Genetik Flashcards
Hvordan tjekker man for fx trisomi 21
Karyotyping (og CVS)
Hvad er a copy number variant
Section of more than 1000 base pairs
When sections >1000 base pairs of the genome are repeated and the number of the repeat in the genome varies between individuals.
fx huntingtons eller fragile legs
Kan testes vha array
Hvornår bliver man tilbudt amnioscentesis for Down Syndrome (alder)
Hos kvinder over 35 år
Hvad omfatter screening for Downs i dag
Nakkefoldsscanning + double test + age (week 12)
Er risikoen over 1:300 (dvs 1:<300) tilbydes de invasiv testing og kromosom analyse.
hvad er NIPT
non invasive prenatal tests
NIPT cfDNA
blodprøve hos mor (ikke kun plasma)
fx hvis der findes DNA med trisomi 21 og moderen ikke har Downs er mulighederne at fosteret har Downs eller at moderen er mosaik
Hvad kan en array
identificere copies i genomet
der laves en probe som passer til genom. Hvis det testede så har flere eller færre kopier en proben, så kan det ses at det skiller sig ud.
kræver good quality DNA from invasive samples!
Risiko for microdeletion
1:270 (uafhængig af alder)
Risiko for Downs
afhænger af alderen, 1% ved 40 år
Inddel malformationer hos fostre
kromosom (8%)
array (8%)
exome (10-30%) (dyrt, omstændig og risikerer at give forældrene viden de ikke ønsker)
39 årig kvinde henvinder sig med en risiko på 1:138 for et barn med Downs.
- hvad er hendes muligheder (a)
- what is the recurrence risk (b)
- what specialists or other would you recommend Karen to consult (c)
(a)
- ingen udredning
- NIPT (non-invasive)
- CVS (chorion vili, fostervandsprøve) (invasive)
Risikoen ved 40 år er 1% dvs hendes risiko for et Downs barn faktisk blev reduceret ved at man ved scanningen fandt en risiko på 1:138.
(b)
ca 1% - risikoen er ikke forhøjet når hun er 40 år på trods af en tidligere Downs
(c)
- Egen læge
- Genetikkerne
- ultrasound unit
- fetal medicine unit
- privat scan
- special needs teacher
- antropologist
- landsforeningen for Down Syndrome
Hvor stor må nakkefolden være på scanningen i uge 12
under 3.5 cm
hvorfor kunne kvinderne være bange for eller ikke have lyst til invasiv testing
- ## de er bange for risikoen for abort (i virkeligheden er den <0.5%)
Hvilke kromosomer analyseres ved NIPT
- X
- Y
- 21
- 18
- 13
Celletyper i amnionvæsken
- celle fra overfladen af baby (lunger, hud, GI, urinveje)
Hvor kommer det baby-DNA fra som flyder rundt i moderens blod
placenta
Hvad er NIPT sagt med én sætning
relative chromosome representation
Hvordan testes for rhesus immunitet prænatalt
konventionel eller real-time PCR vha primers for gener som er unikke for fosteret og ikke repræsenteret hos moderen.
Hvis analyse(r) kører på invasive tests
- Microarray af placentabiopsien
Hvad er de største forskelle mellem placentabiopsi og NIPT
NIPT:
- noninvasive
- no risk
- screening
- limited information
placentabiopsi:
- invasiv
- risiko for abort 0,5%
- diagnostisk
- extensive information
Hvis NIPT angiver en forhøjet risiko for trisomi 21, hvor stor er risikoen for at barnet fænotypsik har trisomi 21
Gennemsnitligt 50/50 –> invasiv testing
En negativ NIPT har en god prædiktiv værdi (medmindre trisomien er baseret på translokation eller mosaik som ikke kan detekteres)
Hvilke analyser laves ved undersøgelse af kromosomer og hvem tilbydes det
- cell culture (dyrkning?)
- kromosom analyse
- Karyoptype
- FISH
Tilbydes til:
- par med abortus habitualis eller
- infertilitet
- børn ved mistanke om kønskromosom anomalier (turner, kleinfelders)
- til familier hvor man ved der er en translokation.
Hvilke analyser laves ved undersøgelse af DNA og hvem tilbydes det
- aneuploidy screening
- array-CGH (golden standard)
Array-CGH tilbydes:
- autistiske børn
- børn som ser syndromagtige ud
Hvilke analyser laves ved undersøgelse af DNA
- sequencing
- repeat-disorders
Tilbydes til
- single gene disorders
Forskellen mellem chorion villi (s?)entese (CVS) og amnioncentese
Amnioncentese kan laves fra uge 10 og frem, mens chorion vili (CVS) kan laves fra uge 14 da det kræver der kan udtages 20 ml fostervæske.
Chorionvæske afspejlser fosteret bedst.
Beskriv kort array-CGH
Man tager DNA fra mor og barn. Når de hybridiseres og alt er normalt er der lige meget genom fra begge. Er der et stykke af genomet som er overrepræsenteret hos fosteret bliver det blåt - dvs barnet har en duplikation på det sted. Omvendt, hvis barnet er underrepræsenteret fx en deletion, vil moderens genom træde frem i “overrepræsentation” selvom det jo er en normal mængde.
gul: lige meget
blå: duplikation
rød: deletion
Hvad betyder 100% penetrans
Hvis man har genet har man også fænotypen - men kan godt varierer i udtryk
Tilbydes forældrene genetisk testing hvis der findes en deletion hos barnet?
Ja, for at være forberedt på næste gravditiet. Selvom disse ofte er de novo.
Samtidig tilbydes de CVS i næste graviditet.
Obs vi finder ikke deletionen hvis den er lokaliseret til æg eller sædceller
Hvilke test laves ved fund af anomali i første trimester (GA12) (+/- risk assessment)
- CVS (micro array)
- NIPT
Hvilke test laves ved fund af anomali i andet trimester (GA20)
- amnioncentese (microarray)
fordele ved at lave gen analyser selvom om moderen ved hun ikke vil afbryde graviditeten
- parret kan forberede sig
- man kan kigge efter udsatte/forventede misdannelser på UL - og forbederede sig på det
Hvordan foregår udredningen ved monogenetiske mødre
monogentetic mothers tilbydes placentabiopsi i uge 10+3
De tre lag i genetisk udredning
- kromosom
- mikro array
- single gene disease (sequencing)
Differentier mellem de tre genetiske lag
VIGTIGT FOR EKSAMEN
