Nucleinezuren en eiwitten Flashcards
initiator proteins
eiwitten die aan replication origins binden en de DNA strengen uit elkaar halen door waterstofbruggen te verbreken
DNA polymerase
enzym dat de additie van nucleotiden aan de 3’ kant katalyseert
replicatie vork
bij elke replication origin worden twee Y-vormige punten gevormd. Hier vind DNA synthese plaats
deoxyribonucleoside triphosphate
de structuur waarin een nucleotide de reactie in komt
Hydrolyse van de fosfaten zorgt voor de benodigde energie om de nucleotide aan de keten te krijgen
In welke richting wordt DNA gevormd?
5’ naar 3’
Ozaki fragmenten
kleine stukjes DNA gevormd bij replicatie lagging strand
leading vs. lagging strand
leading: synthese continu
lagging: synthese niet continu
proofreading
tegelijk met DNA synthese wordt gecheckt of de net toegevoegde nucleotide klopt met het basepaar.
Mogelijk doordat DNA polymerase alleen DNA vormt in de 5’ -> 3’ richting
RNA primer
een klein stukje RNA (+- 10 nucleotiden) dat zorgt voor een 3’ uiteinde dat gebruikt kan worden als beginpunt voor polymerase
primase
enzym dat RNA primer synthetiseert
repair polymerase
vervangt RNA primers door DNA
ook wel DNA polymerase I -> gat opgevuld
doet ook proofreading
DNA ligase
maakt Osaki fragmenten aan elkaar
- ATP nodig!
DNA helicase
enzym dat de dubbele helix openmaakt
DNA topoisomerases
Als je de dubbele helix openmaakt zorgt dat ervoor dat het stuk daarnaast gedraaider wordt. Deze enzymen verlichten de spanning opgebouwd voor de replicatie vork door een tijdelijke breuk te maken in 1 streng en daarna deze weer dicht te maken
sliding clamp
houdt DNA polymerase vast aan de template
clamp loader
gebruikt de energie van ATP hydrolyse om de sliding clamp aan het DNA vast te maken
telomeren
stukjes DNA die extra aan de uiteindes van chromosomen zitten omdat de lagging strand niet helemaal gerepliceerd kan worden
worden hersteld door telomerase
gen
deel van DNA dat omgezet wordt in mRNA
nuclease
verwijdert RNA primer -> gat ontstaat
depurination
purine base (A of G) wordt van een nucleotide verwijderd door reactie met water
deamination
verlies amino groep in cytosine in DNA zodat uracil gevormd wordt (ook door reactie met water)
thymine dimeer
door ultraviolet in zonlicht hechten 2 thymine bases aan elkaar en vormer zo een thymine dimeer
non homologous end joining
bij een double strand break worden de gebroken uiteindes snel door ligase aan elkaar geplakt. Vaak gaan nucleotides verloren.
homologous recombination
bij een double strand break na replicatie van dat stuk DNA kan deze nieuwe gevormde dubbele helix als template dienen. De twee DNA moleculen zijn homoloog (vrijwel identiek). Op deze manier gaat geen genetische informatie verloren.
RNA polymerase
synthetiseert RNA
- geen proofreading
- geen primers nodig
promoter
een stukje gen dat een bepaalde sequentie bevat die herkend wordt door RNA polymerase en transcriptie factoren bindt waarna transcriptie begint
terminator
stukje gen waar RNA polymerase stopt (terminator sequentie wordt nog getranscribeerd)
RNA polymerase II
de polymerase die al het eiwit-coderende RNA, micro RNA en genen voor niet coderend RNA synthetiseert
TATA box
stukje promotor dat vooral bestaat uit A en T nucleotiden waar transcriptie factor TFIID bindt
RNA capping
een guanine met methyl groep wordt aan het 5’ uiteinde vastgemaakt
polyadenylation
nieuw mRNA krijgt aan het 3’ uiteinde een poly-A staart (herhaling van adenine)
RNA splicing
introns worden uit het RNA gehaald en exons worden aan elkaar geplakt
spliceosome
RNA en eiwitmoleculen die splicing uitvoeren
(snRNA en snRNP)
codon
drie opeenvolgende nucleotiden in het RNA
alfa helix
structuur waarbij een peptideketen een cylinder vormt door h-bruggen tussen de backbone van de aminozuurketen
coiled coil
stabiele structuur van twee alfa helices om elkaar heen gedraaid met de hydrofobe e zijketens naar binnen
