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Virologie II > Orthomyxoviridae > Flashcards

Orthomyxoviridae Flashcards

1
Q

Orthomyxoviridae - Quelle est la classification de Baltimore de cette famille ?

A

Classification V de Baltimore

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Q

Orthomyxoviridae - Quelles sont les protéines à la surface ?

A

HA, NA M2

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3
Q

Orthomyxoviridae - Quelles sont les caractéristiques utilisées pour nommer la souche virale ?

A
  • sous-type de l’hémagglutinine et de la neuraminidase
  • origine de l’isolat
  • espèces de l’hôte
  • genre
  • numéro de l’isolat
  • années de l’isolement
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4
Q

Orthomyxoviridae - Qu’entend-t-on par pléomorphisme ?

A

Le pléomorphisme est la capacité que possède un organisme ou des cellules d’un organisme de revêtir des formes différentes dans certaines conditions ou sous des influences déterminées (Wikipédia #jemetsmessources)

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5
Q

Orthomyxoviridae - Quelle protéine peut être considérée comme la protéine de capside ?

A

M1

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6
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - Les orthoshit lyse la cellule hôte

A

Faux, ils ont une enveloppe dérivée de la cellule hôte, il faut donc bourgeonner.

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7
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - Parmi les 7 genres de la famille Orthoshit, il y a un arbovirus ?

A

Vrai, les Thogotovirus.

Les 7 genres sont :

  • Influenzavirus A
  • Influenzavirus B
  • Influenzavirus C
  • Influenzavirus D
  • Thogotovirus
  • Isavirus
  • Quaranjavirus
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8
Q

Orthomyxoviridae - Combien de sous-types il y a t-il pour les protéines H et N respectivement ? et que veut tire ces lettres (c’est quoi le nom au complet en gros) ?

A

18 pour l’hémagglutinine et 11 pour la neuromanidase

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9
Q

Orthomyxoviridae - Quelle est la structure du génome (ARN, ADN, linéaire, circulaire, segmenté, simple brin, double brin, positif, négatif) ?

A

ARN simple brin segmenté négatif

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10
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - les segments du génome sont couplés avec des nucléoprotéines (NP) seulement

A

Faux, il y a également un complexe de polymérase associé à chaque segment. Donc NC pour complexe Pol (si on a 8 segments, on a 8 complexe de polymérase)

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11
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - le nombre de fragments du génome est équivalent pour tous les genres de la famille des Orthoshit?

A

Faux - Influenzavirus A et B ont 8 segments d’ARNsb -, tandis que l’Influenzavirus C et D en ont 7. Les segments d’un même genre peuvent également avoir des tailles moléculaires différentes (mais dans les mêmes ordres de grandeur).

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12
Q

Orthomyxoviridae - Les virus tentent souvent d’avoir le génome le plus simple et compacte, réduisant leurs nombres de gènes et les parties non-codantes. Plusieurs stratégies permettent d’atteindre cet objectifs, quelles sont elles pour cette famille ? (il y en a deux) et expliquer le principe.

A

Épissage alternatif : l’ARN négatif du virus, lorsque que transcrit, donne des ARNm. Si ces ARNm sont épissés de façon différente, on peut avoir des protéines différentes.

Cadre de lecture alternatif :

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13
Q

Orthomyxoviridae - Les virus tentent souvent d’avoir le génome le plus simple et compacte, réduisant leurs nombres de gènes et les parties non-codantes. Plusieurs stratégies permettent d’atteindre cet objectifs, quelles sont elles pour cette famille ? (il y en a deux) et expliquer le principe (avec des exemples).

A

Épissage alternatif : l’ARN négatif du virus, lorsque que transcrit, donne des ARNm. Si ces ARNm sont épissés de façon différente, on peut avoir des protéines différentes. Le gène 7 donne la protéine M1, mais aussi la protéine M2 Le gène 8 donne la protéine NS1 mais aussi NEP (synonyme de NS2).

Cadre de lecture alternatif : Le gène 2 transcrit en ARNm donne la protéine PB1. À l’intérieur du gène, il peut il y avoir quelques sauts de nucléotides pour avoir un autre cadre de lecture et donc une autre protéine, ici PB1-F2. Les protéines sont encodées au même endroit, amis sur un cadre de lecture différent.

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14
Q

Orthomyxoviridae - Quels sont les trois plus grands segments ? et pour quoi codent-ils ?

A

les trois plus grands segments sont les trois premiers, qui codent pour PB1, PB2, PA - constituant le complexe de la polymérase.

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15
Q

Orthomyxoviridae - Quelles sont les protéines qui constituent la polymérase virale - RdRp?

A

PB1, PB2, PA

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16
Q

Orthomyxoviridae - Quelles sont les protéines des spicules ?

