Génomique Flashcards
Qu’est-ce que la génomique ?
Branche de la génétique qui est consacrée à l’étude de génomes entiers
Quelle est la différence entre la génomique structurale et la génomique fonctionnelle?
Structurale :
- Caractérise la nature physique de génomes entiers (séquence, relations phylogéniques)
Fonctionnelle :
- Caractérise le mode d’expression des gènes (transcriptome) et l’ensemble des protéines codés par ces gènes (protéome; secrétome; interactome)
Quelle approche de séquençage proposée par Craig Venter permit le séquençage du génome humain en 2003?
Approche shotgun
Est-ce que l’approche de séquençage proposée par Craig Venter est encore valide pour séquencer les génomes en 2022?
Pas vraiment, il restait encore environ 300 trous dans le génome de référence original composés de séquences répétées très difficile à séquencer (ce n’est qu’en 2022 qu’on a réussi à les combler)
Quelles avancées technologiques ont consolidé cette approche de séquençage proposée par Craig Venter ?
- Une capacité accrue des nouveaux modèles de séquenceurs
- Mise au points de nouveaux algorithmes bio-informatiques et la force de calcul
Quelles sont les étapes requises pour l’approche de séquençage shotgun?
- Fragmentation aléatoire de l’ADN génomique
- Clonage de fragments aléatoires dans une banque d’ADN
- Séquençage du plus grand nombre de fragments possible, choisis au hasard
- Assemblage virtuel des séquences qui se chevauchent en « contigs» (séquences contiguës)
- ADN génomique -> Fragmentation aléatoire en millions de fragments -> Création d’une banque -> Séquençage des fragments -> Assemblage par ordinateur -> Séquençage de trous (lecture d’extrémités appariées)
Qu’est-ce qu’une banque d’ADN?
Collection de fragments d’ADN provenant d’un individu, d’un échantillon ou d’une espèce
- Chaque fragment d’ADN est inséré dans un vecteur commun (molécules qui nous permettent de déplacer l’ADN et de l’intégrer dans des génomes de bactéries et de levures) : la portion constante (séquence connues) du vecteur sert d’ancrage pour l’amorce de séquençage.
Qu’est-ce qu’un contig?
Rassemblement des séquences qui se chevauchent suite au clonage de fragments aléatoires dans une banque d’ADN = séquence contiguës
Comment détermine-t-on la séquence des « trous » entre les contigs laissés dans un séquençage génomique?
Lecture d’extrémités appariés :
- Permet d’identifier des fragments d’ADN qui chevauchent 2 contigs (séquence de ces fragments = trous)
- Les trous sont comblés par des fragments de la banque d’ADN génomique
Suite à l’obtention de la séquence brute du génome d’un organisme, comment procède-t-on pour identifier les gènes?
Le séquençage de l’ADN complémentaire (cDNA) est la méthode la plus directe pour identifier les portions codantes :
- ADNc = copie de l’ARNm
- ADNc = ne contient que les séquences d’exons (car copie de l’ARNm qui a subit l’épissage)
- En alignant les séquences de l’ADNc avec le génome de référence, on peut identifier les exons
Quelle est la méthode la plus directe (et la plus populaire) pour identifier les régions codant pour des protéines dans un génome eucaryote?
Le séquençage de l’ADN complémentaire (cDNA) est la méthode la plus directe pour identifier les portions codantes
Qu’est-ce que l’ADN complémentaire?
ADNc = copie de l’ARNm = ne contient que les séquences d’exons de l’ADN, car copie de l’ARNm qui a subit l’épissage
Comment obtient-on l’ADN complémentaire ?
À partir de molécules d’ARNm, une transcriptase inverse permet de former une hélice double brin ARN/ADNc, puis on obtient un duplex ADNc/ADNc suite à la réplication de cette hélice.
La technologie des « puces à ADN » permet d’analyser quoi?
Permet de comparer l’expression des gènes dans différents conditions physiologiques
Pouvez-vous donner un exemple d’intérêt de la biologie structurale?
- Reconstitution de l’arbre de la vie
- Déterminer le nombre de gènes chez différents espèces
