Gènes Et Expression Flashcards
4 classes principales des AN
ARNr
ARNt
ARNm
ARN non codants
De quoi résulte un nucléotide
Condensation d’un nucléoside avec un grpmt phosphate
Ose + base
Nucléoside
Nucléoside + phosphate
Nucléotide
Bases pyrimidiques
Cytosine
Uracile
Thymine
Bases puriques
Adénine guanine
Ou se trouve la 5 méthyl cytosine
ADN des plantes et animaux (sauf insectes)
Pourquoi peuvent etre utilisées les bases modifiées
Marquage (immunohistochimie)
Agents thérapeutiques
Deux formes tautomères des bases
Cétone et énol
Vers quelle forme tautomère est en faveur a ph 7
Cétone
Transformations chimiques des bases
Désamination
Radiations
Agents chimiques
Correction
Nucléoside de la cytosine
Cytidine
Suffixe pour les nucléosides
Osine pour les purines
Idine pour les pyrimidines
Qu’est ce qui confère le caractère instable aux ARn
Grpmnt OH du 2’ ribose
Orientation d’écriture des chaines
5 -> 3
Règle de chargaff
A =T
G = C
Concentrations
Nb de liaisons hydrogènes, appariement des bases
T-A : 2
G-C: 3
Conformation ADN la plus stable
B
Enroulement droit
3,4nm / tour
10 Pb / tour
Ou se trouvent les bA
Interieur
Hydrophobe
Deux autres conformations de l’hélice
A (droite, + compacte)
Z ( gauche, + étirée) en «zigzag»
Par quoi est assuré la stabilité de l’ADN
liaisons H
Intéractions hydrophobes/ élecrostatiques
Charges négatives de l’ADN
Égal au nb de charges négatives des nucléotides
Est ce que l’ADN est soluble
OUI
Comment on purifie l’ADN
Saturation saline, déshydratation alcoolique => précipitation
Que fait la température sur l’ADn
Dénaturation
Rupture des liaisons H
Que donne un refroidissement lent et un rapide
Réappariement des brins pour le lent et le rapide non
Qu’entraine la séparation des brins
Augmentation de l’absorption (effet hypechrome)
Calcul du Tm
Tm= (A+T)x2 + (G+C)x4
Forme des ADN viraux
Double brins et circulaires
Organisation de l’ADN des bactéries
1 chromosome double brin circulaire
Plasmides
Organisation de l’ADN des eucaryotes
Plusieurs chromosomes
Extrémitées protégées
Histones
Grande compaction
Sous quelle forme sont les ARN viraux
Linéaires et simple brin
Deux types de réplication de l’ARN viral
Raplication ARN
Ou ADN (transcriptase inverse, intégration dans le génome de l’hote
Autres ARN fonctionnels (non codants)
SmRNA (maturation, épissage)
snoRNA (maturation des ARNr)
Structure secondaires ARN
Boucles
Tige
Durée moyenne du cycle C
30H
Durée de la phase S
8H
Composition du cycle C
Phase M
Phase G1
Phase S
Phase G2
Mode de réplication de l’ADN
Semi conservatif
Que sont les topoisomérses
Enzymes permettant le relachement de sur enroulement
Comment s’allonge le brin néo syhtétisé
De 5 vers 3
Les types d’ADN polymérases
I II III chez les bactéries
a B y delta eta
Roles des ADN polymérases bactériens
I: réplication réparation
II: réparation
III: réplication
Roles des ADN polymérases humains
Alpha: réplication
B: réparation
Gamma: mitochondrie, réplication réparation
Delta: réplication brin tardif, réparation
Eta: réplication brin précoce, réparation
Conditions d’activation des ADN polymérases
Présence des 4 DNTP
Présence d’ADN (ADN dépendant)
Sel magnésium
Amorce ADN ARN,
Quelle autre activité aditionnelle des ADN polymérases
Activité exonucléase 3’ 5’
A quoi sert l’activité exonucléase 3->5
Correction d’erreurs
Taux d’erreur de la polymérisation
1 pour 10^5 nucléotide
Taux d’erreur final
1 pour 10^9