A

NA et HA

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17
Q

Orthomyxoviridae - Le 7e segment code pour quelle(s) protéine(s) ?

A

M1 et M2

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18
Q

Orthomyxoviridae - Le 8e et le 9e segments codent pour quelles protéines ?

A

Le 8e code pour NS1 et NEP/NS2

Il n’y a pas de neuvième segment - 8 pour influenzavirus A et B et 7 pour C et D.

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19
Q

Orthomyxoviridae - Parle moi du cycle de réplication (19):

A

19 étapes.. amen
1 - attachement sur acide sialique

2 - acidification de l’endosomes pour la fusion des membrane et la libération des RNP

3 - transport des RNP dans le noyau

4 - on transcrit nos ARNsb- en ARNm : copiage par la RdRp - on utilise la coiffe 5’ de la CELLULE - on utilise une partie des ARNm de la cellule pour nous.

5 - une fois que les ARNm sont transcrits, on les transporte vers le cytoplasme. La suite, les 3-4 prochaines étapes (chemins) se font en parallèle.

6 - Les ARNm qui encodent les protéines par l’épissage alternatif restent dans le noyau - afin d’épisser les ARNm pour donner M2 et NS2/NEP

7 - les protéines membranaires à la surface (HA, NA, M2) sont traduites par les ribosomes du RE (premier site dans la voie de sécrétion afin de produire l’enveloppe)

8 - Toutes les autres protéines sont traduites par les ribosomes libres dans le cytoplasme.

9 - Une fois traduites, toutes les protéines des RNPs, les nucléoprotéines (NP), mais aussi le complexe de polymérase (PB1, PB2, PA), retournent au noyau

10 - MS1 et M2 retournent aussi dans le noyau et aident à

11 - la synthèse des segments d’ARNsb+

12 - Ces ARNsb+ serviront qu’à reproduire le génome pour les nouveaux virions (ARNsb-), et seront directement recouvert par les protéines des RNPs qu’on vient de ramener dans le noyau

13 - certains des ARNsb- retournent dans la voie de synthèse des protéines pour augmenter l’infection virale

14 - dès que ces ARNsb- interagissent M1 (ARNm non épissé de l’épissage alternatif) et NS2, on signal l’encapsidation - on arrête la synthèse d’ARNm, c’est la fin du cycle de réplication

15 - En parallèle, les protéines de surface qui sont dans la membrane du RE seront éventuellement transportées vers la surface de la cellule hôte

16 - et incorporées dans la surface de la membrane plasmique cellulaire

17 - Les RNPs s’associent à M1 (protéine de capside)

18 - et à NEP/NS2

19 - et ce complexe là sera transporté à la surface de la cellule et se fixe où on a les protéines membranaires virales incorporées - BOURGEONNEMENT final

20
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - L’attachement peut se faire sur une protéine ou un lipide du moment qu’il y a un acide sialique dans la structure du récepteur.

A

Vrai :)

21
Q

Orthomyxoviridae - Lorsqu’il y a libération du génome virale dans le cytoplasme, on dit que ce sont les RNP qui sont libérées. À quoi on réfère par RNP ?

A

ribonucléoprotéines = (ARNsb-) + (Nucléoprotéine NP) + (Complexe polymérase = PB1, PB2, PA)

22
Q

Orthomyxoviridae Lors du cycle de réplication, après la transcription des ARNsb- viraux, les ARNm peuvent suivre plusieurs chemins différents - lesquels ?

A

1 - Épissage alternatif des ARNm pour traduire les protéines M2 et NEP1/NS2 - se fait dans le noyau

2 - Pour les protéines membranaires, à la surface, HA, NA, M2, vont être traduits dans le cytoplasme par les ribosomes attachés au RE - on doit passer par le voie de sécrétion si on a une enveloppe, il faut donc commencer par le RE. HA et NA vont être glycosylés.

3 - Toutes les autres protéines sont traduites par les ribosomes libres dans le cytoplasme.

23
Q

Orthomyxoviridae Sur quelle molécule le virus s’attache ? et quelle est la liaison entre cette molécule et le glucose qu’on retrouve le plus chez l’humain ?

A

Acide sialique - alpha(2,6)

24
Q

Orthomyxoviridae - vrai ou faux - la décaspidation est dépendante du pH, comme la fusion de la membrane virale avec la membrane endosomale.

A

Vrai :)

25
Q

Orthomyxoviridae - Explique le processus d’entrée des RNPs dans le cytoplasme, ainsi que l’influence du pH sur ce processus.

