Génétique des populations Flashcards
Qu’est ce qu’une population?
Ensemble d’individus d’une même espèce vivant sur un territoire tel que tous les individus présentent la même probabilité de rencontre de partenaires
reproducteurs
Quelles types de populations sont possibles?
- 1 espèce avec plusieurs populations
- Des espèces différentes
Quand est ce qu’une espèce se distingue d’une autre?
Lorsqu’il n’y a pu de contact avec le pool génétique
Quel est le but principal de la génétique des populations?
Décrire la variété génétique au sein de la
population
Vrai ou Faux: Fréquence allélique est la fréquence de l’allèle dans une population tandis que la fréquence génotypique est la fréquence d’un génotype donné
Vrai
Qu’est ce qu’une population en équilibre?
Population dans laquelle les fréquences
génotypiques et alléliques
sont constantes de génération en génération
Qu’est ce que l’équilibre de Hardy-Weinberg?
p^2+2pq+q^2=1
les fréquences
génotypiques résultent de l’union au hasard
Les fréquences alléliques
étant identiques pour les
gamètes femelles et mâles,l’équilibre de Hardy-Weinberg ne s’applique pas, pourquoi?
Mâles sont hémizygotique pour les chromosomes X et Y
Vrai ou Faux: Dans une population en équilibre, les fréquences des homozygotes seulement dépendent des fréquences alléliques
Faux, les fréquences des homozygotes et
des hétérozygotes dépendent des fréquences alléliques lorsque l’on a une population à l’équilibre
Comment peut-on calculer les fréquences alléliques et génotypiques sans distinguer l’homozygote dominant de l’hétérozygote?
En sachant la fréquence des phénotypes, on peut déduire la fréquence allélique de l’allèle récessif et ensuite faire -q pour avoir la valeur de p. Après, on peut calculer les fréquences génotypiques avec l’équation de Hardy-Weinberg
Quelles sont les caractéristiques des populations à l’équilibre?
- Population très grande ou même infiniment grande
- Pas de mutation, migration et sélection
- Population panmictique
Comment peut-on déterminer qu’une population est en déséquilibre?
On détecte soit une mutation, une sélection ou une migration
Qu’est ce qu’il se passe lorsque j’ai une population panmictique?
Les individus se reproduisent
par l’union au hasard
Qu’est ce qui peut mener à une variation phénotypique?
- Variation morphologiqie
- Variation quantitative
- Polymorphisme chromosomique
- Polymorphisme immunitaire
Qu’est ce qui est impliqué dans une variation moléculaire?
- Polymorphisme de séquences en a.a
- Polymorphismes dans l’ADN comme des microsatellites, des SNPs, haplotypes mitochondriaux et haplotypes chromosomiques
Quelles sont les sources de variation dans une population?
- Reproduction sexuée
- Recombinaison
- Migration
- Mutation
Qu’est ce que le taux de mutation?
Probabilité qu’un allèle
change vers un autre
allèle en une génération
Vrai ou Faux: Le taux de mutation est beaucoup plus élevé pour les microsatellites que pour les mutations
ponctuelles (SNP)
Vrai
Comment on estime le déséquilibre de liaison?
D = Pobservé - Pattendu
Comment on estime le déséquilibre de liaison pour un haplotype donné?
D = Pab - PaPb Pab= fréquence observée PaPb= fréquence prédite par le calcul de probabilité
Vrai ou Faux: Au fil des générations, le déséquilibre de liaison va augmenter en
fonction de la fréquence de recombinaison « r ».
Faux, il va diminuer!
Qu’est ce que ça veut dire lorsque l’on a une valeur de r qui est de 0.5?
Le fréquence du nouvel allèle décroit de moitié à chaque génération
Vrai ou Faux: + r est petit,, + D décroît lentement.
Vrai
Vrai ou Faux: Les allèles localisés sur le même
chromosome vont atteindre l’équilibre de
liaison plus lentement; en fonction de la
fréquence de crossing-over
Vrai
Vrai ou Faux: + les allèles sont proches, + ils sont en équilibre pendant longtemps.
