Mycologie Flashcards
Quels sont les signes radiologiques typiques de l’aspergillose pulmonaire invasive?
- Halo sign : macronodule entouré d’opacités en verre dépoli (hémorragie alvéolaire)
- Infarctus pulmonaire wedge-shaped
- Signe du croissant : nodule avec croissant d’air (séquestre mycotique)
- Selon EORTC : Dense, well circumscribed lesion with or without halo sign
- Autres : bronchopneumonie, nodule solitaire/multiples, consolidation lobaire, pneumonie cavitaire ou nécrosante (surtout chez les patients très immunosupprimés non-neutropéniques)
Quels sont les signes cutanés bien connus associés à la candidémie ?
- Lésions macronodulaires de 0,5-1cm roses/rouges
- Echtyma gangrenosum
- Purpura fulminans
- Vasculite leucocytique
What are the dermatophytes causing Tinea corporis? First one on the list is the most frequent.
1 = Trichophyton rubrum
Others :
- T.tonsurans
- Microsporum canis (mainly in children)
- T.mentagrophytes
- M.gypseum
- T.violaceum
- M.audouinii (West Asia, North Africa)
What are the dermatophytes causing Tinea pedis?
-T. rubrum
-T. mentagrophytes
- Epidermophyton floccosum
What are the dermatophytes causing onychomycosis?
1 = T.rubrum
- T.mentagrophytes
- E.flocosum
… And others
What is the organism causing trichomycosis axillaryies?
Trick question! Not a fungus, but species of Corynebacterium - often Corynebacterium flavescens.
- Clinical presentation : yellow-white-black sheath like structures on hair shafts, with malodorous nodules.
- Dx : gram stain of hair shafts has numerous GPB and Corynebacteria will grow on culture.
What causes white Piedra?
Trichosporon species :
-T.ovoides
-T.inkin
-T.cutaneum
Acronyme CIO (comme comité international olympique)
What causes black Piedra and in what parts of the world is it seen?
-Piedraia hortae
-Commonly seen in tropics
What can be the “complications” or “clinically variant presentation” of tinea corporis?
- Kerion (intense pustular reaction 2/2 zoophilic fungi): vraiment plus vu en tinea capitis qu’en corporis
- Majocchi granuloma (intense postulo-papular reaction)
What are the organisms causing tinea capitis?
In North America = T.tonsurans
In Europe/Asia = M.canis
What is the treatment of tinea capitis?
Choix #1 = Terbinafine 2-4 semaines
Alternatif : itraconazole ou fluconazole pour 4 semaines
What is the etiology of favus (severe form of tinea capitis with complete destruction of hair shafts)?
Trichophyton schoenleinii
What emerging dermatophyte causing rapidly spreading annular tinea corporis is resistant to terbinafine?
Trichophyton indotineae - treat with itraconazole
What dermatophyte causes endothrix?
T.tonsurans
T.violaceum
T.soudanese
What dermatophyte causes ectothrix?
M.canis
T.verrucosum
M.audouinii
What is in calcofluor white solution and does it kill fungus?
Calcofluor white + Evan’s blue + Distilled water + most of the time KOH
It only kills fungus if there is KOH in solution!
What is in lactophenol cotton blue solution and does it kill fungus?
Lactic acid + phenol crystals + glycerol + cotton blue
The PHENOL CRYSTALS kill the fungus
What dermatophyte will turn the bromocresol purple media a deep purple color (alkanification)?
Trichophyton mentagrophytes
What dermatophyte will cause a positive hair perforation test?
- T.mentagrophytes
- T.terrestre
What are the species of Aspergillus that can be uniseriate
FFG :
- Fumigatus
- Flavus (is both uni and biseriate)
- Glaucus
All other species of Aspergillus are biseriate
What species of Aspergillus produces cleistothecia (sexual state)?
Glaucus(jaune)
Nidulans(rouge)
Why is Aspergillus calidoustus an important emerging pathogen?
Resistant to triazoles and high MICs to Ampho-B
What species of Aspergillus has intrinsic resistance to ampho-B?
