génétique moléculaire: polymorphisme Flashcards
qu’est ce que le premier principe de Mendel?
les traits sont contrôlés par des paires de gènes qui se séparent lors de la formation des gamètes (méiose)
que veut dire un allèle mineur?
moins fréquent dans la population
comment sommes-nous différents plus qu’au niveau de l’apparence et des préférences..?
aussi dans la réponse à l’environnement et à la susceptibilité de la maladie
(diversité génétique)
la variabilité génétique est nécessairement néfaste?
NON
peut être bénéfique ou tout simplement neutre
combien avons nous de pb?
3 milliards
si nous sommes identiques à 99.8%, comment sommes nous si différents (phénotypiquement)?
le 0,2%= 6 millions de différence
combien avons-nous de pb différente entre 2 individus?
1 à chaque 1000 pb
nombre de SNP par pb
1/100
nombre de petites indels par pb
1/1000
nombre de micro satellites (STR) et mini satellites par pb
1 every few 1000
que comporte les gènes répétés?
ARN, histones
que comporte les grandes indels?
copy number variant (CNV)
que veut dire CNP
copy number polymorphism
que veut dire CNV
copy number variations
*CNP=CNV
que veut dire CNA
copy number aberrations/alterations
nombre de SNP commun chez humain
10^6 SNP communs chez humain sur un total de 3 milliards de pb
un SNP est une variable de type…
binaire (2 allèles)
pourquoi les SNP n’affecte pas beaucoup le phénotype?
probabilité d’une mutation récurrente affectant le même locus est très faible!
les cas allèles triples sont considérés comme..
erreurs de génotypage
qu’est ce qu’un allèle majeur?
fréquence allélique supérieur à 50%
qu’est ce qu’un allèle mineur?
fréquence allélique inférieur à 50%
comment se nomme la base de données des SNP?
NCBI SNP database
qu’est ce qu’un haplotype?
groupe de SNP liés sur le même segment chromosomique
ou se situe le cSNP?
exon (région codante)
ou se situe le gSNP?
dans la séquence intergénique (entre les gènes)
ou se situe rSNP et iSNP?
intron; contrôle épiage
est-ce qu’un SNP non codant peut influencer l’expression génique?
OUI
*variation dans région non codante est quantitative (pas le même niveau d’expression) et est qualitative dans les région codante
qu’est ce que l’état polymorphe ou monomorphe?
caractéristique d’un gène (ou portion non codante d’ADN) et d’une population
est-ce qu’une même population peut être polymorphe pour un caractère et monomorphe pour un autre?
OUI
v ou f: un caractère monomorphe dans une population ne peut être polymorphe dans une autre population?
FAUX
peut l’être
décrire les étapes du cycle de vie d’un SNP (de la mutation vers le SNP)
1) apparition d’un nouveau variant par mutation
2) survie d’un allèle rare (bottleneck)
3) élévation de la fréquence allélique suite à l’expansion de la population
4) le nouvel allèle est fixé dans la population comme un nouveau SNP
une infection virale nécessite quoi?
récepteurs cellulaires
donner des exemples de récepteurs cellulaires
CXCR4 et CCR5
nombre de variants de CCR5
plus de 20
combien de caucasiens résistent au VIH?
1% (homozygotes)
combine d’européens possèdent une protection naturelle contre la maladie? (ralentit son évolution)
10%
**hétérozygotes del32/CCR5
comment est-il possible de résister à l’infection?
allèle mutant CCR5 Del 32 a commencé à s’étendre dans le nord de l’Europe lors de l’épidémie de la peste et de la variole
**les porteurs de delCCR5 étaient résistants à l’infection
ou est présent le génome?
dans l’ensemble de ADN présent dans le noyau de chacune des cellules d’un organisme
but du projet génome humain
séquencer et annoter le génome humain
quel est le résultat du projet Hugo?
- contenant (matériel génétique) soit la séquence des chromosomes
- contenu (informations) soit les gènes et régions fonctionnelles
combien de mètres d’ADN par cellule?
2
combien de % des gènes codent pour des protéines?
3%
y’a t-il beaucoup de répétions entre les séquences?
environ 50% de répétions
quelles maladies sont considérées comme des traits mendéliens (soit 100% génétique)?
- albinisme
- trisomie 21
- PKU
quelles sont les maladies complexes? (mélange génétique et environnement)
- dibaètres
- maladies du coeur
- cancer
- asthme
quelles sont les maladies causées par l’environnement?
- ulcère gastrique
- sida (AIDS)
- rougeole (measles)
nommer la catégorie de maladie;
- gène mène directement à la maladie
- mode de transmission identifiable
- un gène/famille
- maladies rares
- myopathie, thalassémie
maladie mendélienne ou gène causal
nommer la catégorie de maladie;
- gène modifie le risque et ne mène pas directement à la maladie
- pas de mode de transmission clairement identifiable
- implique plusieurs gènes et souvent l’environnement
- maladies communes dans la population (cancer, troubles cardiovasculaires)
maladie complexe ou gène de susceptibilité
exemple de maladies dont le gène mène directement à la condition
- DMD (1/3500)
- Fibrose kystique (CFTR); 1/2000
- cancer du sein héréditaires (BRCA1); 1/9 (5% cas héréditaire)
nommer des maladies complexes
cardio-vasculaires diabète asthme déficiences mentales cancer
lien entre ampleur de l’impact et la fréquence dans la population
directement proportionnel
quelle méthode d’analyse est plus adaptée aux maladies mendéliennes?
analyse de liaison/linkage
*suivre coségrégations de maladie et leur variant génétiques particuliers
quelles méthode d’analyse est plus adaptée aux maladies rares?
études d’association
*association entre variantes génétiques et maladies au travers des familles
nommer les trois types de désign des études d’association
- design cas contrôle
- design de cohorte
- design familial; trio père-mère-enfant atteint (TDT)
qu’est ce que la pangénomique (GWAS)?
- hypothèse libre
- cout elevé
- correction pour analyses multiples (plusieurs faux positifs, peu de cibles manquées)
qu’est ce qu’un gène candidat?
- basée sur une hypothèse
- faible cout
- moins d’impact de la correction statistique; plus de cibles manquées et moins de faux positifs
