Introduktion populationsgenetik Flashcards
Vad är en population?
en grupp individer av samma art som kan skaffa avkomma med varandra
Vad är populationsgenetik?
Läran om den genetiska variationen i en population och dom krafter som påverkar den
Fokus är på populationen och inte på enskilda individer
Hardy-Weinbergs (HW) lag står för två ting, vilka?
Allelfrekvensers konstans över tid, dvs allelfrekvenserna är konstanta från en generation till nästa
Förhållandet mellan allelfrekvenser och genotypfrekvenser under slumpmässig parning
Förutsättningar för Hardy-Weinberg jämvikt? (5 st)
Stor population
Slumpmässig parning
Ingen migration
Ingen selektion
Inga mutationer
Genotypfrekvenser enligt HW?
För ett locus med två alleler A och a med frekvenserna p respektive q
Genotyp: AA Aa aa
Frekvens: p^2 2pq q^2
p + q = 1
p^2 + 2pq + q^2 = 1
Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(A)?
f(A) = p = 0,2
Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(a)?
f(a) = q = 1 - 0,2 = 0,8
Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(AA)?
f(AA) = p^2 = 0,2 x 0,2 = 0,04
Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(Aa)?
f(Aa) = 2pq = 2 x 0,2 x 0,8 = 0,32
Räkneexempel: Vid ett locus finns två alleler A och a - vad är f(aa)?
f(aa) = q^2 = 0,8 x 0,8 = 0,64
Hardy-Weinberg med tre alleler: Genotypfrekvenser enligt HW för tre alleler A1, A2 och A3 med frekvenserna p, q respektive r - Vad blir A1A1, A2A2, A3A3, A1A2, A1A3 och A2A3?
A1A1: p^2
A2A2: q^2
A3A3: r^2
A1A2: 2pq
A1A3: 2pr
A2A3: 2qr
Vad är homo- respektive heterozygot?
Homozygoter är ett begrepp inom genetiken och betecknar individer som har två likadana varianter, alleler, av en gen. Motsatsen är heterozygoter. Endast hos en Homozygot individ leder recessiva anlag till synliga egenskaper, eftersom det inte finns något dominant anlag som döljer det
Vad innebär ROH?
Inavel baserat på “runs of homozygosity” (ROH)
Mäter hur stor andel av kromosomerna som är helt homozygota
Evolutionära krafter som kan påverka
allelfrekvenser och genotypfrekvenser? (4 st)
mutation
migration/genflöde
genetisk drift
selektion
Vad förändrar inavel och vad förändrar det inte?
Inavel förändrar genotypfrekvenser men inte allelfrekvenser
Vad är mutation?
Mutation = förändring i DNS
Mycket liten effekt på allelfrekvenserna
Det är en källa för variation. Andra evolutionära krafter kan öka frekvensen av nya alleler som uppkommit genom mutation
Vad är migration/genflöde? (mycket/lite)
Om det finns mycket migration kommer allelfrekvenserna i de olika populationerna att vara väldigt lika varandra
Om det finns lite migration kan de vara väldigt olika
Vad är genetisk drift?
Slumpvariation när alleler nedärvs från en generation till nästa
Små populationer påverkas mer av genetisk drift än stora
Vilka två “effekter” pratar man om vid genetisk drift?
Flaskhalseffekt = bottle neck effect
Grundareffekt = founder effect
Vilka två typer av selektion pratar man om?
Riktad selektion
Balanserande selektion
Vad är riktad selektion?
Någon allel ger individerna som har den allelen högre fitness. Det leder till att den allelen kommer att öka i frekvens
Vad är balanserande selektion?
Balanserande selektion leder till att flera alleler bibehålls i populationen, t.ex. genom heterozygot fördel eller fördel för sällsynta genotyper
Vad är formeln för ojämn könskvot inom effektiv populationsstorlek (Ne)?
Ojämn könskvot:
Ne = 4NmNf / (Nm + Nf)
Nm = antal hanar
Nf = antal honor
Vad är formeln för variation över tiden inom effektiv populationsstorlek (Ne)?
Variation över tiden:
1/Ne ≈ 1/t [1/N1 + 1/N2 +…+ 1/Nt]
Vad är formeln för variation i familjestorlek inom effektiv populationsstorlek (Ne)?
Variation i familjestorlek:
Ne ≈ 4N / Vk + 2 = 8N / Vkm + Vkf + 4
Vk är variation i familjestorlek (kallas ẟ2 i vissa texter)
Vkm är variation hos hanar
Vkf är variation hos honor
