Hoorcollege 1: de cel en zijn moleculen Flashcards

1
Q

Waaruit bestaat de basis van een atoom?

A

De kern heeft protonen (positief) en neutronen (neutraal). Om de kern cirkelen elektronen in vaste banen, de elektronenschil. Kern is neutraal met evenveel protonen en elketronen.
Massagetal: protonen+neutronen.
atoomnummer: protonen/elektronen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Wat is een covalente interactie?

A

Dit is atoombinding waarbij elektronen worden gedeeld. Dit is sterke binding. Bij enkele binding is draaing mogelijk en bij dubbele binding=starre, geen draaing.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Wat zijn aantal zwakke verbindingen?

A
  • ionbinding: positief en negatief trekt elkaar aan
  • vanderwaalsbinding: aantrekkingskracht tussen moleculen. Hoger groter, hoe sterker de binding.
    -hydrofobe interacties: aantrekkingskracht tussen hydrofobe stoffen
  • waterstofbruggen: binding tussen polaire stoffen als water waarbij partiele lading is.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat is de samenstelling van een cel?

A

70% water en 30% chemicalien.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat is polair en apolair molecuul?

A

polair (hydrofiel): er is verschil in lading tussen de atomen door de plaatsing van de gedeelde elektron
apolair(hydrofoob): deze stoffen geen ladingsverschil

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Wat is een amfipatische molecuul?

A

Dit is een molecuul met hydrofiele en hydrofobe eigenschappen zoals fosfolipiden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Wat zijn de 3 eigenschappen van water?

A
  • oplosmiddel voor andere polaire stoffen door H-bruggen te vormen
  • verdrijft apolaire (hydrobe) stoffen
  • in water kunnen amfipatische moleculen micellen vormen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Wat is een micel?

A

De is een vetmolecuul dat omgeven is door amfipatische moleculen. De hydrofobe staart gaat in de vetmolecuul en de hydrofiel kop naar de water toe.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Verschillende soorten cellen

A
  • Fibroblasten → Maken collageen en extra cellulaire matrix en stevigheid
  • Neuronen → hersenen/ruggenmerg met lange uitlopers
  • Epitheelcellen → Bedekken bijvoorbeeld organen en deel van de huid
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Wat is condensatie en hydrolyse reactie?

A

condensatie: samenvoegen van monomeren als aminzuren kom waterdeeltje vrij
hydrolyse: afbreken van polymeer/macromolecuul is water voor nodig

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat is een lipide?

A

vetzuurmolecuul met een lange hydrofobe staart en korte hydrofiele carboxylgroep kop.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wat zijn de verschillen tussen de vetzuren?

A
  • de lengte
  • verzadigd= geen dubbele binding en onverzadig=wel dubbele binding
  • op de plaats van de dubbele binding is er een knik waardoor meer ruimte is en dus vloeibaarder wordt. onverzadigd=olie en verzadigd=vet
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hoe ontstaat een vetmolecuul?

A

Er is een binding tussen 1 glycerol en 3 vetzuurmoleculen. De reactieve hydrofiele koppen vormen een binding met het glycerol waarbij een 3 watermoleculen ontstaan.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Functies van vet

A

-opslag voor energie
-vormen basis van bv celmembraan: fosfolypide

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

bouwstenen van de soorten moleculen

A

Proteïne: opgebouwd uit aminozuren
Dna/rna: opgebouwd uit nucleotide
Polysacharide: opgebouwd uit sacharides/suikers
Vetten opgebouwd uit:3 vetzuren en glycerol

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hoe heten de monomeren van sachariden en wat is de molecuulformule?

A

monosachariden en molecuulformule: (CH20)n waarbij n=3,4,5,6.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat is een aldose en ketose en welke subgroepen zijn er hiervan?

A

aldose: eerste C heeft dubbel gebonden zuurstofatoom en ketose: de middelste C. De subgroepen zijn hexoses (6), pentoses (5), tetroses (4) en trioses (3).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hoe heet de covalente binding die gevormd bij binding van monosachariden onder elkaar?

A

glucosidic bond, hierbij wordt water afgesplitst

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Wat is de naam van monosachriden en uit hoeveel monosacharide bestaat het?

A
  • disachariden: 2 monomeren
  • oligosachariden: 3 tot 10 monomeren
  • polysachariden: meer dan 10 monomeren
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hoe heten de binding tussen sachariden en andere bouwstenen?

