Antibiogrammes et Antifongigrammes Flashcards
What methods are acceptable to perform AST for colistin and polymyxin-B respectively?
Colistin : broth micro dilution, broth disk elution and agar dilution MIC (CAT colistin agar test)
Polymyxin-B : broth micro dilution
According CLSI M100, should we perform AST on S.saprophyticus isolated from urines?
No - not advised as infections will respond to agents commonly used to treat uncomplicated UTIs (Nitro, TMPSMX, Quinolones)
What is the typical pattern in S. aureus AST seen with mecC gene?
Cefoxitin resistance and oxacillin susceptible
What is the preferred method to detect methicillin resistance in S.aureus small colony variants?
- Routine AST not reliable
- Testing for PBP2a using induced growth (ie, growth taken from the zone margin surrounding a cefoxitin disk on either BMHA or a blood agar plate after 24 hours incubation in 5% CO2) or mecA should be done.
For Staphylococcus species other than aureus, lugdunensis, epidermidis, pseudintermedius and schleiferi, what is the additional testing that should be done if they have an oxacillin MIC of 1-2ug/mL?
Oxacillin MIC may overcall resistance, proceed with PBP2a or mecA testing for serious infections - if mecA negative can report as methicillin susceptible.
Quelles sont les 4 limitations les plus importantes des antibiogrammes directs sur hémocultures selon le CLSI
- Doivent être inoculés <8h après que la bouteille ait sonné
- Peuvent seulement être effectués pour des entérobactéries ou le Pseudomonas aeruginosa
- Ne peut pas être rapporté tant que l’isolat n’est pas identifié de façon finale
- Seulement 8 ATB possibles pour les entérobactéries (ampicilline, aztréonam, ceftriaxone, ceftazidime, tobramycine, meropenem, ciprofloxacine et TMP-SMX) et 4 ATB possibles pour le P. aeruginosa (ceftazidime, meropenem, tobramycine et ciprofloxacine)
Nommer 5 antibiotiques pour lesquels on peut faire des AST directement des bouteilles d’hémocultures pour les entérobactéries
- Ampicilline
- Ceftriaxone
- Ceftazidime
- Aztréonam
- Meropenem (depuis 2023)
- Tobramycine
- Ciprofloxacin (depuis 2023): ** Attention BP ne s’appliquent pas à Samonella spp.
- TMP-SMX : attention, pas de lecture possible à 8-10, seulement 16 à 18
Nommer 3 antibiotiques pour lesquels on peut faire des AST directement des bouteilles d’hémocultures pour le Pseudomonas aeruginosa
- Tobra
- Meropenem
- Ciprofloxacin
- Ceftazidime (pas de BP de 8-10h)
Quels sont les 3 atb de tiers 1 à tester pour le S. malto?
- TMP-SMX
- Minocycline
- Levofloxacin
Disk diffusion : in which situations do we need to use transmitted light and not reflective light to read the zones?
- Staphylococcus and linezolid testing
- Oxacillin salt agar (dépistage)
- Vancomycin and Enterococcus
Pour les antibiogrammes en disque: nommez 2 méthodes de faire un inoculum et les justifications pour lesquelles on utiliserait une méthode plutôt qu’une autre.
Méthode de suspension directe des colonies (Colony suspension):
- À utiliser pour les bactéries qui ont une croissance lente et non prévisible en bouillon
- Seule technique approuvée pour ATBgramme de staph spp., Haemophilus influenzae/parainfluenzae, N. gonorrhoeae, N. meningitidis, S. pneumoniae, Strepto B-hémolytiques, S. viridans
- Pour tous les organismes avec une croissance fraiche de 18-24 heures disponible
Méthode de phase logarithmique / Méthode de culture sur bouillon (Broth culture method):
- Pour les colonies non fastidieuses pour lesquelles on n’a pas de croissance fraîche ou si cette méthode est désirée
- Méthode préférée quand on ne peut pas obtenir une suspension lisse (colonies granulaires ou collantes) (ex: kleb pneumo muqueux)
Antibiogramme avec TMP-SMX: Zone sensible en méthode de microdilution mais résistante en disque. Donnez 2 raisons spécifiques au TMP-SMX pour fausse résistance.
- Mauvaise technique de lecture: Il faut ignorer le “hazy growth” et mesurer les marges claires, sinon on peut avoir l’impression que la zone est trop petite
- Trop de thymidine/thymine dans la gélose. (Si la gélose MHA contient trop de thymidine ou de thymine, celà peut renverser l’effet inhibiteur de TMP-SMX et mener à des plus petites zones et à résultat de fausse résistance)
Quel milieu doit être utilisé pour l’ATBgramme de colistin en broth disk elution?
