Plegamiento de proteínas Flashcards
¿Cómo determinamos la estructura de la proteína?¿A quienes se les puede aplicar dicho método?
A través de la CRISTALOGRAFÍA DE RAYOS X, es el principal y más eficiente método para determinar la estructura tridimensional proteica.
La cristalografía de rayos X solamente puede aplicarse a aquellas que se encuentren su forma nativa plegada, es decir, completamente ordenada. Ya que al formar cristales, se requiere que la proteína se encuentre en su estado más ordena de manera que adopta una única conformación; las proteínas que no se encuentren en su estado plegado o tengan secuencias desordenadas no podrá definirse su estructura por cristalografía ya que las secuencias desordenadas pueden adquirir varias conformaciones o múltiples formas.
¿Pueden definirse proteínas desplegadas por cristalografía?
NO, ya que al formar cristales, se requiere que la proteína se encuentre en su estado más ordenado de manera que adopta una única conformación; las proteínas que no se encuentren en su estado plegado o tengan secuencias desordenadas no podrá definirse su estructura por cristalografía ya que las secuencias desordenadas pueden adquirir varias conformaciones o múltiples formas.
¿A qué se llaman IPDs?
Intrinsic disorder proteins o proteínas intrínsecamente desordenadas.
Son proteínas que en su conformación nativa puede poseer secuencias que no se encuentran plegadas/ordenadas, sino desplegadas/desordenadas y cumplen una función determinada.
¿Qué se debe tener en cuenta en la unión proteína-molécula target? 2 items
1) La proteína en su sitio de unión no se encuentra ya preparada para unir a la molécula target, sino que está una vez que la encuentra sufre cambios conformacionales para formar un complejo estable. PLASTICIDAD.
2) AFINIDAD DE ∏, una alta afinidad se encuentra dada por valores de 10^-9 nm o pg. Un ejemplo de afinidades bajas puede ser la de enzima-sustrato en solución.
¿Cómo es el equilibrio en la reacción de plegado?
Nosotros inicialmente encontramos 2 estados.
Plegado: N
Desplegado: U
Entonces ==> N <–> U
Donde el equilibrio se encuentra principalmente desplazado hacia N.
¿Por qué se planeta un equilibrio de la reacción de plegado, y no simplemente hacia el estado N? ¿cómo lo mantiene?
De la reacción de plegado N <–> U
Encontramos un equilibrio porque si todo estuviera favorecido hacia el estado nativo/plegado y esta conformación estuviera rígida sin capacidad de variar, entonces estariamos perdiendo la función de la proteína.
Este equilibrio se mantiene gracias a las variaciones de entropía y entalpía de ambos estados, de manera que el ∆G<0.
¿Qué estado se haya asociado a la función de la proteína?¿Cómo se encuentra en solución?
PLEGADO en solución, cumpliendo con su función biológica.
¿Qué sucede cuando hay errores de plegado?
Si la proteína se encuentra mal plegado, es decir, no se haya desplegado pero su plegamiento no es el correcto como para encontrarse 100% activa; Decimos que se encuentra en estados INTERMEDIOS, donde estos pueden agregarse y formar cuerpos de inclusión sin presentar actividad. Los cuerpos de inclusión en las personas llevan al desarrollo de enfermedades como Parkinson o Alzheimer.
¿Cuál es reconocido como el principal problema de la ciencia?
Si bien se ha alcanzado la capacidad de sintetizar cadenas polipeptídicas y proteínas completas, aún no es posible lograr su correcto plegamiento en solución de manera que puedan ejercer su acción biológica.
¿Qué significa que el código de plegado este degenerado?¿Qué conclusiones puede decir respecto a esto?
Encontramos que las proteínas se forman por cadenas polipeptidicas, que contienen distintos AA. Ahora bien, dentro de la secuencia de AA que conforma a la proteína encontramos que entre 2 proteínas que no se encuentran relacionadas, presentan una secuencia similar donde por ejemplo difieren en 2 o más AA y sin embargo, presentan un mismo plegado proteico.
De esta manera, sabemos que con que haya hasta un 5-10% de compatibilidad entre los AA, las proteínas presentan un mismo patrón de plegado, donde si bien hay varias posibilidades de formar una secuencia de AA solo hay “algunas” formas de plegado y por ello es degenerado.
Como CONCLUSIÓN, hay ciertos aa que en posiciones específicas son clave para determinar el patrón de plegado de las proteínas.
Mencione los grados de libertad de las cadenas ppt y en qué enlace se ecuentran estos ángulos
- PHI (Φ), C⍺ y -NH
- PSI (Ψ), C⍺ y -CO
- OMEGA (Ω), unión peptídica
¿Qué era el diagrama de Ramachandran?
Corresponde a un diagrama donde se representan los valores de los ángulos Φ y Ψ que pueden tomar en la cadena polipeptídica, es decir, aquellos valores permitidos. Siendo más comunes hojas ß, ⍺ hélice.
¿Por qué los ángulos phi y psi no pueden tomar cualquier valor?¿Qué ángulos están permitidos?
Siendo que son los ángulos correspondiente a la unión con el C⍺, dependiendo del valor que tomen podría generarse cierto impedimento estérico con el residuo R del aa. De esta manera solo pueden tomar valores permitidos que se observan con color rojo y amarillo en el diagrama de Ramachandran.
¿Hay excepciones para los ángulos psi y phi en el diagrama? Explique
SÍ, los aa glicina y prolina
- glicina: al presentar un residuo pequeño (-H) que no genera impedimento estérico Ψ y Φ pueden tomar cualquier valor.
- prolina: encontramos que -N forma parte de un anillo cíclico y por lo cual, el ángulo phi (Φ) presenta un valor fijo.
¿Qué significa conocer la conformación de una proteína?
Conocer lo ángulos de torcion de cada aa
- phi
- psi
- omega
- chi
De esta manera, es equivalente a decir que conocemos la disposición de los átomos en los ejes X, Y y Z.