A
  • glycolipide: oligosacharide en lipide
  • glycoproteine: oligosacharide en eiwit
  • nucleoside: monosacharide en base
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hoe heet de afbraak van glucose?

A

glycolyse en hierbij komt ATP vrij.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hoe onstaat de ringvorm van glucose?

A

De aldehydegroep op C1 vormt een binding met hydroxylgroep (OH) van C5. C6 steekt uit de keten uit.

23
Q

Wat is isomeer?

A

zelfde molecuulformule, andere structuurformule.

24
Q

Hoe ontstaat een aminozuurketen en hoe heet de binding hiervan?

A

Door een condensatiereactie tussen carboxylgroep (COOH) en aminogroep (NH2). De binding heet peptide-binding.

25
Q

Wat is een polypeptide backbone?

A

De rij van aminozuren zonder de restgroepen. Dit is dus de algemene structuur bestaande uit: aminogroep, carboxylgroep en het centrale koolstofatoom

26
Q

Hoe heten de zijkanten van de aminozuurketen?

A

N-terminus: zit aminogroep aan, is meestal linkerkant en C-terminus zit een carboxylgroep aan en is rechterkant. Eiwitsynthese gebeurt van N-terminus naar C-terminus

27
Q

Eigenschap van primaire structuur

A
  • vorm en structuur bepaald door aminozuurvolgorde
  • peptide-binding niet draaibaar, stabiliseert juist
  • R-groep draait rondom alpha carbon
28
Q

Eigenschap secundaire structuur

A
  • veroorzaakt door H-bruggen
  • 2 varianten van: alpga-helix en beta-sheet.
29
Q

Eigenschap van alpha-helix

A

alpha helix: h-bruggen bij plypeptide backbone bij carbonylgroep N en aminogroep N+4. Een periodiciteit van alpha-helix is 3,6 aminozuur
- zijketens spelen geen rol
- Minder afstand 1,5A

30
Q

Eigenschap beta-sheet

A

-H-bruggen tussen carbonylgroep van een backbone en aminogroep van andere backbone.
- parallele sheet: C-terminus is zelfde richting
- anti-parallele sheet: de C-terminus liggen verschillende richting
- meer ruimte tussen 3,5A

31
Q

Wat is sterische hindering?

A

Dit is wanneer de zijgroepen van de aminozuren ervoor zorgen dat bepaalde structuur niet gevormd wordt omdat atomen in de weg zitten. Zo kan je voorspellen in primaire structuur wel secundaire structuur gevormd gaat worden.

32
Q

Wat zijn loops?

A

In een eiwit kunnen alpha en beta structuur voorkomen na elkaar. Een loop is een stukje keten zonder structuur tussen de andere 2.

33
Q

Eigenschap tertaire structuur

A
  • zijgroepen spelen een rol omdat ze polair (hydrofiel) of apolair (hydrofobisch kunne zijn. Hierdoor gaan de polaire zijketens naar binnen en apolaire naar buiten. De Conformatie (draaiing) geeft stabiliteit en minder energie afgave.
34
Q

Wat is een eiwitdomein?

A

Dit is een segment binnen een eiwit dat onafhankelijk vouwt van andere delen. Elke eiwit heeft meerdere eiwitdomeinen.

35
Q

Wat is een pocket binnen een tertaire structuur?

A

Door vouwing komen bepaalde zijgroepen bij elkaar waardoor een bindingsite ontstaat.

36
Q

Wat is een coiled coil?

A

een aantal alpha helix die om elkaar gedraaid zijn. Dit wordt ook wel superhelix genoemd

37
Q

Eigenschappen van quarternaire structuur?

A

-bestaande uit meerdere polypeptide ketens
- bevat een dimeer: 2 subunits binnen de complex. Er is homodimeer en heterodimeer.

38
Q

Wat zorgt voor dat een eiwit interacties aan kan gaan met andere eiwitten en verhoogt de specifiteit?

A

dit zijn de non-covalente bindingen. Ze zijn kortdurend, flexibel en reversibel. Dit zijn bv h-bruggen, vanderwaalsbinding enzo. Dit verhoogt ook de affiniteit. Meer zwakke bindingen versterken het eiwitstructuur.

39
Q

Functies van eiwitten 7x

A

-structuureiwit bv keratine in haar en huid
-transporteiwit bv hemoglobine in bloed
-motoreiwit bv myosine in spieren
-opslageiwit bv caseïne slaat aminozuren en ionen op
-receptor en signaaleiwit
- gen-regulerende eiwit: Zet bv dna aan en uit
-enzymen: Katalyseren reacties

40
Q

Waaruit bestaat een nucleotide?