CAMHB
Nommer les ATB de Tier 1 pour le P. aeruginosa.
Ceftazidime
Cefepime
Piperacilline-tazobactam
Tobramycine
Ciprofloxacine/Levofloxacine
Nommer les ATB de Tier 1 pour le B. cepacia
Ceftazidime
Meropenem
Levofloxacine
TMP-SMX
Minocycline
Combien de dilution de plus doit-on avoir entre une céphalo de 3e et céphalo de 3e + acide clavulanate pour confirmer un phénotype ESBL en micro dilution?
=>3
Qu’est-ce qui doit être ajouté au milieu pour AST de fosfomycin?
glucose-6-phosphate
Doit être ajouté dans le milieu si on fait une dilution en agar (pas de BMD pour cet atb). Si on fait une diffusion en disque, le disque de fosfomycine contient déjà le glucose 6-phosphate
AST Stenotrophomonas : quelle quinolone a un BP?
Levofloxacine
AST Acinetobacter: quel est l’antibio qu’on peut seulement reporter dans l’urine?
Tetracycline (confers susceptibility to doxy and mino)
AST Pseudomonas : quel est l’antibio qu’on peut seulement rapporter s’il s’agit d’une urine?
Amikacine
(**Gentamicine à ne jamais tester et rapporter)
Pour quelles 2 bactéries possède-t-on des critères d’interprétation pour la fosfomycine dans les urines?
E. coli
E. faecalis
Pour les Enterococcus spp., la sensibilité à l’Ampicilline prédit la sensibilité à quels autres antibiotiques?
- Amoxicilline
- Pipéracilline-tazobactam
Et imipenem pour E. faecalis
Quels sont les antibiotiques de tier 1 à rapporter pour N. gonorrhoeae?
- Azithromycine
- Ceftriaxone
- Cefixime
- Ciprofloxacine
- Tetracycline
Il n’y a pas d’autres tiers
Nommer 2 couples bactéries-ATB pour lesquels il existe des critères SDD de sensibilité.
Pour les Enterobacterales:
- Pipéracilline
- Pip-tazo
- Céfépime
S. aureus et Ceftaroline
E. faecium et Daptomycine
Quels antibiotiques on ne devrait JAMAIS reporter dans un isolat du SNC (12)?
- Agents PO
-Cephalo 1e - Céphalo 2e et cephamycines (cefoxitin, cefotetan)
- Doripenem, ertapenem, imipenem
- Clindamycin
- Lefamulin
- Macrolides
- Tetracyclines
- FQ
Quels antibiotiques on ne devrait JAMAIS reporter pour un Entérocoque, même si test sensible?
- Aminoglycosides (sauf pour synergie)
- Cephalosporines
- Clindamycin
- TMP-SMX
Quels antibiotiques on ne devrait JAMAIS reporter pour Salmonella et Shigella, même si test sensible?
- Aminoglycosides
- Céphalo 1e et 2e
- Cephamycines (cefoxitin, cefotetan)
What 2 tests has to be done to detect B-lactamase in Staphylococcus species before reporting as PNC susceptible?
- Chromogenic cephalosporin (nitrocefin) (all Staphylococci)
- PNC disk diffusion zone edge test (only S.aureus)
What 4 organisms does the CLSI provide ESBL supplemental testing if the isolate shows reduced susceptibility to cephalosporin?
E.coli
K.oxytoca
K.pneumoniae
P.mirabilis
Pas recommandé de routine
Can you do a eCIM for Pseudomonas?
No, only for Enterobacterales
Quels sont les antibios tier 1 pour Burkholderia cepacia complex?
- Ceftazidime
- Meropenem
- Levofloxacin
- Minocycline
- TMP-SMX
Quels sont les antibios tier 1 pour Stenotrophomonas?
- TMP-SMX
- Levoflox
- Minocycline
What tier are FQ for Staphylococcus sp?
Tier 4
What antibiotic is appropriate to report in urine only for Staphylococcus sp?
Nitrofurantoin
Quels sont les antibios tier 1 pour H.influenzae et H.parainfluenzae?
Ampicillin
Quels sont les antibios tier 1 pour S.pneumoniae?
- PNC
- TMP-SMX
- Eryhtomycine
- CTX / cefotax
Quels sont les antibios tier 1 pour Strep B-hemol?
