Génétique conservation Flashcards
1
Q
Qu’est-ce que la génétique de la conservation?
A
- L’utilisation de la théorie génétique et de ses techniques pour réduire le risque d’extinction
- Une compréhension de base de la génétique peut mener à une meilleure gestion des ressources.
2
Q
Pourquoi la génétique de la conservation est importante et à quoi peut-elle servir?
A
- Si on est pas sûr de la présence de plusieurs espèces on peut l’utiliser pour faire une différenciation, en faire usage pour des considérations taxonomiques. Si on ne connait pas l’espèce la 1ère étape est de carractériser à ce quoi on a affaire. La plupart du temps on va utiliser l’ADN mitochondrial (COI1ADN unit) qui est une amorce fonctionnelle pour toutes les espèces parce que la séquence est presque la même partout et qu’il y a peu de variations entre espèces. Ceci permet de faire une différenciation entre espèces.
- On peut utiliser l’ADN environnemental pour savoir ce qu’il y a dans l’environnement
- Identifier une perte de diversité causée par la dérive qui va diminuer la diversité, la sélection (augmente ou diminue), la mutation (augmente) et la migration (augmente). Une très petite population risque d’être rapidement affectée par la dérive que par la sélection. En ce sens, les gènes avantageux pour l’espèce risquent de diminuer.
- Consanguinité : Elle ne cause pas de perte de diversité, mais une augmentation de l’homozygotie. Avec ce phénomène. Les allèles homozygotes rare risquent d’être plus présent et mener à une dépression.
- Approche de l’écologie moléculaire : Le fait d’utiliser des marqueurs génétiques peut substituer à des méthodes de terrain. On pourrait, pour calculer le nombre d’individu dans une population. On peut aussi faife le pedigree, une assignation parentale, etc. Cette méthode peut aider à construire un bon programme de réintégration.
- Aspect légal de l’exploitation et conservation des ressources naturelles : différencier des espèces qui ne devraient pas être pêchées avec celle qui devrait l’être pour identifier des cas de fraude (wildlife forensic),.
3
Q
Début de la génétique de la conservation
A
- On parlait déjà de l’importance de la génétique avant l’arrivée de la biologique de conservation. En ce sens, les préoccupations génétiques ont été au cœur de cette science avant l’arrivée de la conservation.
4
Q
Objectif de la génétique de conservation
A
- Préserver les espèces en tant qu’entités dynamiques, capables d’évoluer pour s’adapter aux changements environnementaux.
- Maintenir le pouvoir d’adaptation aux changements climatiques. On ne connait pas les allèles d’avance, mais on sait que le nombre d’allèle est signe d’adaptations locales. On sait aussi que la diversité génétique risque de rendre la plupart des espèces plus résistantes aux changements.
5
Q
Génétique de la conservation au sens strict c’est
A
- La rescousse génétique
- La perte de diversité génétique (potentiel d’évolution)
- Taille efficace de population
- Dérive génétique
- Goulot d’étranglement
- Dépression de consanguinité
- Taille minimale de la population viable
- Fragmentation des populations
6
Q
Qu’est-ce que permet la diversité génétique ?
A
- De la variation phénotypique. Plus de diversité génétique a le potentiel de mener à des variations phénotypiques ce qui permet les populations d’avoir des capacités de s’adapter à des changement.
7
Q
Qu’est-ce qui est signe de diversité génétique ?
A
- Du polymorphisme, l’hétérozygotie moyenne et la diversité allélique. Ce sont tous des indices des capacités aux population de s’adapter aux changements. On va souvent parler de polymorphisme, l’hétérozygotie sera la proxis de la santé des populations et la diversité allélique n’est plus trop ce qui est utilisé maintenant.
8
Q
Pourquoi la diversité est nécessaire ?
A
- Les changements environnementaux = : la diversité génétique est nécessaire pour l’évolution d’une population en réponse à ces changements. Elle permet de maximiser les chances d’adaptation à ces changemenst
- La perte de divesrité génétique est aussi généralement liée à la consanguinité et la réduction globale de la reproduction et de la survie (fitness). La consanguinité va aussi nuire à la capacité d’adaptation des population et av continuer à la spirale d’extinction.
