Proteine Flashcards
Descrivi il processo di sintesi proteica
Attivazione: il tRNA con una certa tripletta si lega al corrispondente amminoacido.
Iniziazione: l’mRNA si lega al codone di inizio del ribosoma e il tRNA si lega al sito dell’mRNA da tradurre (sito P).
Elongazione: il tRNA si lega al sito antiguo a quello P (sito A) e viene aggiunto un amminoacido alla sequenza.
Il ciclo si ripete fino al raggiungimento del codone di stop.
Come cambia il DNA nucleare dei vari tipi di cellula?
Non cambia, il codice genetico nel nucleo cellulare è uguale per tutti i tipi di cellule. Tuttavia la loro diversificazione è possibile perché ciò che cambia è la trascrizione.
Descrivi la composizione di un amminoacido
Composto da un gruppo amminico, uno carbossilico, un H e un gruppo laterale; tutti attorno al carbonio centrale (Cα)
Come avviene il legame peptidico tra due amminoacidi? Cosa si può dire sulla direzionalità di tale legame?
Il gruppo carbossile e quello amminico si legano perdendo una molecola d’acqua.
Siccome il legame CN del gruppo peptidico è una forma a risonanza tra un singolo e doppio legame, questo è direzionale! Quindi la rotazione attorno al legame peptidico non è possibile e il gruppo peptidico rimane sullo stesso piano, detto piano peptidico.
Da quali parametri è determinata la struttura secondaria?
Dagli angoli di rotazione dei piani peptidici attorno al Cα.
Da cosa differiscono i vari amminoacidi?
Quali sono i 5 gruppi in cui rientrano?
In base al loro gruppo laterale R.
Polari, non polari, carichi positivamente, carichi negativamente, aromatici.
Cos’è il plot di Ramachandran?
In esso si possono individuare 2 regioni principalmente popolate ed una di minore popolazione, a cosa corrispondono?
Perchè ci sono delle regioni non popolate?
Plot di psi vs phi, ogni punto indica una coppia di angoli di rotazione dei piani peptidici attorno al carbonio alfa.
In alto a sx: struttura a nastro, a sx: elica destrorsa, quella di minor popolamento è l’elica sinistrorsa; questa è meno popolata a causa dell’ingombro sterico delle catene laterali (chiralità degli amminoacidi influenza l’elicità).
Similmente le zone “proibite” sono rese impossibili dall’ingombro sterico delle catene laterali.
L’ingombro sterico tenderebbe a far stendere la catena, cos’è quindi che stabilizza la struttura ad elica?
Qual è l’effetto netto sull’elica?
I legami ad H tra NH e CO degli amminoacidi. Ognuno di questi corrisponde ad un piccolo dipolo, sommandosi danno all’elica un dipolo netto. Quindi più l’elica è lunga e più il dipolo netto è maggiore.
In che modo possono posizionarsi le catene nella conformazione a foglietto? Attraverso quale legame?
Qual è la differenza tra uno strand interno ed uno esterno?
In modo parallelo o antiparallelo, attraverso legami ad H tra NH e CO.
Lo strand interno ha tutti i legami ad H saturati, quello esterno solo metà, quindi quest’ultimo risulta prono a fare altri legami.
Perché in prima approssimazione la struttura secondaria è determinata da quella primaria?
Perché le catene laterali, a causa del loro ingombro sterico, influenzano la propensità della catena di formare determinate strutture secondarie.
Da cosa dipende la proponsità di una catena amminoacidica di fare strutture a foglietto o ad elica?
In base all’amminoacido.
- Amminoacidi con catene laterali ingombranti o aromatiche tendono a formare foglietti.
- Amminoacidi con catene laterali piccole o cariche tendono a formare eliche.
