Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

Maladies infectieuses > Microbiome et sciences omiques > Flashcards

Microbiome et sciences omiques Flashcards

1
Q

Quels sont les 4 niveaux d’analyse omique?

A

La génomique

Les transcriptomiques

Les protéomiques

Les metabolimiques

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Quel niveau d’analyse omique à rapport à:

A. l’encodage de l’information

B. le phénotype

A

A. La génomique

B. Les métabolimiques

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Que doit-on détecter pour séquencer un polymère?

A

Pour séquencer un polymère, on doit détecter le monomère à chaque position

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

L’ADN a combien de monomères? Que sont-ils?

A

l’ADN a 4 monomères : A T C G

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Qu’est-ce que la transcription?

A

Lorsqu’un brin d’ADN est copié en ARNm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Comment fonctionne le séquencage de Sanger?

A

On prend un gène qu’on veut séquencer. On va amplifier le gène et dans le mix d’amplification, il va y avoir un des nucléotides qui va manquer. Ce manque va faire qu’il va y avoir des chaînes qui vont être briser et on va donc pouvoir observer les fragments.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Quelles sont les caractéristiques de la méthode des nucléotides fluorescents?

A

Basée sur la méthode de Sanger

Les réactions sont combinées

Électrophorèse capillaire & fluorescence

Réception automatique des données & analyse automatique.

Note de moi: on utilise de la fluorescence qui vont bloquer la séquence comme la méthode de Sanger. On utilise ensuite un chromatogramme qui représente la séquence du gène

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Expliquer comment le séquencage parallele fonctionne.

A
  1. Extraction de l’ADNg
  2. On prépare des échantillon de fragments d’ADNg et on ajoute des adaptateurs pour générer une bibliothèque
  3. On va séquencer les fragments d’ADN à l’intérieur d’une même bibliothèque en parallèle
  4. Les lectures de séquences individuelles sont réassemblées en s’alignant sur un génome de référence
  5. La séquence complète du génom est dérivé du consensus de des lectures de séquences individuelles.

Note de moi: Au lieu de devoir cloner des genome dans des bactéries, on va prendre le genome et le fragmenter en petit morceau, on va rajouter des index et des codes barres a lextremité du fragment et on le mets dans la machine qui va etre capable de sequencer pleins de petit morceau en meme temps

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

C’est quoi la pertinance de faire du séquencage ?

A

Connaitre le génome d’une espèce

Identifier les variation entre le génome de personnes de la même espèce

Caractériser les différences entre les cellules d’un individu

Savoir comment le mécanisme cellulaire fonctionne

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Quels sont les deux approches à la protéomiques?

A

Gel en 2D

Prendre l’échantillon, le digérer et ensuite faire de la spectrophotométrie de masse pour avoir un portrait global

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Nommez les étapes de la protéomique

A

Sample information

Fractionation data

LC-MS/MS data collection

Sequence database searching

Quantification

data validation

Data or relational database

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Comment préparons-nous des échantillons pour de la protéomique?

A

On a un tissu, on va extraire les protéines qu’on va ensuite digérer pour obtenir des peptides

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

à quoi sert la spectrométrie de masse dans les protéomiques?

A

On va obtenir un graphique de la fréquence des peptides. On va ensuite pouvoir la séquence de chaque peptide en «l’explosant»

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

À quoi ça sert de faire de la protéomique?

A

En identifiant les protéines contenus dans un échantillon, on peut associer des protéines à des phénotypes ou a des maladies en comparant les peptides présents chez une personne maladie et une personne saine.

De plus, ça permet la classification des gènes avec leur fonction

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Que font les protéines?

A

Elles intéragissent ensembles, elles servent de machines pour des réactions chimiques (enzymes), elles ont des fonctions structurales, elles permettent de modifier d’autres molécules pour avoir des fonctions différentes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Vrai ou faux, selon le génotype, le métabolome de deux personnes peuvent être différents ou similaires

A

Vrai, certaines personnes ont un métabolome similaire alors que pour d’autres, c’est complètement différent

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Qu’est-ce que le métabolomique?

A

C’est l’étude des petites molécules dans un fluide biologique.

On recherche des liens entre un phénotype et un métabolisme

Ca donne une photo du métabolome

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Qu’est-ce que m/z?

A

m/z = ratio masse sur charge dans les conditions de l’expérience

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Qu’est-ce qu’un métabolite?

A

C’est un composé issu du métabolisme

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Que fait le spectrométrie de masse?

A

C’est une méthode expérimentale qui permet de mesurer des molécules ou des métabolites dans un échantillon.

