m i x Flashcards
Dissozoation von Wasser
- Wasser dissoziiert zu einem geringen Grad
- Bildung von OH- und H3O+ (Hydronium Ion)
- freie Protonen werden durch vorhandene H-Brücken sofort hydratisiert
- in reinem Wasser gleiche Konzentration an OH- und H3O+

Was sagt der pKs Wert aus?
- Säurekonstante
- je kleiner der pKs Wert desto stärker die Säure

Was ist das Lambert Beer Gesetz und wozu kann man es einsetzten?
- macht sich die Absorbtionsfähigkeit von Stoffen zu nützen
- Bildung des Qutionten aus einfallender und ausfallender Lichtintensität bei Bestrahlung einer Probe
- Rückschluss auf Konzentration eines Stoffes möglich
- bei bekannter Konzentration Ermittlung von ε möglich und Rückschluss auf Stoff
- Extinktionskurve typisch für jeweiligen Stoff / AS

Tryptophan

Histidin

Rotationswinkel in AS Ketten
- Beschrieben durch Torsionswinkel phi und psi an den frei drehbare Bindungen des Rückrats
- phi für N - Ca Bindung
- psi für Ca - C Bindung
- -180° bis +180°
- Ramachandran - Diagram stellt mögliche Winkel dar
- 3/4 der möglichen Winkelkombinationen sterisch ungünstig (Seitengruppen / Carbonyl O)

Alpha - Helix
- Haupttriebkraft für Bildung sind H - Brücken
- Selbststabilisierung
- Abstand eines Umlaufes d = 5,4 Å
- n = 3,6 As für einen Umgang
- Raumgewinn pro As = d/n = 1,5 Å = 0,15 nm
- H-Brücke von Asi und Asi+4
- Seitenketten zeigen nach außen
- kein Hohlraum (Van der Vaals Radien)
- links- und rechtsgängige (linke / rechte Hand)
- fast nur rechtsgängig, lang immer rechtsgängig

Bereiche im Ramachandran Diagramm

Wieso ist die Proteinfaltung als kooperativ bezeichnet?
- Kooperativ bedeutet dass sich mehrere Wechselwirkungen derart beinflussen, dass sich das Gesamtsystem anders verhält als man es von den Eigenschaften der isolierten Wechselwirkung erwarten würde
- WW der AS in Peptidkette beeinflussen sich derartig dass die AS Kette in Selbstorganisation Sekundär-, Tertiär-, und Quartärstrukturen annimmt
Was bedeutet Kooperativität?
Welche Modelle gibt es?
- bei Proteinen mit mehreren Bindungstellen nimmt die Affinität zum Liganden zu je mehr Liganden binen
- ODER: Kooperativ bedeutet dass sich mehrere Wechselwirkungen derart beinflussen, dass sich das Gesamtsystem anders verhält als man es von den Eigenschaften der isolierten Wechselwirkung erwarten würde
- Es gibt das sequentielle und das konzentrierte Modell, beide Modelle können auch Kombiniert das verhalten erklären

Was sind Orthologe?
- homologe Proteine die in verschiedenen Organismen vorkommen und gleiche Aufgaben erfüllen
Was sind Paraloge?
- homologe Proteine die im selben Organismus vorkommen aber unterschiedliche Aufgaben erfüllen
Was sind Homologe?
- Sind 2 Proteine wenn sie vom selben Vorläufer abstammen
Was ist Allosterie?
- Regelung der Proteinfunktion durch ein anderes Molekül als Substrat / Ligand durch Bindung an anderer Stelle als aktivem Zentrum
Was ist der Bohr - Effekt?
- ein sinkender pH Wert verringert die Affinität zu O2 was zu einer erhöhten O2 Abgabe im Gewebe führt
- bei Belastung entsteht mehr CO2, welches miitels Carboanhydrase zu Kohlensäure umgewandelt wird und dissoziiert, was eine Veringerung des pH Wertes zur Folge hat
- durch zusätzliches H+ werden ionische Bindungen im Molekül gebildet, was die T-Form stabilisiert
Was ist ein Katalysator
- Katalysatoren sind Stoffe / Proteine, die die Aktivierungsenergie einer Reaktion herabsetzen und damit die Reaktionsgeschwindigkeit erhöhen
Welche Arten von Cofaktoren gibt es?
- anorganische Ionen wie
- Fe2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+, K+, Cu2+
- komplexe organische oder anorganische Moleküle
- Coenzyme
Was ist der Übergangszustand?
- ist der kurze Moment einer Reaktion in dem Bindungsbruch, Bindungsbildung, Ladungsumverteilung soweit vorangesschritten sind, dass Rückgang zum Substrat und Fortschritt zum Produkt gleich wahrscheinlich sind
- findet an der Energiebarriere statt und wird durch Aufbringen der Aktivierungsenergie erreicht
Wodurch wird die Aktivierungsenergie im Enzym-Substrat-Komplex herabgesetzt?
- Das Substrat geht mit dem Enzym im aktiven Zentrum mehrere nicht kovalente Wechselwirkungen ein. Dadurch wird Bindungsenergie frei und kann genutzt werden
- Substrat darf nicht zu 100 % passen, da es sonst zu stabil wäre die Aktivierungsenergie zur weiteren Reaktion zu groß wäre
- optimal wenn aktives Zentrum komplementär zum Übergangszustand, dadurch Bildung des Übergangszustandes begünstigt

Wie lautet die Michaelis-Menten Gleichung?

Was sind der km und der kkat Wert?
- km - Wert:
- Michaelis-Konstante
- gibt die Konzentration [S] an bei der die Anfangsgeschwindigkeit (V0) der Reaktion den halben maximalen Wert erreicht
- kkat - Wert:
- Turnover Number
- Anzahl umgesetzter Substratmoleküle pro Zeit
- wird als allgemeine Geschwindigkeitskonstante bei mehrstufigen Reaktionen benutzt
- ist äquivalent zum Geschwindigkeitsbestimmenden Reaktionsschritt oder zusammengesetzt bei komplizierteren Reaktionen mit mehreren geschwindigkeitbestimmenden Schritten
- Turnover Number

Was versteht man unter der Ordnung einer Reaktion?
- Die Ordnung gibt in der Kinetik an von wievielen Konzentrationen von Stoffen die Reaktionsgeschwindigkeit abhängt
- Ordnung: Konzentrationsunabhängig
- Ordnung: Abhängig von der Konzentration eines Stoffes
- Ordnung: Abhängig von der Konzentration zweier Stoffe
- usw.
Was ist die katalytische Effizienz?
- kkat / km
- beschreibt die Reaktionsgeschwindigkeit von freiem Enzym und Substrat zum Produkt
- wird zum Vergleich von Enzymen genutzt
- je größer desto besser
- Maximalwert ist Wert der Diffusionskontrollierten Begegnung von S und E (108 - 109 M-1 s-1)
- Ausnahme: Enzyme die ihr Substrat zur Ladung im aktiven Zentrum anziehen (Superoxid Dismutase)

Welche Art von Enzymhemmungen gibt es?
Wie stellt man sie experimentell fest?
1
A) Reversieble Hemmung - Kompetitiv
- bindet in Aktivem Zentrum, darf kein alternatives Substrat sein
- bei Erhöhung von [I] wird V Kurve flacher
- VMax bleibt gleich → KM erhöht sich
- Aufheben der Hemmung durch Erhöhung [S]











































