Petits ARN Flashcards
Qu’est-ce qu’un ARN non-codant?
séquence d’ARN fonctionnelle qui est transcrite mais ne code pas pour une protéine
En comptant les ncRNA, quelle proportion du génome peut être transcrite?
70%
Combien le génome humain peut-il coder de miRNA?
400 à 600
Combien d’ARN sont de longs non-coding RNA? (lncRNA)
150 000
À quel niveau les ncRNA régulent-ils la biologie moléculaire (3)?
- épissage
- transcription
- post-transcription
V ou F: les ncRNA sont impliqués dans des pathologies
VRAI
Comment est la longueur de lncRNA et des sncRNA?
- lnc: >200 nucléotides
- snc: <200 nucléotides
Quels rôles joue la RNA interference (iRNA)?
défence des cellules contre les séquences nucléotidiques parasitiques (virus et transposons)
Qu’est-ce que fait la iRNA moléculairement?
- inhibent l’expression ou la traduction de gènes
Quel est l’intérêt des iRNA en recherche?
développer des dsRNA pour cibler et inhiber l’expression de certains gènes d’intérêt
Combien de nucléotides contient un ncRNA
22 environ
Dans quelle régulation fonctionne les miRNA?
post-transcriptionnelle
Les miRNA ciblent quel % des gènes humaines?
60%
V ou F: les miRNA ne sont pas conservés entre les espèces
FAUX
Quel est le fonctionnement des miRNA? (3)
- clivage du brin d’ARNm en 2 morceaux
- déstabilisation de l’ARNm par raccourcissement de sa queue poly-A
- réduction de l’efficacité de traduction de l’ARNm en protéines
Par quoi sont transcrits les miRNA?
RNA pol 2
V ou F: le miRNA subit les mêmes modifications post-transcriptionnelle (queue poly-A, cap, splicing) que l’ARNm
VRAI
Que forment les miRNA une fois transcrits?
boucle-tige de 70-80 nucléotides
Qu’est-ce que le miRNA primaire?
précurseur du miRNA composé de plusieurs centaines de nucléotides
Que contient un pri-miRNA?
1-6 précurseurs de miRNA
Quelle protéine reconnait l’ADN double brin des épingles de miRNA?
DGCR8 ou “Pasha”
À quoi s’associe DGRC?
Drosha
Quelle est l’action de Drosha?
Coupe l’ARN pour former le complexe du microprocesseur
Quel est le résultat du cropping par drosha?
pre-miRNA
Qu’est-ce que possède le pre-miRNA?
2 nucléotides non-appariés à son extrémité 3’
V ou F: les gènes des miRNA se trouvent uniquement dans les introns de d’autres gènes
FAUX, exons aussi
Que sont les Mirtons?
des pré-miRNA épissés directement à partir d’introns qui contournent le complexe de microprocesseur et sont processés par la Debranching enzyme
Qu’est-ce que possèdent les miRNA en 3’ et 5’?
- 3’: OH
- 5’: phosphate
Par quoi sont exportés les pré-miRNA?
Exportin 5
Qu’est-ce que reconnait l’exportine 5?
Les 2 nucléotides laissés en 3’ par Drosha
De quoi dépend le transport par l’exportine 5?
énergie: GTP lié à Ran (Ran-GTP)
Qu’arrive-t-il à la pre-miRNA?
processé par DICER, qui couple la boucle
Quel est le résultat du DICING?
duplex miARN:miARN* d’environ 22 nucléotides de long
Comment nomme-t-on les deux brin du duplex miRNA:miRNA* ?
- brin guide
- brin passager
V ou F: Seul un des deux brins du duplex de miRNA sera utile
VRAI, le brin guide
De quel complexe fait partie le miRNA?
Complexe de Silencing par l’ARN (RISC)
Que contient le RISC?
Argonaute (AGO) et d’autres protéines
Quel est un autre nom de RISC?
miRNP: complexe miRNA ribonucléoprotéine
Que fait Ago?
lie le miRNA mature et le guide pour une interaction avec ARNm cible
Que se passe-t-il si l’appariement entre mRNA et Ago est étendu?
SLICING: mRNA clivé puis dégradé
V ou F: les Ago ne clivent pas directement le mRNA
FAUX Ago2 peut le faire directement
Quelles peuvent être l’action des miRNA partiellement complémentaires? (2)
- inhiber la traduction
- accélérer la déadénylation->dégradation précoce
Quelles peuvent être les autres actions des miRNA? (2)
- inhibition de l’initiation indépendante de la déadénylation
- modification d’histones, méthylation ADN
Si l’appariement de la miRNA n’est pas extensif, que se passe-t-il?
- pas de slicing, traduction inhibée
- p-bodies
Si l’appariement de la miRNA n’est pas extensif, que se passe-t-il avec le mRNA?
se retrouve séquestré dans un P-body et dégradé
Que retrouve-t-on dans un P-body? (2)
- Dcp1
- enzymes de dégradation
Donner les mécanismes d’action des miRNA (9)
- cap-40S initiation inhibition
- 60S Ribosomal unit joining inhibition
- elongation inhibition
- ribosome drop-off
- co-translational nascent protein degradation
- p-bodies sequestration
- mRNA decay
- mRNA cleavage
- transcriptional inhibition through chromatine changes
V ou F: la majorité des miRNA sont intracellulaires
VRAI
Quels miRNA ont été découverts dans un environnement extracellulaire?
- circulants ou extracellulaires
Quelle est la différence d’origine entre les miRNA et les siRNA?
- miRNA: dérivent de régions de transcrits en ARN qui se replient sur elle-même en épingle
- siRNA dérivent de régions plus longues d’ARN double brin (dsRNA)
Quelle est la différence en terme d’intensité d’inhibition pour les miRNA vs les siRNA?
siRNA l’inhibition est plus efficace car on obtient plusieurs fragments de 23 pb
Quel est le nom du mécanisme d’inhibition de la transcription par les siRNA?
silençage pré-transcriptionnel de l’interférence ARN (RITS)
En quoi consiste RITS?
Complexe enzymatique catalyse la méthylation de l’ADN à des positions génomiques complémentaires à des siRNA ou des complexes miRNA
V ou F: une fois que le siRNA disparait, l’inhibition est arrêté
FAUX car l’hétérochromatine s’auto-propage
Donner des caractéristiques des lnRNA (4)
- exprimés plus faiblement que les gènes codant pour des protéines
- expression remarquablement spécifique
- enrichis dans le noyau
- faible conservation de séquence
Que sont les lncRNA intergéniques?
lncRNA localisés dans une région non annotée du génome
Que sont les lncRNA antisens
sont des de lncRNA transcrits dans la direction opposée du gène codant dont la séquence chevauche en partie ou totalement le gène codant lui étant assoociée
Que sont les lncRNA introniques?
lncRNA contenus dans un intron d’un gène codant
Que sont les lncRNA divergents?
transcrits de façon divergente au promoteur d’un gène codant
Les lncRNA peuvent influencer les gènes localisés où p/r à eux? (2)
- voisins
- indépendamment de la localisation de leurs gènes cibles
V ou F: les lncRNA ont seulement un contrôle négatif sur l’expression des gènes
FAUX positif ou négatif
Quelles sont les actions possibles des lncRNA? (5)
- dirigent des modificateurs de la chromatine vers un gène cible
- déplacent des régulateurs de l’expression (activateur/répresseur) des séquences régulatrices de l’expression
- entre en compétition des des miRNA et protègent mRNA en dégradant les miRNA
- modulent des évènements d’épissage et interfèrent avec la traduction
- promeuvent l’association de séquences amplificatrices et promotrices pour initier la transcription