- Erythromycine
- PNC or ampicilline
- Clindamycine
Quels sont les antibios tier 1 pour Strep viridans?
- PNC / ampicilline
- CTX / cefotax
In what situation and with what species can we use oral Ampicillin to treat Enterobacterales?
Uncomplicated UTI with :
- E.coli
- P.mirabilis
What media should be used for Haemophilus influenzae et parainfluenzae AST?
- Heamophilus test media
- Mueller Hinton Fastidious agar (5% defibrinated horse blood + 20ug/mL NAD)
- Haemophilus test media broth
- Mueller Hinton Fastidious broth
What media should be used for N.gonorrhea AST? Is micro dilution possible?
- GC agar base + 1% growth supplement
- No
DD ou agar dilution (mais pas de BMD)
What media should be used for S.pneumoniae AST?
- MHA + 5% sheep blood
- MH fastidious agar
- Cation adjusted MH broth + lysed horse blood
What media should be used for B-hemol Streptococcus, viridans Strep and N.meningitidis AST?
- MHA + 5% sheep blood
- Cation adjusted MH broth + lysed horse blood
What media should be used for anaerobes AST?
- Brucella agar + hemin + vitamin K + laked sheep blood (Brucella blood agar supplémentée) - pour les dilutions en Agar
- Broth micro dilution (for Bacteroides and Parabacteroides) : brucella broth + hemin + vitamin K + lysed horse blood
Détection d’ESBL : quels sont les critères d’augmentation de zone / MIC pour dire qu’il y a inhibition avec l’acide clavulanique? Avec quelles cephalosporines on fait le test?
DD : >= 5mm plus grand
MIC : >=3 two fold dilutions
avec ceftazidime et cefotaxime (un ou l’autre, pas obligé d’être les deux positifs)
Testing not susceptible to ____________ is often the most sensitive indicator of carbapenemase production.
Ertapenem
Some isolates producing carbapenemases such as ___ or ___ often test susceptible to some cephalosporins.
IMI
SME
Quelle carbapeneme est utilisée dans le test carbaNP? Quelle est la principale force de ce test?
Imipenem
Rapide (résultats disponibles en =<2h)
For which test can we disregard pinpoint colonies in the inhibition zone : mCIM or eCIM?
eCIM - we only care about a =>5mm increase in the zone diameter
Quelles sont les 2 combinaisons (antibiotiques + germe) pour lesquels on ne peut pas lire l’antibiogramme direct du sang à 8-10 heures (devra être lu à 16-18h)
- TMP-SMX + Enterobacterales
- Ceftazidime + Pseudomonas
On what media should vancomycin agar screen be done for Staphylococcus and Enterococcus?
BHI
2 tests to detect mupirocin resistance in S.aureus.
- DD
- Broth micro dilution
3 methods to detect high level aminoglycoside resistance in Enterococcus.
- DD
- Broth micro dilution
- Agar dilution
What species of Staphylococcus are intrinsically R to novobiocin?
S.saprophyticus
S.cohnii
S.xylosus
What are the intrinsic resistance of S.saprophyticus?
Novobiocin
Fosfomycin
Fusidic acid
Résistances intrinsèques de C.innocuum
- Vancomycine
- Aminoglycosides (tous les Clostridium)
What media are indicated for cefiderocol AST?
- Broth dilution : iron depleted cation adjusted MH
- DD : routine MH
Tier 1 antibiotics for Acinetobacter?
- Ampi-sulbactam
- Ceftaz
- Cefepime
- Cipro/Levoflox
- Genta/Tobra
Tier 1 antibiotics for Burkholderia cepacia complex?
- Ceftaz
- Mero
- Levoflox
- Minocycline
- TMP-SMX
Pour réaliser un antibiogramme par diffusion en disque, certains germes plus fastidieux ont besoin de certains suppléments/géloses particulières. Nommez 4 germes avec leurs suppléments.(M100)
- H. influ et parainglu = milieu HTM (spécial pour Haemophilus) (Prélever les colonies d’une GC)
- N. gono = milieu GC + 1% de supplément de croissance (Prélever les colonies d’une GC)
- N. meningitidis = MHA + 5% de sang de mouton (Prélever les colonies d’une GC)
- Streptococcus = MHA + 5% de sang de mouton (Prélever les colonies d’une GS)
Pour la majorité des souches bactériennes aérobie, les lectures d’AST se font entre 16-18h. Nommez 2 situations où la lecture se fait à 24h.