A.terreus
Mutation in what gene will lead to azole resistance in Aspergillus?
14-α-demethylase gene, CYP51A, a component of the ergosterol synthesis pathway and the target of the azole antifungals
What are 2 features permitting differentiation of Rhizopus from Lichtheimia?
- Lichtheimia has a conical apophysis vs Rhizopus has straight apophysis
- Lichtheimia sporangiophores arise in between rhizoids on the stolon vs Rhizopus sporangiophore arise parallel to the rhizoids
- Rhizoïdes bien développés pour Rhizopus
What mold causes brain abscess in near drowning patients?
Scedosporium apiospermium
What are the common agents of Phaeohyphomycosis?
-Exophiala jeanselmei
-Phialophora verrucosa
-Exophiala dermatitidis
-Alternaria
-Cladophialophora bantiana (***Cérébrale)
-Aureobasidium pullulans
-Hormonema
Most common cause of eumycetoma in North America?
- Scedosporium apiospermium species complex (white grains)
Also more common : Madurella spp. (black grains), Trematosphaeria spp. (black grains)
What are the 2 most common causes of chromoblastomycosis?
- Fonsecaea pedrosoi
- Cladophialophora carrionii
Aussi :
- Phialophora verrucosa
- Rhinocladiella aquaspersa
- Exophiala jeanselmei
What is the agent causing Lobo’s disease (Lobomycosis is slow growing keloid like papules)
Lacazia loboi (non-culturable dimorphic fungus - diagnosed on biopsy- can resemble Blasto in pathology stains)
What is the agent of rhinosporidiosis and how is the agent identified?
- Rhinosporidium seeberi - aquatic protistan parasite.
- Haematoxylin and eosin stain on tissues reveal sporangia up to 300microns, can be confused with Prototheca
What is the telemorph (sexual) form of Scedosporium?
Pseudallescheria
What fungus was associated with an outbreak of iatrogenic meningoencephalitis and epidural abscess due to contamination of methyl prednisone?
Exserohilum rostratum
What are the 4 species of “black yeasts”?
- Exophiala
- Hortaea
- Aureobasidium
- Hormonema
What is the classic microscopic appearance Basidiobolus and what part of the body does it affect?
-Club shaped spores and zygospores with beaklike appendage
-Affects limbs, chest, back
What part of the body is affected by conidiobolus?
Nasal mucosa
What yeasts are intrinsically resistant to echinocandins?
- Cryptococcus
- Rhodotorula
- Trichosporon
What are muriform cells and it in what disease are they typically seen?
- Single or clustered fungus cells with dark pigmentation, transverse and longitudinal septa; helps evade host immune system. Also called “sclerotic bodies” or “copper pennies”.
- Key feature of chromoblastomycosis. Cladophialophora spp., Phialophora spp., and Fonsecaea spp. will have that appearance in tissue when there is chromoblastomycosis (will not have their usual morphology with hyphae)
Gélose pour différencier C.neoformans de C.gattii?
CGB agar : canavanine glycine bromothymol blue agar
C. neoformans sera jaune
C. gattii rendra gélose bleue (95% des souches)
Causes de faux positifs de B-D-Glucan? Nommez au moins 4.
Gaze
Produits sanguins, IVIG, albumine
Poussière
Membrane de dialyse avec cellulose
Certaines bactéries (Pseudomonas)
Colonisation à Candida
What Aspergillus specie has a rough conidiophore?
A.flavus
M35 : within what time limit should a germ tube be read for confirmation of C.albicans?
< 3 hours
Other Candida specie can be positive > 3 hours
M35 : what test can help differentiate C.albicans from C.dubliniensis?
