Module 4 Flashcards
Polymère ayant de 13 à 20 résidus
oligopeptide
polymère ayant plus de 20 résidus
polypeptide
polymère ayant plus de 50 résidus
peptide
Comment calculer le nombre de peptides possibles à partir de n résidus
20^nb de résidus
Combien de résidus faut-il pour avoir une structure 3D stable?
au minimum 40
Protéine monomérique
1 chaîne peptique
qu’est-ce que l’on entend par polypeptide?
On parle de peptides et de protéines
Protéine multimétrique (ou oligométrique)
Composée de plusieurs chaîne peptiques (sous-unités)
Structure primaire
séquence linéaire des acides aminés
Liaison de deux acides aminés libère quelle molécule?
Une molécule d’eau
Un polypeptide de n acides aminés contient combien de liens peptidiques?
n-1
L’ionisation des protéines se fait dans quel milieux?
Aqueux
Vrai ou faux: Les molécules d’eau sont exclues du microenvironnement qu’est l’intérieur d’un polypeptide6
Vrai
Quelle est l’importance biologique des protéines?
Glutathion: molécule antioxydante. Peptides hormonaux (ex: glucagon)= messagers chimiques. Neuropeptides=neurotransmetteurs. Aspartate=édulcorant. Toxines, venin, poison.
Lors de la purification d’une protéine, comment extraire le contenu cellulaire (1e étape)?
Il faut briser la membrane cellulaire puis centrifuger pour enlever celle-ci et les organites. On obtient un mélange de protéines solubles qui ont des propriétés différentes.
Quel est l’effet du pH sur la solubilité d’une protéine? (purification selon solubilité)
Lorsque le pH=pI, la solubilité est minimale (car forme zwitterion charge nulle= moins d’interactions avec eau)
Quel est l’effet sur la solubilité d’une protéine lorsque elle pH est plus grand ou plus petit que le pI?
La protéine est chargée donc a plus d’interactions avec l’eau ce qui augmente la solubilité.
Quel est l’effet de la force ionique sur la solubilité d’une protéine?
Une faible concentration de sels (donc faible force ionique) favorise la solubilité. À forte concentration, les ions accaparent les molécules d’eau donc elles peuvent moins solubiliser les acides aminés.
Que faut-il faire pour précipiter une protéine?
Solubilité minimale, pH=pI et force ionique élevée.
En quoi est-il utile de faire précipiter une protéine?
Pour la purifier et la concentrer (si celle qui est voulue est précipitée.
Quelle méthode faut-il utiliser pour purifier une protéine selon sa taille?
Chromatographie d’exclusion
Décrire la chromatographie d’exclusion.
La phase stationnaire est constituée de billes de gel contenant des pores de grosseur connue. Les grosses molécules sont exclues des pores et éluent plus rapidement. On peut estimer la masse moléculaire en comparant le temps d’élution avec celui d’une protéine connue.
Quelle méthode faut-il utiliser pour purifier une protéine selon la charge?
Chromatographie par échange d’ions.
Décrire la chromatographie d’affinité
La phase stationnaire est constituée d’un polymère auquel on fixe de façon covalence un ligand (coenzyme, substrat, anticorps,etc) spécifique à la protéine qu’on souhaite purifier. Pour séparer la protéine à la fin de la chromatographie, on change le pH du flux de solvant (brise l’affinité) ou on ajoute de la solution à forte concentration de ligand (la protéine se lie au ligand libre plutôt que fixé).
Quelle méthode faut-il utiliser pour purifier une protéine selon l’affinité?
Chromatographie d’affinité
Décrire la chromatographie par échange d’ions
La phase stationnaire est constituée de billes anioniques (attirent anions donc ont une charge positive) ou cationiques (attirent cations donc ont une charge négative).
High performance liquid chromatography
Petite colonne pressurisée liée à un détecteur et collecteur de fractions. Le flux de solvant est contrôlé par ordinateur. Peut être une chromatographie liquide ou gazeuse.
Masse moléculaire moyenne d’un acide aminé
110 Da
Qu’est ce qui permet de doser les protéines par spectrophotométrie?
Les acides aminés aromatiques absorbent les rayons UV
Décrire le principe d’électrophorèse
Séparation d’un mélange selon la vitesse des composantes dans un champ électrique. La vitesse dépend de la charge, la forme et la masse moléculaire. Les petites molécules traversent le gel plus rapidement.
La séquence d’acides aminés peut-être déterminée de quelle façon? (bio-informatique)
À partir de la séquence d’ADN correspondante (puisqu’elle contient l’info pour la synthèse des protéines).
Qu’est-ce qu’on ne peut pas faire avec la bio-informatique?
Prédire les modifications post-traductionnelles et savoir le nombre de sous-unités.
Protéines homologues
Ont un degré significatif de similarités de séquence (ont un ancêtre commun).
Protéines orthologues
Mêmes fonctions mais proviennent d’organismes différents.
protéines paralogues
mêmes fonctions et proviennent du même organisme
Substitution conservative
un résidu est remplacé par un autre similaire