A

HA se lie à l’acide sialique de protéine (ou lipide) ayant des liaisons alpha(2,3) avec le glucose. L’endocytose dépendante de la clathrine forme un endosome contenant la particule virale. Le pH de l’endosome change, permettant d’induire le clivage de HA0 en HA1 et HA2. Le clivage expose le peptide de fusion qui s’incorpore dans la membrane de l’endosome. HA2 reste dans la membrane virale. Le resserrement des deux protéines force les membranes à se fusionner. Le pH influence également la structure de la protéine de la capside, M1 qui va solidifier le pore créé par HA et libérer les RNPs dans le cytoplasme.

26
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - les cellules épithéliales du tractus digestif contiennent principalement des liaisons alpha (2,3) ?

A

faux, il s’agit des cellules des voies respiratoires ((en fait j’en sais rien, mais on parle surtout les maladies qui touches la respiration donc….)

27
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - Les RNPs synthétisées dans le cytoplasmes peuvent retourner seules dans le noyau

A

Faux, ce sont des grosse molécules qui ne sont pas capables de diffusion dans la membrane nucléaire, elles ont besoin d’une enzyme qui reconnait leur signal NLS

28
Q

Orthomyxoviridae - Quel signal permettant de retourner dans le noyau est relativement unique des Orthoshit ?

A

NLS - signal de localisation nucléaire.

29
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - Pour permettre l’accès à la polymérase virale, l’ARN doit se dérouler (permet de rendre les bases, les nucléotides disponibles)

A

Faux, les nucléoprotéines s’attachent au squelette phosphate de l’ARN permettant de rendre déjà disponible les bases à la transcription. Il y a une sorte d’hélice d’ARN autour des NP.

30
Q

Orthomyxoviridae - Une coiffe 5’ est volée des ARNm cellulaires. Quelles protéines entrent en jeu dans ce vol ? à quoi ça sert, pourquoi est-elle nécessaire ?

A

Le complexe de polymérase est composé de PB1, PB2 et PA. PB1 se lie à la structure 5’ en tire-bouchon de notre ARN viral. PB1 fouille alors dans la cellule pour trouver un ARNm cellulaire et se lie à sa coiffe 5’. PA clive alors l’ARN cellulaire pour ne garder que la coiffe. Entre temps, l’extrémité 3’ de l’ARN viral s’est liée à PB1 (formant un duplex). La coiffe 5’ cellulaire, liée à PB2, va être liguée à l’extrémité 3’ de l’ARN viral afin d’initier la transcription et l’élongation.

La coiffe 5’ est nécessaire parce qu’elle initie la traduction des protéines virales.

31
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - on vole la queue poly(A) comme on vole la coiffe 5’ au ARNm cellulaires

A

Faux on la génère par transcription du A sur des U. RdRp n’est pas très bonne quand elle rencontre des séquences répétées. Elle va se mettre à bégayer et donne une queue poly(A) avec seulement quelques U répétés.

32
Q

Orthomyxoviridae - Quel est le processus appelé “cap-snatching” ?

A

Le vol d’une coiffe 5’ à un ARNm cellulaire par la PB2 et PA (PB2 trouve, PA clive). Cette séquence sera liguée à l’extrémité 3’ virale liée à PB1 du complexe polymérase. La coiffe permet d’initier la traduction des protéines virales.

33
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - la synthèse des ARNm de NP, NS1 et NA est favorisée au début, alors que la synthèse des ARNm de HA, et M1 est retardée.

A

Faux. La synthèse des ARNm des protéines membranaires est retardée - donc HA, M2 (après M1), mais aussi NA. Seulement la synthèse de NP et NS1 est favorisée au début. NS2 aussi sera retardé - on préfère NS1 à NS2/NE

34
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - les protéines virales sont synthétisées en même temps et au même endroit

A

Faux. Il y a un ordre chronologique dans la synthèse puisque que la liaison à M1 induit le signal d’encapsidation.

La synthèse ne se fait même pas au même endroit. Les protéines de surface sont traduites par les ribosomes du RE (pour l’enveloppe, par la voie de sécrétion) alors que les autres protéines sont traduites par des ribosomes libres dans la cytoplasme.

35
Q

Orthomyxoviridae - Les mécanismes spécifiques de suppression des gènes de l’HÔTE comprennent quoi ?

A
  • La dégradation du pré ARNm de l’hôte après le « cap-snatching » (on t’a enlevé la coiffe qui initie la traduction.. ça va mal)
  • l’inhibition de la maturation des ARNm hôtes
  • La dégradation de la maturation des ARNm hôtes
  • La traduction préférentielle des transcrits viraux
36
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - l’ARN polymérase cellulaire n’entre jamais en jeu dans l’infection. Le virus utilise sa propre ARN polymérase et ne touche pas à celle de la cellule hôte.

