Biomol Flashcards
Dans un brin d’ADN le pentose des nucléotides est un beta -D-ribose.
! 2 ! beta DEXOSY d ribose
TFIID est également capable de provoquer l’ouverture et le déroulement de la double hélice d’ADN.
c’est TFIIH
L’ARN est synthétisé dans le sens 3’ vers 5’
lu ds 3’ 5; MAIS synthetise ds sens 5’3’
Lors de l’excision-epissage , il y a formation d’une liaison phosphoester entre le phosphate en 5’ site du accepteur AG et la fonction alcool porté par le carbone 3’ du site donneur GU.
vrai
ADN et ARN : memes bases qzotees
non
cofactuer eIF4 asso a ATP permet la fixation d’un ARNm sur la sous unite 40S du ribosome
yes
GCCACCCAGTGA(=stop) : cb d’hydrolyse de l riches en E ?
- on a donc 3 aa donc 3x4 = 12 l riches en E
gunaylyl transferae peut hydrolyser un ATP en AMP
non GTP en GMP
ADN dexoy polymerase sigma peut hydrlilser un ATP en AMP
non un desoxy ATP en desoxy AMP
exon 1 - exon 2 - eon 3 - GU A AG - exon 4 - exon 5 : ou commence epissage aletnr
A PARTIR du donneur donc on aura exon1-2-3 puis exons 4-5-6 possible
seq codante dun gene comprise entre ATG et vodon stop
yes
motif proteique de l a ADN : helice coude helice
non helice BOUCLE helice
trypto = UGG : ACC = anticodon
non CCA anticodon
3’UGG5’
peptide signal riche en aa hydrophyiles oun hydrophobes
hydrophobes : eviter interaction ac eau
synthese du brin nouveau ADN ne peut pas se faire qd ADN polymerase sigma atteint extr 3’ faute de place pour ue amorce complementai
oui
ADN polymerase sigma intervient ds synthese des amorces Okasaki
non
la telomerase n’allonge qu’un seul des 2 brins ADN a lextre de chorom
yes
quelles enz necessite PAS matrice
que polyA polymerase ttes le autres y compris la telomerase utilise une matrice A=d’ARN ou ADN
telomeres empechent degradation enzymatique des chromosone spar les deoxyribonucleaes
yes
une ribonuclease peut hydrolyser l phospho esther d’aDN
non DESOXYribonuclease
ribo= ARN
nucelase = tout le monde
ADN polymerase sigma peut hydrolyser l phospho esther
yes
ct terminaison de la traduction : q enz
cofacteur eRF (eucaritye Relargage factor) : hydrolyse l esther actviee entre artn 3’ et COOH de aa
aa et arnt liee par N ter ou C ter
N ter pour aa et 3’ pour ARNt
4 consequences de action de eRF
lib de chaine pepti, de ARnm, de artn et disso des 2 soous unites du ribosomes
Bilan energetique de la trduction pdt elongation
4 - charge aa sur artn (ATP_AMP_ - Arnt charge sur site A(eEF1 GTP –> GDP) - translocation peptidyl anrtt de A a P (eEf2 GTP–> GDP)
synthese de prot avec peptide sigal a int de RE ?