9
Q
Génétique de l’évolution des population naturelles
A
- Il y a plusieurs forces qui peuvent mener à mal la diversité génétique.
- Il y a le choix des partenanires qui vient affecter l’accouplement suivi de l’échantillonage aléatoire qui va pouvoir mener à une perte de la diversité génétique. Par la suite, on va avoir la sélection qui est causé par la mort, le climat, la compétition et les maladies. Les survivants vont devenir adultes et vont pouvoir participer au pool génétique avec d’autres individus venant de la migration et grâce à des mutations. Ce cycle va être la force qui va influencer le patrimoine génétique des populations.
- Les mâles d’autres sommets vont permettre d’augmenter la diversité et les mutations de créer de nouvelle gamète
- La dérive va mener à une perte de diversité surtout dans les petites populations.
10
Q
Effet de la perte de diversité génétique
A
1- Extinction des espèces et des populations
2- Fixation d’allèles favorables par sélection : effet homogénéisant parce que tout variant aurait un effet sur un fitness moins grand. Si le trait est fondamental pour le fonctionnement des organismes il y a des conséquences très grandes.
3- Suppression sélective d’allèles délétères : plus les populations sont petites plus il est difficile de les éliminer = impacts importants
4- Perte aléatoire des allèles par échantillonage intergénérationnel au sein d’une petite population : dérive,
5- Consanguinité au sein d’une population réduisant l’hétérozygotie : si deux individus parents ont les allèles délétères il y a 1$*1% chance que l’enfant aie cet allèle. La consanguinité augmente encore plus la chance d’avoir des enfants avec des allèles délétères.
- 4 et 5 sont les plus importants
11
Q
Qui est plus sujette à l’extinction ?
A
- Une petite population est plus sujette à l’extinction qu’une population de grande taille et stable. Si une population diminue, elle va être sujette à l’extinction et risque de rapidement atteindre 0 avec la stochasticité démographique et environnementale.
12
Q
Perte hétérozygotie
A
- Plus le taux va être grand, et donc plus la fraction va être proche de 0 et donc le résultat proche de 1 = peu d’impact sur l’hétérozygotie. Cependant, plus le résultat est faible, plus il va y avoir eu une perte d’hétérozygotie. On fait le ratio entre l’hétérozygotie à un certain moment et celle initiale.
13
Q
Taille de population
A
- On a deux mesures soit le Ne et le Nc. Le Nc qui est le recensement est le nombre réel d’individus dans une population. Le Ne (taille effective) représente le nombre d’individus qui participenet à la reproduction. Ils seraient considérés lors du calcul de la perte en hétérozygotie, de la consanguinité ou de la variance en fréquence allélique s’ils se comportaient comme une population idéalisée (tout le monde se reproduit).
- Ratio entre Ne et Nc sera raement proche de 1 et sera souvent proche de 0 parce que le Nc est toujours plus grand que le Ne. Parmis l’ensemble du règne des animaux. Ceryains groupes ont des ratio élevé, mais la plupart possède des ratios faible à long terme. Si on a un Nc de 50 individus, au long terme, on a plutôt l’équivalent de 3 couples qui s’accouplent ensemble. L’impact de la dérive est donc encore plus important puisqu’un faible nombre d’individus participent à la reproduction il faut prendre ce ratio en considération.
14
Q
Dérive génétique
A
- Changement aléatoire des fréquences alléliques de génération en génération causé par des erreurs d’échantillonage. L’échantillonage aléatoire des gamètes dans une population de petite taille a des conséquences sévères sur l’évolution et la conservation de la population
- Il s’opère inversement proportionnellement à la taille efficace
- Quand un allèle arrive à 100% il y a fixation de l’allèle et plus de polymorphisme pour cet allèle. Ce genre de situation va se retrouver en génétique de population ou en conservation montrent que quand on a des grandes populations, les fréquences alléliques s’atténuent.
15
Q
Tétras des prairies – exemple
A
- On a pu voir la perte d’allèles spécifique pour cette espèce de l’Illinoirs central suite à une contraction démographique. On a comparé le pool génétique des population de musée avec ceux en nature et on a trouvé que certains allèles n’étaient plus présents dans les individus de la nature.
