Les rétrovirus - Partie I

Question 1

Quelles sont les caractéristiques concernant les AN des rétrovirus ?

Answer 1

Ce sont deux copies d’un même ARN de polarité positive qui n’est cependant pas directement infectieux. Il est coiffé, et polyA.

Question 2

Qu’est-ce que les protéines Gag ?

Answer 2

Ce sont les protéines structurales.

Question 3

Qu’est-ce que les protéines Env ?

Answer 3

Les glycoprotéines d’enveloppe.

Question 4

Décrire très simplement le cycle d’un rétrovirus.

Answer 4

Entrée du virus, puis rétrotranscription de l’ARN+ en ADN par une RT ARN et ADN dépendante. L’ADN produit est alors associé au PIC, passe dans le noyau et est intégré par une intégrase.

Question 5

Quelle est la conséquence de ces infections ?

Answer 5

C’est généralement une maladie chronique, non cytocide.

Question 6

Quelle est l’organisation structurale du génome des rétrovirus ?

Answer 6

Séquence U5 en 5’, puis gag, pol et env, puis PPT, puis une séquence U3. Le tout est encadré de région R.

Question 7

Quelle est l’utilité des séquences R de part et d’autre du génome rétroviral ?

Answer 7

C’est une région orientée dans le même sens, très importante pour la synthèse de l’ADN proviral.

Question 8

Que contient la région U3 du génome ?

Answer 8

C’est la région qui comprend tous les éléments régulateurs du génome.

Question 9

Qu’est-ce que la région PBS du génome rétroviral ?

Answer 9

C’est la séquence ou se fixe l’ARNt qui sert d’amorce à la rétrotranscription.

Question 10

A quoi sert le PPT ou polypurine tract ?

Answer 10

C’est une séquence riche en AG, résistant à la RNase H et servant d’amorce à la synthèse du deuxième brin d’ADN.

Question 11

Quelle est la différence au niveau de l’expression de gag, pro, pol et env ? Qu’en est il des protéines régulatrices ?

Answer 11

Env est exprimée après épissage de l’ARN tandis que les autres sont directement exprimées à partir de l’ARN génomique. Les régulatrices sont exprimées à partir d’ARN mono ou multiépissé.

Question 12

Par quel moyen particulier sont exprimées les protéines gag, pro et pol ?

Answer 12

sont produites sous forme d’une protéine de fusion, Gang pro ou gag pro pol. Ceci se fait par FS ou RT.

Question 13

Sous quelle forme la RT fait elle son truc ?

Answer 13

Sous forme d’homodimère, avec son site catalytique formé de trois acides aspartiques.

Question 14

Quelle est la particularité de la RT qui engendre des mutations ?

Answer 14

Elle n’a pas d’activité correctrice ce qui fait qu’elle engendre une mutation tous les 10kb.

Question 15

Est-ce que la RT a des préférences pour sa matrice ?

Answer 15

Oui, elle est largement plus fidèle en utilisant l’ARN en matrice plutôt que l’ADN;

Question 16

La RNase H a la fonction de dégrader l’ARN des duplex ADN et ARN. Comment ?

Answer 16

Agit 15 nt en aval du site de polymérisation de la RT, et dégrade grâce à une activité exo ET endonucléasique mg dépendante.

Question 17

Comment agit l’intégrase ?

Answer 17

Sous forme de dimère, se sert d’un doigt de zinc pour agir avec l’ADN.

Question 18

Après intégration et production des diverses protéines, que se passe-t-il ?

Answer 18

Les gag sont exportées à travers RE et Golgi puis s’incrustent dans la membrane plas,ique. Du coup quand le virus bourgeonne il a les gag incluses dans la membrane.

Question 19

Comment se fait la rétrotranscription de l’ARN des rétrovirus ? (premier brin)

Answer 19

La RT commence à l’extrémité 3’OH de l’ARNt, fixé sur le domaine PBS, et synthétise le strong stop. La RNase H dégrade le petit bout formé ARN-ADN, et le SS s’apparie à une séquence R, formant une boucle. L’élongation commence alors à partir du SS pour former l’ADNc complet. Tout l’ARN restant est dégradé sauf PPT qui reste, et sert d’amorce pour la synthèse du 2e brin.

Question 20

Comment se fait la rétrotranscription de l’ARN des rétrovirus ? (deuxième brin)

Answer 20

PPT sert d’amorce pour la synthèse du 2e brin + alors que celle du - se termine. L’ARNt est alors dégradé, et un saut réplicatif a lieu entre les deux séquences PBS. L’ADN viral est décircularisé par la poursuite de la RT et peut finalement circulariser par recombinaison homologue ou ligase.

Question 21

Anecdote : quelle est la particularité du PIC de MoMLV ?

Answer 21

Celui-ci ne peut entrer dans le noyau que à la métaphase, lorsque l’enveloppe est cassé pour se reformer.

Question 22

Les gènes du provirus sont flanqués de séquences LTR : quelle est leur utilité ?

Answer 22

Il s’agit de séquences permettant l’intégration de l’acide nucléique viral. Ce sont des séquences répétées et inversées de 4 à 10 bp.

Question 23

Est-ce que l’intégration se fait au hasard ?

Answer 23

Oui, se fait presque complètement au pif même si on distingue une préférence pour les régions transcriptionellement actives.

Question 24

Est-ce que l’intégration est stable ?

Answer 24

Oui, si il y a une perte c’est purement accidentel suite à des recombinaisons non liées au rétrovirus.

Question 25

Donner les étapes de l’intégration du rétrovirus.

Answer 25

Reconnaissance par l’intégrase des LTR, puis élimination de 2 nucléotides en 3’, générant un OH réactif. L’ADN nucléaire est clivé à cet endroit avec formation d’extrémité 5” sortantes, et l’ADN proviral en profite avec une ligation. Les dinucléotides non appariés sont virés, les trous remplis, la ligation se termine.

Question 26

Comment fonctionne l’expression des protéines chez un rétrovirus simple ?

Answer 26

Coiffe dépendante, associée à des stratégies de translectures etc pour produire les protéines de fusion.

Question 27

Qu’est-ce que le complexe ESCRTIII ?

Answer 27

Il s’agit d’un complexe impliqué dans différents processus dont la scission des cols membranaires. Permet de libérer le virion.

Question 28

Qu’est-ce qui permet aux multimères de gag d’intéragir avec la membrane et de s’y ancrer ?

Answer 28

L’exposition de leur acide myristilique.