+ terminal vers les COO- terminale.
how are secondary structures in proteins formed?
- starting from 50-100 aa
- based on the geometry; the alpha C will rotate, which results in some aa facing each other, or being on opposites.
- depending on the properties of the aa and the gêne stérique, ils vont se mettre ensemble ou pas.
- forme l’hélice alpha et le brin beta
- le molecule est toujours sur le même plan.
que change l’hélice a pour la protéine?
- tout les aa hydrophobe se trouvent sur le même côté et tout les aa hydrophyle de même
- stabilisé par des lisasons H, le sens de déroulement est de droite, favorbale pour aa L
que détermine la structure et la fonction d’une protéine?
et que est la structure finale?
la séquence primaire, en gros l’ordre des aa pour struc.
la forme tridimensionelle détermine les actions qu’elle peut faire.
structure finale: provient de milliers d’interactions non-covalentes
que est la structure d’un feuillet beta?
- chaine étirée
- pas enroulée comme hélice
- pas de liasons interne mais d’autre brins (soit parllèles ou anti parallèles)
- l’inversion du brin beta d’un beta voisin se fait via une structure appelé les coude beta
que sont les coudes beta?
structure qui permette de rejoindre les feuillets beta.
- constitué d’une liason H entre loxygène du C=O et l’amide N-H
que sont les zones random coil dans les proteines?
les zones sans structures particulière (hélices et feuillet beta)
Combine de codon existe pour 20 acide amines?
64
Que veut on dire par le code génétique est dégénéré?
À un acide amine correspond plusieurs codons différents
Que est le codon initiateur et les codons stop?
AUG, Met; donne le Cadre de lecture, stop: UAA, UAG, UGA
Quelles liaisons existent aux different niveaux de compaction des proteins?
Primaire: lias. Peptidique covalente
Secondaire: lias. Hydrogène
Tertiare/quaternaire: lias. Hydrogène, hydrophobe (van der waals), attraction électrostatique, covalente (pont disulfures)
Comment fonctionne les liasons hydrophobe et van der waals dans les proteins?
Ils existent des chaines latérale polaire et non polaire. Les non polaires se regroupe au centre forment un Coeur hydrophobe
Comment fonctionne les liasons hydrogène dans les proteins?
Pour le repliement des chaines latérales polaires des liasons d’hydrogène doivent se former entre les chaines polaires de l’AND
Comment fonctionne les liasons ionique/ attractions électrostatique dans les proteins?
Just know that: quand il y a une combinaison de 2 interactions non-covalentes_ lias. Hydrogène et ionique alors on parle de pont salin
