o f f e n e f r a g e n Flashcards
Warum sind P-loop Domänen und Mechanismen weit verbreitet?
Diese Strukturen sind in der Lage nach Bindung eines NTP große
konformationelle Änderungen durchzuführen und NTP zu hydrolysieren. Diese
strukturelle Vielfältigkeit erlaubt eine breite Spezifität.
Was ist ein aktivierter Träger? Nennen Sie zwei Beispiele.
Aktivierte Träger sind Moleküle, die als Träger definierter Gruppen, Atome, Elektronen oder
Protonen dienen. Ein Beispiel wäre ATP, welches als aktivierter Träger von Phosphorylgruppen
dient. Flavin-Derivate und Nicotinamid-Derivate sind Beispiele aktivierter Träger von
Elektronen
Geben Sie die Reaktion im Citratzyklus an, bei der die Energie in Form einer
Phosphoanhydridbindung durch Substratkettenphosphorylierung gebunden wird. Geben Sie
den Namen des Enzyms an, das die Reaktion katalysiert und geben Sie die Struktur der
Reaktanden und Produkte dieser Reaktion an.
GTP + ADP –> GDP + ATP
Umgekehrt kann eine Phosphorylgruppe von ATP auf GDP unter der Bildung von GTP
transferiert werden
Nennen Sie die 5 Koenzyme, die für die oxidative Decarboxylierung von Pyruvat und α-Ketoglutarat
benötigten werden und geben Sie die dafür benötigten essentiellen Nährstoffe (Vitamine) an
- Thiaminpyrophosphat: Thiamin, Vitamin B1
- Lipoamid: Liponsäure
- NAD+: Niacin
- FAD: Riboflavin, Vitamin B2
- Coenzym A: Pantothensäure
. Inwieweit ist Succinat-Dehydrogenase einzigartig im Vergleich zu anderen Enzymen im
Citratsäurezyklus?
Es ist das einzige Enzym, das in der Mitochondrienmembran sitzt und das direkt mit der
Elektronentransportkette der oxidativen Phosphorylierung zusammenhängt.
Nennen Sie eine Sequenz metabolischer Reaktionen durch die alle 6 Kohlenstoffatome des
Citrats aus 2 Pyruvat-Molekülen stammen könnten
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Wie kann die Glykolyse unter anaeroben Bedingungen aufrechterhalten werden?
Pyruvat kann entweder zu Lactat oder Ethanol reduziert werden. Diese Reaktion
wird von der Oxidation von NADH begleitet um NAD+ zu regenerieren
Wie viel ATP wird täglich von einem typischen Menschen verbraucht? Wie viel wird
regeneriert?
Ein Mensch nutzt ca. 80 kg ATP pro Tag. Es ist aber nur ca. 100 g ATP in den Zellen verfügbar,
d.h. ATP wird häufig und schnell genutzt und regeneriert. ATP wird regeneriert aus ADP und
Phosphat, dabei wird die Energie aus katabolischen Prozessen genutzt.
Bitte beschreiben Sie die Struktur des normalen adulten Hb.
. Normal adultes HbA ist ein Tetramer. HbA enthält zwei α-Ketten und zwei β-Ketten. Jede Untereinheit hat eine
ähnliche Struktur wie Mb und enthält eine Häm-Gruppe. HbA kann am besten als ein Paar identischer αβ-Dimere
beschrieben werden. Dementsprechend kann jedes Hämoglobinmolekül bis zu vier Sauerstoffmoleküle binden.
Beschreiben Sie die Struktur des Acetylcholinrezeptors !
Der Acetylcholinrezeptor ist ein Tetramer, das aus 5 Untereinheiten besteht: 2
identische und 3 verwandte Peptidketten (2α,β,χ,δ). Die Ähnlichkeit zwischen den
Untereinheiten lässt auf Genduplikation und Divergenz schließen. Ligandenbindung scheint eine
Konformationsänderung herbeizuführen, wobei durch eine Rotationsbewegung der Kanal
geöffnet wird. Die Pore ist mit polaren Resten besetzt, große hydrophobe Aminosäuren
schließen den geschlossenen Kanal ab
Welche beiden Funktionen haben Substratzyklen?
: Die Substratzyklen regulieren den glykolytischen Fluss durch Verstärkung
metabolischer Signale und sie produzieren Körperwärme durch die Hydrolyse von
ATP.
Geben Sie die Reaktionen an durch die Glycerin (engl. glycerol), welches aus Fetten
stammt, zu Pyruvat metabolisiert oder zur Synthese von Glucose verwendet werden kann.
Nachdem Glycerin in DHAP umgesetzt wurde, wird es zu GAP isomerisiert, welches
dann entweder die Glykolyse zum Pyruvat weiter durchschreiten kann oder über die
Gluconeogense zur Glucose umgesetzt werden kann.
. Wie unterscheidet sich das sequentielle Modell von dem symetrischen Modell für
allosterische Enzyme?