oui
taille signal peptide 4/5
15-20 aa hydrophobes
qui reconnait signap pep 5/5
particule SRP = particule ribonucelique 7S
qui a peptide signal 5/5
prot excetrices = secretee
prot excretices vers ou 5/5
membrane ou organites
ou chainon de 15-20 aa ou nucelotide = signal pep 4/5
15-20 ACIDES AMINES donc ds partie codante en N ter
bilan energetique de elongation inclue charge aa ur anrt
yes
def origine de repli
region de adn reconnues par des prot d’initaion de la repli
prot inition de repli permetttent recrutement des 2 cx
yes
30 origines de repli par chroo
non des centaines
2 brins synthetise sumultanemen : m mecanisme
non
toposiomerase retablit pas de ADN
yes = 10 paires de nucleotides
diff primase et topoisomerSE
primase : ARN polymerase vs topoisomera retablit pas de adn apres helicase
repi: prot stabilisant double brin 5/5
SIMPLE car on fait brin par brin
cb de nucleotides synthetisent la primase 5/5
10 RIBOnucleotides
primase abeosin d’une amorce 5/5
non
ct polymease fonctionne gal
ont leur matrice
adn polyemrase alpha ajoute cb de ribonucelotides
20 DESOXYRIBO a partir de son extr 3’ OH libre
adn sigma est un monoere 5/5
non 2 sous unites
ADN polymerase utlise de ATP, GTP 5/5
non desoxyATP dexosyGTP
ADN polymerase lit ds qu sens et synthetie ds m sens 5/5
non lit en 3’5’ et syn en 5’3’
quelle polymerase a une acti exonucleasique 5/5c
ADN polymerase
ct corection des mesappariemtn pdt repli
ADN poly sigma peut hydroliser l esther entre phospate du dernier nucleotide et le carbone 3’ de avt denrier nucleotide ==
produit de hydroliser l esther entre phospate du dernier nucleotide et le carbone 3’ de avt denrier nucleotide = nucleotide ribo monophosphate 5/5
non desooxyribo
pq 2 sous unites de ADN poly sigma
car 1 unite pour brni continu et 1 unite pour brin de okazaki
ADN ligase = polymerase
non ELLE NE RAJOUTE PAS DES NUCLETODES
ADN : cb de l riches en E conso
2: ATP–> AMP ==> intermediaire 5’ diphosphate activee ==> formaiton possible de l phosoph esther entre extr3’OH du fragment 1 et 5’p de frag 2 puis lib AMP
role de ATP ds ADN ligase
forme un intermediaire 5’diphosphate active qui permettra l phosph esther entre frag 1 et2
intermediaire 3’diphosphate
non 5’diphospaht eactie
taille amorce 5/5
30n : 10 + 20
synthese du brin adn en pls fragments (= brins okazaki) ?
yes
replication des 2 brins contnue 5/5
non pas de okazaki
def nucelase 5/5
enz qui hydrolyse l phospho esther
destruciton de toutes les amocres
non que amoreces ARN par donc les RIBOnueclaes
telomere : extr 3’ ou 5’ sailllante
3’ saillante = boucle car bcpde gunine
formule seq de telomeres 5/5
TTAGGG
seq complementaire du telo
CCUAA
qui est amorce de la telemoerase 5/5
etxr 3’ OH libre du brin ADN
telomerase a besoin d’une amorce
yes
telomerase agit sur les 2 brins
non que sur UN brin –> brin compl synthe grace amorce(primase adn poly alpha puis adn poly sigma puis ligase)
seq de telomere = hexamerique
yes TT A GGG
sens de lecture ARNm 5/5
5’3’
lecture du arnm par 40s surotut
non RIBOSOMES COMPLET
trad: lec par unite nucleotique
non par codon
code genetique assure cores entre aa et codon 5/5?