Ca quantifie les métabolites en fonction de leur masse et de leur charge. Les métabolites vont voyager à différentes vitesses selon leur m/z

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Vrai ou faux:

la dopamine peut être fractionner lors d’un spectre de masse. On se retrouve alors avec 3 molécules à observer

A

Vrai

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Qu’est-ce que la métobolimique ciblée?

La métobolomique non-ciblée?

A

Ciblée: on trouve les métabolites spécifiques dans un échantillon

Non-ciblée: on obtient un profil global des métabolites, le but est d’identifier les molécules présentes dans l’échantillon

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Qu’est-ce que la métabolimique en 3D?

A

On peut obtenir une carte 3D avec les molécules de l’échantillon

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Qu’est-ce qu’est le microbiote? et le microbiome?

A

Microbiote: ensemble des microorganismes vivant dans un environnement

Microbiome: le microbiote et son environnement

definition alternative: certaines utilisent le mot microbiome pour parler du matériel génétique contenu dans le microbiote (donc de son génotype)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Vrai ou faux, les microbiomes sont différents pour différentes personnes
vrai
26
Comment certaines personne appelle le microbiote ?
le deuxième génome
27
Combien y'a t'il de bactéries par cellule humaine?
1,3 bactéries par cellule humaine
28
Qu'est-ce l'abondance relative?
La distribution relative (en proportion de la population) des espèces dans le microbiome
29
Qu'est-ce que la richesse du microbiome?
Nombre d'espèces trouvées dans un microbiome
30
Qu'est-ce que l'équitabilité du microbiome?
équitabilité: répartition des individus dans les microbiome
31
Dans un microbiome, il y a quelques bactérie qui sont _________ \_\_\_\_\_\_\_\_ et beaucoup de bactéries qui sont _____ \_\_\_\_\_ \_\_\_\_\_\_\_\_\_.
Dans un microbiome, il y a quelques bactérie qui sont **très abondantes** et beaucoup de bactéries qui sont **très peu abondantes**
32
La diversité microbienne est une combinaison des notions ______ et \_\_\_\_\_\_\_
La diversité microbienne est une combinaison des notions **d'équitabilité** et **de richesse**
33
Qu'est-ce que l'approche 16S?
C'est une approche utilisée pour mesurer le microbiome. C'est un bon marqueur pour classer les bactéries dans l'arbre de la vie.
34
Comment pouvons-nous identifier les espèces par les bases 16S?
Si les bactéries sont très identiques, les bases de données 16S vont être très similaires. Si les bactéries sont très différentes évolutivement , les bases de données 16S vont être très différentes.
35
Associer les méthodologies avec les caractéristiques Métho: Culture microbienne, métagénomique complète, séquencage de 16S (métataxonomie) A. Permet d'étudier le microbiome une bactérie à la fois. Elle ne donne pas toujours des résultats représentatifs (E. coli est très représenté en culture, mais peu abondant dans le microbiome) B. Qui est là, peut être corrélé à certaines fonctions métaboliques C. Qui est là, séquence le génome des bactéries donc permet de connaitre le génotype, dont d'inférer leur fonctions potentielles. Comme le font-ils? on peut aussi savoir quelle bactérie contient quel gène.
A. Culture microbienne B. séquence de 16S (métataxonomie) C. métagénomique complète
36
Vrai ou Faux, connaitre un seul microbiome, ça ne dit pas grand chose. On doit en comparer plusieurs pour avoir des réponses
Vrai
37
Nommez des méthodes pour comparer les microbiomes
Comparer des familles taxonomiques Comparer des espèces taxonomiques
38
Vrai ou faux, une personne n'a pas le même microbiome durant toute sa vie
Vrai
39
À la naissance, le microbiome est dominé par : ## Footnote A. Bacteroidetes B. Bifidobactéries C. Fimicutes
B. Bifidobactéries (les bactéries qui aiment le lait)
40
Le microbiome (A)\_\_\_\_\_\_\_ en diversité et en richesse plus on grandit Augmente, diminue
Augmente
41
À l'age adulte, le microbiome est riche et dominé par : (2) ## Footnote A. Bacteroidetes B. Firmicutes C. Bifidobactéries
A. Bacteroidetes B. Firmicutes
42
Le microbiome peut demeurer stable très longtemps chez les adultes. Vrai ou Faux
Vrai
43
À des âges avancés, la diversité du microbiome ...?
diminue
44
Quel sont les microbiotes présent lors de la naissance?
Au début, le microbiote de la peau et celui du tractus gastro-intestinal sont similaires chez le bébé. ## Footnote Si naissance naturelle (voie vaginale) : Inoculation initiale par le microbiote vaginal et fécal de la mère. Si césarienne : Inoculation initiale par la peau de la mère et par l’environnement.
