Karyotypning och FISH

Question 1

Vad är kromatin?

Answer 1

Det komplex där proteiner sitter på DNA, kan vara exempelvis histoner

Question 2

Vilka histoner bildar nuklesomen?

Answer 2

H2A, H2B, H3, H4

Question 3

Vad är H1s funktion?

Answer 3

Fäst som en klammer som håller fast DNAt på nukleasomen, då får ytterligare 166 baspar plats och kallas då för en kromatosom.

Question 4

Vad kallas kromatinet när det är hårt vs löst packat? och vad är det som kontrollerar packningsgraden?

Answer 4

Hårt: Heterokromatin

Löst: Eukromatin

Styrs av topoisomeraser.

Question 5

Vad innebär strukturella kromosomavvikelser?

Vad kan det orsakas av?

Answer 5

En eller flera kromosomer har en avvikande struktur.

Kan orsakas av deletioner, duplikationer, translokationer, inversioner, insertioner/förflyttning eller ringbildning.

(medför oftast inga stora hälsoförändringar hos den drabbade)

Question 6

Vad innebär numeriska kromosomavvikelser?

Answer 6

Fel antal kromosomer, antingen för många eller för få.

får stora konsekvenser

Question 7

Vad är deletion?

Answer 7

förlust av kromosommaterial. Kan även händ att en hel kromosom saknas.

Question 8

Vad är duplikation?

Answer 8

En del kromosomsegment förekommer i dubbel upplaga.

Question 9

Vad är translokation?

Answer 9

Reciprok/Robertonsk.

Reciprok= två eller flera kromosomer byter plats på segment med varandra.

Robertonsk= två akrocentriska kromosomer sammanfogas till en kromosom

Question 10

Vad är inversion?

Answer 10

Ett mellanliggande segment roteras 180°

Question 11

Vad är ringbildning?

Answer 11

När den del av den korta och den långa armen förloras kopplas kromosomarmarna ihop och bildar en ring. Kan också förekomma som en extra kromosom.

Question 12

Vad är insertion?

Answer 12

En del av en kromosom kopieras och läggs till i en annan kromosom. kan ex leda till frameshift vid några få baspar som läggs till. Vid större delar sker ingen förskjutning i läsramen

Question 13

Vad är karotypning?

Answer 13

En process där man parar ihop kromosomerna och mappar ut dem i en viss ordning

Question 14

Hur görs karyotypningen

Answer 14

Vid mitosens metafas när kromosomerna är hårt packade behandlas de med kolchicin som stör och avstannar mitosen. Cellerna behandlas därefter med en hypertonisk lösning som gör att cellkärnan sväller och cellerna spricker. Cellerna fixeras med kemiskt fixeringsmedel och färgas med olika färger som visar kromosomernas struktur.

Question 15

Vad är G-banding/ Giemsa?

Answer 15

En teknik som används i cytogenetik för att producera en synlig karyotyp genom färgning av kondenserade kromosomer.

Question 16

Hur sker G-banding?

Answer 16

Metafaskromosomerna behandlas med trypsin för att delvis smälta kromosomerna som sedan färgas med giemsa färg.

Heterokromatiska regioner, AT-rika får mörkare band, GC-rika mindre kondenserade kromatinsekvenser får en ljusare band.

Question 17

Vad finns det för användningsområden för karyotypning?

Answer 17

• Kontrollera om barn under fosterstadiet har någon genetisk störning.
• Diagnostisera barn med genetisk sjukdom
• Kolla om föräldrarna har någon genetisk sjukdom som kan överföras till kommande barn
• HItta en behandlingsplan för vissa cencerformer och blodproblem.

Question 18

Vad står FISH för?

Answer 18

Fluorescence in situ hybridization

Question 19

Vad är FISH?

Answer 19

En metod som detekterar och lokaliserar en specifik DNA-sekvens på kromosomen.

Question 20

VAD bygger FISH på?

Answer 20

På att exponera kromosomen för en liten DNA-sekvens, prob, vilken har en fluorescerande molekyl adderad på sig. Proben binder till sin målsekvens och den fluorescerande färgen ses via ett fluorescensmikroskop

Question 21

Vad händer i FISH efter fluorokrom inmärkningen?

Answer 21

Med värme eller kemiskt denatireras både proben och DNAt. Då kan nya vätebindningar mellan brobens kvävebaser och DNAts kvävebaser bildas. Proben kommer binda till dess komplementära sekvens i DNAt. Därefter kan man undersöka hybriden som bildats med fluorescensmikroskop

Question 22

När används spektral karyotyping?

Answer 22

För att studera hela kromosomer

Question 23

Hur fungerar spektral karyotypning?

Answer 23

Den grundar sig i FISH-tekniken. Som prober används ett antal DNA-sekvenser för varje kromosom. Dessa prober färgas med olika kromosomer och kan på så sätt ge varje kromosom en unik färg.

Efter att repitetiva DNA-skevenser som finns i alla kromosomer tagits bort, sätts proberna till provet som innehåller kromosomer i mitosens metafas-stadie. Detta bildar en karyotyp där alla kromosomer har olika färger, vilken man sedan jan studera i mikroskop

Question 24

Vad finns det för olika prober?

Answer 24

Locusspecifika prober (används när man vill ta reda på vilken kromosom som innehåller en viss gen, eller hur många kopior av en gen som finns i genomet)

ALphoida eller centeromera upprepningsprober (används för att bestämma en individs kromosomantal, och kan användas tillsammans med locusspecifika prober för att undersöka om genetiskt material saknas från en specifik kromosom)

Question 25

ge exempel på sjukdomar som kan upptäckas med karyoptypning

Answer 25

Downs

Kronisk myeloid leukemi

Bröst karcinom

Övrig cencer som lungcancer och melanom

Malaria