Growth at 45°C - C.albicans will grow, most C.dubliniensis fail to grow
Also : with Dalmau test, C.dubliniensis will have a cluster of chlamydospores vs C.albicans will produce a single terminal chlamydospore
M35 : describe the 3 characteristics for identification of C.albicans/dubliniensis
- Budding yeast in smear
- Feet in less than 48h
- Germ tube positive at <3 hours
M35 : describe the 4 characteristics for identification of C.glabrata
- Small yeast in smear with no hyphae
- Growth CHOC > BSA
- Growth EMB > BSA
- Rapid trehalose positive at 42°C
M35 : describe the 3 characteristics for identification of Cryptotoccus
- Spherical pleomorphic budding yeast with no hyphae
- Urea positive
- Phenol oxidase positive (caffeic acid disk ou pigment sur gelose staib)
Quelles sont les indications de traiter une coccidioidomycose pulmonaire aigue selon l’IDSA?
Et quelle est la manifestation cutanée classique de la coccidio?
- Immunosuppression
- Maladie sévère et débilitante
- Diabète, fragilité (être frêle) en raison de l’âge ou avoir d’autre comorbidités
- Femme enceinte
- Avoir des ancêtres africains ou philippins
Erytheme noueux
What fungus can be poorly staining with a Gomori-Methenamine-Silver stain?
Mucorales
Nommer 5 situations cliniques où on peut avoir un faux positif de BD-glucan
- Membrane de dialyse avec cellulose
- Produits sanguins
- Immunoglobulines IV
- Albumine IV
- Certaines bactéries (Ex: Pseudomonas)
Nommer 3 des 4 espèces de Scedosporium qui font partie du complexe apiospermum
S. apiospermum
S. boydii
S. aurantiacum
S. dehoogii
Nommer deux autres tests diagnostiques que la culture pour la candidiase invasive.
- B-D-glucan
- PCR Candida (T2-Candida)
Quelles sont les présentations cliniques classiques de l’emergomycose? Et avec quel examen de laboratoire cette mycose peut croiser?
- Pulmonaire et cutanée
- Ag urinaire et sérique Histoplasma
Nommer deux fungi avec col de bourgeonnement large.
Blastomyces dermatitidis
Malassezia furfur
Quelle mycose se reproduit par fission binaire?
Talaromyces marneffei
Qu’est-ce que le phénomène Splendore-Hoeppli et quelles mycoses peuvent le causer?
Phénomène caractérisé par la présence de microorganismes (ou corps inertes) qui sont entourés par du matériel éosinophilique intense.
- Coccidioides
- Sporothrix schenckii
- Entomophtorales (Conidiobolus, Basidiobolus)
Nommer 9 différents tests permettant la différenciation des levures
- Coloration à l’encre de Chine
- Assimilation des sources de carbone
- Assimilation du nitrate de potassium
- Fermentation (tube Durham)
- Phenoloxidase
- Hydrolyse de l’urée
- Gélose CGB (canavanine, glycine et bleu de bromothymol)
- Croissance sur cycloheximide
- Croissance à différentes températures
Nommer 4 levures qui sont Urée +
- Cryptococcus
- Rhodotorula
- Malassezia
- Trichosporon
- Ustilago
Quel milieu de culture permet de différencier le C. neoformans du C. gattii?
Gélose CGB (canavanine, glycine et bleu de bromothymol)
93% des C. gattii sont positifs (la gélose virera au bleu)
Quelles levures peuvent pousser en présence de cycloheximide?
- C. albicans
- C. dubliniensis
- C. tropicalis
- C. parapsilosis
- Malassezia
Quels tests biochimiques peuvent nous faire penser à un Cryptococcus VS une autre levure?
- Encre de Chine +
- Phenoloxidase + (sur gélose Staib)
- Urée +
- Fermentation -
- Aucune croissance sur cycloheximide
- Croissance à 37, mais pas
à 40 - Couleur jaune sur CGB (Canavaninve, glycine, bromothymol blue)
Quelles mycoses peuvent pousser sur un milieu contenant de la cycloheximide (R à la cycloheximide)? Quelles mycoses sont inhibées par la cycloheximide?
