Le microbiote Flashcards
Qu’est-ce que le Human Microbiome Project?
Une analyse de la composition génétique de la population microbienne qui vit sur et dans les adultes en santé (microbiome)
Quel est le ratio bactéries : cellules humaines?
10 : 1
Le foetus vit dans un milieu (1), ce qui signifie qu’il (2)
- Stérile
2. N’y a pas de bactéries
Quel est le point de départ de la formation du microbiote de tout humain?
À la naissance, le bébé entre en contact avec la flore normale de sa mère: c’est le début de la colonisation de sa peau et de son système digestif par une flore normale
Pourquoi dit-on que le microbiote est modulé au fil de la croissance d’un enfant?
Puisque l’enfant entre en contact avec d’autres personnes et des bactéries de son environnement (ex: jouet qui tombe par terre, manger/boire, mettre les doigts dans la bouche)
Qu’est-ce que le microbiote?
L’ensemble des micro-organismes (bactéries) qui résident sur un site donné: la peau, les narines, le tractus GU, le tractus GI…
Le microbiote est constituée des bactéries que l’on peut…
… faire pousser
Qu’est-ce que le microbiome?
L’ensemble des micro-organismes et de leurs gènes (matériel génétique) qui résident sur un site donné (la majorité des bactéries ont du matériel génétique)
Quels sont les 2 types de microbiome?
- Microbiome central (core microbiome)
- Microbiome secondaire
Quel microbiome a la plus grande variété d’espèces entre le microbiome central et le microbiome secondaire?
Le microbiome secondaire
Qu’est-ce que le microbiome central?
Espèces bactériennes présentes chez >95% des personnes humaines à un site donné (représente la majorité des bactéries à un site donné)
Qu’est-ce que le microbiome secondaire?
Espèces bactériennes qui diffèrent d’un individu à l’autre
Chaque espèce du microbiome secondaire est en […] par rapport au microbiome central
Plus petite quantité
Qu’est-ce qui pourrait faire en sorte que le microbiome de 2 personnes se ressemble?
+ on a de choses en commun, + on a un microbiome semblable (par exemple, le microbiome a plus de chances d’être semblable si 2 personnes viennent de la même famille, mangent les mêmes repas…)
Je ne pense pas que ce soit à savoir par coeur, ce sont seulement des exemples
Quels seraient 3 exemples d’espèces bactériennes du microbiome central que l’on retrouve au niveau de la peau?
- Staphylococcus epidermidi
- Corynebacterium
- Propionibacterium
Je ne pense pas que ce soit à savoir par coeur, ce sont seulement des exemples
Quels seraient 3 exemples d’espèces bactériennes du microbiome central que l’on retrouve au niveau de la bouche?
- Streptococcus
- Neisseria
- Corynebacterium
Je ne pense pas que ce soit à savoir par coeur, ce sont seulement des exemples
Quels seraient 3 exemples d’espèces bactériennes du microbiome central que l’on retrouve au niveau du côlon?
- Escherichia coli
- Enterococcus
- Bacteroides
Je ne pense pas que ce soit à savoir par coeur, ce sont seulement des exemples
Quel serait un exemple d’espèce bactérienne du microbiome central que l’on retrouve au niveau du vagin?
Lactobacillus
La peau joue un rôle de […] très important
Protection
Le microbiote cutané varie selon 2 choses, quelles sont-elles?
- Le site
- Le sexe
Le microbiote cutané est influencé par 2 choses, quelles sont-elles?
- La présence ou non de glandes sébacées
- L’humidité
Classer les régions suivantes en ordre croissant du nombre de microorganismes par mL: IG, côlon, salive, estomac
Estomac: 10^3/mL
IG: 10^4/mL
Salive: 10^9/mL
Côlon: 10^11/mL
Pourquoi l’estomac est-il l’endroit du tractus GI où l’on retrouve le moins de bactéries?
L’acidité gastrique
Quel est l’impact de la prise d’antiacides sur le microbiote?
Quand on prescrit des antiacides, on interfère avec le microbiote puisqu’en élevant le pH de l’estomac, on fragilise les patients à certaines infections
Le microbiote du tractus GI varie en diversité et en quantité de bactéries selon le…
… segment du tube digestif
Combien de bactéries le tractus digestif contient-il?
10^14
Combien d’espèces de bactéries le tractus digestif contient-il?