A

J’ai envie de dire faux. Parce que oui, elle n’est pas utilisé pour la transcription ou la traduction, MAIS, le virus va la dégrader pour monopoliser les autres processus cellulaires comme l’épissage. Donc selon moi, c’est faux puisque le virus entre en contact avec elle dans le seul but de la dégrader.

37
Q

Orthomyxoviridae - Le virus a un ARN s.b. négatif (ARNv - viral). Il est transcrit en ARN positif dans le but de faire des protéines et des gabarits de réplication. Comment pouvons nous faire la différence entre les ARN viraux qui servent à la traduction des protéines (ARNm) et les ARN viraux qui servent de gabarit pour remplir les virions, les nouvelles particules virales (ARNc)?

A

Les ARNm (s.b+ pour protéines) ont une coiffe en 5’ et une queue poly(A).

Les ARN sb+ (gabarits) ont les régions non-codantes des extrémités (ARNc - complémentaire). Ce sont des copies de pleines longueurs qui n’ont pas de coiffe en 5’ et où la configuration de la polymérase pendant la synthèse est différente des ARNm. Les ARNc se font directement recouvrir de NP après leur synthèse, ce qui n’est pas le cas des ARNm.

38
Q

Orthomyxoviridae - Dans la cellule de l’hôte, on peut retrouver trois types d’ARN, lesquels ?

A

On retrouve 1 ARN négatif et 2 positifs :
ARNv - ARN sb négatif (génome fragmenté)
ARNc - ARN sb positif (gabarit pour génome)
ARNm - ARN sb positif (protéines)

39
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - les ARNm synthétisés lors de la transcription se font recouvrir de nucléoprotéine avant la traduction en protéines.

A

Faux. Seuls les ARN complémentaires, qui servent de gabarit pour la synthèse du génome (ARNv, sb négatif), se font recouvrir de NP après leur synthèse.

40
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - Les nucléoprotéines (NP) ne sont attachés qu’à l’ARN de polarité négative.

A

les ARNv (ARN sb négatifs segmentés du virus) et les ARNc (ARN sb positif) enroulent les NP, formant une sorte d’hélice d’ARN. Les NP se lient au squelette phosphate, exposant les bases à la polymérase.

41
Q

Orthomyxoviridae - La protéine M1 a un rôle clef de transporteur, est-elle la seule ? Lors de l’assemblage, M1 joue quel rôle ?

A

La protéine M1, mais également NEP/NS2 aide à l’exportation des RNPs du noyau. M1 est impliquée dans la formation du complexe RNP et provoque la dissociation de la RNP avec la matrice nucléaire pour permettre son exportation. M1 retient aussi les RNPs pour éviter leur retour dans la noyau

42
Q

Orthomyxoviridae - Comme les RNPs entrent et sortent du noyau ?

A

Elles entrent par la présence d’un signal NLS dans leur séquence (signal de localisation nucléaire) et sortent grâce à NEP qui joue le rôle du signal NLS, mais en sens inverse, en recrutant la machinerie cellulaire pour sortir.

43
Q

Orthomyxoviridae - Les protéines de surface, HA, NA et M2, sont assemblées où ?

A

Dans le RE.

44
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - HA, PA et NA ont des signaux de tri apicaux pour assurer leur rassemblement à l’emplacement approprié à la surface de la membrane plasmique cellulaire.

A

Faux. Pas PA - ce sont les protéines de surface : HA, NA et M2 - celles qui passent par la voie de sécrétion: RE, Golgi, vesicules (COP1 coated vesicules), membrane plasmique

45
Q

Orthomyxoviridae - Pourquoi faut-il cliver les acides sialiques une fois bourgeonné ? qui clive ?

A

L’acide sialique est le récepteur des influenzavirus (HA s’y lie). Si NA ne les enlève pas, une accumulation de virus pourrait se produire : d’autres virus vont reconnaitre les acide sialiques et se lier entre eux.

46
Q

Orthomyxoviridae - Vrai ou faux - la libération du bourgeon final est active.

A

Vrai. HA est ancré solidement dans la membrane plasmique cellulaire de l’hôte avec les récepteurs contenant des acides sialidique. NA va cliver le lien entre les récepteurs et HA pour libérer l’hémagglutinine. NA clive aussi les acides sialiques de l’enveloppe virale pour éviter qu’ils soient reconnus par d’autres virus voulant s’y lier (agrégation).

Pourquoi il y a des acides sialiques sur l’enveloppe ? Ils arrivent (je pense) de la modification, la transformation des protéines dans la voie de sécrétion. L’appareil de Golgi est une usine à transformation (glycosylation surtout - d’ailleurs les HA sont glycosylés). Je pense que les acides sialiques de l’enveloppe doivent venir d’ici.

Virologie II (11 decks)

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