Partie 4.1-évolution, taxinomie et diversité Flashcards
3 parties distinctes de la taxinomie
1) classification
2) nomenclature
3) identification
4 importances de la taxinomie
1) met les organismes en ordre
2) permet de faire les prédictions/hypothèses
3) répartit les microorganismes en groupes significatifs pour une étude efficace
4) essentiel pour identification précise
c’est quoi la classification naturelle
système basé sur les caractères anatomiques et reflète la nature biologique des organismes
C’est quoi une approche polyphasique
inclut des caractères phénotypiques et moléculaires
exemples d’un caractère phénotypique
morphologie, porfil biochimique, proptiétés métaboliques, propriétés physiologiques
exemples d’un caractère moléculaire
empreintes génétiques, séquences d’ADN, séquences protéiques, génome entier
c’est quoi les rangs taxinomiques (9)
espèce, genre, famille, ordre, classe, embranchemenet, règne, domaine, monde vivant
définition fondamentales pour une espèce procaryote
espèce de bactérie/archée est un ensemble de souches qui partagent des propriétés stables et diffèrent des autres groupes de souches
pourquoi il y a des définitions différentes entre eucaryotes et procaryotes
car les procaryotes ne se reproduisent pas de façon sexuée
c’est quoi une souche
constituée des descendants d’une seule culture microbienne pure
les souches peuvent être différenciés en:
(4)
1) Biovars
2) morphovars
3) pathovars
4) sérovars
c’est quoi une différenciation en biovars
différences biochimiques/physiologiques
C’est quoi une différenciation en morphovars
différences morphologiques
c’est quoi une différenciation en pathovars
spectres d’hôtes distincts
C’est quoi une différenciation en sérovars
propriétés antigéniques distincts
c’est quoi une souche type
habituellement la première souche étudiée, plus complétément caractérisée
c’est quoi le système binomial de nomenclature
c’est un système développé par Carl von Linné et porte un nom latin composé d’un genre et espèce
comment une nouvelle espèce procaryote peut être reconnue
après une publication dans l’International journal of systematic and evolutionary microbiology
2 grands groupes de caractéristiques
1) caractéristiques classiques
2) caractéristiques moléculaires
4 composantes des caractéristiques classiques
1) morphologie
2) propriétés biochimiques
3) propriétés écologiques
4) propriétés physiologiques
5 composantes des caractéristiques moléculaires
1) composition en acides nucléiques
2) hydridation des acides nucléiques
3) séquencage des acides nucléiques
4) prise d’empreintes génomiques
5) séquencage des protéines
comment identifier la composition en base des acides nucléiques
calculer le % en G et C et variation doit être under 10%.
pourquoi 2 organismes avec % de G+C similaires ne sont pas nécessairement des séquences de bases d’ADN similaires
car deux séquences très différentes peuvent être construits avec les mêmes proportions de GC et AT
c’est quoi la mesure de l’hybridation des acides nucléiques
mesure de la similitude entre 2 génomes, utilisé pour étudier microorganismes très apparentés
Pourquoi les gènes ribosomaux 16S et 18S sont les outils idéaux pour déduire les phylogénies microbiennes (6)
1)ont le même rôle chez tous les microorganismes
2) indispensables à la survie
3) peuvent pas tolérer mutations
4) évoluent très lentement
5) peuvent pas être transférés par transfert horizontal
6) ont régions très conservées et régions variables
Qu’est ce que l’analyse des séquences d’ARNr 16S ou 18S démontre
la présence de signatures oligo-nucléotidiques
Comment le séquencage des acides nucléiques est utilisé pour la taxinomie
les génomes complets sont séquencés et comparés de façon directe entre différentes types de bactéries
2 approches pour la prise d’empreinte génomique
1) RFLP
2) rep-PCR
4 étapes pour RFLP
1) gène amplifié par PCR
2) gène digéré par les enzymes de restrictions
3) fragements d’ADN séparé par électrophorèse sur gel
4) organismes qui présentent des patrons similaires sont taxonomiquement plus proches
1 méthode directe pour le séquencage des protéines
déterminer la séquence en acides aminés de protéines par spectrométrie de masse
3 méthodes indirectes pour le séquencage des protéines
1) comparer mobilité électrophorétique des protéines
2) déterminer propriétés immunologiques des protéines
3) comparer propriétés enzymatiques
que représentent les branches de l’arbre phylogénétique
le nombre de changements moléculaires qui se sont produits à partir du noeud
Que représentent les noeuds de l’Arbre phylogénétique
un évènement où une divergence s’est produite
2 types d’arbres phylogénétiques
1) arbres non racinés
2) arbres racinés
signification des arbres non racinés
n’indiquent pas le chemin évolutif