** Cycloheximide permet d’inhiber les saprophytes pour voir les pathogènes
Vont pousser :
- Tous les dimorphes sauf T. marnaffei
- Geomyces
- Arthrographis
- Emmonsia parva
- Chrysosporium
- Dermatophytes
- Apophysomyces
- Scedosporium apiospermum complex
Sont inhibés :
- Cryptococcus neoformans/gattii complex
- Aspergillus spp.
- La plupart des mucorales
- La plupart des Candida (sauf tdap: tropicalis, dublinensis, albicans et parapsilosis)
- Neoscytalidium dimidiatum
- Lomentospora prolificans
Quelles sont les caractéristiques microbiologiques propres à l’Histoplasma capsulatum var. duboisii?
- Levures plus grosses dans les tissus (8-15 microns)
- Urée -
- Paroi épaisse
- Forme de sablier ou de 8
- Se retrouvent dans les cellules géantes (VS histiocytes/macrophages pour la variante capsulatum)
1ère ligne de traitement pour l’eumycétome.
itraconazole
Quel germe cause le Tinea versicolor?
Malassezia furfur
Quel est l’espèce de Mucormycetes qui cause le plus souvent des infections?
Rhizopus (rhizoPLUS lol)
Dans quel contexte serait-il indiqué de donner acetazolamide ou mannitol pour HTIC en crypto méningée ?
JAMAIS!
Ce n’est pas indiqué
Nommer 5 dimorphes endémiques présents en Amérique du Nord (à l’espèce) de GENRE différent.
Nommer 3 dimorphes endémiques présents ailleurs dans le monde (à l’espèce) de GENRE différent.
Amérique du Nord:
- Blastomyces dermatitidis
- Histoplasma capsulatum
- Coccidioides imitis (posadasii)
- Emergomyces canadensis
- Sporothrix schenckii
Ailleurs:
- Paracoccidioides brasiliensis
- Talaromyces marnafeii
- Emergomyces africanus
- Talaromyces marneffei
With respect to invasive candidiasis due to non- Candida albicans species, ___________ is the most common pathogen in adults, whereas ______________ predominates in children and neonates
- Candida glabrata
- Candida parapsilosis
Risk factors for invasive mold diseases include innate immunologic defects, with ____________ being associated with chronic granulomatous disease.
Aspergillus nidulans
EORTC : dose de prednisone qui est considérée comme significative pour PJP vs pour Aspergillose/Autres filamenteux?
- => 0.3mg/kg pour 2 semaines dans les derniers 60 jours
vs
-=>0.3mg/kg pour 3 semaines dans les derniers 60 jours
Autre que l’Aspergillus, quels champignons peuvent causer un GM positif?
- Endémique:
Blastomyces dermatitidis
Histoplasma capsulatum
Talaromyces marneffei
Paracoccidioides brasiliensis - Filamenteux à hyphe septé :
Fusarium
Paecilomyces
Alternaria - Levure-like :
Geotrichum
Quelle est la différence entre eumycétome et actinomycétome?
- Eumycétome : causé par mycoses.
- Actinomycétome : causé par bactéries. Atteinte plus agressive et destructrice.
Nommez 1 agent de lyse cellulaire pour les hémocultures fongiques/mycobactéries?
- Saponine
Nommez 4 raisons de faire un antifongigramme pour un Candida sp selon le CLSI
- Infection invasive à Candida quand la sensibilité aux azoles est incertaine (ex. Candida non albicans)
- Échec thérapeutique
- Connaître le profil de sensibilité au sein d’une institution
- À la demande d’un médecin dans une circonstance spéciale (Ex : patient d’hémato sous Ppx prolongée d’azole)
Nommer 4 antifongiques pour lesquels un breakpoint de DD est disponible pour le Candida albicans
Fluconazole
Voriconazole
Caspofungine
Micafungine
Nommez 2 différences de croissance/phénotypiques permettant de différencier le Candida auris des autres Candida.
