Proteines, techniques et structure Flashcards
carac chromato
purifiante
non denaturante
Comment savoir charge de la proteine
Si pH du milieu en dessous du pI = +
electrophorese 2D denaturante ?
non
Car sds page pour poids
Pi
aa naturels vs artificiles
C asym nature = LEFT (H a gauche sur pouce main face paume )
etat aa selon pH
pH = 1 NH3+ COOH pH = 6,7 COO- NH3+ ph = 12 COO- NH2
À helice alpha, aaa feuillet beta, coudes
Alanine
Valine
Proline glycine
Agent de aturant l faibles
SDS = RAJOUTE charges -
Uree SM
Chlorure de guanidijm
Struc IV
Asso de ss united via lh ou s s INTERcatenaire
Histone prot du noyau
Quelle centrifugation
Basse v
1000g 10min
Chromato : prot eluees
Que vaut charge
Eluee = charge neutre cat changement de charge
Forme native d’une prot
Quelle techn
Filtration sur gel
Interaction chrmo affinite
L covalentes
Diminution charges - entraîne quoi au pI
Augmentation du pI
Electro SDS avec beta mercu permet de savoir taille de prot
Non que des sous unités de prot
Ds helice alpha qui est donneur d’hydrogene et recevur
C=O recoit et NH2 donne
Denaturants l faibles
Uree
Chlorure de guadi
SDS
Uree denatyre helice alpha
Oui car denature l faibles comme hydrognes
interactions chaines adjacentes
l non covalnetes - si chaine chargee alors ponts SALINS 🌊
le feuillet beta anti // est la struc II la + frequente
faux c’est heliec alpha
cathode quelle borne d’une elctrophorese
borne MOINS
1 etape electrophorese bi dimensionnelle
electrofocalisation
microsomes et petites vesiet RER quelle centrfi
haute vitesse
2 phases d;une chromato
mobile (tampon elution)
fixe (billes = obstacles)
ct prot sont eluees
gradient de sol ionique –> ions en competition et gagnent
moyenne vitesse
Marine (mito( Le(yso) Pen (pero)
descr profil elution
x : fraction etudiee - y : qte de prot
desc SDS vs betamer
agent detergent denaturant vs reducteur
etapes electrophorese 2D (technique tres resolutive)
- Electrofoca (g gradient de ph)
2. Electr SDS page
que repre une tache en SDS
prot ou melange de prot avec meme pI et charge
spectroscopie de masse precisions
finds masse a un Da pres
- pico a femtomoles (PF) pierre fringian
Sp de m permet de savoir enchainement aaa
oui
conditins Sp de m
purifiee - isolee
conditions diffraction de rayonsX
prot purifiee et crisalliser (easy soluble) => m orientation 💎
ct savoir struc III
diffr X : profil de diffr, cartes de densites avec reso DIFF
descr chymotrysime
secretion par pancreas action tube diges 40kDa globulaire site catalytique colorant special pour obs
ct obt chymotrypsine
- centr RER (haute)
ct extraires prot totales
insolu ds sol salines
La protéine prion infectieuse peut déstabiliser la protéine prion normale.
non c’est par modif de la stucu meme de la prion
proteines assurent ensemble des fonctions du vivant
vrai
electrophorese sds, type de gel
reticulé
migration ds elctrophorese
catheode vers anode (attire anions donc pole +)
denaturant vs reducteur
l faibles vs l covalentes
interaction ds chaine du SDS
non il les a otees
une tache en ecltrophorese corres a
un eport ou un melange de prots
but electrofocalisation
gradient de ph , pq ph=pi alors q=0 donc ejecters
spectro de masse permet deter quoi
masse a 1 DA pres et donc struc primaire
etapes struc III
profil de diffraction - carte de densite electro avec des resolutions diff puis struc spatiale
l entre aa
covalente
l faible et easu
tres affectee
vand er waals dpd de
distance ineter atomique
condition liaison hydrogene
polaire (chargee ou pas)
quelle l donne stabilite
l hydrogene
autre nom l eectro
salines ioniques dc mol polaires CHARGEES
pq interaction mol apolaires entre elles
pour que eau ait plus de liaison hydrogenes
pq mol ont des liaisons hydrophobes
bco affinite avec eau
regle de base pour trouver struc 3d
hydrophobe: int
distance liaison hydrogne NH-O vs OH-N
d> si N donneur (NH)
🦁liaison amide particuliere
hydride de resonance (C=O et C-N ac N qui a la paire d’electrons partages ou C-O C=N et O de l’acide a la apire des electrons non partages
pq liaison peptidique est plane
2Calpha et C de C=O et N de NH2 ds le meme plan
=> extremes regularite et stabilite des distances interatomes
l peptique a des dimensions quasi fixes
grosse dif omega phi psy
torsion vs rotation
rotation phy et psy quelle contrainte
encombrement sterique, repulsion, stabilite
pq l pep non ionisable
car N et C engages ds l peptique
qui clive methionine et resulatat
bromure de cyanogene - grands fragments
helice alpha mnem
louis construit un helico avec un chapeau globe mais souple
ct helice alpha stabilise
lH (O accceptuer N donne)
pa feulliets beta anti// plus stable
LH plus d’energier pour destruciton
coudes et boucles
non regu non repet
role des coudes / boucles
connection entre struc secondaires
ou se trouvent boucles
ext –> engager LH avec eau
eg coude beta de type 1
4 residus et stabilise par 1 LH
Prot P purifiee puis electrphorese : pas betamec : 2 bandes (80-40kda) - beta : 1 bande de 40kda - cb de sous unites
on ne peut dire
Prot P purifiee puis electrphorese : pas betamec : 2 bandes (80-40kda) - beta : 1 bande de 40kda : sous unites de 40kfa
oui
gel filtration = ionique
non PORES
def chromato sur gel
= poreeeeeees
en electrohore 2D 2 prot m nb de sous unites de poids egal separes que par Pi
non car on n ‘a pas sous entenu presence de sds page
deduire etat de ionisation selon ph
ecrire ligen avec pka au milue place ph selon ou est le ph alors plutot forme acide (A- pour acide et BH+ pour base) ou basique (AH ou B)
q centrifugation cytosqu
basse
q centri pour RER (***)
haute
prot multimerique : ss unites reliees par des L faibles ou des ponts SS
SS ==> beta mercup`
chroma sur gel sepration selon poids mol
oui
electrophorese 2D : on assume quon peut du betamecu
NON NON NON que SDS page donc pas de coupe de prot multimerique
chromato puis electrophorese SDS QUE pour prot
oui
aa : cb de stereoisom
2 : L et D
prot : que des aa de serie L ?
