HC7: Proteomics, metabolomics, miRNA en siRNA Flashcards
Wat is een betere maat voor genexpressie dan mRNA?
De hoeveelheid eiwit
Via welke techniek gebeurt eiwit-identificatie?
via massaspectrometrie
Wat is de functie van trypsine bij MS?
trypsine is een darmenzym dat peptidebindingen knipt in een eiwit. Meer specifiek op een Arginine of lysine plaats
Hoe werkt de massaspectrometrie?
via een laser wordt een elektron afgeschoten uit peptide –> krijgt een positieve lading –> eiwit gaat bewegen van + naar - –> afhankelijk van grootte andere snelheid –> hieruit wordt de massa bepaald
Hoe analyseer je eiwit-interacties?
Isolatie van het DNA-complex waarin je bent geïnteresseerd door een antilichaam gericht tegen het eiwit –> daarna elueren en dan MS voor identificatie van je eiwitten
Wat doet metabolomics?
het analyseert welke metabolieten voorkomen in het bloed (gaat activiteit na van de enzymen/eiwitten)
Waarom is mRNA niet altijd een goede voorspeller voor eiwitactiviteit?
Regulatie van eiwitmodificaties, eiwitstabiliteit en translatie
Hoe verloopt de translatie regulatie?
via miRNA: dit ligt gecodeerd op DNA –> transcript –> geknipt door Drosha en Dicer –> ingebouwd in RISC-complex –> nagaan indien het past op het mRNA –> indien ja: verminderde expressie of zelfs afbraak van mRNA
Waar in de cel bevindt zich Drosha?
celkern
Waar in de cel bevindt zich Dicer?
cytoplasma
Wat is RNA-interferentie?
Via siRNA’s kan je ervoor zorgen dat mRNA wordt afgebroken en hierdoor voorkom je dat essentiële eiwitten voor voor de groei van kankercellen tot expressie komen
Wat zijn de voordelen van RNAi?
- eenvoudig
- verschillende plekken zorgen voor minder resistentie
- specifiek
- RNAi libraries
Wat zijn de nadelen van RNAi?
alleen gebruiken om expressie te remmen
we weten nog niet hoe siRNA in cel brengen