45
Le microbiome du nouveau-né dépend aussi de : (4)
Âge gestationnel Hospitalisation Antibiotiques Nutrition
46
Associée les caractéristiques avec le bon mot Mots: Allaitement, Formule du commerce A. plus riche en bifidobactéries, espèces différentes. Enrichi en gènes permettant d'utiliser les glycans du lait et les polysaccharides des plantes B. Plus d'entérobactéries, de clostridium, de bacteroides et de lactobacilles
A. Allaitement B. Formule du commerce
47
Quelles sont les deux caractéristiques des oligosaccharides du lait humain?
Ils ne sont pas directement absorbés par l'intestin Effet prébiotique sur le microbiome
48
Quelles sont les différences qui peuvent affecter le microbiome des personnes âgées? (5)
Modification du mode de vie Comportements nutrionnels Maladies Médication Environnement de vie (maison vs CHSLD)
49
Vrai ou faux, quand les bactéries du microbiome changent, les fonctions générales sont changées.
Faux, les fonctions générales sont conservées même si les bactéries changent
50
Qu'est-ce que la dysbiose?
Déséquilibre de l'écosystème bactérien Réduction de la diversité microbienne Microbiome déstabilisé par un stress, réduction des bactéries importantes, augmentation des bactéries opportunistes
51
Qu'est-ce qui est quoi? CHOIX: prébiotique, probiotique et postbiotique A. Métabolites produits par les bactéries qui ont un effet sur l'hôte B. Nutriment qui module la flore microbienne (par exemple des fibres précises qui favorisent certaines bactéries) C. Souche de bactérie considérée comme bénéfique utilisée pour la prévention ou comme médicament
A. Postbiotique B. Prébiotique C. Probiotique
52
Qu'est-ce que la bactériothérapie?
Prendre des bactéries d'une personne saine et la donner à quelqu'un de malade (transplantation fécale)
53
Quelles sont les fonctions du microbiome? (4)
**Contribuent à la nutrition** (Digestion des nutriments, Production de vitamines et d’autres molécules.) ``` **Développement du système immunitaire** (L’interaction de l’hôte avec le microbiome module le développement du système immunitaire, Lien avec les allergies.) ``` **Effet barrière** (Protection contre les pathogènes, Empêche la colonisation.) **L'axe cerveau-intestin** (Les bactéries de l’intestin peuvent affecter le cerveau, Lien avec le métabolisme de l’hôte et le système endocannabinoïde.)
54
Vrai ou Faux: les fonctions du microbiome passent par les métabolites qu'il produit ou qu'il modifie
vrai
55
Vrai ou faux, certains métabolites microbiens modulent le microbiote et d'autres modulent l'hôte
Vrai
56
Quelles sont les fonctions possibles des métabolites? (3)
**Favoriser la communication entre les bactéries pour qu’elles collaborent (quorum sensing).** **Contrôler la composition du microbiote.** **Complémenter les fonctions de l’hôte** (Métabolisme, Régulation de l’immunité, Amélioration de la barrière intestinale)
57
Vrai ou Faux, le but des microbiotes est de nous aider.
Faux, leur but n’est pas exactement de nous aider, mais de se créer une niche écologique propice.
58
Vrai ou Faux, le microbiote fait l'inhibition sélective de certains pathogènes
Vrai
59
Certaines bactéries du microbiome sécrètent des métabolites qui modulent les cellules immunitaires: \_\_\_\_\_\_\_\_\_, __________ et \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
Les macrophages, les cellules dendritiques et les lymphocytes
60
Que font les bactéries gentilles dans la régulation immunitaire?
Les bactéries gentilles réduisent l’inflammation intestinale en émoussant l’effet de cytokines et d’autres molécules pro-inflammatoires.
61
Certaines bactéries du microbiome sécrètent des métabolitques qui modulent la fonction des cellules épithéliales de l'intestin en: (3)
Favorisant la sécrétion de mucus protecteur Améliorant la jonction entre les cellules (réduisant la possibilité d’entrée des bactéries) Favorisant la sécrétion de molécules comme les IgA
62
Vrai ou Faux, plusieurs bactéries peuvent produire des analogues de neurotransmetteurs
Vrai
63
Vrai ou faux, les neurotransmetteurs produits dans l'intestin sont supposés traverser la barrière hémato-encéphalique
Faux, ces neurotransmetteurs ne sont pas supposés traverser la barrière hémato-encéphalique. Pourraient agir via le nerf vague ou en produisant des précurseurs capables de traverser la barrière.
64
Que font les bactéries en rapport avec les glycans?
Les bactéries aident les humains à digérer certains glycans. l'influx de glycans alimentaires module la composition et l'activité du microbiote