16
Q
Sex-ratio inégal
A
- C’est ratio de mâle et femelle reproducteur. Il se peut que ce ratio soit inégal. Plusieursf facteurs, dont lui, vont affecter la taille à long terme. Plus l’inégalité du sex ratio est grande, moins le recrutement va être équivalent pour les sexes. Il va affecter la taille efficace. Normalement dans une taille normale, on a 5 mâles et 5 femelles ce qui permet d’avoir 20 gamètes qui peuvent participer. Si il y a une seul mâle qui participe, ce nombre diminue de beaucoup.
17
Q
SUCCÈS REPRODUCTEUR BIAISÉ
A
- Dans une population idéale, tous les individus ont la même probabilité de contribuer par leur progéniture à la génération suivante. Ceci va aussi venir influencer la taille efficace de la population en la diminuer d’autant elle est grande. La majorité des mâles produisent peu de mâles et d’autres beaucoup plus. La population suit donc une distribution poisson où quelques individus font beaucoup de jeunes et beaucoup en font peu.
18
Q
Goulot étranglement
A
- Réduction prononcée de la taille de la population qui est causée par des événements aléatoires (ex : événements environnementaux, activités humaines, etc.). C’est une manifestation extrême de la dérive. Il y aura perte des allèles et des fréquences ce qui va produire une population avec des alléles différentes. C’est différent de la sélection parce qu’ici même si les jeunes ont des avantages de compétition, c’est le hasard qui détermine ceux qui sont proche du goulot et ceux qui survivent. CE n’est pas un phénomène sélectif. Icic, tout les marqueurs vont perdre de la diversité laors qu’avec la sélection naturelle on a un trait avantageux qui va être choisis. On peut donc séparer les effets globaux des effets spécifiques.
- Ex : Crécerelle de Maurice = Il restait 3 couples même si avant il y avait pas beaucoup d’individus maintenant c’est vraiment pas beaucoup et c’est la limite. ON avait de petits carnivores qui mangeait les œufs donc on a décédé d’enlever les œufs pour que les parents ressayent de nouveau
Et augmenter les opportunités de reproduction. Ceci a permis de réaugmenter à 100 couples ou presque la population. Si on compare le pool génétique avec les individus des musées, on voit qu’avant la taille efficace tournait autour de 9 – 10 et on a réussi à remonter à 6. Dépression de consanguinité. La depression de consanguinité dans ces population fait que La probabilité de ne pas garder des allèles nocives et deésavantageux comme si c’était une gross population qui est devenue petite ?
19
Q
Fardeaux génétiques
A
- Quand une population devient une grosse population et décline peu à peu et devient une pop de peu d’individus. Les allèles rares pour la population deviennent homozygotes et mène à une diminution du fitness par augmentation de traits non avantageux. On fait ça en comparant un individu avec les meilleurs traits et ce qu’on observe maintenant.
20
Q
Consanguinité
A
- La consanguinité survient quand des individus d’une même famille s’accouplent. Ceci est plus fréquent dans les petites populations. Le coeeficient de consanguinité désigne la probabilité que les allèles sur un locus soient identiques par descendance. Il sera souvent la ½ du coefficient d’apparentement. Plus le coefficient est petit (proche de 0), plus il y a une faible consanguinité. On compare l’hétérozygotie observée avec celle attendue dans une population idéale
- Nous avons maintenant des exemples claires de la dépression de consanguinité dans des populations captives et sauvage. Nous avons le puma de Floride où l’on retrouve, chez les individu, des signes de consanguinité (courbure dans la queue) ou les tigres blancs qui sont signes d’une accumulation de consanguinité,On a aussi des signes de consanguinité pour l’ancien roi charles 2 d’Espagne. On a pu voir qu’avec de la consanguinité de faible coefficient qui c’est accumulé au court des générations qu’on peut obtenir un coefficient élevé.
21
Q
Fragmentation des populations
A
- Avec un flux de gènes limité, la fragmentation mène typiquement à une consanguinité plus élevée et une perte de diversité génétique au sein des fragments. La gestion des populations en milieu naturel diminue la taille efficace des populations.
- Les pis sont un bon exemple où l’hétérozygotie dépend beaucoup de la taille des populations.
