Allelfrekvens och genotypfrekvens

Question 1

Vad är allelfrekvens?

Answer 1

frekvensen av en viss allel i en population

Question 2

Vad är genotypfrekvens?

Answer 2

frekvensen av en viss genotyp i en population

Question 3

I en population som genotypats för en SNP med allelerna C och T finns 15 individer med genotypen CC, 12 med genotypen CT och 3 med genotypen TT. Räkna ut genotypfrekvenserna.

Answer 3

Frekvens av CC, f(CC) = (antal CC) / (totalt antal individer) = 15 / (15+12+3)= 15/30=0,50

Frekvens av CT, f(CT) = 12/30 = 0,40

Frekvens av TT, f(TT) = 3/30 = 0,10

Question 4

Hur räknar man ut genotypfrkvens?

Answer 4

Frekvens av genotypen XX

f(XX) = (antal XX) / (totalt antal individer)

Question 5

I en population som genotypats för en SNP med allelerna C och T finns 15 individer med genotypen CC, 12 med genotypen CT och 3 med genotypen TT. Räkna ut allelfrekvenserna.

Answer 5

Det man får tänka på när man ska räkna antalet av allel C så finns det 15 st individer som har två stycken allel C (de som är homozygoter CC), och så finns det 12 st individer som har en allel C (de som är heterozygoter CT). Man måste således ta två gånger antalet homozygoter av den allelen man är intresserad av och plussar på antalet heterozygoter. Sedan ska man dela det med det totala antalet alleler, där varje individ har två alleler - en från mamman och en från pappan.

Frekvens av allel C, f(C) = p = (antal av allel C) / (totalt antal av allelerna) = (2 x 15+12) / (2 x 30) = 42/60 = 0,70

Frekvensen av allel T kan man räkna ut på ett enklare sätt, eftersom att det finns en regel som säger att summan av allelfrekvenserna alltid är 1. Finns det bara två stycken alleler (som i det här fallet) och den ena är 0,70 så måste den andra vara 0,30.

Frekvens av T, f(T) = q = 1-f(C) = 1 - 0,70 = 0,30

Istället för att räkna varje allel så kan man räkna ut allelfrekvenserna från genotypfrekvenserna om man redan räknat ut dessa. Frekvensen av allel C blir således frekvensen homozygoter för C plus hälften (0,5) av frekvensen för heterozygoterna för allel C.

Alternativt sätt att räkna ut frekvens av allel C: f(C) = f(CC) + 0,5f (CT) = 0,5 + 0,5 x 0,4 = 0,5 + 0,2 = 0,70

Question 6

Hur räknar man ut allelfrekvens?

Answer 6

Frekvens av allel X

f(X) = p = (antal av allel X) / (totalt antal av allelerna)

Frekvens av allel Y

f(Y) = q = 1 - f (X)

(summan av allelfrekvenserna alltid är 1)

Istället för att räkna varje allel så kan man räkna ut allelfrekvenserna från genotypfrekvenserna om man redan räknat ut dessa. Frekvensen av allel X blir således frekvensen homozygoter för X plus hälften (0,5) av frekvensen för heterozygoterna för allel X.

Alternativt sätt att räkna ut frekvens av allel X:
f(X) = f(XX) + 0,5 f(XY)

Question 7

Hur räknar man ut allelfrekvenser med fler än två alleler?

En mikrosatellit har 5 alleler i vår population, vi kallar allelerna A1, A2, A3, A4, A5

Vi har 10 individer med följande genotyper: A1A3, A2A5, A4A4, A1A4, A2A3, A3A4, A1A3, A3A5, A1A1, A1A2

Räkna ut allelfrekvenserna

Answer 7

Man räknar antalet homozygoter för den allelen och heterozygoter för den allelen
- Färga allelerna för enklare beräkning

f(A1) = (1 x 2 + 4) / (2 x 10) = 6/20 = 0,30

f(A2) = (3) / (2 x 10) = 3/20 = 0,15

f(A3) = (5) / (2 x 10) = 5/20 = 0,25

f(A4) = (1 x 2 + 2) / (2 x 10) = 4/20 = 0,20

f(A5) = (2) / (2 x 10) = 2/20 = 0,10
Frekvensen av allel A5 hade man kunnat räkna ut som 1 minus summan av frekvensen för de andra fyra (1 - (0,3+0,15+0,25+0,20 = 1 - 0,90 = 0,10)
Frekvens av A5, f(A5) = 1- (f(A1) + f(A2) + f(A3) + f(A4))