oui
qui permet dosage des prot en solution
ceux qui absorbent ds UV gravce a pi delocalisable
fixation d’un ose sur quelle fonction de quel aa
N-glyco donc fonction amine de aspargine
pont disulfure : entre methi et cysteine possi
non QUE entre 2 cysteines
l peptidue est une liaison amide parti
oui car hybride de resonance (intermediaire) entre 2 formes extremes
l pepti: polaire
oui mais non ionisable
l pepti: dimensions quasi fixes
oui
l pepti: hydride de resoance
oui
l pepti: e- partages entre O C N dsitrubues sur 1 orbitale pi qui recouve les 3 atomes
oui
formation l covalente entre 2 aa
condensation de NH2 (–> NH) et COOH (devient C=0) et elimination d el’eau
pq helices alpha sont regulieres et repet
m nb de residus par tour
angles phi et psy diff feuillet beta // et anti//
oui
si m domaine ds prot diff
fonction commune
motif de la fonction interaction
helice coude helice (prot se FIXANT a ADN - au niveau du petit OU grand sillon) (helice»_space; coudes)
eg fonction structurale
immuno - globulaire - feuillet beta anti beta
eg domaine immunoglobul
feuillet beta anti// 4 brins relies par pont disulfure feuillet beta anti//3brins
lien struc primaire et secondaire
struc primaire (codee par les genes) deter strcu 3 (1 struc 3 par struc primaire)
qui stabilise struc 3
l faibles
prot multimerique
au moins 2 sous unites ou 2 chaines polypep
pb vache folle
2 struc 3 pour 1 struc primaire
lys ala leu ala aura des feuillet beta
NON alpha car alanine (vs feuillet valine)
ordre des angles
phi alpha psy (we all end up chez le psy)
modif angle phi (NH2-C) et psy (C-COOH) peut modifier conformation spatiale
oui mais contriante encombrement sterique, de repulsion, de stabilite
qui est fixe pour une struc secon donnee : omega phi et psy
juste angle de ROTATION donc phy et psy
def motif (***)
combi de struc seconadaires
si 2prots m motif = domaine alors fonciton
commune
toutes struc seconaires repeptitves et reguliere ?
OUI helice alpha feuilllet beta (m nb de residus par tour) mais pas pour coudes et bouclees qui sont non repet et non regu
helice alpha droite ou gauche plus fr
droite
helice alpha et feuillet beta stabilise par repetitions des LH
oui
helice alpha et feuillet beta stabilise par repetitions des LH : O ou N donneur
entre C=O et NH2 donc N donneur O reco
milieu ioniuque aa acide fort our bse f0rte
non partiellement ionises
cb de types LH
2 : Oh donenuer ou NH donneur (d plus grande)
cb aa essentiels
9
cb aa chaine let aromati 3ou 4
3phyenlaline tyrosine trypto
a ph = 7 NH2 - COOH
non partillement ionises donc NH3+ - COO-
helice alpha : chaine lat vers ext et int de helice
non QUE ext
synon de coude
tour
*** : coude beta type 1
4 residus aa stabilie par 1LH
coude ou tour m nb de aa
non coude a qq vs boucle j-20
def domaine=motif immuno globu
struc globulaire compacte ac beta –> ele constituf des anticorps
centrifu : cenrt haute vitesse realisee avec le culot ou le surnageant de la centri moyenne v
surnageant
elution g a un tampoin ionique croissant pour qui
TOUS saud chromato sur gel
electro sdsd page permet de controler l’etat de purete en prot d’interet a chaque satdeq
yes
electrophorese 2D permet de voir et d’analyser toutes les prot d’une mol
yes
spectro de masse peut deter compo en aa d’une prot islee a partir d’une electrophorese 2d
yes
si ds une prot on transforme AH glutamnique
en glutamines, pi va diminuer(acc)
non augmenter car moins acide !
la conversion de la forme normale en forme infectueuse est facilitee par la forme infectieuse de a prot prion (acC)
non
liason pepti peut etre coupee par du bromure de cyanogne (ACC)
yes
electrophoreeese sds page est une techni pas influencee par l’etat de phosphorilation de la prot
faux
2 prot au pi identique ne pourront pas e separees par chrno echangeuse d’ion
yes
histidine intervient ds fixaiton de mol O2 sur myoglobine
ues
prot prion : mutation d’un gene
non cR 2 STRUC TERNAIRE POUR UNE STRUC PRIMAIRE !
condition diffraction : que cristalise
non aussi purifiee
def purification du’ne prot
l’isoler
toutes les faibles sont affectees par h20
yes
phi et psy lib de rotation
yes
phi q angle
CO te C alpha
l hydrophobes entre residus polaire permet stabilite
non