yes
code genetique est normal
non degenere
cb de codons
64 codons mais 61 codant pour des aa
pq un aa peut etre ode par pls codons
car derniere ase libre donc mesappariement avec premier base de anticodon
code G : AUCGou ATCG
yes
esp entre des ribosomes
100n
trad: appariemnt cdon et anticodon //
non anti //
trad: arnt gros arn
petis
quelles l faibles maintiennet forme de L
hydrogene
trad: artn bases aty
yes thymine hypoxanthine
qui assure charge aa sur artn
amino acyl anrt SYNthetases
trad: meca de charge aa sur artn
intermediaire active amino acyol donc on rjoute AMP(ATP–> AMP cofacteurmg2+
type de l artnt et aa
esther activve entre 3’ et COOH de aaa
intermaediare active aa ou artne t type de l
aa : l anhydre MIXTE riche en E entre phosphate alpha et AMP
cb de l riches en E conso par aa chargee
2 –> intermaa0acyl donc AMP
eIF2 peut amener qrnt acc nmmpore quel aa
non methiionine
qui est seul eIf ou eEf assoi a ATP
eIF4 –> amener ARNm a 40s
qui amene 60s
eIF5 )necessite E)
qui amene ARNt-methio au site P
eIF2 (GTP dpt) –> GDP
qui reconnait coiffe de ARNm mature : ribosome entier
non 40s
nom du codon initeur
AUG
nom d el’anticodon de la methi
= anti AUG –> 3’ UAC –> 5’ CAU
qui deter cadre de lecture
liason ARNt methi (via anticodon CAU) et et ARNm (via codon AUG)
quel cofacteur fixe ARNm a 40s
EiF4 (ATP)
qui recurte nouvel arnt
eEF1 (GTP)
qui permet transfert de chaine pep, artnt, arnm du site P vers A
eEF2 (GTP)
qui creent l peptide entre C tern du dernier aa et N ter du nouveau
il faut E –>hydrolyse l esther riche en E ARNt et son aa
trnsfert chaine pepti de A a P
non d’abord transfert chain epeti de P vers A (l dernier aa de la chaine C term et N term du aa tjs relies a son artn)
brin transcrit = brin sens sou antisens
antisens
gene : % adn chromo
10%
def gene (5/5)
seq de nucelo desoxyribo codant pour une prot OU un acide RIBOnucleique
gene code que pour des prot
non aussi des acides RIBOnucleiqes
genes codent pour des acides nuceliques
juste RIBO pas DESOXYribo
le brin sens de sert jamais de matrice a ARN polymerase 2
yes
brin sens le m pour tous les chromo
non dpd des chromo mais id pour un m gene
qd regulation
transcirp - matureation - traudction – activation de la prot par des modifs posttraducitonne (par phopshorulation glycolisaiton
def transcrip
lecture d’un gene par ARN polyemras 2 pour donner un trascrit primaire
cis regu que ds le promoteur
non aussi en amont ou dans les introns
cis regu peut etre ds les exonsn
non car pas cdant
taille du promoetur (***)
1000n
boite CAAT et TATA = elements cis
yes
boite TATA ou CAAT reconnue par TF2D
TATA
ou boite CAAT et TATA
80n vs 20-30n avt debut de transciop
boite TATA et CAAT symetriques sur les 2 brins
TATA yes mais CAAT no bc elle permet orienter transc (sens : en amont de TATA - antisens : en aval de TATA)
elements cis propres a chque genes dpd de quoi
des tissus et d enevi
1 seul type de facteur trans
non trans activatuert ou trans inhibiteyr
facteurs trans se fixe sur le petit sillon
non grand sillon
ct fixation des facteurs trans sur factuers cis de adn
domaines de liaison
q type de l ct fixation des facteurs trans sur factuers cis de adn
faibles (hydrophones electro hydrogenes)
3 domaines proteiques de liaison a ADN
helice BOUCLE (pas coude) heclie - fermeturre a leucine - doigt de zinc
cb de nucleotide cx initiaion de transc
100n
si TF2D transcitipn okay
non il faut que les autres TF, qui sont indispemsables se fixent
TF2D se fixe ds grand sillon de ADN
non petit
role des facteurs trans activateurs
faciliter fixation de TF2D a TATA
TFIID cofacteur de ARN polymerase 2
yes
transcirp: cb de l riches en E par nucleotide incorpore
2 –> hydrolyce ATP/GTP en AMP/GMP …
transcirp: ajout de nucelotide en 5’
non 3’
premier nucletoide du transcit primaire est un monophosp
non triphops
qui astruc en epingles a cheveux et q q extr
trascnrit priamire en 5’