A

koolstofgroep, ringvormige base die stikstof bevat en een of meer fosfaatgroep

41
Q

Wat zijn purines en pyrimidines?

A

Adenine en guanine hebben 2 versmolten ringstructuur, dit is purines. cytosine, thymine en uracil 1 ringstructuur hebben, dit is pyrimidine

42
Q

Hoe werkt eiwitsynthese? Makkelijk

A

Transcriptie: DNA naar RNA. Translatie: RNA naar eiwit. 5e richting zit fosfaat en 3e richting zit OH-groep. DNA wordt van 3 naar 5 afgelezen en RNA ontstaat van 5 naar 3.

43
Q

Hoe wordt DNA compact gemaakt?

A
  • DNA is dubbele helix vorm
  • DNA bestaande uit 147 basenparen gewikkeld om 8 histonen=nucleosomen
  • nucleosome bij elkaar linear is chromatine fiber
  • de chromatine fibers worden om elkaar gedraaid.
44
Q

Op welke plaatsen in het DNA kan genaflezing plaatsvinden?

A

Dit zijn de delen met verschillende mate van compactie. Er is euchromatine: Wel transcriptie en heterochromatine: geen transcriptie bv telomeer of centromeer

45
Q

Door welke 2 processen wordt compactie van DNA beïnvloed?

A
  1. Modificatie van histoncode: bv methylering
  2. Chromatine remodeling complexen: De nucleosomen worden uitelkaar geduwd zodat transcriptie plaats kan vinden.
46
Q

Wat zijn eigenschappen van RNA?

A
  • RNA heeft ribose ipv deoxyribose in DNA
  • uracil ipv thymine
  • RNA voor kortdurend en DNA voor langdurend informatieoverdracht
  • RNA is enkelstrengs drm kan het na translatis vouwen
47
Q

Verschillende soorten RNA

A
  • mRNA: Codeert voor eiwit
  • rRNA: Ribosomaal
    -micro-RNA: Reguleert genexpressie
  • transfer-RNA
48
Q

Stappen van transcriptie 6 stappen

A
  • Een gen wordt herkend bij een promoter met TATA-box door transcriptiefactoren.
  • Hier bindt RNA-polymerase aan en leest in richting 3 naar 5. De afgelezen is template/matrijsstreng en de andere coderende streng.
  • RNA-polymerase koppelt nucleotiden aan templatestreng in richting 5 naar 3. De binding tussen nucleotiden zijn fosfodi-esterverbinding. Dit is condensatiereactie en gebruikt energie.
  • RNA streng laat los via h-bruggen en er kan nog een RNA gemaakt worden.
  • Transcriptie blijft doorgaan totdat RNA-polymerase een terminator tegen komt
  • dit gevormde RNA noemt men pre-mRNA.
49
Q

Wat houdt RNA-processing in?

A

RNA naar mRNA. Dit bestaat uit paar dingen.
- polyadenylatie: uiteinde (3) bevat veeladenine, polyAstaart.
- RNA-capping: (5) begin krijgt aan guanine nucleotide een methylgroep om RNA te markeren als mRNA.
- splicing: pre- mRNA evat intron en exton. Intronen worden afgeknipt.

50
Q

Wat houdt translatie in?

A
  • mRNA naar eiwit gebeurt van 5 naar 3, van N-terminus naar C-terminus
    -gedaan: Ribosomen
  • codon: Code voor 3 nucleotiden
  • anti-codon: Complementair en bevat de aminozuur
  • startcodon: Methionine’
    -stopcodon: Codeert niet voor aminozuur
51
Q

Wat doet de tRNA?

A

dit bevat het anticodon met de aminozuur. Eiwit tRNA synthetase zorgt voor dat goede aminozuur bindt aan goede tRNA molecuul. Dit is een covalente binding.

52
Q

Functie van ribosomen

A
  • de kleine subunit matcht mRNA aan de tRNA. Codon aan anticodon.
  • grote subunit zorgt voor dat peptide-binding gevormd worden.
53
Q

Wat zijn de bindingssites van ribosoom?

A
  • A: tRNA dat complementair is aan mRNA landt
    -P: Peptide-binding gevormd tussen 2 aminozuren door peptidyl transferase dus keten zit nu hier aan vast.
    -E: Dan translocatie, alles schuift op. Als oude tRNA bij P komt laat het los. Dan alles herhalen.