22
Q
Qu’est-ce que prédit l’équilibre de Weinberg ?
A
C’est une comparaison et herero entre observée et idéale (une population idéale) : si on dévie de ces attentes ça veut dire que des actions d’évolution sont en marche dans la population
- Un accouplement aléatoire
- Une absence de mutations
- Une grande taille de population (infinie) si pas l’effet de la dérive on aurait des fréquences pour génotypique et phénotypique
- Absence de sélection naturelle
- Absence d’immigration sinon changerait les fréquences attendues
l’hypothèse nulle est que sui tout ça est respecté, on devrait avoir les fréquences phénotypiques à l’aide des fréquences alléliques.
23
Q
Les statistiques F
A
- C’est une mesure de différenciation. Il y a le Fst qui compare ce qui se passe au niveau des sous-groupes comparé au total et le Fis qui compare inter sous populations. Si la donnée donne 0 les deux groupes sont pareils et il n’y a pas de sous-groupes d’individus et si on a 1 on est en présence de deux sous-groupes étrangers où il y a aucun échange de gènes entre eux.
- Cette mesure a été utilisée en Nouvelle -zélande pour comprendre la structure génétique d’un poisson qui est crucial pour l’économie du pays et pour pouvoir mieux le gérer. On voulait d’assurer d’avoir un revenu soutenable d’une année à l’autre. On voulait s’assurer que la gestion des stocks était cohérente avec la biologie en gérant les populations. Si les différentes population ne sont pas reliées, si on surexploite à un endrout on a pas d’impacts sur le reste des populations. Si il y a connection alors oui on a un impact global et il pourrait avoir un danger pour l’ensemble de la population. Ce qu’on a découvert c’est qu’il n’y avait pas de différence significative entre les Fst : ici on est surpris parce qU,on se demandait à qul point ils étaient interconnectés et si ça servait de mettre des quotas et on c,est rendus compte qu’il étaient tous très similaire. En analysant les données avec l’espèce sud-américaine on a pu remarqué qu’elles étaient aussi très similaire. Pour les locus étudiés, on a remarqué que la plupart étaient très similaires (la taille des bulles représentant le nombre de de fois que l’allèle a été retrouvé, les couleurs sont les populations). On remarque une différence de 4 entre chaque allèles, tout est à peu prêt pareil. Peu importe l’échantillon, tout est pareil = ce sont pa juste les stocks de l’australie qui sont similaires, mais ceux de l’hémisphère sud aussi. Mais pourquoi un Fst aussi faible ? En fait la dérive est nulle parce que les populations sont très grandes. Le Fst peux donc rester très faible parce qu’il y a des faibles effets de différenciation entre les populations. Aussi, on estime qu’il y a une certaine dispersion ce qui permet une connectivité entre les populations. Aussi, même si les microsatellites sont des régions du génome non-codante ; elles peuvent être proches des régions non codantes sous sélection naturelle. On peut utiliser l’approche des outliers. Les marqueurs vont montrer de la divergence plus élevée par rapport aux autres ce qui pourrait montrer que certains locus ont de fortes différences et ont donc été soumis à de la sélection qui a influencé des chose en particulier.
- Si les populations sont petites la force qui risque d’expliquer le mieux la différenciation est la dérive, si ce sont des grosses populations ça risque d’être la sélection.
- On a plusieurs exemple de gènes Fst élevée chez des espèces marines avec des petits Fst. Mais pourquoi c’est plus facile de le détecter des adaptations locales pour des espèces marines ? Pour la Morue on a regardé; plusiuers marqueur qui ont montrés des différences importantes comaprés aux autres. On a été capable de réassigner ceux-si avec des zones chromosomique. On a pu voir qu’elle était lié à la résistance thermique (se différenciait au centre de l’océan mais était tràs élevé proche de l’Europe).
- Ce sont les conditions envrionnementales qui vont influencer ces fréquence. On dit qu’on veut protéger les adaptations locales, mais on les connait rarement : Avec ces anlyses on devrait essayer de regarder les données pour notetr les adaptations locales et voir celle qui existente et savoir pour quel trait. Miantenant on peut génotyper des dizaines de milliers de sites avec des puces.