Faux, + les allèles sont proches + ils sont en déséquilibre + longtemps dans la population
Comment calcule-t-on la variation causée par la migration ou le flux génique?
q1 = qo (1-m) +qmm
où:
qo: fréquence allélique dans la population d’accueil
qm: fréquence allélique dans la population donneuse
m: proportion d’immigrants dans la
population d’accueil = taux de migration
Qu’est ce qui arrive lorsque l’on a un taux de migration constant?
Toutes les populations vont tendre à une même fréquence allélique, malgré les différences initiales. Il y a une uniformisation de la fréquence allélique et génotypique dans la population
Quels sont les facteurs qui influence le déséquilibre dans les populations?
- Assortiment positif
- Assortiment négatif
- Isolement par la distance
- Consanguinité
- Sélection
Qu’est ce que l’assortiment positif?
Les individus se reproduisent préférentiellement en fonction de leur similitude
phénotypique
Qu’est ce que l’assortiment négatif?
Les individus dissemblables
s’accouplent préférentiellement
Qu’est ce que l’assortiment positif et négatif favorisent?
+: favorise les homozygotes
-: favorise les hétérozygotes
Donner un exemple d’assortiment positif/homogamie?
Hippocampes!!!!!
Quelle est la conséquence de l’assortiment positif?
- Augmentation de la fréquence des homozygotes au détriment des hétérozygotes - Change les fréquences génotypiques mais non pas les fréquences alléliques
Donner un exemple d’assortiment négatif.
Reproduction sexuée
Quelles sont les conséquences génétiques de l’assortiment négatif?
augmentation des
hétérozygotes au détriment des homozygotes
(fréquence des hétérozygotes >2pq).
Maintien de la variabilité génétique dans la
population.
L’isolement par la distance mène à quoi?
- Formation de gradients de fréquences alléliques
- Déficit en hétérozygote par rapport à la loi de l’équilibre de Hardy-Weinberg
Qu’est ce qu’une population consanguine?
Population dans laquelle
les unions entre individus apparentés se produisent plus fréquemment qu’elles n’auraient eu lieu par l’union au hasard
Quels sont les conséquences de la consanguinité au niveau individuel?
La consanguinité augmente le risque que la progéniture soit homozygote pour
un allèle nocif
Qu’est ce que le coefficient de consanguinité?
Probabilité que deux
allèles se retrouvent à l’état homozygote chez la progéniture (I) d’un couple consanguin (BC)
car ils proviennent d’un ancêtre commun (A)
Comment calcule-t-on le coefficient de consanguinité?
Fi = Σ 1/2n n= nombre total d’individus dans une chaîne de parenté en excluant l’individu pour lequel on calcule le coefficient de consanguinité
Comment calcule-t-on le coefficient de consanguinité lorsque l’ancêtre a aussi un coefficient de consanguinité?
Fi = Σ (1/2n )(1+ Fa) Fa= fréquence de consanguinité de l'ancêtre
Quelle est la conséquence principale de l’endogamie?
Augmentation de la fréquence d’homozygotes accompagnée d’une
réduction de la fréquence des hétérozygotes.
Quel est l’effet de la consanguinité sur les populations?
Augmentation de la stérilité ,mortalité infantile et diminution de la portée moyenne
Qu’est ce que la sélection?
Taux différentiel de survie et de reproduction.
Qu’est ce que la valeur adaptative ou fitness (W)?
Probabilité relative de survie et taux de reproduction d’un génotype
Quel est le résultat de la sélection?
Changements dans les fréquences génotypiques et alléliques d’une population
Quels sont les différents type de sélection possibles?
- Sélection directionnelle positive
- Sélection directionnelle négative
- Sélection stabilisatrice
Peut-on détecter la présence de sélection par séquençage?
Oui
Quelle est l’utilité de l’équilibre entre une mutation et la sélection?
Persistance des maladies génétiques rares dans les populations