Quelle esr la caractéristique des virus a ARN rétrovirus
ADN polymérase a activité transcriptase inverse ARN dépendante
Quels sont les protéines impliquées dans le réplication
Topoisomérase
Clamp
SSB
DNA hélicase
DNA primase
Quel est le role de l’ADN hélicase
Activité enzymatique de séparation et de déroulement (dénaturation locale)
ATP dépendante
Structure de l’ADn hélicase
Anneau héxamérique
Roles de l’ADN primase
Synthèse d’amorces pour les ADN polymérases
Associée a l’ADN polymérase a
Est ce que l’hélicase et la primase sont accroché
Oui
Sur quel brin progresse le complexe hélicase-primase
Brin tardif
Role de clamp
Associé a l’ADN polymérase, la maintient sur l’ADN
Mise en place de clamp
Deux moitiés + protéine d’assemblage
Attachement de ADN polymérase et détachement de la protéine d’aasemblage
Qu’est ce que SSB
Single strand DNA binding proteins
Role de SSB
Se lie a l’ADN dénaturé
Stabilise la conformation de simpkle brin déroulé
Maintient allongé
Quel est le role de l’ADN ligase
Lier les brins d’ADN séparés
ATP
Agit sur brèche simple brin ou pour lier des ADN double brins
Quel enzyme synthétise les télomères
La télomérase
Molécules qui cible la réplication
Psoralène
Intercalants
Bléomycine
Novobiocine
Sarcomycine
Analogues de nucléotides
Mécanismes de sauvegarde de l’ADN
Sysèmes de detoxification (CP450)
Mécanismes de prévention (anti-oxydants, super oxyde, peroxydase….)
Def de xénobiotique
Substance présente dans un organisme mais qui lui est normalement étrangère
Différentes origines des lésions de l’ADN
Physiques
Chimiques
Métaboliques
IntraC
Effet direct d’agent mutagène chimique (exemple)
Acide nitreux :
C-> U
A-> hypoxanthine
5méthyl cytosine -> thymine
Agents chimiques modifiants l’ADN
Réactifs alkylants
Intercalants (bromure d’éthidium)
Molécule produisant des pontages intra/ inter brins
Exemples de causes pathologiques
Désaminationz oxydatives
Erreurs de réplication
Fluctuation thermiques
Dépurination
Erreur de méthylation
Stress oxydatif
Types de mécanismes de réparation
Immédiate
Secondaire
Qu’est ce que la correction immédiate
Resynthèse du brin d’ADN
Réparations secondaires
Excisions de bases
De nucléotides
Correction des mésappariement
Réparation des cassures
Quels sont les mécanismes de réparation immédiate
Exonucléase 3-5
Photolyase (NER chez l’humain)
Réversion directe par des alkyltransferases
Réversion de coupure simple brin par une adn ligase
Mécanismes de réparation secondaires
BER
NER
RH
NHEJ
MR
BER
Base excision repair
Reconnaisance et excision de la base anormale par une ADN glycolase spécifique
ADN polymérase B et ligase ajoute le nucléotide
NER
Nucléotide excision repair
Courpure du brin anormal
Séparation des brins (hélicase)
Resynthèse: polymérase delta ou eta, ligase
Deux modes d’actions pour BER et NER
Mode géneral (indépendant de la présence de gènes
Couplé a la transcription (gènes activements transcrits, + efficace)
MR
Mismatch repair
Reconnait et répare les mésappariements
Reconnait l’ADN néosynthétisé
HR
Recombinaisons homologues
Avec l’ADN du chromosome homologue
NHEJ
Non homologue end joining
Par liaison de 2 brins
Perte de nucléotides
Risque de mutations
É grands types de recombinaisons
Générale
Spécifique de site
Recombinaison générale
Recombinaison méiotique (C germinales)
Recombinaisons mitotiques (C somatiques)
Entre séquences homologues de deuc chromatides
Recombinaisons méiotique
Crossing over
