Basi di biochimica Flashcards
Scale di energia
Valore di kBT a Tamb in eV?
Valore dell’energia di prima ionizzazione dell’atomo di idrogeno in eV e Ry?
Indica di entrambi la zona dello spettro in cui si trovano
A quante kcal/mol corrisponde 1 eV?
25.8 meV (lontano infrarosso)
13.6 eV = 1 Ry (Ultravioletto)
1 eV = 23.06 kcal/mol
Ibridizzazione
In cosa consiste l’ibridizzazione?
Quali tipi di ibridizzazioni sono presenti nel C?
Che tipi di legami formano le varie ibridizzazioni?
Nella combinazione di alcuni orbitali atomici di valenza aventi energia tra loro simile e che portano alla formazione di altrettanti orbitali isoenergetici; l’utilizzo di orbitali ibridi sarà preferito quando questo comporterà un vantaggio energetico (legame più forte).
sp (legame singolo), sp2 (legame doppio) e sp3 (legame triplo).
Legami
Elenca lunghezza ed energia tipiche di legame, il tipo di legame e la geometria per i seguenti legami:
* Covalente
* Ionico
* Ad H
* Van der Waals
* Idrofobico
- 100 kcal/mol, condivisione di un doppietto elettronico, direzionale e rigido
- 5-100 kcal/mol, attrazione elettrostatica, non direzionale
- 1 kcal/mol, interazione tra atomi coinvolti in legami polari con H, direzionale, non rigido
- 0.1 kcal/mol, interzione tra dipoli istantanei e dipoli indotti, tipicamente non direzionale
- Idrofobico, 0.05 kcal/mol, entropico, non direzionale
Tutti dell’ordine di qualche A
Ponti salini
Spiega cos’è e come differisce dal legame ad H un ponte salino.
Perché è importante nelle proteine?
Spiega come cambia con le condizioni del solvente
Il ponte salino è molto più forte del legame ad H essendo il risultato dell’interazione elettrostatica tra due estremità cariche (e non semplicemente polari).
Nelle proteine svolge uan funzione di stabilizzazione della struttura terziaria e quaternaria.
L’acqua ha un εr di circa 80 (effetto di schermo della carica), inoltre la presenza di ioni discolti in soluzione porta ad una decrescita esponenziale del potenziale elettrostatico pesato con la lunghezza di screening di Debeye che è inversamente proporzionale alla radice della densità di ioni.
Interazioni Van der Waals
Da quali due contributi è costituito? Qual è il loro andamento? Da quale potenziale è descrvibile?
Da contibuto di interazione tra dipoli e dipoli indotti e da quello di Pauli, va come un LJ.
Legame ad H
Di che ordine di energia è? Cosa si può dire a riguardo?
Dell’ordine della kcal/mol.
Può essere facilmente spezzato da fluttuazioni attorno a Temperatura ambiente, il che è utile perchè le proteine devono essere in grado di rompere questi legami facilmente in modo da poter svolgere le loro funzioni.
Interazione idrofobica
Da cosa deriva e come cambia per molecole polari e apolari?
Aggiungere una molecola in soluzione acquosa costringe il solvente a riorganizzarsi in un clatrato abbassanto l’entropia (entropicamente sfavorito). Per una molecola apolare l’interazione con il sovente è praticamente nulla, da cui ΔH = 0 e quindi ΔG = -TΔS > 0, per cui il processo è sfavorito e le molecole apolari tendono ad avvicinarsi. Per una molecola polare al contrario ΔH «_space;0, per cui ΔG < 0 e quindi la solvatazione è favorita e le molecole preferiscono stare separate tra loro e circondate da acqua.
Carboidrati
Descrivi qualitativamente le due principali funzioni dei carboidrati
- Riserva energetica: l’ossidazione del glucosio produce energia scartando acqua e CO2, quest’energia viene conservata sottoforma di ATP.
- Funzione strutturale: ribosio e desossiribosio sono componente degli acidi nucleici
Carboidrati
Come si svolge il processo di polimerizzazione in disaccaridi, oligosaccaridi e polisaccaridi?
Tramite un processo di polimerizzazione eliminando una molecola d’acqua
Chiralità
Cosa si intende per molecola chirale?
Cosa sono due enantiomeri?
Come si può osservare la chiralità di una molecola?
Perché è importante nei processi biologici?
Una molecola la cui immagine specchiata non è sovrapponibile a sè stessa.
Due molecole che differiscono solo per la loro chiralità
Tramite diffrazione per raggi X.
Perchè molti processi (come quelli enzimatici) sono altamente selettivi rispetto alla chiralità di una molecola-
