Les rétrovirus - Partie II le VIH I

Question 1

Combien de groupes de VIH ont été clairement identifiés, et parmis leurs sous-types, lequel est le plus chiant ?

Answer 1

Les groupes sont M N et O. Le sous type C est un petit chieur.

Question 2

Quels sont les deux moyens aboutissant à la production d’une progénie virale recombinante ?

Answer 2

L’infection d’une cellule par deux VIH de types différents, ou d’un virus hétérozygote.

Question 3

Rappel des cibles préférées du VIH.

Answer 3

Les lymphocytes TCD4. La réplication a lieu dans les activés, les non activés contienennt des virus latents.
Les CPA.

Question 4

Par quel organe entre les virions ?

Answer 4

Par les muqueuses.

Question 5

Pourquoi dit-on que les CD sont véhicules du VIH ?

Answer 5

C’est souvent par elles que les Th sont infectés, lorsque les CD leur présente le virus.

Question 6

Comment se fait la variabilité génétique du VIH ?

Answer 6

La première infection consiste uniquement d’une souche R5. Puis, avec les erreurs de la RT, apparition de mélange complexe de vaariants, hétérogène.

Question 7

Quelle différence entre le VIH 1 et le VIH 2 ?

Answer 7

Le VIH 2 est moins pathogène et se transmet moins bien, leur séquence diffère de plus de 50%.

Question 8

La cyclophiline A est incorporée en surface du virion. quel est son rôle ?

Answer 8

Permettrait de déstabiliser les contacts entre les protéines de capsides, favorisant le déshabillage de la particule.

Question 9

Qu’est-ce qui peut être détecté dans la membrane du virion et qui aiderait à l’attachement du VIH 1 aux cellules cibles ?

Answer 9

Il s’agit de protéines cellulaires, qui kiffent CD4 et LFA1.

Question 10

Hop, on balance les 6 protéines auxiliaires du VIHI.

Answer 10

Vif
Vpr
Vpu
Rev
Tat
Nef

Question 11

Quel est le rôle principal de la protéine Vif ?

Answer 11

Contrecarre les protéines antivirales cellulaires, APOBEC, qui induisent des mutations lors de la rétrotranscription et KO le virus.

Question 12

Quel est le rôle principal de la protéine Vpr ?

Answer 12

Elle bloque les cellules en phase G2, avant la mitose et facilite le transfert du PIC vers le noyau.

Question 13

Quel est le rôle principal de la protéine Vpu ?

Answer 13

Facilite la libération des particules virales lors du bourgeonnement en intéragissant avec la tétherine, qui retient les virions.

Question 14

Quel est le rôle principal de la protéine Rev ?

Answer 14

Inhibe l’épissage des ARNm viraux et permet son transport vers le cytoplasme grâce à la voie CRM1.

Question 15

Quel est le rôle principal de la protéine Tat ?

Answer 15

Active la transcription virale, en augmentant al processivité de l’ARN pol cellulaire.

Question 16

Quel est le rôle principal de la protéine Nef ?

Answer 16

Joue un rôle fondamental dans la pathogenèse en diminuant l’expression de CD4 et des CMH.

Question 17

Quel est le site de liaison de Tat ?

Answer 17

Il s’agit de tAR, recrutant le complexe cellulaire PTEFbeta.

Question 18

Comment est-ce que l’ensemble des protéines de membrane sont elle maintenues ensemble ?

Answer 18

Par des ponts disulfures.

Question 19

décrire la synthèse des protéines de membrane.

Answer 19

CSynthèse dans le RE sous formes de trimères, puis passage dans l’appareil de golgi ou il sera clivé par une furine (protéase cellulaire), et incorporé dans la membrane.

Question 20

Quels sont les corécepteurs du VIHI ?

Answer 20

Il s’agit de CCR5 et CXCR4, des protéines transmembranaire récepteurs de chemiokines. Présentes sur plein de cellules.

Question 21

Quelle protéine de la capside virale interagit avec le récepteur ?

Answer 21

Il s’agit de gp120.

Question 22

Après attachement du virion sur le récepteur que se passe il ?

Answer 22

des ponts disulfures de gp120 sont réduits, et elle interagit avec le corécepteur et gp41 avec la membrane. Il y a alors fusion membranaire et création d’un pore via un paquet à 6 hélices.

Question 23

Comment se forme l’ADN flap ?

Answer 23

Lors de la rétrotranscription il existe une autre région résistante à RNase H . cPPT. Cette région est utilisée pour induire le brin +, effectuer un saut de brin et une élongation; Lors de la circularisation il y aura donc une structure en triple brin appelée DNA flap.

Question 24

La protéine émerine sert à quoi ?

Answer 24

Relie la membrane nucléaire au cytosquelette et interagit avec les lamines etc.

Question 25

Comment se fait l’import nucléaire ?

Answer 25

Interaction de LEDGF avec l’intégrase et l’ADN cellulaire, très important pour l’import du PIC. De plus VPR semble pouvoir rompre l’enveloppe nucléaire en trouant la lamina.

Question 26

Une fois que l’ADN proviral est intégré, quels sont les deux scénarios d’infection possible ?

Answer 26

Si il y a transcription des gènes viraux, alors il y aura une infection productive; en revanche dans certains types cellules (réservoirs) il y aura une latence virale;

Question 27

Quelles sont les trois étapes distinctes pour l’expression des gènes du VIH1 ?

Answer 27

étape dépendant des facteurs de transcription cellulaires, exclusivement
étape dépendant de Tat
étape dépendant de Rev

Question 28

Par quoi est-ce que les ARNm du virus sont synthétisés ?

Answer 28

Par une ARN polymérase II cellulair

Question 29

Après synthèse des ARNm, qu’est-ce qui advient d’eux ?

Answer 29

Coiffés polyA et épissés ou non, puis ensuite exportés dans le cytoplasme

Question 30

Quels sont les trois facteurs pouvant aboutir à une infection latente ?

Answer 30

Si il y a intégration du génome viral dans l’hétérochromatine
Si il a y carence de certains facteurs cellulaires essentiels
Si Tat n’est pas exprimée

Question 31

Sur la région promotrice, on peut trouver une région nommée NRE; c’est quoi ?

Answer 31

Il s’agit d’une région capable de diminuer la transcription virale indépendamment de sa localisation et de son orientation;

Question 32

Avant la synthèse de la protéine tat, quelle est la particularité de l’ARN pol II ?

Answer 32

Elle est très peu processive : elle n’arrive pas à faire la synthèse du génome complet en ARN, sauf exception : la protéine tat est alors synthétisée et permet à la pol de fonctionner correctement.

Question 33

Quelles sont les particularités de la structure TAR ?

Answer 33

Elle est présente à 5’ de TOUS les ARNm du VIH1. La distance entre le bulge et la boucle est très importante pour la trans-activation transcriptionelle

Question 34

Dans quelles conditions est-ce que TAR est fonctionnel ?

Answer 34

Seulement s’il est placé en 3’ du promoteur de VIH1, dans la bonne position ET orientation.

Question 35

Comment est-ce que la structure TAR fait son truc ?

Answer 35

Tat recrute PTEFb et interagit avec le bulge de TARm ce qui entraine un changement de conformation et permet l’interaction de PTEFb et la cycline T1 qu’il contient avec TAR;

Question 36

Comment est-ce que Tat augmente la processivité ?

Answer 36

Une fois TARTatT1 formé, il y a une hyperphosphorylation des sérines du CTD de la pol II; le facteur NELF, qui bloque l’élongation, est aussi phosphorylé puis relargué. DSIF aussi phosphorylé, ce qui le rend positif à l’élongation.

Question 37

Quelle est la fonction du complexe ELL trouvé avec la pol II cellulaire ?

Answer 37

Très important car empêche la polymérase de revenir en arrière

Question 38

Comment est-ce que Tat recrute P-TEFb à partir du complexe 7SK RNP (intracellulaire) ?

Answer 38

P-Tefb est séquestré par ce complexe. Tat entre en compétition avec HEXIM pour un site de liaison commun avec P-Tefb, mais tat a plus d’affinité pour. Du coup, P-TEFb part avec Tat.

Question 39

Pourquoi est-ce que les sites de clivage et polyadenylations sont dits dupliqués dans le virion ?

Answer 39

Ils se trouvent dans les régions R du génome, qui sont elles-mêmes dupliquées.

Question 40

Qu’est-ce que la séquence USE ?

Answer 40

C’est une séquence trouvée dans la région U3 qui facilite la liaison du CPSF et stimule la polyadénylation en 3’.

Question 41

C’est quoi CPSF ?

Answer 41

Cleavage and polyadenylation factor.

Question 42

Qu’est-ce qui recrute CPSF sur l’ARN ?

Answer 42

Il s’agit de la séquence du gène Nef, via une protéine.

Question 43

Certaines protéines sont issus d’ARN non épissés, mono épissés ou pluri épissés. Mais comment est-ce que ces schémas d’épissage sont mis en place ?

Answer 43

Implique des éléments en cis activateurs ou inhibiteurs de l’épissage sur lesquels se fixent respectivement les protéines SR et hnRNP. Dépend aussi de la force des sites donneurs d’épissage.

Question 44

Pourquoi est-ce crucial que l’épissage soit finement régulé ?

Answer 44

Si il est excessifm il y aura trop peu d’ARN génomique et l’infectivité du virus va baisser. CErtaines protéines peuvent être alors exprimées à un taux trop faible avec des conséquences dramatiques pour le virus (par exemple la protéine Vif)

Question 45

Résumer les rôles de la protéine Rev.

Answer 45

Active l’export nucléaire d’ARN posséddant le RRE en se fixant de manières coopérative dessus. Si Rev pas là, export d’ARN impossible. Rev permet ainsi la synthèse des protéines structurales et enzymatiques (RT) ainsi que des protéines tardives Vif, Vpr et Vpu.

Question 46

Quelle approche expérimentale permettrait d’étudier l’export d’ARN génomique du VIH1 par Rev ?

Answer 46

Transfection de cellules HeLa avec un plasmide exprimant l’ARN du VIH1 contenant le RRE, en présence ou absence d’un plasmide codant Rev. On localise ensuite les ARN par hybridation in situ d’un ARN+fluo. Indique alors la position dans le noyau ou le cytoplasme.

Question 47

Quels ARNm sont exportés par la voie NXT1/F1/P15 ?

Answer 47

Les ARNm cellulaires épissés et les ARN viraux complètement épissés.

Question 48

A part NXT1/F1/p15, quelle autre voie d’export est obsrvée ?

Answer 48

Export par CRM-1 (utilise l’exportine 1).