- Croissance à 40-42 degrés
- Absence d’hyphes ou de pseudohyphes au corn meal
- Tolérance au sel (10%)
- Assimilation du dulcitol (est un sucre)
Nommez des espèces d’Aspergillus qui peuvent être/sont bisériées
A. terreus
A. flavus
A. nidulans
A. niger
A. ustus
A. versicolor
Apart from Aspergillus, name other fungus for which a galactomannan test can be positive.
- Fusarium
- Penicillium
- Histoplasma
Fungus for which B-D-Glucan is positive and negative.
Positive :
- Aspergillus
- Candida
- PJP
- Cocci et paracocci
- Trichosporon, Saccharomyces
- Fusarium spp
Negative :
- Cryptococcus
- Mucor species
- Blastomyces (yeast forms)
What fungus causes Tinea nigra?
Hortaea werneckii (Phaeoannellomyces werneckii)
When immediate transport to the lab is not possible, at what temperature specimens should be kept?
Ambient temperature
Quelles sont les 2 espèces de Candida avec levures entre 2-5um?
C.auris
C.glabrata
Elongated cells and unipolar buds (cigar bodies) are highly suggestive of :
Sporothrix schenckii
Arthroconidium-like yeast cells that are elliptical binary
fission cells are highly suggestive of :
Talaromyces marnefeii
Quelle espèce d’Histoplasma a une forme levure plus grosse qui peut être facilement confondue avec Blastomyces?
Histoplasma capsulatum var. duboisii (etiology of African Histoplasmosis)
Coccidioides in tissues will be seen as a large spherule. Name 3 other fungus that can have the same appearance in tissues.
- Emmonsia spp. (adiasporomycosis)
- Rhinosporidium seebri
- Cokeromyces recurvatus
Name 2 algae that produce fungal and yeast like cells that can be found in clinical specimens
Prototheca spp.
Chlorella spp.
Will appear as 10um yeast cells.
Nommer un champignon et une bactérie autre que le Cryptococcus spp. qui peuvent donner un résultat positif à l’antigène Cryptocoque (Cryptolatex).
Champignon
- Trichosporon asahii
- Schizophyllum commune
Bactéries
- Rothia mucilaginosa
- Capnocytophaga
Humidity and temperature for incubation of mycology plates.
30°C +/- 2°C at ambiant air
With what fungus is this structure associated when seen in tissues?
Aspergillus niger
Cristaux d’oxalare de calcium
Nommer des facteurs de risque de candidémie
- ATB large spectre
- Colonisation à Candida
- HAIV
- Corticostéroides
- Dialyse
- Porteur de KT
- Chirurgie abdominale majeure
- Pancréatite nécrosante
Nommer des causes de faux positifs et faux négatifs de Cryptolatex
Faux positif:
- Désinfectants et savons
- Facteur rhumatoïde, lupus
- Autres germes (Trichosporon beigelii, Cyptococcus albidus, Capnocytophaga canimorsus, Rothia mucilaginosa)
Faux négatif:
- Faible taux d’Ag
- Effet prozone
- Cryptococcose pulmonaire
- Sérotype C
Nommer les indications définitives/claires de Tx d’histoplasmose
- Infection pulmonaire aigue modérée à sévère
- Infection pulmonaire cavitaire chronique
- Infection disséminée progressive
- Infection du SNC
Quelles mycoses peuvent être angioinvasives (4)?
- Aspergillus
- Mucorales
- Fusarium
- Scedosporium
Causes de faux positif de Galactomanann
- Galacto exogène (ex: lait bébé formule)
- Contamination alimentaire avec additifs (gluconate de sodium)
- Translocation de bifido du NN et mucosite GI
- Certaines transfu de sang
- Réaction croisée (Penicillium, Fusarium, Histo, Blasto, Crypto, Alternaria, Rhodotorula)
En patho, quelles sont les colorations recommandées pour les mycoses?
- PAS (periodic acid-schiff)
- Grocott ou GMS (Gomori-grocott methenamine silver stain)
- Mucicarmine
- Hématoxyline-éosine
- Fontana-masson
Sur une biopsie tissulaire colorée au Grocott, nommez les 4 indices à regarder pour différencier un Aspergillus d’une Mucorale
- Hyphes septées vs non septées
- Largeur des hyphes (4-6 microns VS 8-23 microns)
- Angles de l’embranchement (90 degrés pour les mucorales VS 45 pour les Aspergillus)
- Formation de rubans
Quelles espèces de Candida ont une R intrinsèque aux azoles?