- Vancomycine pour Enterococcus
- Cefoxitine pour S. epidermidis et S. sp autres que S. aureus, S. lugdu, S. pseudintermedius et S. schleiferi
Certaines particularités de croissance des bactéries peuvent modifier notre technique de lecture pour les AST par diffusion en disque. Nommez en 4
- Présence de colonies isolées dans la zone d’inhibition (répéter l’AST)
- Présence de voile de Proteus = ignorer lors de la lecture
- TMP-SMX = lecture à 80% d’inhibition
- Zones d’hémolyse = ne pas lire la zone d’hémolyse comme étant une inhibition
Certains pathogènes peuvent être S initialement à certains ATB et devenir résistants après quelques jours de Tx (lors d’un nouvel ATBgramme pour un même patient). Nommez 4 exemples de pathogène + l’ATB en question.
- Enterobacter, Citrobacter, Serratia et C3G
- Pseudomonas aeruginosa et tous les ATB
- Straph spp. et les fluoroquinolones
- Staph spp et vancomycine (après une période plus prolongée de tx) peut devenir intermédiaiew
Lecture de CMI en microdilution pour les levures:
À quel pourcentage d’inhibition dans le puit établit-on la CMI d’Amphotéricine B?
100%
Il doit n’y avoir aucune croissance dans le puit pour établir cette concentration comme la valeur de CMI de la levure.
Lecture de CMI en microdilution pour les levures:
À quel pourcentage d’inhibition dans le puit établit-on la CMI du fluconazole?
50% d’inhibition de la croissance pour les azoles.
On accepte une croissance ad 50% dans le puit pour définir cette concentration comme la valeur de CMI de la levure.
Lecture de CMI en microdilution pour les levures:
À quel pourcentage d’inhibition dans le puit établit-on la CMI de la micafungine?
50% d’inhibition de la croissance pour les echinocandines.
On accepte une croissance ad 50% dans le puit pour définir cette concentration comme la valeur de CMI de la levure.
Lecture de CMI en microdilution pour les levures:
À quel pourcentage d’inhibition dans le puit établit-on la CMI de la flucytosine?
50% d’inhibition de la croissance
On accepte une croissance ad 50% dans le puit pour définir cette concentration comme la valeur de CMI de la levure.
Quels sont les 4 antifongiques pour lesquels le CLSI M44 propose des breakpoints pour la diffusion en disque pour le Candida albicans?
Micafungine
Caspofongine
Fluconazole (not for C.krusei)
Voriconazole (not for C.glabrata)
- Aussi applicable pour C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis et C. tropicalis
- C. guillermondi: Caspo et Mica seulement
Dans le M45, nommer 4 microorganismes qui possèdent aussi des critères d’interprétation en disque.
- Aeromonas spp.
- Vibrio spp.
- Campylobacter jejuni/coli
- M. catarrhalis
- Pasteurella spp.
En antibiogouvernance, nommer les 2 méthodes/actions principalement recommandées par l’IDSA
- Audits prospectifs avec rétroaction
- Pré-autorisaion
What antibiotics should generally never be reported on isolates from urinary tract?
- Macrolides
- Clindamycine
- Lefamulin
- Minocycline/Tetracycline (doxy doest not have this mention in CLSI)
Dans quelles situations on ne peut pas faire une diffusion en disque pour PNC/Ceftri/Meropenem pour S.pneumoniae?
- Tous les isolats du CNS doivent avoir une méthode MIC
- Bonus : si DD Oxacilline =<19mm, on doit procéder à une mesure de MIC pour ces agents.
Selon M100, pour quelles bactéries nitrofurantoin peut être rapporté dans l’urine? Pour quelles bactéries il ne devrait pas être rapporté?
- Entérobactéries NON-AmpC / NON Shigella/Salmonella
- Staphylococcus spp
- Enterococcus spp
Quelles sont les règles à respecter pour réaliser un antibiogramme cumulatif?
- Analyses annuelles
- Inclure des résultats finaux et validés seulement
- Inclure des données pour des espèces avec minimum 30 isolats
- Inclure seulement des cultures de spécimens diagnostiques (pas de dépistage)
- Éliminer les duplicats (1 isolat/espèce/patient/période)
- Rapporter le % de S et exclure les % de I
- Inclure seulement les ATB testés de routine
- Pour le pneumocoque: rapporter les sensibilités méningées et non méningées
- Pour le S. aureus: différencier SASM et SARM