65
Quels sont les impacts des glycans sur le microbiome?
Différentes bactéries dégradent différents glycans. De repas en repas, les glycans changent, affectant les populations de bactéries du microbiome. Un mucus de glycans protège l’épithélium. Certaines bactéries se servent des glycans du mucus comme nutriments, ce qui peut stabiliser le microbiome malgré les changements de diète. **À long terme, un apport constant en un certain type de glycan affecte le microbiome plus profondément.**
66
Quelles sont les sources de glycans pour les bactéries?
Les bactéries (capsule), le lait maternel, la viande, les plantes, le mucus de l'intestin
67
Vrai ou faux, le lait maternel pourrait contribuer à sélectionner des bactéries importantes qui persistent dans le microbiome longtemps dans la vie
vrai
68
Vrai ou faux, le lait de vache dans les formules pour bébé a autant de diversité d'oligosaccharides que le lait humain
Faux, Le lait de vache dans les formules pour bébé n’a pas autant de diversité d’oligosaccharides que le lait humain
69
Vrai ou faux, la solubilité et l'accessibilité des glycans varient selon la position dans l'intestin
vrai
70
Vrai ou Faux, le microbiote peut modifier certaines médicaments et certains médicaments peuvent modifier le microbiote
Vrai
71
Expliquer le lien entre la digoxine et E. lenta.
La digoxine est un médicament utilisé pour traiter l’arythmie cardiaque. La dose est critique (pas trop, mais juste assez) pour le succès du traitement. La bactérie intestinale Eggerthella lenta peut modifier la digoxine et la rendre inactive. En présence de digoxine, E. lenta produit des enzymes pour dégrader cette molécule. L’expression de ces enzymes est réduite quand l’environnement de E. lenta est riche en acides aminés.
72
Vrai ou faux, les antibiotiques peuvent changer le microbiome, mais après quelques temps, le microbiome va redevenir diversifié
73
Vrai ou faux, les bactéries peu abondantes dans l'intestin peuvent avoir un effet biologique important
Vrai
74
La composition du microbiote influence l'effet de l'antibiotique (2 effets)
Émergence de pathogènes Efficacité du retour à l'état initial
75
Vrai ou faux, une partie de l'effet de l'antibiotique est reproductible et prévisible
Vrai, certaines bactéries sont affectées chez presque tout le monde
76
Quelles sont les trois étapes de la formation d'un cancer avec le microbiome comme cause d'origine?
Inflammation chronique Génotoxicité Cancer (Plus il y a de l'inflammation, plus il y a des risques de mutations qui peuvent causer des canceers
77
Que se passe-t-il dans l'expérience réalisée sur l'obésité avec les souris?
Les souris qui ne possèdent pas de microbiote: elles ne sont pas obèse Si on prends le microbiote de la souris obèse et qu'on fait un transfert fécal dans la souris sans microbiote, la souris va devenir obèse. **Souris sans microbiome (gnotobiotiques) ont moins d’adiposité que les souris normales.** **Le phénotype d’obésité peut être transmis d’une souris obèse à une souris gnotobiotique (Et même d’un humain obèse à une souris!)**
78
Comment appelle-t-on une souris sans microbiome?
elle est gnotobioti
79
Quels sont les mécanismes d'action du microbiote qui favorisent l'obésité? (5)
Augmente l’énergie générée par la diète. Reprogramme les gènes dans le colon. Modifie la production de molécules bioactives. Augmente la perméabilité intestinale. Induit une inflammation chronique.
80
Quelles sont les caractéristiques d'un microbiome intestinal en santé?
**Production d’acides gras à courte chaine qui favorisent :** l’intégrité intestinale l’homéostasie énergétique la réduction de l’inflammation la réparation des tissus **Régulation appropriée de l’appétit.**
81
Quelle sont les caractéristiques du microbiome intestinal du diabète de type 2?
**Production de certaines molécules associées à la dysfonction métabolique et à l’inflammation:** Lipopolysaccharides (LPS) Sulfate d’hydrogène
82
Vrai ou Faux, les métabolites produits par le microbiote pourraient être associés aux maladies cardiovasculaires
Vrai ## Footnote Par exemple, la choline et la L-carnitine sont transformées en TMAO. L’association microbiome-TMAO-maladies n’a pas été prouvée formellement.
83
Vrai ou faux, le microbiome peut être une source d'inflammaion chronique qui peut contribuer au cancer et aux maladies métaboliques
Vrai
84
Vrai ou faux, les bactéries produisent des métabolites
Vrai

Maladies infectieuses (15 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions