CRISPR/Cas9 Flashcards
I vilken bakterie upptäcktes CRISPR/Cas 9?
Streptococcus pyogenes
Vad står CRISPR för?
Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats.
Vad står Cas för?
CRISPR Assosiated system
Vad är CRISPR?
En serie jämt utspridda korta palindromiska repiterande sekvenser där det mellan dem finns information om vilka olika DNA-sekvenser som ska förstöras. Informationen finns i så kallade “spacers”
Cas är?
Ett enzym, endonukleas
Beskriv de tre stegen för CRISPR/Cas när det sker i bakterien
- En kort sekvens av ett invaderande DNA förs in i CRISPR-genen.
2- Transkription av pre-crRNA som genomgår en mognadsprocess för att generera individuella crRNA vilka alla är sammansatta (som CRISPR) men en upprepande del och den del som är specifik för det inkräktande DNA:t som är hämtat från CRISPR-genen.
3- Här sker en crRNA-riktad klyvning av den främmande nukleinsyran med hjälp av CAs-proteiner som är komplementära till den specifika crRNA-distanssekvensen.
Vad är det som är speciellt med bakterier som använder sig av Cas 9?
De använder sig inte av några andra endonukleaser med samma syfte. Använder också tracrRNA (transaktiverande crRNA) vilket är nödvändigt för mognaden av crRNA.
Vad är sgRNA?
En kombination av tracrRNA och crRNA framställd i lab
Hur skiljer sig metoden som används från funktionen hos bakterier?
När man använder sig av metoden använder man inte CRISPR då man själv designar sgRNA som är inriktat mot den specifika sekvens man vill åt.
Vilka två sorters rekombination kan ske efter att man skapat dubbelsträngsbrottet?
Icke-homolog (NHEJ) elller homolog rekombination (HDR)
Vad är det egentligen Cas9 gör när den bryter DNA:t
Den skapar ett dubbelsträngsbrott genom att klyva fosfodiesterbindningar
Varför blir NHEJ vägen ofta fel?
Den bildar deletioner av sekvenser under reparationen, används ofta för inducerad “gene knock out” genom generering av frameshift mutationer
Vad används vid HDR vägen?
Ett donator DNA-template placeras vid dubbelsträngsbrottet vilket ger en korrekt reparation, kan också användas för att föra in specifika sekvenser i ett DNA.
