Métabolisme II Flashcards
La métabolomique
l’identification et quantification de métabolites intra- ou extracellulaires d’un masse de <1000 Dalton.
L’analyse métabolomique
contient des informations qui sont intégratives à un degré élevé. Ceci permet, en principe, d’en tirer une panoplie d’information/applications. Données sont idéalement quantitative.
Techniques d’analyse en métabolomique
- Résonance magnétique nucléaire
- Spectrométrie de masse
Niveaux de régulations de la fonction cellulaire
Relation complexe entre le génotype et le phénotype
Génome-Transcriptome-Protéome-Métabolites et flux
Diparité des nombres de gènes/protéines métaboliques, des métabolites et des réactions
La minorité des métabolites sont impliqués en seulement 2 réactions (<30%). Plus que 10% sont impliqués en 10 ou plus réactions, et environs 4% sont impliqués en >20 réactions.
Plus de réactions que de métabolites
Une réaction peut impliquer plusieurs métabolites
Ceci explique comment des voies métaboliques alternatives deviennent dominants lorsqu’une voie est interrompue. Toujours avec à peu près les mêmes métabolites.
Endométabolome
métabolome à l’intérieur d’une cellule
Exométabolome
métabolome dans un milieu de culture, ou des liquides extracellulaires. La signifiance physiologique est différente
Fingerprinting
Une image globale de l’endométabolome, qui ne permet souvent pas d’identifier tous les métabolites. Utile pour des comparaisons (+/- drogue, +/- gène, mutants, etc…).
Footprinting
Une image globale de l’exométabolome, qui ne permet souvent pas d’identifier tous les métabolites. Mesure la disparition de nutriments d’un milieu, voire l’accumulation d’exométabolites.
Profiling
Analyse (souvent sémi-quantitative) d’un groupe de métabolites chimiquement similaires (carbohydrates, acides aminés, etc). Utile pour des modèles métaboliques
Analyse ciblée
Analyse de métabolites définis participant dans une voie donnée (par exemple les hormones stéroïdiennes).
Étapes préparation des échantillons
- Récolte
- Séparation
- Extraction
- Concentration
- Échantillon
Métabolite primaire
Impliqué dans de nombreuses réactions- débit élevé
Métabolite secondaire
Métabolite qui ne sert plus à des réactions, normalement excrété (acide urique)- débit faible
Récolte
La préparation de l’échantillon peut être l’étape limitante pour la résolution de l’analyse.
Ceci est dû au débit (« turnover ») rapide surtout des métabolites primaires.
Il faut alors inactiver tous les enzymes au même moment – dans l’espace de moins d’une seconde. De plus il faut tenir compte des réactions chimiques possibles