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Q
Quelle conclusion prendre si on a 1/3 de hétérozygotes et on pense avoir 50% de T et 50% de A? et pourquoi?
A
- On devrait avoir la moitié des points en verts avec l’équilibre de Weinberg. Ceci serait signe d’un avantage potentiel à être hétérozygote ce qui pourrait mener à un rejet de l’hypothèse nulle. Il y aurait un effet de la sélection sur les résultats obtenus.
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Population minimum viable
- C’est la taille minimale qu’une population nécessite pour retenir son fitness reproductif et le potentiel évolutif pour plusieurs millions d’années. Les questions à se poser sont : est ce que la taille de la population est assez grande pour éviter la dépression de consanguinité ; est-ce que la divesrsité génétique de la population est suffisantes pour répondre d’une façon évolutive au changements environnementales ; est-ce que la taille de la population est assez grande pour éviter d’accumuler de nouvelles mutations délétères ?
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Définir des unités de conservation les evolutionary significant units et les management units
- Les ESUs sont basés sur la monophylie réciprocque et les Mus sur la différenciation génétique (indépendance démographique)
- Si on arrive à la conclusion qu’on a deux sous-groupe c’est parce qu’il y a un certain isolement des population et il est donc mieux de les gérer indépendamment. On a argumenter pour ces deux grandes unités évolutives significatives en disnat qu’on devrait désigner deux unités significativement évolutive. Au sein de ces ESU on devrait avoir des sous populations qui n’interagissent pas avec le reste des populations et que chaque groupe homogène des populations devraient être considérées comme des MU
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Rescousse génétique : élevage en captivité
- Pour plusiuers espèces cette méthode sert d’assurance contre l’extinction en milieu sauvage. Cette conservation peut supplémenter au cours du temps les populations et réduire le fardeaux génétique (diminution prolifération et augmentation de la consanguinité). Les populations vont être dans des environnements ex-situ protégés, vont servir d’éducation et implication du garnds public pour les problématiques de conservation, servir d’opportunité de recherche et fournir des animaux pour la réintroduction.
- On peut avoir une population très déclinante en nature. Donc on va créer une colonie d’assurance en captivité composée d,Un faible nombre d’individus qui va perrmettre de faire des jeunes qui vont pouvoir être rajoutés progressivement dans la nature pour augmneter les nombre dans la population (un plu value supplémentaire en ajoutant les populations)
- Le diable de tasmani est une espèce qu’on est maintenant obligés d’avoir des populations en élevage en captivité pour assurer sa survie et pouvoir espérer les réintroduire dans des endroits perdus ou sinon donner plus d’individus dans une autre population.
- On a comparé la taille efficace des ombles de fontaines dans les lacs naturels comparé avec ceux ensemencés et on a vu que dans les lacs ensemencés les nombres de gamètes provenait d’un faible nombre d’individus soulignant un taille efficace faible avec une faible amplitude. Pour la taille efficace, on a vu que le meilleur prédicteur était le nombre de temps depuis l’ensemencement. Plus il avait été fait il y a longtemps, plus elle allait être grande. Si le nombre d’individus mis en place provient d’un faible nombre d’individus, l’effet sera de diminuer la taille efficace. Si on utilise quelques individus pour la reproduction on a une faible taille efficace.
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Les problèmes de la rescousse génétique avec élevage en captivité
- Une détérioration génétique (adaptation à la captivité) : si dans la nature il y a des forces qui vont modduler et influencer la composition des individus dans la population, elles ne sont aps les mêmes en captivité ce qui pourrait avoir comme tendance d’avantager des traits qui ne sont pas représentés en captivité =. Les individus pourraient avoir une maladaptivité pour la nature. (traits + pour captivité mais – pour nature)
- Consanguinité et dépression de consanguinité : on a des manière pour l’éviter
- Perte de diversité génétique
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Rescousse génétique – réintroduction
- À Ram Mountain on a eu un boom d’individus suivis par une diminution vers 50 individus. Pour régler ce problème, on a proposé la rescousse génétique. On a rapidement constaté que la proportion de gène introduit est devenue grande rapidement (en gris) ce qui a donc créé des individus hybride entre transloqué et natif (en 2015, 50% étaient hybrides effet sur la taille de pop qui a augmentée). On a vu une augmentation dans L,heterozygotie moyenne dans la population en ayant une perte de 6% avant la translocation à environ une augmentation de 3,6%. On a eu une augmentation de prêt du 2/3 de la population et on a remarqué que les ybrides avait à peu près 30% plus de chance de survie et 6% plus lourds. On a aussi eu une augmentation dans le nombre d’allèles par locus.