transcrit primaire commence et se termine par un exon
yes
def transcir primaire 5/5
seq ADN entre site initiation et fin de transc
tout le gene est codant 5/5
non seq entre ATG-AUG et STOP
complexe multiexymatique qui rajoute coiffe
7 methyl guanosine tri phosphate
3 etapes ajout de coiffe en 5’
- hydrolyser P(sigma)-P(beta) de nucleotide 1
- hydrolyse GTP en GMP –> l phospho esther entre P(beta) du preimer n et P(alpha) du GMP
- ajout de CH3 sur N numero 7 du guanylate
role de la coiffe que proteger adn
non aussi reconnaisance par les ribosomes- sortie du noyau par les pores
m roles endonucelase coiffe et queue polyA
yes
ct ajouter queue poly A en 3;
- endonucelase
2. poly A polymerase
ou coupe endonucelase
10- 20n apres boite de polyadenylation (boite polyA : AAUAAA)
polyA polymerase agit avec une matrice
non sasn matrice juste a partir de ATP (3’OH libre du trascnrit primaire est son amorce
origine ARNr du noyau trascnrit par ARN plolymerase 1
m trascnrit primaire : 45S puis epissage alterna
a partir d’un gene on peut avoir des prot COMPLETEMENT diff
yes epissage altern –> m trasncrit primaire –> ARnm diff –> prot diff
ou se trouve adenylate de branchement
40n avant site accepetur
epissage: seq donneur
GU en 5’
epissage: seq accp
AG en 3’
qui fait epissagq
SNRP (dont des ARNsn)
etapes epissage
- hydrolyse OH-P(du G donneur)
- l OH(G donneur)-esther (P de A de branchemnt
- hydrolyse OH(G accapt)-P(1er nuceloitide du 2e exons)
- L P(1er nucelotide exon 2 - OH(dernier nuceltoide exon 1)
intron lib sous forme de lasso
yes
hydrolyse d’une l riche en E lib cb
36kj/mol >
cb de l anhydres par nuceltides triphosp
2 liaisons anhydres
ADN = D dexosy betaribose
non 2-D- desoxyribose beta
pq ose de serie D
place du OH du carbone reducetue numero 2 a droite
carbone 1 lie a quoi
base
pq beta
position anomerique : OH au ddessus du plan
qui a 2 cycle : pyrimides ou puriques
puriques
qui purique qui pyrimdiien
AG pur - TCU pyr
qui a 3 l hydrogene entre bases complementaier
laisons C -G
qui a 2 l hydrogene entre bases complementaier
liasons TAU
unite nucelotique cb de phosp
1
qui est le carbone reducteur des bases aoztees
C numero 1 car lie a la base
qui lie C1 de ose a N numero 9
pur
qui lie C1 de ose a N numero 1
pyri
nucleoside a phosp
non que 1 base et 1 sucre
extr 5’ et 3’ libre estheri
non libres donc non estherif
MG2+ cofacteur de qui
de tous les nuceltoties triiphosphate
def pont phosoesther
une liaison phospho esther de chaque cote
4 diff ARN et ADN
bases - formule - plus court plus instbale - struc secodare (simple brin et epingles acheuvex ==> proteger ARN
quels ARN»_space; et quel %
ARNr (80%)
ARNt - 5 ou 15%
15%
tous les ARNr syntheises par la m ARN polymerase
non ARNr5s syntheisee par ARN polymerase II
tous les ARN ds le noyau
non ARNsn in noyau
ARNsn font partie des particules ribonucleotprot
yes
qui est riche en uracils ARNsn ou ARN7s
ARN sn
qui forme les ribonucleotprot
ARN7s
ADN : formeinstavle
non stable
thymine = thymidiine
non thymidine = nucleoside vs thymine = base azotee
TCU nb de cycles
1
T a un CH3 ou NH2
Ch3 (#1 C before N) - 1 before 2 donc 1 cycle puis 2 , 1 before 9 donc
T q azote
1
si mol est un nucleoside T a un phopshate alors son nom est thymine monophospahte
non DEOXY thymiDINE monophosphate
pentoses scyclises en quoi
ribofuranose
coiffe: phophatase hydrolyse l esther entre p sigma et beta
non l anhydre
coiffe : jout d’un GMP sur le phosphate alpha
non phosphate beta`
1 gene a 2 promoteur ==> ura un m site d’initiation de trasn
non 2 sites diff de debut de transcirpion car 2 boites TATA
qd base flottante
qd aa code par pls codons ==> que 3e base diff
base flottante - q numero debase de anticodon
1e base de naticondon car base flottante est la 3e base du codon
pdt formation liason pep, hydrolyse de la esther endtre dermier aa et arnt est realisee par arnr28s
yes