Quelles espèces de Candida ont des CMI plus élevées (pas clair si conduit à échecs thérapeutiques) aux échinocandines?
Azoles:
C. krusei (intéressant, aussi intrinsèquement R à flucytosine)
*C. auris (pas intrinsèque, mais très fréquent)
Echinocandines:
C. parapsilosis
C. guillermondi
C. lusitaniae
Quels sont les principaux mécanismes/gènes de résistance aux azoles, aux echinocandines et aux polyènes?
Azoles: surexpression du gène ERG11 (surexpression de la lanostérole 14-a-déméthylase) pour Candida. Pour Aspergillus, voir autre flashcard.
Azoles : diminution affinité de la lanostérole 14-a-déméthylase pour C.krusei
Azole : rare pompe à efflux chez Candida
Echinocandines: Mutation FKS qui causera une modification de la cible, 1,3BD-glucan synthase
Polyènes : modification de la cible, ERG3, provoque stérol alternatif dans la membrane
Quelle espèce d’Aspergillus a une R intrinsèque à l’Ampho-B?
Quelles espèces d’Aspergillus ont une R intrinsèque aux azoles?
Ampho-B:
A. terreus
Azoles:
A. calidoustus
A. lentulus et A. udagawae (A. fumigatus cryptiques)
Quelles options thérapeutiques s’offrent à nous pour traiter une infection à S. apiospermum complex?
Vorico
Posaco
Isavu
Parfois les echinocandines
Mais R intrinsèque à ampho-B, terbinafine et flucytosine
** L. prolificans: R aux azoles et echinocandines!!
Name :
- 3 species of Blastomyces
- 3 species of Histoplasma
- 2 species of Coccidioides
- 2 species of Paracoccidioides
- Blastomyces dermatitidis, Blastomyces gilchristii, Blastomyces percursus
- Histoplasma capsulatum var. capsulatum, Histoplasma capsulatum var. duboisii (Africa), Histoplasma capsulatum var. farciminosum
- Coccidioides immitis (California/Washington State), Coccidioides posadasii (Arizona/South America )
- Paracoccidioides brasiliensis, and Paracoccidioides lutzii
Fungus avec résistance intrinsèque ampho B.
C. lusitaniae, C. guillermondi, A. terreus, A. lentulus, Lomentospora prolificans, Fusarium
2 indications de catégorie A de Ppx de l’aspergillose invasive
- LMA
- Post Allo-GMO avec GVHD
Quels sont les NC les plus touchés en cas de méningite à TB?
Quels tests rapides sont recommandés pour Dx une TB méningée?
- NC III et VI
- PCR TB sur le LCR, Adénosine déaminase (30% de sensibilité) et coloration de Ziehl ou Auramine sur le LCR (10-30% de sensibilité)
Critères Dx de l’ABPA
Critères Dx :
1. Avoir un facteur prédisposant (soit FKP ou asthme)
2. Au moins deux des critères suivants :
IgE spécifiques à Aspergillus > 0,35
Skin test Aspergillus positif
Si IgE spécifiques non dispo : IgE totaux > 1000
3. Au moins 2 des critères suivants :
IgG Aspergillus positives ou IgG spécifiques > 27
Rayon-X poumons ou scan thorax compatible (plug muqueux, bronchiectasies, tree in buds)
Éosino > 500
6 indications de Ppx de PJP (autre que VIH avec CD4 < 200)
TOS
LLA en traitement (ad fin du tx de maintien)
Allo-GMO
Tx avec Alemtuzumab
Tx avec fludarabine, cyclophosphamide ou rituximab
Prise de prednisone à plus de 20mg DIE x 4 sem ou plus chez les greffés solides ou néo hémato