- Effets positifs !
- On a fait la même chose avec la panthère de floride. CEpendnat beaucoup de débats on été cére autour de cette action car on se demandait si ça allait créer une bris dans les adaptations locales. Cependant, on avait aussi un important déclin de la population quia allait presque jusqu’à l’extinction. Les gens étaient contre parce qu’on pensait qu’il y avait des adaptations locales et on avait donc peur de les perdre et les effacer. Il y a cependant eu des erruer on disait que de toute façon les panthère ne pouvait pas survivre avec un boom démographique et qu’une translocation était donc mauvaise parce qu’elle n’avait pas l’espace pour plus d’individus. Le sodnnées avaient cependant été prise par télémétrie et on avait jsute pris les données diurne alors que les panthères se dépalcenet plus les oir. On a donc sous-estimés le territoire utilisé. On a tout de même fait une translocation et on a pu observer une diminution dans les signes de consanguinité et on a pu voir une expansion dans le territoire utilisés.
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Que faire avec les hybrides ?
- Le problème est qu’on risque de faire de l’introgression (reproduction entre hybride et un des deux parents) avec les patrons naturels et on peut avoir des espèces issues de l’hybridation. Ces espèces peuvent ou non avoir le droit de conservation selon le contexte. Au canada on a une espèce de salamandre qui est triploïde qui est issue de l’hybridation parentale. CE sont juste les femelles qui se reproduisent par parthénogenèse et qui nécessite l’activation de l’espèce paternelle pour les œufs. Le problème est qu’on a un déclin de l,espèce paternelle.
- On doit essayer de limiter l’hybridation si c’est 0% naturel. Le problème c’est qu’on a de plsu en plus de chance d’avoir de l’hybridation avec l’anthropisation ce qui favorise la distribution de taxon qui n’aurait pas eu cette opportunité. Il devient difficile de savoir ce qu’il faut vraiment protéger.
- Si naturel elle ajoute une portion à la biodiversité au même titre que les autres espèces et peut donc se faire protéger.
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Isolement par distance
- Si le flux génique est strictement limité par la capacité de dispersion des individus (pas de barriers), on s’attend à ce que la différenciation génétique soit proportionnelle à la distance géographique entre les populations.
- On s’attend en général que plus le spop sont espacées plus il devrait y avoir de la différenciation dans la génétique causée par la distance. Cet effet n’est pas attendue pour toutes les espèces.
- On a fait une étude sur plusieurs espèces de phasmes et on a noté différent patrons d’isolation par distance. Pour les espèces sédentaires, il y avait une isolation et pas d’échanges, il y avait plus de différenciation expliquée par les adaptations locales ou la dérive par en lien avec la distance. Pour les modérément mobile, il y avait souvent le patron observé, c’est quand la distance est un facteur important que ce type de phénomène sera observé. Si les espèces sont très mobile il y en avait peu probablement causé par le hasard elles vont loin = elles homogénéisent.
- On peut appliquer ce principe à l’échelle des individus pour comparer le degré d’apparentement des individus selon la distance qui les sépare à une échelle géographique restreinte. On peut voir si ceux qui ont des gènes similaires seront ensemble ou disperser dans l’espace Si on se disperse peu on devrait trouver les frères et sœurs proches l’un de l’autres. On utiliserait l’isolation par distance avec les individus adultes (post dispersion natale) des deux sexes pour détecter quel sexe est philopatrique. On regarderait le sexe avec l’IBD le plus prononcé pour assumer que les individus apparentés vont rester plus porches les uns des autres et identifier le sexe philopatrique. On utiliserait des calculs de matrice de distance génétique entre individus pour voir la distance génétique alpha et le coefficient d’apparentement R.
