Microarray

Question 1

Microararys - overview

Answer 1

Análisis simultáneo de expresión de varios genes ==> cuándo y dónde se expresan

Question 2

Paso 1 - Micromatriz

Answer 2

Fijas muchos fragmentos de DNA o secuencias génicas CONOCIDAS**(sondas de DNA) a un soporte físico (vidrio, silicón, nylon) en un patrón de series de puntos (c/punto con una sonda de DNA diferente)

**YA ESTÁN MAPEADAS A UNA REGIÓN CROMOSOMAL ESPECÍFICA

Question 3

Paso 2

Answer 3

Extracción de RNA de una célula específica y síntesis de cDNA (TR) marcado con fluorocromos

Question 4

Paso 3

Answer 4

El cDNA se hibridiza con su sonda complementaria en la micromatriz

Question 5

Paso 4

Answer 5

La fluorescencia emitida del punto indica la cantidad relativa de mRNA en la muestra

Question 6

Aplicaciones de microarray

Answer 6

• Análisis de expresión génica en tipos celulares específicos (cáncer de mama)
• Análisis comparativo de genoma: pérdidas/ganancias del material genético en c. cancerosas

Question 7

Cáncer de mama: qué hicieron

Answer 7

• 78 muejres con cáncer de mama

- Se analizó el patrón de expresión de 25 mil genes de tumores primarios

Question 8

Cáncer de mama - microarray

Answer 8

1. mRNA —> cDNA —> marcado con fluorocromo
   * C. cancerosas: rojo
   * C. no cancerosas: verde
2. cDNA hibridizado con micromatriz de sondas de DNA de diferentes genes
3. Evaluar fluorescencia

Question 9

Signos

Answer 9

• Rojo: sobre-expresión de genes en c. cancerosa
• Verde: sobre-expresión de gen en c. sanas y sub-expresión en c. cancerosas
• Amarillo: misma expresión en c. cancerosa y sana
• Ausencia: no se expresa en ninguna cñellula

Question 10

Conclusión - cáncer de mama

Answer 10

Identificación de 70 genes que predicen recurrencia de cáncer dentro de 5 años de tratamiento
Terapias más adecuadas

Question 11

Lepra

Answer 11

• Mycobacterium lepra
  *Lepromatosa (activa): lesiones típica y bacteremia
  *Tuberculoide: lesiones que sanan espontáneamente y menos bacteria
  CONCLUSIÓN: genes de respuesta inmune determinan expresión de lepra lepromatosa

Question 12

Análisis comparativo del genoma - c. cancerosas

Answer 12

• Identificar ganancia/pérdida de regiones cromosomales específicas en muestras de tumor comparadas con c. normales

Question 13

Análisis comparativo del genoma - c. cancerosas (EXPERIMENTO)

Answer 13

Sondas control: rojo
Sondas experimental: verde
-Signo amarillo: misma hibridación de DNA = región no alterada
- Signo verde: región cromosomal amplificada (están en c. cancerosas pero NO en sanas)
- Signo rojo: deleción en c. cancerosas (presente en c. sana pero NO en cancerosa)

Question 14

Otras aplicaciones

Answer 14

• Detectar genes específicos
• Detección de SNP’s
• Detectar proteínas específicas

Question 15

Desventajas

Answer 15

• No todas las moléculas se unen al microarreglo

- Pueden sobre/sub- estimar la expresión de un gen