Das symetrische Modell erlaubt nichts anderes als eine “Alles-oder-Nichts”- Form des
Proteins (komplett gespannt oder entspannt). Im Gegensatz dazu ermöglicht das
sequentielle Modell eine gemischte Art des Proteins, mit einigen gespannten und
entspannten Untereinheiten. Die Form ist abhängig von der Ligandenbindung an eine
bestimmte Untereinheit.
Welche metabolischen Schritte unterscheiden sich in Glykolyse und Gluconeogenese?
Es existieren drei irreversible Schritte in der Glykolyse, welche vier
unterschiedlichen Schritten in der Gluconeogenese gegenbüber stehen: PyruvatUmsetzung zu Phosphoenolpyruvat über ein Oxalacetat-Intermediat, Fructose-1,6-
bisphosphat-Hydrolyse und die Hydrolyse von Glucose-6-Phosphat.
Was ist ein Affinitätslabel ?
. Hierunter versteht man ein Substratanalogon, das strukturell dem Substrat sehr ähnlich
ist, an das aktive Zentrum des Enzyms bindet und chemisch mit einem Rest des aktiven
Zentrums reagiert. Es wird dazu verwendet, die Enzymstruktur und den
Reaktionsmechanismus zu erforschen.
. Was ist die Funktion der Prostaglandin-H2-Synthase-1? Wie erleichtert ihre Assoziation an die
Membran ihre Funktion?
. Prostaglandin-H2-Synthase-1 wandelt Arachidonsäure in Prostaglandin-H2 um. Das
Protein steckt in der Membran, mit einem hydrophoben Kanal, der zur Hälfte in der
Lipiddoppelschicht steckt. Die Arachidonsäure ist ein Produkt der Hydrolyse von
Membranlipiden und wandert in den Proteinkanal durch die Lipiddoppelschicht. Sie
vermeidet so erfolgreich die Wechselwirkung mit der wässrigen Umgebung.
Was ist eine Substitutionsmatrix?
.Eine Substitutionsmatrix wird aus alignierten Sequenzen berechnet und die Punktwerte geben einen Eindruck davon,
wie oft eine Aminosäure ausgetauscht wurde.
Worin liegt die Ursache für den „burst“ der Aktivität und die folgende steady-state
Reaktion von Chymotrypsin wenn man den Reaktionsverlauf mit Hilfe eines stoppedflow
Spektrophotometer verfolgt?
Chymotrypsin spaltet Peptidbindungen in einer Zweischrittreaktion. Dabei ist der erste Schritt (Bildung des Acyl-Enzym-Intermediates) schneller ist als der zweite Schritt (Hydrolyse).
Wie funktioniert das Glycerin-3-Phosphat-Shuttle?
Elektronen werden von NADH auf DHAP übertragen, um Glycerin-3-P herzustellen, eine
Reaktion die im Cytosol abläuft. Glycerin-3-P diffundiert durch die äußere mitochondrielle
Membran und transferiert seine Elektronen an FAD der Glycerin-3-Phosphat-Dehydrogenase,
die in der inneren Membran lokalisiert ist. Das FADH2 überträgt die Elektronen schließlich auf
Q
Nennen Sie ein Beispiel, beidem beide Substrate vor der Katalyse gebunden werden.
Z.B. Laktatdehydrogenase und Kreatinkinase.
Was ist eine Proteindomäne?
Eine Domäne ist ein definierter Bereich eines Proteins. Häufig sind einzelne Domänen durch definierte Funktionen
bestimmt.
Geben Sie ein einfaches Beispiel für einen Entropie-getriebenen Prozess an!
Es können mehrere Beispiele gegeben werden; zum Beispiel das Mischen von
zufälligen Atomen, wenn zwei unterschiedliche Gase miteinander vermischt werden.
Beschrieben Sie den vorgeschlagenen Mechanismus für den Lactosepermease-Symporter !
- Der Zyklus beginnt damit, dass beide Hälften mit der Öffnung in Richtung
Bindetasche orientiert sind, welche aus der Zelle zeigt. Ein Proton von ausserhalb der Zelle
bindet an einen Glu-Rest der Permease. - Die protonierte Permease bindet Laktose von außerhalb der Zelle.
- Die Struktur ändert sich, sodass die Bindetasche in die Zelle zeigt.
- Die Permease entlässt Lactose in die Zelle.
- Die Permease gibt das Proton in die Zelle ab.
- Die Permeasekonformation kehrt in den Grundzustand zurück, worauf der Zyklus
abgeschlossen ist.
Wenn das erste Gesetz der Thermodynamik wahr ist, wie können biologische
Prozesse ablaufen?
Obwohl Energie weder erschaffen noch vernichtet werden kann, kann Energie
unterschiedliche Formen, wie Wärme oder chemische Energie, annehmen. Zum
Beispiel kann Energie als chemische Bindungsenergie gespeichert werden und
dann genutzt werden, um Arbeit zu verrichten.