- On a fait cette analyse avec des tortues terrestres pour voir si les tortures femelles allaient pndre aux mêmes lieux à chaque années. On a vu que quand il y avait des gardnes rivières séches il y avait pas d,impacts et que les tortues se dispersait pas et que ça pouvait être une barrière pour les dispersion puisqu’elles se dispersaient pas. Plus l’apparentement est élevé plus les individus ont de quoi en commun, on a vu que ce coefficient était presque nulle pour les mâle et un peu plus grande pour les femelle ce qui permettait d’éliminer l’Ho pour les femelles. Elles semblent donc rester là où elles sont nées comparativement aux mâles. Cette information est importante pour la conservation parce qu’elles permettent d’identifier de endroits importants pour l’espèce.
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Marqueurs génétique – conservation
- L’utilisation de marqueurs génétique peut accroître la compréhension de l’écologie des espèces. Si on s’intéresse à étudier l’évolution du fitness en fonction des années il faut savoir qui sont les parents des individus étudiés. Avec les hirondelle on a regardé des marqueurs avec des snip pour faire une assignation parentale. On a découvert que le père social était beaucoup moins souvent le père des oisillon qui provenait de 2 pères différents. (80% attribuables à plus d’un père). Ici, si on ne connait pas l,identité du père dès le début on ne peut pas avoir des résultats adéquats.
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Infanticides secuellement sélectionné chex l’ours brun de scandinavie
- Dans ces systèmes, les ma^les ont des grands domaines vitaux et n’ont pas vraiment de relation avec la femelle, mais parfois ils ont des overlap avec celles qui ont une dépendance sexuelle. Si le mâle met la pâte sur un jeune il peut essayer de le tuer. S’il n’est pas le père il peut essayer de produire une enfant avec la femelle (si c’est une perte hâtive, elle peut en ravoir, le mâle peut augmenter son fitness).
- Plus souvent pendant la période d’accouplement il va en avoir parce qu’il y a plus de chance de reproduction.
- Ce phénomène provient de la compétition mâle-mâle pour l’accès aux femelles et est une stratégie de reproduction adaptative pour les mâles si le mâle tue uniquement le jeune des autres (nuit à son propre fitness) ; la perte de la portée devrait permettre le retour en œstrus des femelles et diminuer l’intervalle de temps entre les portée (faut que la femelle tombe en œstrus rapidement suite à la mort) ; le mâle devrait avoir une plus grande probabilité de devenir père de la prochaine portée (mâle devrait avoir une plus grande probabilité après ça)
- Est-ce que les jeunes tués ne sont vraiment pas ceux appartenant au mâle qui les a tués? On a comparé la génétique des individus (deux pics = hetero et 1 = homo). On peut voir qu’il y a eu deux infanticides et si fait une assignation parentale on voit que c’est le père numéro 1 qui était le père. Après l’infanticide, il y eu une deuxième tentative pour faire un enfant qui a été faite avec l’individu 4. Un infanticide a été commis et il y eu une opportunité de faire des jeunes par la suite.
- Depuis qu’il y a la règle qu’il ets interdit de tuer des femelles jeunes, celles-ci vont sevrer un an plus tôt. On a vu que le mâle numéro 1 a été tué par des chasseurs ce qui a permis à un autre mâle de faire un infancide et faire un bébé. Souvent les mâles sont à l’affût et savent quand un mâle disparaît de la zone de prédilection des femelles et essaye de faire un infanticide pour produire des enfants par la suite. Ici la gestion a un effet et la chasse induit des modifications dans la population. Il en convient que la gestion peut avoir une loop sur l’évolution des espèces.
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Analyses génétiques
- Elles peuvent permettre de détecter des fraudes
- Elle peut aussi aider à étudier des espèces de la faune qui sont importantes comme la souris à patte blanche qui est vecteur des tiques et l’espèce qui a mené à l’expansion des tiques.
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EADN : l’ADN dans l’environnement
- On a maintenant un périodique qui s,appelle eDNA. Le ministère de la faune et des parcs utilise aussi cette méthode pour complémenter des études sur le terrain grâce à son coût de plus en plus faible. On va vers des inventaires floristique, fauniques, du sol et de l,eau avec cette méthode pour identifier des espèces rares ou invasives avant que ça devienne problématique. Il est cependant difficile de substituer le terrain pour des mesure comme la taille de la population
