Introduktion populationsgenetik

Question 1

Vad är en population?

Answer 1

en grupp individer av samma art som kan skaffa avkomma med varandra

Question 2

Vad är populationsgenetik?

Answer 2

Läran om den genetiska variationen i en population och dom krafter som påverkar den

Fokus är på populationen och inte på enskilda individer

Question 3

Hardy-Weinbergs (HW) lag står för två ting, vilka?

Answer 3

Allelfrekvensers konstans över tid, dvs allelfrekvenserna är konstanta från en generation till nästa

Förhållandet mellan allelfrekvenser och genotypfrekvenser under slumpmässig parning

Question 4

Förutsättningar för Hardy-Weinberg jämvikt? (5 st)

Answer 4

Stor population
Slumpmässig parning
Ingen migration
Ingen selektion
Inga mutationer

Question 5

Genotypfrekvenser enligt HW?

Answer 5

För ett locus med två alleler A och a med frekvenserna p respektive q

Genotyp: AA Aa aa
Frekvens: p^2 2pq q^2

p + q = 1
p^2 + 2pq + q^2 = 1

Question 6

Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(A)?

Answer 6

f(A) = p = 0,2

Question 7

Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(a)?

Answer 7

f(a) = q = 1 - 0,2 = 0,8

Question 8

Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(AA)?

Answer 8

f(AA) = p^2 = 0,2 x 0,2 = 0,04

Question 9

Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(Aa)?

Answer 9

f(Aa) = 2pq = 2 x 0,2 x 0,8 = 0,32

Question 10

Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(aa)?

Answer 10

f(aa) = q^2 = 0,8 x 0,8 = 0,64

Question 11

Hardy-Weinberg med tre alleler: Genotypfrekvenser enligt HW för tre alleler A1, A2 och A3 med frekvenserna p, q respektive r - Vad blir A1A1, A2A2, A3A3, A1A2, A1A3 och A2A3?

Answer 11

A1A1: p^2

A2A2: q^2

A3A3: r^2

A1A2: 2pq

A1A3: 2pr

A2A3: 2qr

Question 12

Vad är homo- respektive heterozygot?

Answer 12

Homozygoter är ett begrepp inom genetiken och betecknar individer som har två likadana varianter, alleler, av en gen. Motsatsen är heterozygoter. Endast hos en Homozygot individ leder recessiva anlag till synliga egenskaper, eftersom det inte finns något dominant anlag som döljer det

Question 13

Vad innebär ROH?

Answer 13

Inavel baserat på “runs of homozygosity” (ROH)

Mäter hur stor andel av kromosomerna som är helt homozygota

Question 14

Evolutionära krafter som kan påverka
allelfrekvenser och genotypfrekvenser? (4 st)

Answer 14

mutation
migration/genflöde
genetisk drift
selektion

Question 15

Vad förändrar inavel och vad förändrar det inte?

Answer 15

Inavel förändrar genotypfrekvenser men inte allelfrekvenser

Question 16

Vad är mutation?

Answer 16

Mutation = förändring i DNS

Mycket liten effekt på allelfrekvenserna

Det är en källa för variation. Andra evolutionära krafter kan öka frekvensen av nya alleler som uppkommit genom mutation

Question 17

Vad är migration/genflöde? (mycket/lite)

Answer 17

Om det finns mycket migration kommer allelfrekvenserna i de olika populationerna att vara väldigt lika varandra

Om det finns lite migration kan de vara väldigt olika

Question 18

Vad är genetisk drift?

Answer 18

Slumpvariation när alleler nedärvs från en generation till nästa

Små populationer påverkas mer av genetisk drift än stora

Question 19

Vilka två “effekter” pratar man om vid genetisk drift?

Answer 19

Flaskhalseffekt = bottle neck effect

Grundareffekt = founder effect

Question 20

Vilka två typer av selektion pratar man om?

Answer 20

Riktad selektion

Balanserande selektion

Question 21

Vad är riktad selektion?

Answer 21

Någon allel ger individerna som har den allelen högre fitness. Det leder till att den allelen kommer att öka i frekvens

Question 22

Vad är balanserande selektion?

Answer 22

Balanserande selektion leder till att flera alleler bibehålls i populationen, t.ex. genom heterozygot fördel eller fördel för sällsynta genotyper

Question 23

Vad är formeln för ojämn könskvot inom effektiv populationsstorlek (Ne)?

Answer 23

Ojämn könskvot:
Ne = 4NmNf / (Nm + Nf)

Nm = antal hanar

Nf = antal honor

Question 24

Vad är formeln för variation över tiden inom effektiv populationsstorlek (Ne)?

Answer 24

Variation över tiden:

1/Ne ≈ 1/t [1/N1 + 1/N2 +…+ 1/Nt]

Question 25

Vad är formeln för variation i familjestorlek inom effektiv populationsstorlek (Ne)?

Answer 25

Variation i familjestorlek:

Ne ≈ 4N / Vk + 2 = 8N / Vkm + Vkf + 4

Vk är variation i familjestorlek (kallas ẟ2 i vissa texter)

Vkm är variation hos hanar

Vkf är variation hos honor