Plus de 500
La majorité des >500 espèces de bactéries retrouvées dans le microbiote du tractus digestif sont-elles cultivables en laboratoire?
Non
Comment identifie-t-on principalement les >500 espèces de bactéries du microbiote du tractus digestif?
Par séquençage moléculaire
Si on souhaite identifier une infection détectée, peut-on faire une coloration Gram sur n’importe quel segment prélevé? Pourquoi?
Non, cela ne permet pas toujours d’évaluer quelle bactérie a causé une infection puisque certaines régions, comme la gorge et les selles, ont déjà beaucoup de bactéries
Le microbiote humain sain varie grandement… (3)
- … d’une personne à l’autre
- … d’une région géographique à l’autre (notamment influencé par l’alimentation)
- … en fonction de l’âge
Qu’arrive-t-il si un nouveau-né naît par césarienne?
Il ne peut pas avoir le microbiote du vagin de sa mère
Quelle est la solution au manque de transmission du microbiote vaginal lors d’un accouchement pas césarienne?
Prendre une partie du microbiote de la mère et le mettre sur la bouche du bébé
Mise à part la méthode d’accouchement, quelle autre variable peut avoir un impact sur la composition du microbiote d’un nourrisson?
Le fait d’être allaité ou non
Que se passe-t-il avec le microbiote à l’âge adulte?
Il se stabilise (en composition)
Que se passe-t-il avec le microbiote en âge avancé?
Il recommence à changer (comme lors de l’enfance)
Quelles sont les 4 caractéristiques du microbiote pendant l’enfance?
- Les nouvelles souches remplacent les anciennes (à quelques exceptions près qui restent les mêmes que celles d’origine)
- Augmentation rapide de la diversité
- Très instable
- Change en fonction de la diète et des maladies vécues
Classer en ordre croissant de diversité (noter que A = allaitement, V = accouchement vaginal et C = accouchement pas césarienne)
AV
AC
V
C
C - AC - V - AV
Quels sont les 3 grands rôles du microbiote intestinal?
- Fonctions métaboliques
- Stimulation de l’immunité innée
- Prévention de la colonisation par des bactéries pathogènes
Fonction métabolique du microbiote intestinal: en quoi cela consiste-t-il?
Le microbiote métabolise certains nutriments plus facilement, ce qui les rend disponibles aux cellules hôtes
Quel serait un exemple de mécanisme précis qui décrit la fonction de métabolisme du microbiote intestinal? (2 étapes)
- De grosses molécules d’hydrates de carbone comme la cellulose sont transformées en petites molécules (acétate, propionate, butyrate) facilement absorbées par les cellules hôtes
- Les acides comme l’acétate, le propionate et le butyrate, limitent la croissance de certaines bactéries indésirables
Quelles sont les 3 moyens du microbiote intestinal pour protéger contre certaines infections entériques?
- En tapissant la muqueuse (rempart) et en consommant les nutriments (affame les pathogènes)
- En stimulant la production de mucine, d’IgA et des peptides anti microbiens (AMPs)
- En stimulant la production d’IL-22 et d’IL-1β
Quelle est la conséquence de la production d’IL-22 comme mécanisme de protection du microbiote intestinal contre certaines infections entériques?
Augmentation de la résistance des cellules épithéliales
Quelle est la conséquence de la production d’IL-1β comme mécanisme de protection du microbiote intestinal contre certaines infections entériques?
Augmentation du recrutement de cellules inflammatoires
Quels sont les 4 facteurs externes qui influencent (débalancent) le microbiote?
- Hygiène personnelle (savon, d.odorant, rince-bouche, douche vaginale)
- Diète (riche en fibre, en graisse, en sucre) +/- diversifiée
- Eau (avec chlore ou eau de puits)
- Prise d’antibiotique
Qu’est-ce qu’une dysbiose?
Un débalancement de la flore intestinale normale
Quels seraient 5 exemples de dysbiose (altération de la flore intestinale normale)?
- Diarrhée à Clostridioides difficile (DACD)
- Colite ulcéreuse (maladie inflammatoire de l’intestin)
- Maladie cœliaque (entéropathie au gluten)
- Vaginite à candida
- Obésité
Quelles sont les 3 étapes mécanistiques de la diarrhée à clotridioides difficile?
