Partie D Flashcards
quest ce que fais la pol 1 chez les eucaryotes
synthese des arn ribosomique
Se fait dans le nucléole
quest ce que fais la pol2 chez les eucaryotes
Pol 2: synthese des arn m qui sont changés par le spliceosome
Ajout de la coiffe (5’) et de la queue poly a (3’) se fait dans le noyau tout comme l’épissage des introns
structure de la coiffe a l’extrémité des ARNm
ajouté à l’extrémité 5’ avant que l’ARNm n’Atteigne 30 nt de longueur
7-méthyl guanosine ajoutée via pont 5’-5’ triphosphate
quelles enzymes sont responsable de l’ajout de la coiffe
guanylyl tranferase: transfert un guanosine mono phosphate
methyltransferase: transfert méthyl en 7’ via coenzyme Ado meth
(S-adenosylmethionine donneur de CH3)
Fonctions coiffe
- protège ARNm de la dégradation par l’exonucléase 5’->3’
2.aide exportation de l’ARNm du noyau
3.augmente efficacité de TRANDUCTION de l’arnm
- contribue à l’epissage approprié de l’ARNm
2 rx qui permettent l’ajout de la queue poly A
Ajouté via 2 rx:
1.clivage de 10-35 nt après AAUAAA ou <50 nt avant le site G/U riche
2.synth;se de chaine poly-A par la poly-A polymérase PAP (environ 250 nt)
à quoi sert la queue poly A
Pré arnm eucaryote ont région 3’ variable (terminaison de transcription imprécise)
L’ajout d’une queue poly A (250 nt) permet de corriger ces différences dans l’ARNm mature
-Protege Arnm de la degradation par exonuclease 3’->5’
-Peut stimuler la traduction dans certains systèmes (repère pour la liaison de prot)
-Aide dans l’exportation des ARMm du noyau
-Sur d’autres types d’ARN (ex: ARNt, ARNsn,ARNr, ARNsno, ArN bact ) l’ajout de poly A peut cibler la dégradation via l’exosome/dégradosome
quelles sont les séquences controlant l’épissage
entre deux exons on retrouve un intron
dans le côté 5’ de cet intron on retrouve GU
dans le côté 3’ de cet intron on retrouve AG
ce sont les signaux pour dire qu’il faut cliver ces endroits
lors de l’épissage de l’ARNm 2 liaisons sont rompues pour former 2 nouvelles liaisons, explique
1) 2’-OH d’un adénine de l’intron va venir attaquer le groupement phosphoryle du G en 5’ de l’intron et former une liaison (lasso), ce qui libère l’extrémité 3’OH de l’exon 1
2)groupe 3’-OH de l’exon 1 forme une liaison avec l’exon 2 (à son extrémité 5’) ce qui libère l’intron en lasso et colle les 2 exons ensemble
l’épissage requiert qui
le spliceosome
dequoi est fait le spliceosome
5 snARN et plus de 100 protéines
Les 5 snARN forment des complexes avec les prot qui seront recrutées de manière dynamique pendant l’épissage
dans le site actif du spliceosome, on retrouve aussi deux ions Mg2+ donc le spliceosome est considéré comme une métalloenzyme
quels sont les premiers complexes snARN/prot recrutés lors de l’épissage par le spliceosome
U1 et U2
le spliceosome est fait … et reconnait des motifs …
de petits arn
ARN
donc interaction ARN -ARN
L’arnm peut subir un epissage alternatif de quel type
donne des exemples dans la recherche d’epissage alternatif
1)ARNm du gène humain KCNMA1
2) ARNm du gène DESCAM de la drosophile
3) ARNm du gène Mod de la drosophile
qu’est ce quil y a de spécial avec l’épissage alternatif de l’ARNm du gène Mod chez la drosophile
c’est un exemple d’épissage alternatif en TRANS avec un exon transcrit sur un brin complèmentaire (produit final a des exons de 2 ARN)
quest ce que permet l’épissage alternatif
++++ isoformes
qu’est ce que permet les nombreux isoformes de la protéine DSCAM
chaque neurone exprime un isoforme différent
ainsi, les dendrites d’un meme neurones ne peuvent pas se lier ensemble parce que répulsion du meme isoforme
par contre les dendrites d’un neurone peuvent se lier avec un autre neurone parce que pas de répulsion entre deux isoformes de la prot qui sont différent
la maturation de l’ARNm necessite des facteurs de maturation.
certains de ces facteurs sont recrutés à l’Aide d’une partie de la pol 2, laquelle
la pol2 contient un domaine C terminale dans sa S-U RPB1 qui contient des séquences heptapeptidiques répétées (YSPTSPS) d’a.a.
la phosphorylation des résitus sérine, thréonine et tyrosine est dynamique pendant la transcription et permet le recrutement de trans-régulateurs impliqués dans la maturation des ARN
ex: prot qui aide a l’ajout de la coiffe
prot du sliceosome(épissage)
prot de clivage et de polyadénylation
comment on cible traditionnelement l’emplacement des protéines vs comment on peut cibler l’emplacement des protéines par methode alternative et ses avantages
protéines sont localisées via une étiquette protéique (mécanisme post-trad)
(ex: je met tel chose sur la prot pour qu’elle s’en aille à tel place dans la cellule)
mécanisme alternatif: localiser et traduire l’ARNm dans une région spécifique de la cellule
ce qui donne comme avantage:
-économie d’énergie (ARNm fait beaucoup de copies de prot donc interessant que l’ARNm soit à l’endroit ou on a besoin de ces prot dans la cellule )
-empeche prot d’aller dans compartiment inapproprié
-capacité à moduler composition protéique locale en réponse à l’environnement
-assemblage cotraductionnel de complexes protéiques
la localisation des ARNm joue un rôle important dans des processus variés tel que
la division cellulaire asymétrique (ex: levure qui envoie l’ARNm dans la cellule fille)
spécification des axes embryonnaires (ex: oeuf de drosophile donc l’ARNm est à l’extrémité pour faire un gradient de protéine)
migration cellulaire (ex: dans les fibroblastes ARNm du côté ou on veut des protéines de l’ACtine)
fonctions neuronales/plasiticité synaptique et memoire (ex: dans les cellules neuronale ARNm est placé au niveau des dendrites)
l’ARnm bicoide chez la larve de drosophile est habituellement au pole antérieur (la ou on a la tête) qu’est ce qui se passe si on mute le gène de l’ARNm bicoide
on se retrouve avec un phénotype bicoidale (une queue antérieure et postérieure)
L’ARNm nanos est située habituellement au pole postérieurs chez la larve de drosophile (queue). qu’est ce qui arrive si on ajoute une gène qui fait une ARNm Nanos mais avec le 3’UtR de l’ARNm bicoid
étant donné que le 3’ UTR de lARNm bicoid permet habituellement à l’ARNm bicoid de se situer au pole antérieur, on retrouvera du nanos en postérieur et en antérieur ce qui donne un phénotype bicoidale (une tête antérieur et postérieure)
explique hybridation in situ
1) préparation de sonde ADN ou aRN complémentaire à l’ARNm cible
c’est sondes ont des nucléotides marqués qui permettront leur reconnaissance par les anticorps
2)hybridation de la sonde sur tissus, cellule ou organisme fixé et perméabilisés
3)ajout d’anticorps qui reconnait la marque sur la sonde (ac souvent conjugué avec enzyme permettant l’amplifiaction du signal) ex: peroxidase, phosphatase alcaline…
4) incubation avec substrat chromogénique ou fluorescent