- La prise d’antibiotiques altère la flore normale du côlon
- Prolifération du C. difficile (perte de la compétition alimentaire)
- C. difficile produit des toxines responsables de la diarrhée liquide
Mécanisme #1 pour le développement d’une colite ulcéreuse: la bactérie (1) prolifère et produit une (2) qui dégrade la couche de (3)
- Akkermansia muciniphila
- Sulfatase
- Mucine
Mécanisme #2 pour le développement d’une colite ulcéreuse: augmentation de (1) qui produit des (2) inductrices d’(3)
- Provitellaceae
- Chemokines
- Inflammation
En quoi une dysbiose peut causer de l’obésité?
Certains patients ont des bactéries intestinales plus efficaces à transformer des gros hydrates de carbone en petites molécules facilement absorbables
Quels sont 4 facteurs d’exposition précoce menant à la formation du microbiote? (résumé/rappel de ce qui a été vu plus tôt)
- Naissance par voie vaginale
- Diète
- Exposition à des antibiotiques
- Microbes de l’environnement
Une dysbiose peut être causée par 3 choses (3 types de maladies), quelles sont-elles?
- Maladie du système immunitaire
- Maladie intestinale
- Maladie métabolique
Une symbiose du microbiote gastro-intestinal permet 3 choses, quelles sont-elles?
- Tolérance immune
- Homéostasie intestinale
- Métabolisme sain
La manipulation du microbiome humain à des fins thérapeutiques serait un…
… traitement prometteur pour certaines maladies
Quel serait un exemple de maladie pour laquelle la manipulation du microbiome à des fins thérapeutiques serait très prometteuse?
La diarrhée à C. difficile (réfractaire au traitement standard)
En quoi consiste le nouveau traitement pour la diarrhée à C. difficile et quelle est son efficacité?
Transplantation de selles, efficace à 40-96%
Qu’est-ce que les probiotiques?
Un mélange de bactéries et/ou de levures ingérées dans le but de coloniser, même temporairement, l’intestin
Quel type de bactéries la majorité des probiotiques contiennent-ils?
Des bactéries Gram +
Quels seraient 2 exemples de bactéries Gram positif que l’on retrouve dans les probiotiques?
- Bifidobacterium
- Lactobacillus
Quel serait un exemple de levure que l’on retrouve dans les probiotiques?
Saccharomyces
Quelle est la condition pour qu’un probiotique soit efficace?
Il doit pouvoir se rendre à l’intestin
Quels sont les 3 facteurs qui font varier l’efficacité d’un probiotique?
- Les microorganismes choisis
- La dose
- La survie des microorganismes après le passage dans l’estomac (acidité)
Chez quels patients observe-t-on des pouchites?
Les patients ayant une colectomie totale avec anastomose iléo-rectale (ces patients n’ont plus de côlon, donc leur iléon est branché sur leur rectum)
Quelle est la conséquence d’une colectomie avec anastomose iléo-rectale?
Puisque le côlon absorbe naturellement l’eau, les selles sont très liquides, ce pourquoi on met une poche
Qu’est-ce qu’une pouchite?
Une inflammation de la poche (du réservoir) des patients ayant eu une colectomie totale avec anastomose iléo-rectale
Quel est l’avantage procuré par les probiotiques dans un cas pouchite?
Ils permettent d’enlever l’inflammation de la pouchite
Qu’est-ce que l’entérocolite nécrosante?
Une maladie qui touche l’intestin
Chez qui observe-t-on des entérocolites nécrosantes?
Les enfants nés prématurément (à moins de 37 semaines de grossesse)
Quelles sont les 3 manifestations d’une entérocolite nécrosante?
- Gonflement de l’abdomen
- Sang dans les selles
- Air dans la paroi de l’intestin
Quelles sont les 3+1(?) facteurs qui peuvent mener à une entérocolite nécrosante?
- Pédisposition génétique
- Intestin immunoréactif
- Réponse inflammatoire immature
- Dysbiose du tractus GI?
Quel est le taux de mortalité associé à l’entérocolite nécrosante?
20-30%
Quelles sont les 2 indications des probiotiques?
- Pouchite
- Prévention de l’entérocolite nécrosante chez le prématuré
Quelles sont les 2 contre-indications des probiotiques?
- Prévention ou traitement de la DACD
- Patients immunosupprimés
Peut-on donner n’importe quel probiotique à n’importe quel patient?
Non, car tous les probiotiques ne sont pas égaux
